注意:本文的内容主要来自于GATK官网的讲解,所以vcf也是GATK产生的,用其他caller,比如varscan2产生的vcf文件的内容注释可能不一致. 参考:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/1268/what-is-a-vcf-and-how-should-i-interpret-it VCF:由HEADER和RECORDS组成. RECORDS的FORMAT内容详解: QUAL:指的是caller正确的识别该变异位

vcf和bed的位置信息区别 vcf和gff一般是从1-base开始计数,也就是文件里所代表的的位置是染色体的真实位置 bed文件一般所代表的位置是从0开始计数的,是一个半闭合区间,也就是(0,200]表示一个长度为200bp的序列,起始位置在染色体上其实是1到200的位置 pysam在处理的时候和bed是类似的,也是一个半闭合的区间,同时也是从0开始计数的. samtools则是从1开始计数 根据位置信息提取序列的方法 samtools提取 samtools faidx Vv.12X.dna.

在开发基因组相关流程或工具时,经常需要读取.处理和创建bam.vcf.bcf文件.目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具,如samtools.picard.vcftools.bcftools,但此类工具集成的大多是标准功能,在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活. 本文介绍的是一个处理基因组数据的python模块,它打包了htslib-1.3.samtools-1.3 和 bcftools-1.3的核心功能,能在编程时非常灵活的处理bam和bcf文件. 以下主要介绍pysam的安装和使用方

pysam 模块介绍!!!! http://pysam.readthedocs.io/en/latest/index.html 在开发基因组相关流程或工具时,经常需要读取.处理和创建bam.vcf.bcf文件.目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具,如samtools.picard.vcftools.bcftools,但此类工具集成的大多是标准功能,在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活. 本文介绍的是一个处理基因组数据的python模块,它打包了htslib-1.3.samtools-1

转载:http://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一.转录组还是基因组? map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等.这个问题又会被分成两个问题,是基因组测序(DNA-seq)还是转录组测序(mRNA-seq).其中的区别是对于真核生物而言,mRNA序列与DNA序列并不完全相同,在经历了后剪切之后,成熟的mRNA可能是原基因的一部分,甚至顺序及个别碱基会产生变化.如果是mRNA测

经常有人问这种问题,用了些时间java之后,发现这俩玩意除了一小部分壳子长的还有能稍微凑合上,基本上没什么相似之处,可以说也就是马甲层面上的相似吧,还是比较短的马甲... 一般C#多用于业务系统的开发,快速实现,微软官方的各种封装,各种语法糖,使得c#在语义语法层面上更人性化,开发思路更专注于业务逻辑,对技术的实现并不需要关心的很细(当然这是指初级的入门程度),不过也带来的一些缺陷,当表面上的功夫不能满足的时候,.net程序员就不得不去了解微软封装起来的东西,所以我认识的.net程序员几乎人手一

jqery的语法和js的语法一样,算是把js升级了一下,这两种语法可以一起使用,只不过是用jqery更加方便 一个页面想要使用jqery的话,先要引入一下jqery包,jqery包从网上下一个就可以,一般用带有min的,是压缩版的,如果还要引用其他js文件的话,一定要juery包在上面,其他的引用放在他下面 先来看看如果使用Juery的话,怎么来引用Juery包 这样来引用,然后就可以用Juery方法了 和js的语法一样,都是写在<script type = "text/javascrip

来微信支付有2年多了,从2年前的互联网模式转变为O2O模式,主要的场景是跟线下的商户去打交道,不像以往的互联网模式,有产品经理提需求,我们帮忙去解决问题. 转型后是这样的,团队成员更多需要去寻找业务的方向,思考能为商户或者业务做点什么来体现其身价值,这样的转变是机会也是挑战,我一直相信在特别的环境下能迅速磨练出了跨岗位技能和综合素质,然而一路走来也发现了自己的短板(所谓的产品思维),并非想提升就可以,有时候感到自己很无能. 于是这样熬过来,暗示自己保持积极乐观的心态,平时使用一些通用的方法来提醒

一.问题来源 一直没有搞清楚NSString.NSArray.NSDictionary--属性描述关键字copy和strong的区别,看别人的项目中属性定义有的用copy,有的用strong.自己在开发中也是没有认真的去研究,至于使用copy还是用strong完全是根据心情随性而为,也一直没有出什么问题.可苹果竟然分了两个关键字,就肯定有其用意,为了提高自己还是要仔细的搞清楚其中之差别!好了,废话说完进入正题. 二.对象属性描述copy与strong的区别 直接上代码: ``` @propert

x86是指intel的开发的一种32位指令集,从386开始时代开始的,一直沿用至今,是一种cisc指令集,所有intel早期的cpu,amd早期的cpu都支持这种指令集,ntel官方文档里面称为"IA-32" x84_64是x86 CPU开始迈向64位的时候,有2选择:1.向下兼容x86.2.完全重新设计指令集,不兼容x86.AMD抢跑了,比Intel率先制造出了商用的兼容x86的CPU,AMD称之为AMD64,抢了64位PC的第一桶金,得到了用户的认同.而Intel选择了设计一种不兼

