关于RNA-Seq数据去接头(Adapter)这事需要讲一讲 RNA-Seq adapter barcode cutadapt 首先来了解一下三个概念: 1.adapter是一段短的序列已知的核酸链,用于链接序列未知的目标测序片段. 2.barcode,也称为index,是一段很短的寡居核酸链,用于在多个样品混合测序时,标记不同的样品. 3.insert是用于测序的目标片段,因为是包括在两个adapter之间,所以被称为“插入”片段. 首先来了解一下三个概念: 1.adapter是一段短的序列已

两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比RPKM更有优势.anyway,原来还以为TCGA 的data需要重新换算成RPKM,现在不需要了~:)

1.adapter是一段短的序列已知的核酸链,用于链接序列未知的目标测序片段. 2.barcode,也称为index,是一段很短的寡居核酸链,用于在多个样品混合测序时,标记不同的样品. 3.insert是用于测序的目标片段,因为是包括在两个adapter之间,所以被称为“插入”片段. 一个常见测序片段类似与adapter--barcode--insert--adapter.测序开始时前几个碱基无法测得,第一个adapter在数据输出时被去除:由于测序仪读长限制,第二个adapter通常无法测得.

RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同的发育阶段,不同的组织之间的基因表达差异 等 在所有检测的差异类型中,最常用的一种检测就是:检测所有mRNA的表达量的差异. 还可以检测 RNA 的结构上的差异.例如:mRNA的剪接方式的差异,即“可变剪接”:还可以检测“融合基因”,同时还可以检测基因单点突变导致的SNP. 测序方法.步骤:人的细胞

---恢复内容开始--- 后台一大堆半成品,或者是几乎不成的... 这本书不错,起码是别人推荐的,然后也是比较新的东西,学哪本不是学嘛,关键是得看. 今儿个网不好,科研所需的代码下不到,看书做笔记吧. 这本书基本将的是5.4版本后的一些新变化,写的浅显易懂,虽然鄙人走的还不顺溜,跑一跑也摔不到哪儿去,跑累了我有的是走的机会~~ (一)特性 一.命名空间 一个文件一个类,用了命名空间方便互相调用: // //Namespace // namespace ModernPHP\feature\ming

Description “无体育,不清华”.“每天锻炼一小时,健康工作五十年,幸福生活一辈子” 在清华,体育运动绝对是同学们生活中不可或缺的一部分.为了响应学校的号召,模范好学生王队长决定坚持晨跑.不过由于种种原因,每天都早起去跑步不太现实,所以王队长决定每 a 天晨跑一次.换句话说,假如王队长某天早起去跑了步,之后他会休息 a−1 天,然后第 a 天继续去晨跑,并以此类推. 王队长的好朋友小钦和小针深受王队长坚持锻炼的鼓舞,并决定自己也要坚持晨跑.为了适宜自己的情况,小钦决定每 b 天早起跑步

RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? RNA-Seq和基因表达芯片相比,哪种方法更有优势?关键看适用不适用.那么RNA-Seq适用哪些研究方向?是否您的研究?来跟随本文了解一下RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? 无假设的研究设计和更高的发现能力RNA-Seq是一种基于测序的强大方法,让研究人员能够打破传统技术的低效和花费,如实时定量PCR(RT-PCR)和芯片.无论是将RNA-Seq添加到现有的研究方法中,还是从一种方法彻底转换到另一种,RNA-Seq都带来了许多显而易见的优势.这种方法不

实现跑马灯的方法很多,其中最简单的是采用一句Html代码来实现,我们在需要出现跑马灯效果的地方插入“<marquee>滚动的文字</marquee>”语句,它的效果如下所示: 滚动的文字 适当的运用<marquee>标签的参数,可以表现出不同的效果,请看下面的几个例子: 1.左右弹来弹去的跑马灯 弹来弹去跑马灯! 实现的方法就是在IE的标签上稍微多加了几个参数产生了更加丰富的变化.设置behavior=alternate表示双向移动,direction= left表示运

[CodePlus 2017 11月赛]晨跑 Description "无体育,不清华"."每天锻炼一小时,健康工作五十年,幸福生活一辈子".在清华,体育运动绝对是同学们生活中不可或缺的一部分.为了响应学校的号召,模范好学生王队长决定坚持晨跑.不过由于种种原因,每天都早起去跑步不太现实,所以王队长决定每a天晨跑一次.换句话说,假如王队长某天早起去跑了步,之后他会休息a−1 天,然后第a天继续去晨跑,并以此类推. 王队长的好朋友小钦和小针深受王队长坚持锻炼的鼓舞,并决

时间限制:C/C++ 1秒,其他语言2秒空间限制:C/C++ 262144K,其他语言524288K64bit IO Format: %lld 题目描述 “无体育,不清华”.“每天锻炼一小时,健康工作五十年,幸福生活一辈子” 在清华,体育运动绝对是同学们生活中不可或缺的一部分.为了响应学校的号召,模范好学生王队长决定坚持晨跑.不过由于种种原因,每天都早起去跑步不太现实,所以王队长决定每a天晨跑一次.换句话说,假如王队长某天早起去跑了步,之后他会休息a-1天,然后第a天继续去晨跑,并以此类推. 王

Time Limit: 10 Sec  Memory Limit: 512 MBSubmit: 166  Solved: 125 Description "无体育,不清华"."每天锻炼一小时,健康工作五十年,幸福生活一辈子"在清华,体育运动绝对是同学们生活中 不可或缺的一部分.为了响应学校的号召,模范好学生王队长决定坚持晨跑.不过由于种种原因,每天都早起去跑 步不太现实,所以王队长决定每a天晨跑一次.换句话说,假如王队长某天早起去跑了步,之后他会休息a-1天,然 后

