一.bwa比对软件的使用 1.对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa   #  -a 参数:is[默认] or bwtsw,即bwa构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BWT search while the CIGAR string by Smith-Waterman alignment.).-a bwtsw对于短的参考序列是不工作的,必须要大于等于10Mb:-a is 不适用于大的参考序列,必须要小于等于2G: output:hg19.fa.am

题意 求出多个串的最长公共子串. 分析 刚学SAM想做这个题的话最好先去做一下那道codevs3160.求两个串的LCS应该怎么求?把一个串s1建自动机,然后跑另一个串s2,然后找出s2每个前缀的最长公共后缀.那么多个的时候,我们也用这种类似的方法,但是我们求最长公共后缀的时候要求第一个串的.我们把其中一个串建SAM,然后把其他的串都在上面跑,维护两个值,Max[u]和Min[u].自动机中每个状态u的Right存的是结尾集合.那么对于一个字符串,我们可以求出他和自动机中每个状态的最长公共后缀.

简介 虚树,即剔除所有无关结点,只保留询问点和询问点的相关结点(两两之间的LCA),建一棵新树,这棵新树就是虚树.通过虚树,可以有效的减小询问(甚至修改)的复杂度.设询问点的个数是\(k\),那么建虚树的一般方法的时间复杂度为\(O(k \log k)\). 构建方法 把所有询问点按dfs序排个序. 求出所有相邻结点的LCA(相关点)加入数组,结束后把根结点(\(1\))也加入数组. 再把所有询问点和相关点按dfs序排个序. 用栈维护虚树上根结点出发的一条链,按dfs序逐个插入结点,弹栈时连虚树

宏观生态学分析软件帮助文档: 引言: 该软件是由布鲁塞尔..大学开发,目的是提供一个综合的空间分析计算平台,主要针对的是宏观生态学数据.该软件可以从网站...上自由获取,该软件的主要特征以及发表在2006年geb杂志上面以及在2010年的ecography杂志上面做了完善补充.此处的简短的指导目的是为了帮助你探索该软件. 萨姆软件有四个主要基础组件,包括文件.数据.结构和模型,每一个都由多个子功能和路径组成,关于这些细节,可以在www.ecoevol.ufg.br/sam.wiki上面找到,这个

如果你觉得我的有些话有点唐突,你不理解可以想看看前一篇<C++之冒泡排序.希尔排序.快速排序.插入排序.堆排序.基数排序性能对比分析>. 这几天闲着没事就写了一篇<C++之冒泡排序.希尔排序.快速排序.插入排序.堆排序.基数排序性能对比分析>的随笔,由于当时有点脑残把希尔排序写错了,导致其性能很多情况下都查过了快速排序.当时我就怀疑我的算法的正确性了,由于当时的激动没来得及检查,我直呼不可思议,以至于让快速排序任希尔排序做了老爷O(∩_∩)O哈哈~,这晚辈太不敬了.感谢博友“堕落的

今天来分析Spring的资源接口Resource的各个实现类.关于它的接口和抽象类,参见上一篇博文——Spring源码分析——资源访问利器Resource之接口和抽象类分析 一.文件系统资源 FileSystemResource 文件系统资源 FileSystemResource,资源以文件系统路径的方式表示.这个类继承自AbstractResource,并实现了写的接口WritableResource.类全称为public class FileSystemResource extends Ab

当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). 那么SAM文件的格式是什么样子的呢?如果你想真实地了解SAM文件,可以查看它的说明文档.SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成.而map结果是类似下面的东西: HWI-ST1001:137:C12FPACXX:7:1115:14131:66670

Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean 中文名:基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆驯化及改良相关基因 发表期刊杂志:nature biotechnology影响因子:41.514发表时间:2015年2月发表单位:中科院遗传与发育生物学研究所 一.      研究取材62株野生大豆.130株地方种和110个

描述 MetaPhlAn是分析从物种水平分辨率宏基因组鸟枪法测序数据的微生物群落(细菌,古细菌,真核细胞和病毒)的组成的计算工具.从版本2.0,MetaPhlAn还能够确定具体的菌株(在将样品含有先前测序的菌株的不那么频繁的情况下),并跟踪跨越样品菌株的所有物种. MetaPhlAn 2依靠〜1M唯一的特定分支,标记基因(标记信息文件可以在SRC / utils的/ markers_info.txt.bz2或在这里找到)从〜17000的参考基因组鉴定(〜13500细菌和古细菌,3500〜病毒,和

Super关键字

str2int Problem Description In this problem, you are given several strings that contain only digits from '0' to '9', inclusive.An example is shown below.101123The set S of strings is consists of the N strings given in the input file, and all the poss

