RNA-seq是利器,大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据,所以RNA-seq的分析需求应该是很大的(大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧). 普通的转录组套路并不多,差异表达基因.富集分析.WGCNA network以及一些没卵用的花式分析.DEG分析是基础,up and down,做个富集,了解一下处理后到底是什么通路被改变了:WGCNA主要就是根据相关性来找出一些co-express的gene module. 单细胞的转录组的玩法就比较多了,可以理解为超多样本的普通转录组,普通转录

文献名:SAAVpedia: identification, functional annotation, and retrieval of single amino acid variants for proteogenomic interpretation(SAAVpedia:蛋白质基因组解释的单氨基酸突变的识别.功能注释和检索) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:2019年10月 IF:3.78 单位: 韩国基础科学研究所,生物融合分析研究中心 韩

[PHP]利用MetaWeblog API实现XMLRPC功能 | OWNSELF [PHP]利用MetaWeblog API实现XMLRPC功能 Windows Live Writer是一款小巧的写博客的工具,非常方便,甚至网上看到过有的评论称Live Writer是一款最不像微软产品的微软产品,呵呵,不管怎么说反正我是非常喜欢.      Writer支持MSN Spaces以及Wordpress之类的很多博客模板,但是如果是自己写的博客系统呢,就像我的游戏版面,因此就如上一篇的RSS功能一

文章转载于 Original 2017-06-12 liuhui 生信百科 相似的基因在不同物种中,其功能往往保守的.显然,需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能,否则,不同的实验室对相同的基因的功能的描述不同,将极大限制学术的交流.而 Gene Ontology (GO) 项目正是为了能够使对各种数据库中基因获基因产物功能描述相一致的努力结果. 所谓的 GO,是生物学功能注释的一个标准词汇表术语(GO term),将基因的功能分为三部分: 基因执行的分子功能(Mole

参考:http://www.biotrainee.com/thread-558-1-1.html http://bioconductor.org/packages/3.7/bioc/ http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/topGO.html https://www.jianshu.com/p/9e21f2196178 https://rpubs.com/aemoore62/TopGo_colMap_Func_Trouble

关键字:正则表达式.元字符.字符串.匹配: 1.正则表达式简介:正则表达式提供了功能强大.灵活而又高效的方法来处:.NET框架正则表达式并入了其他正则表达式实现的: 2.字符串搜索:正则表达式语言由两种基本字符类型组成:原义(正常:一般表达式语言是一种可以编写搜索表达式的语言: 3..NET框架的正则表达式类:下面通过介绍.NET框架的正则表达式类,熟悉一下: 1.正则表达式简介 正则表达式提供了功能强大.灵活而又高效的方法来处理文本.正则表达式的全面模式匹配表示法可以快速地分析大量的文本以找到

这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖. 软件排名不分先后,优先顺序可以看推荐指数. 彩蛋在最后,请坚持看完 1.GWAS4D, 推荐指数:**** 网址:http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 支持输入格式 1) Variants Coordinates: Chr, Pos, [P-value] 支持输入格式 2) VCF-like Map: Chr, Pos, SNPID, Ref, Alt, [P-value] 支持输入格式 3) Single SN

做了好久的RNA-seq分析,基因表达也在口头溜了几年了,但似乎老是浮在表面. 对一件事的了解程度决定了你的思维深度,只想做技工就不用想太多,想做大师就一定要刨根问底. 老是说基因表达,那么什么是基因表达?我们测序得到的基因表达其实只是一种表型,是样本的一个快照,和普通的身高体重之类的连续型表型类似. 常规的转录组分析本质上都是表型分析,clustering.pseudotime.DEG.marker,在这些分析中,每个基因都是独立的维度,属于静态的分析,此时我们关注的是某个基因的功能分析,比如

此木马是一个.NET程序制作,如果你的服务器支持.NET那就要注意了,,进入木马有个功能叫:IIS Spy,点击以后可以看到所有站点所在的物理路径.以前有很多人提出过,但一直没有人给解决的答案.. 防御方法: "%SystemRoot%/ServicePackFiles/i386/activeds.dll"%SystemRoot%/system2881064151/activeds.dll"%SystemRoot%/system32/activeds.tlb 搜索这两个文件,