“无体育,不清华”.”每天锻炼一小时,健康工作五十年,幸福生活一辈子”在清华,体育运动绝对是同学们生活中 不可或缺的一部分.为了响应学校的号召,模范好学生王队长决定坚持晨跑.不过由于种种原因,每天都早起去跑 步不太现实,所以王队长决定每a天晨跑一次.换句话说,假如王队长某天早起去跑了步,之后他会休息a-1天,然 后第a天继续去晨跑,并以此类推.王队长的好朋友小钦和小针深受王队长坚持锻炼的鼓舞,并决定自己也要坚持 晨跑.为了适宜自己的情况,小钦决定每b天早起跑步一次,而小针决定每c天早起跑步一次.

P4057 [Code+#1]晨跑 题目描述 “无体育,不清华”.“每天锻炼一小时,健康工作五十年,幸福生活一辈子” 在清华,体育运动绝对是同学们生活中不可或缺的一部分.为了响应学校的号召,模范好学生王队长决定坚持晨跑.不过由于种种原因,每天都早起去跑步不太现实,所以王队长决定每 aa 天晨跑一次.换句话说,假如王队长某天早起去跑了步,之后他会休息 a-1a−1 天,然后第 aa 天继续去晨跑,并以此类推. 王队长的好朋友小钦和小针深受王队长坚持锻炼的鼓舞,并决定自己也要坚持晨跑.为了适宜自己的

实现跑马灯的方法很多,其中最简单的是采用一句Html代码来实现,我们在需要出现跑马灯效果的地方插入“<marquee>滚动的文字</marquee>”语句,它的效果如下所示: 滚动的文字 适当的运用<marquee>标签的参数,可以表现出不同的效果,请看下面的几个例子: 1.左右弹来弹去的跑马灯 弹来弹去跑马灯! 实现的方法就是在IE的标签上稍微多加了几个参数产生了更加丰富的变化.设置behavior=alternate表示双向移动,direction= left表示运

之前讲过预测植物miRNA的一款软件miR-PREFER, 今天在介绍一款软件miRDeep-p2, 也叫miRDP2 安装 在此之前,应安装一下软件 Bowite, Bowtie2, Vienna (RNA二级结构预测软件大礼包) 安装以上软件以后,在mirdp2下载最新版的miRDP2,以及ncRNA_rfam.tar.g 1 tar -xf miRDP2-v1.1.4.tar 2mv 1.1.4 miRDP2-v1.1.4 在TestData下载测试数据集--TestData.tar.gz

Spark的性能分析和调优很有意思,今天再写一篇.主要话题是shuffle,当然也牵涉一些其他代码上的小把戏. 以前写过一篇文章,比较了几种不同场景的性能优化,包括portal的性能优化,web service的性能优化,还有Spark job的性能优化.Spark的性能优化有一些特殊的地方,比如实时性一般不在考虑范围之内,通常我们用Spark来处理的数据,都是要求异步得到结果的数据:再比如数据量一般都很大,要不然也没有必要在集群上操纵这么一个大家伙,等等.事实上,我们都知道没有银弹,但是每一种

 人类全基因组测序06 SNP(single nucleotide polymorphism):有了10倍以上的覆盖深度以后,来确认SNP信息,就相当可靠了. 一个普通黄种人的基因组,与hg19这个参考基因组序列相比,会有350万个左右的SNP.又有大概2万个是落在外显子上的,而非同义的SNP有大概9千个. 所谓非同义的SNP,就是这些SNP是会引起蛋白质的序列变化的. indel:(insertion & deletion)是指小于50个bp以内的微小的插入.和缺失突变.一个普通黄种人的基因组

生物信息学 Sanger采用链终止法进行测序 带有荧光基团的ddXTP+其他四种普通的脱氧核苷酸放入同一个培养皿中,例如带有荧光基团的ddATP+普通的脱氧核苷酸A.T.C.G放入同一个培养皿,以此类推,存在4种不同类型碱基的识别机制,同时,该ddXTP一旦结合在互补链上则会迫使复制停止. 高通量测序是二代测序,先建库后测序: 建库方法: 单末端测序:将DNA双链打碎并接上接头序列,通过改变条件使双链变单链,将待测的单链固定在flowcell上,再加入游离的脱氧核苷酸,采用边合成边测序方法比配并

在不是Ubuntu系统下安装OpenFoam,需要采用编译安装的方式.以下以OpenSuSE为例进行编译安装. 1 软件包准备 需要下载两个程序包: OpenFOAM-4.x-version-4.1.tar.gzThirdParty-4.x-version-4.1.tar.gz 2 安装GCC 启动终端Konsole,在终端中输入命令: sudo zypper install gcc 按提示输入密码并确认安装后,系统自动从网络上下载gcc并进行安装.安装完毕后利用终端命令测试gcc安装版本: g

题意: 给定n个人,分两天晚上去夜总会开派对,要求每天恰好有n/2个人去,且每人去的夜总会各不相同. 每个人对不同的晚上不同的夜总会有不同的满意度,求一个方案使得所有人的满意度之和最大. 夜总会数量=人的数量=n,2<=n<=20,且n是偶数. 0<=每一项满意度<=10^6. 时间限制2s,空间限制4MB. 题解: 在这题上卡了很久… 初看这题觉得是费用流…写完发现图建错了… 然后改成暴力枚举哪些人在第一天晚上去再跑费用流… 每个人只和对应晚上的夜总会连边,然后两天晚上的夜总会再