一.bwa比对软件的使用 1.对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa   #  -a 参数:is[默认] or bwtsw,即bwa构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BWT search while the CIGAR string by Smith-Waterman alignment.).-a bwtsw对于短的参考序列是不工作的,必须要大于等于10Mb:-a is 不适用于大的参考序列,必须要小于等于2G: output:hg19.fa.am

一．Maven介绍 Maven是一个项目管理和整合的工具.Maven为开发者提供了一套完整的构建生命周期框架.开发团队基本不用花多少时间就能自动完成工程的基础构建配置,因为Maven使用了一个标准的目录结构和一个默认的构建生命周期. 二．Maven用途 Maven提供了帮助管理 构建.文档.报告.依赖.SCMs.发布.分发的方法.可以方便的编译代码.进行依赖管理.管理二进制库等等.Maven的好处在于可以将项目过程规范化.自动化.高效化以及强大的可扩展性利用Maven自身及其插件还可以获得代码检

参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site   如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库. 脚本使用方法: perl update_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast

目录 问题 思路 问题 原问题来自:How to calculate overlapping genes between two genome annotation versions? 其实可分为两个问题: 一是我组装了一个新的基因组,做了多个注释版本,如何比较它们的feature?比如gene 二是我组装了一个新的参考基因组,并做了注释,想和其他已有的同物种参考基因组比较,如何寻找共有和特有的基因(或其他feature)? 思路 第一个问题是比较好解决的,使用bedtools即可. bedto

一.实验名称:构建索引 二.实验日期:2013/9/21 三.实验目的: 1)        能理解Lucene中的Document-Field结构的数据建模过程: 2)        能编针对特定数据生成索引文件. 四.实验用的仪器和材料: MyEclipse 10,JDK 五.实验的步骤和方法: 题目一:在指定目录生成表示3本书的索引,要求建立3个document分别存放书名数据.把生成的索引文件截好图(复合索引与一般索引各生成一次) 图1:一般索引的截图 图2:复合索引的截图 题目二:修改

如何提高Lucene构建索引的速度 hans(汉斯) 2013-01-27 10:12 对于Lucene>=2.3:IndexWriter可以自行根据内存使用来释放缓存.调用writer.setRAMBufferSizeMB()方法设置缓存尺寸.确保你没有任何的遗留代码调用setMaxBufferedDocs方法,因为写入器可以根据两种情况一起释放缓存(哪个更早发生).使用你可以提供的全部内存.在释放缓存之前使用更多的内存,意味着Lucene写入更大的段,意味着延迟合并的发生.LUCENE-84

上一篇博文中已经对全文检索有了一定的了解,这篇文章主要来总结一下全文检索的第一步:构建索引.其实上一篇博文中的示例程序已经对构建索引写了一段程序了,而且那个程序还是挺完善的.不过从知识点的完整性来考虑,我想从Lucene的添加文档.删除文档.修改文档以及文档域加权四个部分来展开对构建索引的总结,也便于我后期的查看.会重点分析一下删除文档(因为有两中方式)和文档域加权这(实际中会用到比较多)两个部分. 1. 准备阶段 新建一个maven工程,pom.xml如下: <project xmlns=&quo

使用Spark构建索引非常简单,因为spark提供了更高级的抽象rdd分布式弹性数据集,相比以前的使用Hadoop的MapReduce来构建大规模索引,Spark具有更灵活的api操作,性能更高,语法更简洁等一系列优点. 先看下,整体的拓扑图: 然后,再来看下,使用scala写的spark程序: package com.easy.build.index import java.util import org.apache.solr.client.solrj.beans.Field import 

Reference: http://www.totogoo.com/article/115/xapian-desc.html Xapian与开源 Xapian的官方网站是http://www.xapian.org,这是一个非常优秀的开源搜索引擎项目,搜索引擎其实只是一个通俗的说法,正式的说法其实是IR(Information Retrieval)系统.Xapian的License是GPL,这意味着允许使用者自由地修改其源码并发布之.Xapian的中文资料非常少,可以说现在互联网上连一篇完整详细的

