目录 1.混合测序基础 2. 点突变检测 3. BSA 4. BSR 5. 混合样本GWAS分析 6. 混合样本驯化研究 7. 小结 1.混合测序基础 测序成本虽然下降了,但对于植物育种应用研究来说还是很高,动不动就上百群体,小小植物个体价值又低,测完了很可能后面就用不到了.这时,混合样本测序是一种省钱的好办法. 混池测序(Pool-seq)相对于GWAS或其他精细定位策略而言,其实是一个初定位产品,其结果很有可能是跟性状相关的候选区域. 概念: 混合样本测序一般是选择表型极端或目标性状差异的个

什么是RNA-Seq (RNA Sequencing) 2011-07-14 ~ ADMIN 随着ome为词尾的各种组学的出现,转录组学已经成为了人们了解生物信息的一个重要组成部分.人们使用了许多办法来掌握转录组的情况,主要分为两类,一类是基于杂交,一类是基于下一代测序技术(Next Generation Sequencing, NGS). 基于杂交的办法,主要是依靠印刷有荧光标记探针的基因芯片来实现.比如说基因组芯片,它高密度的集成了分辨率高达几bp~100bp的探针,通过与样品杂交荧光显色的

Linear Spatial Pyramid Matching using Sparse Coding for Image Classification (CVPR'09) 稀疏编码系列: (一)----Spatial Pyramid 小结 (二)----图像的稀疏表示——ScSPM和LLC的总结 (三)----理解sparse coding (四)----稀疏模型与结构性稀疏模型 李菲菲 bag of words:现在Computer Vision中的Bag of words来表示图像的特征描

什么是高通量测序技术中的多重测序? 多重测序是指将带有特殊分子标签(barcode或者index)的不同来源的DNA标本,放入一个反应体系进行测序的方法.与一次检测一种来源的DNA相比,多重检测通过分子标签来区分不同的DNA标本,从而在提高测序的高效性的同时也确保测序的准确性. 人类个体的基因组是30亿个碱基对,即3Gb(3 giga base pairs,即3X109碱基对).目前的高通量测序仪,单次测序反应可以获得200Gb以上的数据量.例如,BGISEQ1000可以达到2300Gb.这种数

在学习r-cnn系列时,一直看到SPP-net的身影,许多有疑问的地方在这篇论文里找到了答案. 论文:Spatial Pyramid Pooling in Deep Convolutional Networks for Visual Recognition 转自:http://blog.csdn.net/xzzppp/article/details/51377731 另可参考:http://zhangliliang.com/2014/09/13/paper-note-sppnet/ http:/

突然心血来潮想着自己一直使用Apache+php的模式,想要了解一下IIS+php的模式.说起来也算是九曲十八弯吧! 第一部分:以ISAPI.dll 扩展的形式 结果按照资料上面说的我就是找不到一个isapi.dll这个东西,只有nsapi.dll,最后一查才知道:php5.3以后就不支持这种形式的搭建了. php5.3是不能在IIS6上面通过ISAPI扩展运行的,而且在php5.3文件里面也没有php5.3isapi.dll,取而代之的是php5.3nsapi.dll,换句话说php5.3以后

图像大小与参数个数: 前面几章都是针对小图像块处理的,这一章则是针对大图像进行处理的.两者在这的区别还是很明显的,小图像(如8*8,MINIST的28*28)可以采用全连接的方式(即输入层和隐含层直接相连).但是大图像,这个将会变得很耗时:比如96*96的图像,若采用全连接方式,需要96*96个输入单元,然后如果要训练100个特征,只这一层就需要96*96*100个参数(W,b),训练时间将是前面的几百或者上万倍.所以这里用到了部分联通网络.对于图像来说,每个隐含单元仅仅连接输入图像的一小片相邻

学习深度学习已有一段时间了,总想着拿它做点什么,今天终于完成了一个基于caffe的人脸检测,这篇博文将告诉你怎样通过caffe一步步实现人脸检测.本文主要参考唐宇迪老师的教程,在这里感谢老师的辛勤付出. 传统机器学习方法实现人脸检测: 人脸检测在opencv中已经帮我们实现了,我们要把它玩起来很简单,只需要简简单单的几行代码其实就可以搞定.(haarcascade_frontalface_alt.xml这个文件在opencv的安装目录下能找到,笔者的路径是:E:\opencv2.4.10\ope

作者:Kaiming He, Xiangyu Zhang, Shaoqing Ren, and Jian Sun 以前的CNNs都要求输入图像尺寸固定,这种硬性要求也许会降低识别任意尺寸图像的准确度.为避免这个问题,何凯明等人在该论文中提出了一种池化策略,"spatial pyramid pooling(SSP)",即空间金字塔池化.带有该池化层的网络被称为SPPnet,对任何尺寸的输入图像都能生成固定长度的特征表示.由此可见,理论上SPPnet可以改进所有基于CNN的图像分类等方法中

RNA测序的质量控制 发表评论 3,112 A+ 所属分类:Transcriptomics   收  藏 ENCODE项目向我们揭示,人类基因组中超过70%能得到转录,只不过不会发生在同一个细胞里.为了研究如此多样的转录本,研究人员开发了许多技术,其中RNA测序(RNA-seq)是最全面也最有效的. 许多人相信,未来基因组数据将会对患者的治疗产生重要的影响.不过也有不少专家质疑基因组分析的准确性和可靠性.为此,美国FDA牵头了RNA测序质量控制(SEQC)项目,评估了多个试验室RNA-seq数据