LOAD语句:利用MSSQL中的xp_cmdshell功能,将指定文件夹下的指定文件,生成mysql的LOAD语句 declare @sql varchar(4000), @dirpath varchar(1024), @file_type varchar(16), @target_table varchar(256); select @target_table = '`AdConversions`.`App_AdCreative_Device_Mapping_Conversion`' ,@di

在做基因表达分析时必然会要做差异分析(DE) DE的方法主要有两种: Fold change t-test fold change的意思是样本质检表达量的差异倍数,log2 fold change的意思是取log2,这样可以可以让差异特别大的和差异比较小的数值缩小之间的差距. Let's say there are 50 read counts in control and 100 read counts in treatment for gene A. This means gene A is

群里的朋友问利用CountDownTimer类实现倒计时功能怎么实现,我就百度了,参考http://blog.csdn.net/qq344429461/article/details/7521361写了个mono版的. 本人菜鸟,请各位多多指点,不足之处,请斧正.没啥技术含量,就权当丰富下mono for android的小代码. using System; using Android.App; using Android.Content; using Android.Runtime; usin

这里介绍的水平仪,指的是比较传统的气泡水平仪,在一个透明圆盘内充满液体,液体中留有一个气泡,当一端翘起时,该气泡就会浮向翘起的一端.    利用方向传感器返回的第一个参数,实现了一个指南针小应用. 我的Android进阶之旅------>Android利用Sensor(传感器)实现指南针功能  (地址:http://blog.csdn.net/ouyang_peng/article/details/8801204)    接下来,我们利用返回的第二.三个参数实现该水平仪.因为第二个参数,反映底部

python---filecmp ilecmp可以实现文件,目录,遍历子目录的差异对比功能. 自带filecmp模块,无需安装. 常用方法说明 filecmp提供3个操作方法,cmp(单文件对比),cmpfile(多文件对比),dircmp(目录对比). 单文件对比,filecmp.cmp(f1,f2[,shallow]) f1 f2为文件,相同True,不同False,shallow默认为True,只根据os.stat()方法返回的文件基本信息进行对比.比如最后访问时间,修改时间,状态改变时间

一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS

  image Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether an a priori defined set of genes shows statistically significant, concordant differences between two biological states (e.g. phenotypes). 用GSEA做富集分析是非常简单的,结

ios 由于苹果的审核政策,一旦上线后发现bug是件让人崩溃的事情 不过可以利用oc的runtime机制可以家用JSPatch动态的为工程打热补丁 下载地址:https://github.com/agelessman/JSPatch.git 如果不用cocoapods导入的话,不需要修改,如果拖到工程的,需要改头文件, 例如: #import “abc.h” 在appdelegate中添加类似下边的方法,写一个本地的属性记录补丁的版本号,如果文件存在,再调用 - (void)hotfix { /

在sqlserver2005之前,要实现递归功能比较麻烦,比如可能会要用到临时表与while语句来循环.自sqlserver2005之后,新增了with as功能语法,即 公用表达式(CTE),让递归实现起来变的简单了. 本章我们主要演示如何利用with as功能实现一个简单的递归功能.在这之前先看一下cte的语法: [ WITH <common_table_expression > [ ,...n ] ]<common_table_expression >::=        e

DynamicDataDisplay控件是一个功能很强的绘图工具,除了能生成曲线外,还有很多其他功能,具体见http://dynamicdatadisplay.codeplex.com/.这里你也能下载到其DLL文件.在项目中利用定时器产生数据,下面是我的示波器界面,暂时实现了开始,停止和清除功能: 示波器添加了一个边框,途中模拟了两个通道,注意要添加相关引用,另外我还弄了一个渐变画刷,看起来是不是很漂亮,界面xaml代码: //添加引用 xmlns:d="http://research.mic

分2步: 1.生成扑克牌. 2.洗牌. package com.dongbin.collection; import java.util.LinkedList; import java.util.Random; /** * 利用LinkedList,完成洗牌的功能. * @author dongbin * */ class Poker{ private String color;//花色 private String num;//数字 public Poker(String color,Stri

本文主要知识点: 1.使用Django的signals来获取Model的新建/删除操作更新 2.使用数据库的select for update来正确处理并发的数据库操作 3.使用redis的sorted set来缓存计数器的修改操作 一,起始 我们要实现消息未读记录,常规做法: class Notification(models.Model): """一个简化过的Notification类,拥有三个字段: - `user_id`: 消息所有人的用户ID - `has_read