1)将vcf转化为plink格式,假定输入的vcf文件名为:17893893-17898893.vcf,也可以参考链接:将vcf文件转化为plink格式并且保持phasing状态 /vcftools --vcf 17893893-17898893.vcf --plink-tped --out 17893893-17898893 /plink --tfile 17893893-17898893 --recode --out 17893893-17898893 2) 用PLINK确定要研究的位点是否

之前训练模型,认为网络图构建完成,Loss肯定是呈现下降的,就没有太留心,知识关注F1的变化情况,找到最优的F1训练就停止了,认为模型就ok. 但实际中发现,我们要时刻关注网络的损失变化情况,batch size过小(6,8)都会导致模型不收敛,此时你就看不到损失的变化,只能根据F1优劣判断模型. 那么,我们可以将batc size调的大一些(128),可以观察到损失是平滑降低的,F1的性能也在慢慢变好.这就是通常大家用128的原因.关于迭代停止条件, 一般选20个epochs的迭代,每一次迭代

igaph 是一个项目,目标是建立一条简单,易用的网络分析工具,有 R, python, C/C++ 等语言的具体实现: 项目主页: http://igraph.org/ 在R语言中,对应的就是 igraph 这个R包 安装: install.packages("igraph") 使用: 对于图 graph 这种数据结构而言,最基本的元素包括节点(node) 和 边(节点之间的连线,edge); igraph 这个R包提供了很多种创建graph的方式,我们先看一个最基本的例子,从数据框

转自:http://blog.fens.me/hadoop-mapreduce-recommend/ Hadoop家族系列文章,主要介绍Hadoop家族产品,常用的项目包括Hadoop, Hive, Pig, HBase, Sqoop, Mahout, Zookeeper, Avro, Ambari, Chukwa,新增加的项目包括,YARN, Hcatalog, Oozie, Cassandra, Hama, Whirr, Flume, Bigtop, Crunch, Hue等. 从2011年

原博文出自于: http://blog.fens.me/hadoop-mapreduce-recommend/ 感谢! 用Hadoop构建电影推荐系统 Hadoop家族系列文章,主要介绍Hadoop家族产品,常用的项目包括Hadoop, Hive, Pig, HBase, Sqoop, Mahout, Zookeeper, Avro, Ambari, Chukwa,新增加的项目包括,YARN, Hcatalog, Oozie, Cassandra, Hama, Whirr, Flume, Big

网络图 Network 网络图虽然给人高大上的感觉,但是由于信息太多,无法给读者提供读有效的可读信息或是读者不知道该理解什么,总是让人望尔却步.那是因为大家太不了解网络,自己读不懂网络想表达的意思及其重要性.   因此我要举一个网络分析重要的例子,大家都知道2012年诺贝尔奖得主Yamanaka提出的诱导干细胞的四因子,其时在之前已经有多篇网络分析文章提出了这四因子,只是Yamanaka是第一实验验证的.值得一提的是这篇获得诺奖的Cell文章只有一个一作和一个通讯,据説是当时这课题没人看好,也没

目录 R语言构建蛋白质网络并实现GN算法 1.蛋白质网络的构建 2.生物网络的模块发现方法 3.模块发现方法实现和图形展示 4.附录:igraph中常用函数 参考链接 R语言构建蛋白质网络并实现GN算法 1.蛋白质网络的构建 我们使用与人类HIV相关的蛋白质互作数据hunam-HIV PPI.csv来构建这个蛋白质互作网络. 在R中,我们可以从存储在R环境外部的文件读取数据.还可以将数据写入由操作系统存储和访问的文件. R可以读取和写入各种文件格式,如:csv,excel,xml等. 想要读取c

这篇文章更多的是对于混乱的中文资源的梳理,并补充了一些没有提到的重要参数,希望大家不会踩坑. 1. 简介 1.1 背景 WGCNA(weighted gene co-expression network analysis,权重基因共表达网络分析)是一种分析多个样本基因表达模式的分析方法,可将表达模式相似的基因进行聚类,并分析模块与特定性状或表型之间的关联关系,因此在基因组研究中被广泛应用. 相比于只关注差异表达的基因,WGCNA利用数千或近万个变化最大的基因或全部基因的信息识别感兴趣的基因集,并

通过前面几节的准备工作,对于 npm / node / gulp 应该已经有了基本的认识,本节主要介绍如何构建一个基本的前端自动化开发环境. 下面将逐步构建一个可以自动编译 sass 文件.压缩 javascript 文件.多终端多浏览器同步测试的开发环境,并且还可以通过 piblish 命令对项目下的文件进行打包操作. 相关连接导航 在windows下安装gulp —— 基于 Gulp 的前端集成解决方案(一) 执行 $Gulp 时发生了什么 —— 基于 Gulp 的前端集成解决方案(二) 常