单细胞RNA测序技术之入门指南 [字体: 大 中 小 ] 时间:2018年09月12日 来源:生物通   编辑推荐: 在这个飞速发展的测序时代,DNA和RNA测序已经逐渐成为“实验室中的家常菜”.若要评选出目前最受欢迎的一道菜,那恐怕非单细胞RNA测序莫属. 在这个飞速发展的测序时代,DNA和RNA测序已经逐渐成为“实验室中的家常菜”.若要评选出目前最受欢迎的一道菜,那恐怕非单细胞RNA测序莫属. 以往,研究人员通常利用RNA测序(RNA-seq)来检测样本中的所有RNA转录本,以发现新型RNA

这篇是10年ICML的论文,但是它是从原理上来分析池化的原因,因为池化的好坏的确会影响到结果,比如有除了最大池化和均值池化,还有随机池化等等,在eccv14中海油在顶层加个空间金字塔池化的方法.可谓多种多样.本文主要研究了最大池化和均值池化本文的翻译还是烂尾,后面没动力了. A Theoretical Analysis of Feature Pooling in Visual Recognition Y-lan Boureau,Jean  ponce, yann LeCun 摘要:许多当前的视觉

突然心血来潮想着自己一直使用Apache+php的模式,想要了解一下IIS+php的模式.说起来也算是九曲十八弯吧! 第一部分:以ISAPI.dll 扩展的形式 结果按照资料上面说的我就是找不到一个isapi.dll这个东西,只有nsapi.dll,最后一查才知道:php5.3以后就不支持这种形式的搭建了. php5.3是不能在IIS6上面通过ISAPI扩展运行的,而且在php5.3文件里面也没有php5.3isapi.dll,取而代之的是php5.3nsapi.dll,换句话说php5.3以后

基于空间金字塔池化的卷积神经网络物体检测 原文地址:http://blog.csdn.net/hjimce/article/details/50187655 作者:hjimce 一.相关理论 本篇博文主要讲解大神何凯明2014年的paper:<Spatial Pyramid Pooling in Deep Convolutional Networks for Visual Recognition>,这篇paper主要的创新点在于提出了空间金字塔池化.paper主页:http://researc

为什么二代测序的原始数据中会出现Read重复现象? 要搞清楚这个read重复(duplicate)的问题,我想我们需要从NGS数据的产出过程说起,具体来说如下: 基因组DNA提取: DNA随机打断,最常用的是超声打断: 对被打断的DNA片段进行末端修复(通常是3'加A),然后在两端加接头,选择特定长度的片段文库进行PCR扩增(通过PCR的扩增会选!择!性!地提高加上了接头的文库分子数量): 文库上机与测序芯片(Flowcell)上的引物结合,经过桥式PCR扩增,在芯片上形成测序所需的cluste

这是期刊论文的版本,不是会议论文的版本.看了论文之后,只能说,太TM聪明了.膜拜~~ 视频的表示方法有很多,一般是把它看作帧的序列.论文提出一种新的方法去表示视频,用ranking function的参数编码视频的帧序列.它使用一个排序函数(ranking function)主要基于这样的假设:帧的appearance的变化与时间相关,如果帧vt+1在vt后面,则定义:此外,假设同一动作的视频帧序列,学习到的排序函数的参数,应该的大致一致的.但实际上,后面的假设并没有给出严格的证明,只能说实验的

ROIs Pooling顾名思义,是pooling层的一种,而且是针对ROIs的pooling: 整个 ROI 的过程,就是将这些 proposal 抠出来的过程,得到大小统一的 feature map. 什么是ROI呢?(https://www.sogou.com/link?url=DOb0bgH2eKh1ibpaMGjuyy_CKu9VidU_Nm_z987mVIMm3Pojx-sH_PfgfR9iaaFcn666hxi--_g.) ROI是Region of interest的简写,指的是

一.DataSource接口是一个更好的连接数据源的方法:  JDBC1.0是原来是用DriverManager类来产生一个对数据源的连接.JDBC2.0用一种替代的方法,使用DataSource的实现,代码变的更小巧精致,也更容易控制.  一个DataSource对象代表了一个真正的数据源.根据DataSource的实现方法,数据源既可以是从关系数据库,也电子表格,还可以是一个表格形式的文件.当一个DataSource对象注册到名字服务中,应用程序就可以通过名字服务获得DataSource对象

解读生命密码的基本手段 ——DNA测序技术的前世今生 任鲁风  于军 (中国科学院基因组科学及信息重点实验室,北京基因组研究所) DNA(脱氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)是生命体的两种最基本组成物质,其序列的组成和变化造就了形形色色的生命世界.这两种承担了生命体遗传信息载体功能的物质,一方面在生命的不断繁衍中保持了各个物种的独特面目,另一方面又通过不断的演变改变着自身性状,同时又影响着与之相关的物种,这一规律在生命科学领域被归纳为“中心法则”.笼统而言,几乎全部的生命现象均来源于A.T.C.G

针对PacBio单分子测序——第三代测序技术的测序原理和读长     DNA基因测序技术从上世纪70年代起,历经三代技术后,目前已发展成为一项相对成熟的生物产业.测序技术的应用也扩展到了生物.医学.制药.健康.农林.园艺.花卉.环保.法医等许多领域,并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业.据最新统计,2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿,按最近几年增长速度,预计2017年市场产值将加倍.因此可以说,基因测序在我国生物科技领域具有非常重要的战略意义.        “第三代测序技术”的