生物信息学——RNA的剪切过程   外显子(exon expressed region)是真核生物基因的一部分,它在剪接(Splicing)后仍会被保存下来,并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质. 外显子是最后出现在成熟RNA中的基因序列,又称表达序列.既存在于最初的转录产物中,也存在于成熟的RNA分子中的核苷酸序列.术语外显子也指编码相应RNA外显子的DNA中的区域.所有的外显子一同组成了遗传信息,该信息会体现在蛋白质上.      内含子(intron)在转录后的加工中,从最初的转录产物

参考: 分子生物学教材 再一次,翻看真核生物基因结构! mRNA基本结构特点 Structure and function of Messenger RNA (mRNA ) 基因结构 其实这个结构不完整,完整的如下: 主要注意UTR这个结构 真核生物的基因结构包括编码区和非编码区. 编码区 编码区其实是断裂基因结构,也就是不连续基因.具有蛋白编码功能的不连续 DNA 序列称为外显子,外显子之间的非编码序列为内含子. 每个外显子和内含子接头区都有一段高度保守的一致序列,即内含子5'末端大多数是 G

启动子 http://baike.baidu.com/link?url=HMqaMY4mXusH--4hMu1p6P_XUzEve9lZhFGtxScnbb8Z9HaLYJ981eWxAuZt2iAP   启动子是位于结构基因5'端上游的DNA序列,能活化RNA聚合酶,使之与模板DNA准确的结合并具有转录起始的特异性. 起始时间和表达的程度.启动子(Promoters)就像“开关”,决定基因的活动.既然基因是成序列的核苷酸(nucleotides),那么启动子也应由DNA组成.启动子本身并不控制

长链非编码RNA(lncRNA) 转自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_909da11301010bkz.html     长链非编码RNA(lncRNA)是一类转录本长度超过200nt的RNA分子,它们并不编码蛋白,而是以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控.转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平. lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”,是RNA聚合酶II转录的副产物,不具有生物学功能.然而,近年来的研究表明,lncRNA参与了X染色体沉默,基因组

视频  https://www.bilibili.com/video/av7973580/ 教材 Molecular biology of the gene 7th edition  J.D. Watson et. al 调控RNA 一.细菌中RNA介导的调控 sRNA对翻译的激活与抑制 色氨酸trp操纵子 色氨酸浓度高时: 先导核糖体顺利通过先导RNA的两个Trp密码子 占据位置2 位置3.4形成发夹 形成衰减子(4后面有polyU终止信号) 色氨酸浓度低时: 先导核糖体被两个Trp密码子阻滞

第三章 RNA测序   RNA测序(RNA Sequencing,简称RNA-Seq,也被称为全转录物组鸟枪法测序Whole Transcriptome Shotgun Sequencing,简称WTSS),是基于二代测序技术研究转录组学的方法,可以快速获取给定时刻的一个基因组中RNA的种类和数量. RNA-Seq有助于查看基因的不同转录本.转录后修饰.基因融合.突变/SNP和基因表达随时间的变化,或在不同组中基因表达的差异. RNA-Seq除了可以查看mRNA转录本,还可以查看总RNA.小RN

RNA测序的质量控制 发表评论 3,112 A+ 所属分类:Transcriptomics   收  藏 ENCODE项目向我们揭示,人类基因组中超过70%能得到转录,只不过不会发生在同一个细胞里.为了研究如此多样的转录本,研究人员开发了许多技术,其中RNA测序(RNA-seq)是最全面也最有效的. 许多人相信,未来基因组数据将会对患者的治疗产生重要的影响.不过也有不少专家质疑基因组分析的准确性和可靠性.为此,美国FDA牵头了RNA测序质量控制(SEQC)项目,评估了多个试验室RNA-seq数据

RNA提取和建库流程对mRNA-Seq的影响 已有 10460 次阅读 2014-8-14 14:21 |个人分类:转录组测序|系统分类:科研笔记|关键词:转录组测序,RNA-Seq,,链特异性RNA-Seq,转录组文库构建,总RNA提取| RNA-seq, 转录组测序, 链特异性RNA-Seq, 转录组文库构建, 总RNA提取   目前RNA-Seq是挖掘不同生长时期及不同胁迫条件下.不同组织细胞中其差异表达基因通常所采用的研究方法,同时还可以鉴定获得新的转录本信息以及不同的可变剪切事件,因而

RNA Sequencing 选择其他单元: RNA Sequencing 国内领先的转录组定序基地 Transcriptome Sequencing可全面性并快速地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的几乎所有的转录体(transcriptome)及基因序列,可以用于研究物种基因结构和基因功能.选择性剪接和新的转录序列(transcript)预测等.针对转录体定序研究,与全基因体定序研究一样,可分为两种类型:一种未知参考序列  (No Referenece Genome)的物种转录体定序:另

