illumina技术: 工具:flowcell(流动池):8通道,每个通道都有 2种DNA引物 种在玻璃表面(用共价键连到Flowcell上),这引物和文库中的接头互补    Flowcell:8个line,,line:上下两个表面,,面:3个扫描通道swath,,swath:16个方块tile 文库制作:超声打断DNA,用酶补平,用Klenow酶加碱基,用连接酶 在双端 加特定接头,形成DNA混合物 称为DNA文库. 特点1,中间为待测序列: 特点2,两端接头序列人工加上去,已知,大有文章可做

https://www.youtube.com/watch?v=6Is3W7JkFp8 NGS 的视频 说的不错 一个做癌症的教授讲的 Ion Torrent™ next-generation sequencing Next-generation sequencing (NGS) utilizes massively parallel sequencing to generate thousands of megabases of sequence information per day, op

问题的描述 启动3个线程打印递增的数字, 线程1先打印1,2,3,4,5, 然后是线程2打印6,7,8,9,10, 然后是线程3打印11,12,13,14,15. 接着再由线程1打印16,17,18,19,20....以此类推, 直到打印到45. wait+notify实现: package com.tonyluis; public class NumberPrintDemo { static int n = 1; static int state = 0; public static void

智者说,没有经过自己的思考和估量,就不能接受别人的东西.资料只能是一个参考,至于是否正确,还得自己去分辨 SpringMVC相对于Structs的几个优势: 1.springMVC安全性更高,structs2框架是类级别的拦截,每次request请求structs2都会为之创建一个action,然后将数据注入到实体been中,所以在structs2中,一个action对应一个request上下文.springMVC是方法级别的拦截,每个request对应一个方法,然后通过注解将数据注入到对应的实

XML 跟 JSON 的圣战,或许会成为自 vim/emacs 圣战,cli/gui 圣战等等圣战以来的又一个圣战,而所有的圣战大抵都不会有结果,因为每方都有各自的道理,谁都不服谁. 在我看来,XML 更适合数据定义,数据存储.它对数据的表达使得这个数据脱离你程序的上下文仍然存在意义并且可以被解读.所以 XML 适合作为配置文件,以及数据存储,存盘文件格式等等. JSON 更适合数据传输.对于传输而言,双方必然需要遵循协商好的协议,因而 JSON 对数据的表达并不需要在数据传输的双方以外仍然具有

4G DTU一般来说是采用电脑和数据线连接来进行参数设置的,为了适应不同的工作环境,提高工作的效率,成都远向电子4G DTU还支持远程参数配置和远程固件升级,只需一部手机即可轻松完成操作.今天我们就来看一下4G DTU相对于GPRS/3G DTU有什么优势. 4G DTU相对于GPRS/3G DTU的优势 通信数据量更大 4G网络下行速率最高可以达到 100Mbps,上行速率最高可以达到 50Mbps,为客户提供高速互联网接入与无线数据连接等功能,适合大数据量传输的应用,如:串口摄像头图片传输.

一.使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法. (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新和修正,因此,在使用GATK进行变异检测时,最好是下载最新的版本,目前的版本是2.8.1(2014-02-25).下载网站:http://www.broadinstitute.org/gatk/downloa

解读生命密码的基本手段 ——DNA测序技术的前世今生 任鲁风  于军 (中国科学院基因组科学及信息重点实验室,北京基因组研究所) DNA(脱氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)是生命体的两种最基本组成物质,其序列的组成和变化造就了形形色色的生命世界.这两种承担了生命体遗传信息载体功能的物质,一方面在生命的不断繁衍中保持了各个物种的独特面目,另一方面又通过不断的演变改变着自身性状,同时又影响着与之相关的物种,这一规律在生命科学领域被归纳为“中心法则”.笼统而言,几乎全部的生命现象均来源于A.T.C.G

by Umer Zeeshan Ijaz The purpose of this tutorial is to introduce students to the frequently used tools for NGS analysis as well as giving experience in writing one-liners. Copy the required files to your current directory, change directory (cd) to t

转载 :http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102xuro.html Kalatskaya I, Trinh Q M, Spears M, et al. ISOWN: accurate somatic mutation identification in the absence of normal tissue controls[J]. Genome Medicine, 2017, 9(1):59.   变异检测可以分为三类: single nucle

在前面的一篇文章<图形数据库Neo4J简介>中,我们介绍了一种非常流行的图形数据库Neo4J的使用方法.而在本文中,我们将对另外一种类型的NoSQL数据库——Cassandra进行简单地介绍. 接触Cassandra的原因与接触Neo4J的原因相同:我们的产品需要能够记录一系列关系型数据库所无法快速处理的大量数据.Cassandra,以及后面将要介绍的MongoDB,都是我们在技术选型过程中的一个备选方案.虽然说最后我们并没有选择Cassandra,但是在整个技术选型过程中所接触到的一系列内部

