https://blog.csdn.net/hanli1992/article/details/82982434

Roche 454,Solexa和ABI SOLID均有单端测序和双端测序两种方式.在基因组De Novo测序过程中,Roche454的单端测序读长可以达到400p,经常用于基因组骨架的组装,而Solexa和ABI SOLID双端测序可以用于组装scaffolds和填补gap.下面以solexa为例,对单端测序(Single-ead)和双端测序(Paied-end和Mate-pai)进行介绍. Single-ead.Paied-end和Mate-pai主要区别在测序文库的构建方法上.1.单端测序

操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程 具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./

<one-to-one>.<many-to-one>单端关联上,可以取值:false/proxy/noproxy(false/代理/不代理) 实例一:所有lazy属性默认(支持懒加载) session = HibernateUtils.getSession(); tx = session.beginTransaction(); //不发出SQL语句,支持lazy(懒加载) User user = (User) session.load(User.class, 3); //发出SQL

通常我们下机得到的数据是raw reads,但是公司通常会质控一份给我们,所以到很多人手上就是clean data了.我们再次使用fastqc来进行测序数据质量查看以及结果分析. fastqc的操作: 1. FastQC使用 fastqc -f [bam | sam | fastq] -o [output] [filename1 filename2] 常用选项: -f --format:输入文件格式.[bam,sam,fastq文件格式] -o --outdir:输出文件夹指定 -t --thr

通过form表单向服务端发送数据 表单元素 表单:form></form>表单用于向服务器传输数据.另外一种向服务端传输数据的方式为ajax. form属性: action:提交表单地址,默认当前页面 method:提交表单的方法,常用的两种方法:get.post enctype:文件传输的方式 文本输入框:<input type="text" > 密码输入框:<input type="password"> 单选框:<

二代测序原理: 1.DNA待测文库构建. 超声波把DNA打断成小片段,一般200--500bp,两端加上不同的接头2.Flowcell.一个flowcell,8个channel,很多接头3.桥式PCR扩增.每个DNA片段将在各自位置集中成束,每一束含有单个DNA模板的很多拷贝,目的:将碱基的信号强度放大,达到测序所需的信号要求.4.测序.边合成边测序.反应所需材料,dNTP的3’端特殊处理,不能继续反应,因此每次只能添加一个碱基,另外每个碱基有一种颜色.dNTP添加到链上后,所有未使用游离dNT

    客户端(包括浏览器)通过HTTP协议与服务端交换数据的描述 发起请求 header 键值对中的key大小写不敏感 Accept: application/json Content-Type: x-www-form-urlencoded form-data application/json X-CLIENT-ID: 客户端id X-TIMESTAMP: 客户端unix时间戳 X-SIGN: 客户端签名(可选) 另外需要实现Cookie机制 method 写请求使用POST 读请求使用GET

Si4313芯片是单端通用ISM频段接收器,工作频率为240-960MHz,可编程接收频率带宽为2.6-260kHz,接收灵敏度为-118dBm,数据速率为0.2-128kb/s,采用FSK.GFSK和OOK调制方案,支持调频.单电容调谐网络,支持PCB环形天线,工作电源电压为1.8-3.6V,具备超低功耗.高灵活低关机模式.内部功能包括:唤醒计时器.自动频率校准.前端码侦测.无线电信号强度检测.集成电压调节器.片内振荡器.64kB FIFO等. Si4313的RX端口经电容C1与天线相连,接收

sra文件转换为fastq格式 1 fastq-dump -h --split-3 也就是说如果SRA文件中只有一个文件,那么这个参数就会被忽略.如果原文件中有两个文件,那么它就会把成对的文件按*_1.fastq,*_2.fastq这样分开.如果还出现了第三个文件,就意味着这个文件本身是未成配对的部分.可能是当初提交的时候因为事先过滤过了一下,所以有一部分数据被删除了.   --gzip 输出文件压缩成gzip格式(通常gzip仅用来压缩单个文件.多个文件的压缩归档通常是首先将这些文件合并成一个

开发windows客户端接收RTP视频流,当h264视频达到1080P 60fps的时候,按包来调用recvfrom的函数压力比较大,存在丢包的问题,windows的完成端口的性能效果当然可以解决这个问题,而boost的asio在windows上是基于完成端口来开发的,所以采用boost的asio和环形缓冲区的方法,可以解决接收单路大数据量udp包中丢包的问题. 需要引入的头文件为: #include "CircledBuffer.h" #include <iostream>

sra文件转换为fastq格式 fastq-dump -h --split-3 也就是说如果SRA文件中只有一个文件,那么这个参数就会被忽略.如果原文件中有两个文件,那么它就会把成对的文件按*_1.fastq,*_2.fastq这样分开.如果还出现了第三个文件,就意味着这个文件本身是未成配对的部分.可能是当初提交的时候因为事先过滤过了一下,所以有一部分数据被删除了.   --gzip 输出文件压缩成gzip格式(通常gzip仅用来压缩单个文件.多个文件的压缩归档通常是首先将这些文件合并成一个ta