3926: [Zjoi2015]诸神眷顾的幻想乡 Time Limit: 10 Sec  Memory Limit: 512 MBSubmit: 974  Solved: 573 Description 幽香是全幻想乡里最受人欢迎的萌妹子,这天,是幽香的2600岁生日,无数幽香的粉丝到了幽香家门前的太阳花田上来为幽香庆祝生日. 粉丝们非常热情,自发组织表演了一系列节目给幽香看.幽香当然也非常高兴啦.  这时幽香发现了一件非常有趣的事情,太阳花田有n块空地.在过去,幽香为了方便,在这n块空地之间修

3473: 字符串 Description 给定n个字符串,询问每个字符串有多少子串(不包括空串)是所有n个字符串中至少k个字符串的子串? Input 第一行两个整数n,k. 接下来n行每行一个字符串. Output 一行n个整数,第i个整数表示第i个字符串的答案. Sample Input 3 1 abc a ab Sample Output 6 1 3 HINT 对于 100% 的数据,1<=n,k<=10^5,所有字符串总长不超过10^5,字符串只包含小写字母. [分析] 这道题用后缀数

Common Substrings Description A substring of a string T is defined as: T(i, k)=TiTi+1...Ti+k-1, 1≤i≤i+k-1≤|T|. Given two strings A, B and one integer K, we define S, a set of triples (i, j, k): S = {(i, j, k) | k≥K, A(i, k)=B(j, k)}. You are to give

第一部分 CPU基础知识一.为什么用CPU卡IC卡从接口方式上分,可以分为接触式IC卡.非接触式IC卡及复合卡.从器件技术上分,可分为非加密存储卡.加密存储卡及CPU卡.非加密卡没有安全性,可以任意改写卡内的数据,加密存储卡在普通存储卡的基础上加了逻辑加密电路,成了加密存储卡.逻辑加密存储卡由于采用密码控制逻辑来控制对EEPROM的访问和改写,在使用之前需要校验密码才可以进行写操作,所以对于芯片本身来说是安全的,但在应用上是不安全的.它有如下不安全性因素:1.密码在线路上是明文传输的,易被截取:

目录 定义 SAM 的状态集 一些性质 SAM 的后缀链接 SAM 的转移函数 一些性质 算法构造 构造方法 时间复杂度证明 状态的数量 转移的数量 代码实现 实际应用 统计本质不同的子串个数 计算任意子串出现次数 统计所有本质不同子串的权值和 求循环串在原串中出现次数 SAM 上博弈与 trans 上查询 题意 题解 此篇博客大部分内容来自于 hihoCoder , 借此学习 !! (侵删) 主要是上面讲的通俗易懂qwq 本文只是将其用更好的格式进行展现,希望对读者有帮助. 而且以后博客的 m

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b

Description 在美丽的玄武湖畔,鸡鸣寺边,鸡笼山前,有一块富饶而秀美的土地,人们唤作进香河.相传一日,一缕紫气从天而至,只一瞬间便消失在了进香河中.老人们说,这是玄武神灵将天书藏匿在此.  很多年后,人们终于在进香河地区发现了带有玄武密码的文字.更加神奇的是,这份带有玄武密码的文字,与玄武湖南岸台城的结构有微妙的关联.于是,漫长的破译工作开始了.  经过分析,我们可以用东南西北四个方向来描述台城城砖的摆放,不妨用一个长度为N的序列来描述,序列中的元素分别是‘E’,‘S’,‘W’,‘N’

原文链接https://www.cnblogs.com/zhouzhendong/p/HDU5470.html 题目传送门 - HDU5470 题意 你需要写一个只包含小写字母的字符串 $s$ . 你有两种操作: 1. 在当前写好的字符串的末尾加上一个字符 $c$ ,代价是 $cost_c$ ,所有的 $cost_c$ 都会给出. 2. 在已经写好的字符串中,选择一段子串 $a$ ,复制,并粘贴一次.代价是 $A\times |a|+B\times 2$ .其中 $A$ 和 $B$ 会给出. 问

原文链接http://www.cnblogs.com/zhouzhendong/p/8982392.html 题目传送门 - SPOJ LCS 题意 求两个字符串的最长公共连续子串长度. 字符串长$\leq 250000$ 题解 首先对于第一个字符串建一个$SAM$. 然后拿第二个串在$SAM$上面走一遍就好了. 具体地: 将第二个串的字符一个一个地按照顺序加入. 设当前状态为$now$,要加入字符$c$,当前匹配的字符串长度为$len$(答案自然是各种情况下$len$的最大值). 如果在$SA

一个用SAM维护多个串的根号特技 基本介绍 在多个串的字符串题中,往往会出现一类题需要用到某个子串是否在一些母串中出现.此时对于 \(\text{parent}\) 树的 \(\text{right}\) 集合而言,问题并不关心某个具体位置而只关心是否有某个 \(\text{endpos}\) 在指定母串中. 那么对于 \(\text{parent}\) 树上的来自同一个母串的节点而言,其对祖先的贡献都是可以替代的,并不需要重复标记其某个祖先 \(\text{right}\) 集合中是否存在一个