一.什么是 Java 技术?为何需要 Java? Java 是由 Sun Microsystems 在 1995 年首先发布的编程语言和计算平台.有许多应用程序和 Web 站点只有在安装 Java 后才能正常工作,而且这样的应用程序和 Web 站点日益增多.Java 快速.安全.可靠.从笔记本电脑到数据中心,从游戏控制台到科学超级计算机,从手机到互联网,Java 无处不在! Java是一种计算机编程语言,拥有跨平台.面向对象.泛型编程的特性,广泛应用于企业级Web应用开发和移动应用开发. 任职于

RecyclerView这个控件也出来很久了,相信大家也学习的差不多了,如果还没学习的,或许我可以带领大家体验一把这个艺术般的控件. 项目已经同步至github:https://github.com/nanchen2251/recyclerViewDemo 据官方介绍,该控件是属于之间用的非常多的ListView和GridView的替代品,既然能替代用的如此普遍的它们,这自然有其该有的优势. 1)相对于ListView而言RecyclerView的优势体现在: ①封装了之前ListView的优化

这几天搭了个spring+struts2+mybatis的架子,练练手,顺便熟悉熟悉struts2. 环境:myEclipse10+tomcat7+jdk1.6(1.8的jre报错,所以换成了1.6). 框架:spring+struts2+mybatis. 前言: 1.spring+mybatis的配置同    spring  MVC : 2.唯一要注意的是strtus2和spring的整合(spring中的bean注入到action中,网上各种讲解,但都相对于各自的项目,所以,新入手strut

Git 是一个很强大的分布式版本管理工具,它不但适用于管理大型开源软件的源代码(如:linux kernel),管理私人的文档和源代码也有很多优势(如:wsi-lgame-pro) Git 的更多介绍,请参考我的上一篇博客:Git 版本管理工具 一. Git 命令初识 在正式介绍Git命令之前,先介绍一下Git 的基本命令和操作,对Git命令有一个总体的认识 示例:从Git 版本库的初始化,通常有两种方式: 1)git clone:这是一种较为简单的初始化方式,当你已经有一个远程的Git版本库,

说起垃圾收集(Garbage Collection,GC),大部分人都把这项技术当做Java语言的伴生产物.事实上,GC的历史远比Java久远,1960年诞生于MIT的Lisp是第一门真正使用内存动态分配和垃圾收集技术的语言.当List还在胚胎时期时,人们就在思考GC需要完成的3件事情: 哪些内存需要回收? 什么时候回收? 如何回收? 虽然目前动态分配与内存回收技术已经相当成熟,一切看起来都进入了“自动化”时代,但只有了其内在,才能让我们写好每一句代码.接下来就以上这三个问题逐一揭晓. 哪些内存

Perf简介 Perf是Linux kernel自带的系统性能优化工具.虽然它的版本还只是0.0.2,Perf已经显现出它强大的实力,足以与目前Linux流行的OProfile相媲美了. Perf 的优势在于与Linux Kernel的紧密结合,它可以最先应用到加入Kernel的new feature.而像OProfile, GProf等通常会“慢一拍”.Perf的基本原理跟OProfile等类似,也是在CPU的PMU registers中Get/Set performance counters

关于HotfixPatch 在IOS开发领域,由于Apple严格的审核标准和低效率,IOS应用的发版速度极慢,稍微大型的app发版基本上都在一个月以上,所以代码热更新(HotfixPatch)对于IOS应用来说就显得尤其重要. 现在业内基本上都在使用WaxPatch方案,由于Wax框架已经停止维护四五年了,所以waxPatch在使用过程中还是存在不少坑(比如参数转化过程中的问题,如果继承类没有实例化修改继承类的方法无效, wax_gc中对oc中instance的持有延迟释放...).另外苹果对于

Optimizer+ 是 Zend 开发的闭源但可以免费使用的 PHP 优化加速组件,是第一个也是最快的 opcode 缓存工具.现在,Zend 科技公司将 Optimizer+ 在 PHP License 下开源成为 Zend Opcache. GitHub地址:https://github.com/zendtech/ZendOptimizerPlus Zend OPcache 通过 opcode 缓存和优化提供更快的 PHP 执行过程.它将预编译的脚本文件存储在共享内存中供以后使用,从而避免

一.MySQL索引类型 mysql里目前只支持4种索引分别是:full-text,b-tree,hash,r-tree b-tree索引应该是mysql里最广泛的索引的了,除了archive基本所有的存储引擎都支持它. 1. full-text索引 full-text在mysql里仅有myisam支持它,而且支持full-text的字段只有char.varchar.text数据类型. full-text主要是用来代替like "%***%"效率低下的问题 2. b-tree索引 b-t