在Web App和Hybrid App横行的时代,为了拥有更好的用户体验,单页面应用顺势而生,单页面应用简称`SPA`,即Single Page Application,就是只有一个HTML页面的应用程序,应用中所有的视图都包含在这个HTML页面中,并通过JavaScript控制相关视图的显示和隐藏,这种模式可以让用户在Web App感受Native App的速度和流畅.本篇文章的目的就是教你如何来快速的构建一个H5单页面切换骨架. 一. 页面设计 在构建SPA应用时,首先要确定你的应用需要包含

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.NET Core中间件的注册和管道的构建(2)---- 用UseMiddleware扩展方法注册中间件类 0x00 为什么要引入扩展方法 有的中间件功能比较简单,有的则比较复杂,并且依赖其它组件.除了直接用ApplicationBuilder的Use()方法注册中间件外,还可以使用ApplicationBuilder的扩展方法UseMiddleware()注册中间件.这种情况下可以注册类型,这个方法会通过反射解析这个类型,并把它包装成Func<ReuqestDelegate,RequestDe

.NET Core中间件的注册和管道的构建(1)---- 注册和构建原理 0x00 问题的产生 管道是.NET Core中非常关键的一个概念,很多重要的组件都以中间件的形式存在,包括权限管理.会话管理.路由等.所以搞明白中间件是如何注册并最终构建成管道的很重要.园子里很多先驱早已经开始了这方面的研究学习,也写了很多文章,不过我看了后有些地方还不是特别明白.毕竟每个人都是不同的,有些内容作者觉得是常识不需要多写的地方对我来说可能就是个盲区.幸好.NET Core整个项目都是开源的,找到源码看了下解

返回<.Net中的AOP>系列学习总目录 本篇目录 开始一个新项目 没有AOP的生活 变更的代价 使用AOP重构 本系列的源码本人已托管于Coding上:点击查看. 本系列的实验环境:VS 2013 Update 5(建议最好使用集成了Nuget的VS版本,VS Express版也够用),安装了PostSharp. 这篇博客覆盖的内容包括: 为项目创建需求 从零编写代码来满足需求 不使用AOP重构凌乱的代码 使用AOP来重构代码 这一节会构建一个汽车租赁系统,先是给定业务需求,然后逐渐地添加代

提到构建WebService服务,大家肯定第一个想到的是使用WCF,因为简单快捷嘛.首先要说明的是,本人对WCF不太了解,但是想快速建立一个WebService,于是看到了MSDN上的这一篇文章 Building Cross-Platform Web Services with ServiceStack,所以这里简要介绍一下如何使用ServiceStack快速建立一个WebService服务. 当然,在开始之前,首先要说明一下ServiceStack是个什么东西. 在国内用ServiceStac

首先为什么要自己编写Dockerfile来构建 nginx.php.mariadb这三个镜像呢?一是希望更深入了解Dockerfile的使用,也就能初步了解docker镜像是如何被构建的:二是希望将来可以定制自己的images,特别是能针对不同的系统环境与目标需求适当对镜像进行调整改进.在编辑Dockerfile过程中也参考了以下相关范例: https://hub.docker.com/_/php/ https://hub.docker.com/_/mysql/ https://hub.dock

使用webstorm+webpack构建简单入门级"HelloWorld"的应用&&构建使用jquery来实现 1.首先你自己把webstorm安装完成. 请参考这篇文章进行安装和破解http://www.cnblogs.com/chengxs/p/6245281.html 2.然后需要你的电脑安装了node.js. 可以参考这篇文章http://www.cnblogs.com/chengxs/p/6221393.html 2.第一种方法:使用命令行窗口.可以在你要创建

上一篇文章我提到:为了使用"国货",我把 Linux 上的构建和测试委托给了 DaoCloud,而 Travis-CI 不能放着不用啊.还好,这货支持 macOS 系统.所以就把 CoreCRM 在 macOS 上的构建和测试任务交给它了. 我想国内已经有很多写怎么用 Travis-CI 的博客文章了,我就不需要在这里多费话了.当然,最好的文章其实就是 Travis-CI 的文档:最好的帮助都在 StackOverflow 和 GitHub 上.如果还觉得自己英语不够用,看不懂这些站的

注册的服务器和中间件共同构成了ASP.NET Core用于处理请求的管道, 这样一个管道是在我们启动作为应用宿主的WebHost时构建出来的.要深刻了解这个管道是如何被构建出来的,我们就必须对WebHost和它的创建者WebHostBuilder这个重要的对象具有深刻的理解.[本文已经同步到<ASP.NET Core框架揭秘>之中] 目录一.WebHost    WebHostOptions    构建管道的三个步骤二.WebHostBuilder    WebHost的创建    几个常用的

在<中篇>中,我们对管道的构成以及它对请求的处理流程进行了详细介绍,接下来我们需要了解的是这样一个管道是如何被构建起来的.总的来说,管道由一个服务器和一个HttpApplication构成,前者负责监听请求并将接收的请求传递给给HttpApplication对象处理,后者则将请求处理任务委托给注册的中间件来完成.中间件的注册是通过ApplicationBuilder对象来完成的,所以我们先来了解一下这究竟是个怎样的对象.[本文已经同步到<ASP.NET Core框架揭秘>之中] [