可变剪接(alternative splicing),在真核生物中是一种非常基本的生物学事件.即基因转录后,先产生初始RNA或称作RNA前体,然后再通过可变剪接方式,选择性的把不同的外显子进行重连,从而产生不同的剪接异构体(isoform).这种方式,使得一个基因可产生多个不同的转录本,这些转录本分别在细胞/个体分化发育的不同阶段,在不同的组织中有各自特异的表达和功能,从而极大地丰富了编码RNA和非编码RNA种类和数量,进而增加了转录组和蛋白质组的复杂性. 可变剪接主要有以下五种常见的形式: 1

做数据比较的时候,由于同一个样本测序数据量不一致,需要抽取数据,控制数据量基本一致. 自己写脚本速度较慢,后面发现一个不错的工具:seqtk 原始数据抽取 如果只控制原始数据量一致,过滤低质量数据后直接使用seqtk (Version: 1.3-r106) 的子模块seq, 配合参数 -s 设定随机种子,默认11: 配合参数 -f 设定抽取数据量比例. 例如: 1 seqtk seq -s 11 -f 0.6805888 $dir/CNR01/WGS.read1.fq.gz |gzip >new

背景: 自己的一个网站,由于单表的数据记录高达了一百万条,造成数据访问很慢,Google分析的后台经常报告超时,尤其是页码大的页面更是慢的不行. 测试环境: 先让我们熟悉下基本的sql语句,来查看下我们将要测试表的基本信息 use infomation_schemaSELECT * FROM TABLES WHERE TABLE_SCHEMA = ‘dbname’ AND TABLE_NAME = ‘product’ 查询结果: 从上图中我们可以看到表的基本信息: 表行数:866633平均每行的

很多刚接触阻抗的人都会有这个疑问,为什么常见的板内单端走线都是默认要求按照50欧姆来管控而不是40欧姆或者60欧姆?这是一个看似简单但又不 好回答的问题.在写这篇文章前我们也查找了很多资料,其中最有知名度的是Howard Johnson, PhD关于此问题的答复,原文可以详见如下链接:http://www.edadoc.com/cn/jswz/show_815.html,相信很多人都有看过. 为什么说不好回答呢?信号完整性问题本身就是一个权衡取舍的问题,所以在业内最著名的一句话也就是:“It d

高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data,通常测序公司在将数据返还给客户之前会做"clean"处理,即得到clean_data.然而,这些clean_data是否真的"clean"呢?首先,我们应该做一下质控.如果质控不合格,就需要一些处理,比如去接头.去除量的reads.(1)去除测序数据中的接头(用到的是fastx_toolkit里面的fastx_clipper工具): Usage: fastx_clipper [-h] [-a ADAPTER]

mysql 导出表结构和表数据 mysqldump用法 命令行下具体用法如下:   mysqldump -u用戶名 -p密码 -d 数据库名 表名 > 脚本名; 导出整个数据库结构和数据mysqldump -h localhost -uroot -p123456 database > dump.sql 导出单个数据表结构和数据mysqldump -h localhost -uroot -p123456  database table > dump.sql 导出整个数据库结构(不包含数据)

文章转载自:http://www.cnblogs.com/lyroge/p/3837886.html 背景: 自己的一个网站,由于单表的数据记录高达了一百万条,造成数据访问很慢,Google分析的后台经常报告超时,尤其是页码大的页面更是慢的不行. 测试环境: 先让我们熟悉下基本的sql语句,来查看下我们将要测试表的基本信息 use infomation_schemaSELECT * FROM TABLES WHERE TABLE_SCHEMA = ‘dbname’ AND TABLE_NAME

(转载)http://www.aspxhome.com/javascript/skills/200710/214825.htm 今天有朋友问我关于用JAVASCRIPT来进行页面各表单之间的数据传递的问题,我以前也写过,不过从来没有注意,今天总结了一下,希望能够给大家一些帮助,也帮助我总结以前学过,用过的知识.  一,最简单的就是同一个网页里的表单的数据传递. 举个实例,一个网页上有两个表单,每个表单里一个文本框,一个按钮.点按钮互相对操作对方的文本框的值.我们举的例子是把一个文本框付给另一个文