视频  https://www.bilibili.com/video/av7973580/ 教材 Molecular biology of the gene 7th edition  J.D. Watson et. al RNA剪接 真核生物成熟RNA的形成需要剪接 有些pre-mRNA存在不只一种剪接方式,成为可变剪接 一.RNA剪接的化学基础 1.决定剪接位点的特定序列 3'端是多聚嘧啶区 2.当内含子两边的外显子连接时,内含子是以套索(lariat)除去的 二.剪接体 1.RNA剪接是由一

MicroRNA in Control of Gene Expression:An Overview of Nuclear Functions微RNA控制基因表达:核功能概述 抽象:小的非编码RNA(ncRNA)能够以序列特异性方式控制基因表达的发现对生物学产生了巨大影响.最近的改进很高吞吐量排序和计算预测方法已经允许发现和几种类型的ncRNA的分类.基于它们的前体结构,生物发生途径和作用模式,ncRNA被分类为小干扰RNA(siRNAs),microRNAs(miRNA),PIWI相互作用的R

可变剪切的预测已经很流行了,目前主要有两个流派: 用DNA序列以及variant来预测可变剪切:GeneSplicer.MaxEntScan.dbscSNV.S-CAP.MMSplice.clinVar.spliceAI 用RNA来预测可变剪切:MISO.rMATS.DARTS 前言废话 科研圈的热点扎堆现象是永远存在的,且一波接一波,大部分不屑于追热点且不出成果也基本都被圈子给淘汰了. 做纯方法开发的其实是很心累的,费时费力费脑,特别是自己的研究领域已经过时的时候,另外还得承受外行的歧视:“你

冷冻电镜 为什么冷冻电镜 (Cryo-EM) 技术的发明可以获得2017诺贝尔化学奖?知乎看法 Press release: The Nobel Prize in Chemistry 2017 We may soon have detailed images of life’s complex machineries in atomic resolution. 不久的将来,我们所有的生命复合体机器都能得到精确的原子层次的分辨结构. Electron microscopes were long b

如果直接找视频剪切和合并视频的软件,通常出来的都是大的视频编辑软件或者是有图形界面的剪切软件,大型一点的功能太多安装麻烦,小型一点的功能可能不齐全. 只是简单的剪切或者一下合并一下,还是ffmpeg这个命令行工具最方便和快速. 一.剪切视频 ffmpeg -i input.mp4 -ss 30 -c copy -to 40 output.mp4 剪切从30秒开始到40秒结束的视频. ffmpeg -i input.wmv -ss 30 -c copy -t 10 output.wmv 二.合并视

zz备用复制剪切粘贴的底层应用 /// <summary> /// 复制或剪切文件至剪贴板(方法) /// </summary> /// <param name="files">需要添加到剪切板的文件路径数组</param> /// <param name="cut">是否剪切true为剪切,false为复制</param> public static void CopyToClipboard(

text-overflow: ellipsis;多度剪切white-space: nowrap;禁止换行overflow: hidden;多余隐藏

//屏蔽右键菜单 document.oncontextmenu = function (event) { if (window.event) { event = window.event; } try { var the = event.srcElement; if (!((the.tagName == "INPUT" && the.type.toLowerCase() == "text") || the.tagName == "TEXTA

private static void InitRichTextBoxContextMenu(RichTextBox textBox) { //创建剪切子菜单 var cutMenuItem = new System.Windows.Forms.MenuItem("剪切"); cutMenuItem.Click += (sender, eventArgs) => textBox.Cut(); //创建复制子菜单 var copyMenuItem = new System.Wind

好久没撸随笔了,明天终于放假休息了..准备去进行信仰充值,看<魔兽>去(话说surface phone 好久出,让我这个做UWP的也充点信仰..) 先上下效果图: 在设计中,遇到一个问题,就是如果添加了剪切蒙版之后会挡住后面的ScrollViewer里面的Image,一些事件将无法监听. 后面想了个办法,把ScrollViewer的模板给修改了. 开源有益,先上代码 下面是Theme <Style x:Key="ImageToolScrollViewerStyle"

首先是剪切(删除): 剪切其实也就顺带删除了所选择的内容,所以既可以当剪切命令用,也可以当删除命令使用. 1 首先,可以在命令模式下输入v进入自由选取模式,选择需要剪切的文字后,按下d就可以进行剪切了. 2 其他命令模式下剪切命令: 3 dd:剪切当前行 4 ndd:n表示大于1的数字,剪切n行 5 dw:从光标处剪切至一个单子/单词的末尾,包括空格 6 de:从光标处剪切至一个单子/单词的末尾,不包括空格 7 d$:从当前光标剪切到行末 8 d0:从当前光标位置(不包括光标位置)剪切之行首 9