相同 Comparable和Comparator都是用来实现对象的比较.排序 要想对象比较.排序,都需要实现Comparable或Comparator接口 Comparable和Comparator都是Java的接口 区别 Comparator位于java.util包下,而Comparable位于java.lang包下 Comparable接口的实现是在类的内部(如 String.Integer已经实现了Comparable接口,自己就可以完成比较大小操作),Comparator接口的实现是在类

在用mysql客户端对数据库进行操作时,打开终端窗口,如果一段时间没有操作,再次操作时,常常会报如下错误: ERROR (HY000): Lost connection to MySQL server during query ERROR (HY000): MySQL server has gone away No connection. Trying to reconnect... 这个报错信息就意味着当前的连接已经断开,需要重新建立连接. 那么,连接的时长是如何确认的? 其实,这个与inte

直接正题: 看一下line-height可能的值: 其实可以分为两类: (1)不带单位的(如line-height:1.5),这种是推荐使用的: (2)带单位的(如line-heigth:30px/1.5em/150%); 这两种有什么区别呢? 其实只要记住: 一. 设置的如果是不带单位的(第一种),那它就是"缩放因子",后代元素会继承这个缩放因子而不是继承父级的计算后的值,例如: <div style="line-height:1.5;font-size:12px;

这篇文章将会很短...短到比你的JJ还短,当然开玩笑了.网上有说过Length和count的区别,都是很含糊的,我没有发现有 文章说得比较透彻的,所以,虽然这篇文章很短,我还是希望能留在首页,听听大家对这个话题的看法,如果不信的话,你还真搜不到类似的文章,反正我是没搜索到. 也许有些观点是错的,或者不正确的,还请指出:我的观点是: Length:用于计算连续内存区域的一些“对象”的长度,而使用Count()计算非连续内存块的对象集合的“个数”: Length是这个集合对象的一个特有的属性,它 继

select.poll.epoll之间的区别总结 05/05. 2014 select,poll,epoll都是IO多路复用的机制.I/O多路复用就通过一种机制,可以监视多个描述符,一旦某个描述符就绪(一般是读就绪或者写就绪),能够通知程序进行相应的读写操作.但select,poll,epoll本质上都是同步I/O,因为他们都需要在读写事件就绪后自己负责进行读写,也就是说这个读写过程是阻塞的,而异步I/O则无需自己负责进行读写,异步I/O的实现会负责把数据从内核拷贝到用户空间.关于这三种IO多路

GET和POST是HTTP请求的两种基本方法,要说它们的区别,接触过WEB开发的人都能说出一二. 最直观的区别就是GET把参数包含在URL中,POST通过request body传递参数. 你可能自己写过无数个GET和POST请求,或者已经看过很多权威网站总结出的他们的区别,你非常清楚知道什么时候该用什么. 当你在面试中被问到这个问题,你的内心充满了自信和喜悦. 你轻轻松松的给出了一个"标准答案": GET在浏览器回退时是无害的,而POST会再次提交请求. GET产生的URL地址可以被

 isEmpty和isNull()区别一个NULL字符串一定是一个空串,一个空串未必是一个NULL字符串例如:QString().isNull():   //结果为trueQString().isEmpty();  //结果为trueQString("").isNull();   //结果为falseQString("").isEmpty();   //结果为true批注:  一个NULL字符串就是使用QString的默认构造函数或者使用(const char*)0

很多人可能会问:微信小程序和在微信里面浏览一个网页有什么区别? 首先,小程序的运行是全屏的,界面跟进入了一个APP很像,更为沉浸跟在微信里面访问h5不一样:其次,它的浏览体验更为稳定. 不过,这还不够,除非--进入小程序之后他不会打断聊天,再次进入之后也依然是离开时的页面. 我也是非常不辞劳苦地想要知道这个答案,但亲身体验之后,可以告诉你: 对苹果用户来说,除了上面说到的东西之外,貌似是没有区别的. 但是,对广大安卓用户来说,是有的!(作为千年安卓用户,有一种终于扬眉吐气一回的感觉.) 在安卓系

在css3中有两个新的选择器可以选择父元素下对应的子元素,一个是:nth-child 另一个是:nth-of-type. 但是它们到底有什么区别呢? 其实区别很简单::nth-of-type为什么要叫:nth-of-type?因为它是以"type"来区分的.也就是说:ele:nth-of-type(n)是指父元素下第n个ele元素, 而ele:nth-child(n)是指父元素下第n个元素且这个元素为ele,若不是,则选择失败. 文字未免听起来比较晦涩,便于理解,这里附上一个小例子:

一.__block理解: Blocks可以访问局部变量,但是不能修改, 声明block的时候实际上是把当时的临时变量又复制了一份, 在block里即使修改了这些复制的变量,也不影响外面的原始变量.即所谓的闭包. 如果修改局部变量,需要加__block. API Reference对__block变量修饰符有如下几处解释 //A powerful feature of blocks is that they can modify variables in the same lexical scop