分布式软件构建第二部分:构建系统如何工作 注:本文英文原文在google开发者工具组的博客上[需要FQ],以下是我的翻译,欢迎转载,但请尊重作者版权,注名原文地址. 上篇文章中提到了在Google,所有的产品都是从头开始构建的.这篇文章会更深入的介绍Google的构建系统[即Blaze]是如何工作的,并介绍让软件构建过程更快的方法.在后续的文章里,我们会解释如何利用这种确定的信息来在大规模集群之上进行分布式的软件构建并在开发者之间共享构建结果. 问题:Google是如何描述驱动构建和测试的依赖关

注:本文英文原文在google开发者工具组的博客上[需要FQ],以下是我的翻译,欢迎转载,但请尊重作者版权,注名原文地址. 之前的文章,介绍了Google在分布式构建软件过程中,如何把构建过程分发到许多台机器上并复用之前构建的结果来大幅度提高构建的速度.这种分发和复用会凸显出性能瓶颈.尤其是一个大工程的一次完整构建会产出几个G的输出文件,所有的这些文件都需要从云端传回到开发者的机器上.这加重了网络和开发者本地硬盘的负担,延迟和有限的带宽会拖慢构建的速度. 而且,开发者通常不需要访问一次构建的所有

在搜索文档内容之前要做的事情就是对从各种不同来源(网页,数据库,电子邮件等)的文档进行索引,索引的过程就是对内容进行提取,规范化(通过对内容进行建模来实现),然后存储. 在索引的过程中有几个基本的概念,根据我自己的理解大概写一下: 文档(Document): 文档在索引和搜索的时候都会用到,是索引和搜索的基本单位(类似于关系数据库关系表中的记录),若我们对网页内容进行索引和搜索,则从互联网上爬下来的每一个网页最终都会经过分析,提取出其中有意义的部分(比如网页标题,URL,包含的关键字,发布日期等

搭建lucene的步骤这里就不详细介绍了,无外乎就是下载相关jar包,在eclipse中新建java工程,引入相关的jar包即可 本文主要在没有剖析lucene的源码之前实战一下,通过实战来促进研究 建立索引 下面的程序展示了indexer的使用 package com.wuyudong.mylucene; import org.apache.lucene.index.IndexWriter; import org.apache.lucene.analysis.standard.Standard

package lia.meetlucene; import java.io.File; import java.io.IOException; import java.util.LinkedList; import javax.xml.parsers.DocumentBuilder; import javax.xml.parsers.DocumentBuilderFactory; import org.apache.lucene.analysis.cn.smart.SmartChineseAn

http://www.projky.com/dotnet/WF3.5SP1/System/Runtime/Serialization/FormatterServicesNoSerializableCheck.cs.htmlhttp://www.projky.com/dotnet/WF3.5SP1/System/ServiceModel/BasicHttpContextBinding.cs.htmlhttp://www.projky.com/dotnet/WF3.5SP1/System/Servi

http://www.projky.com/dotnet/WCF3.5SP1/Microsoft/InfoCards/AccessibilityApplicationManager.cs.htmlhttp://www.projky.com/dotnet/WCF3.5SP1/Microsoft/InfoCards/AccessibilityHelperForVista.cs.htmlhttp://www.projky.com/dotnet/WCF3.5SP1/Microsoft/InfoCards

http://www.projky.com/dotnet/2.0/Microsoft/CSharp/csharpcodeprovider.cs.htmlhttp://www.projky.com/dotnet/2.0/Microsoft/JScript/activationobject.cs.htmlhttp://www.projky.com/dotnet/2.0/Microsoft/JScript/activexobjectconstructor.cs.htmlhttp://www.projk

http://www.projky.com/entlib/6.0/Diagnostics/Tracing/DiaLib.cs.htmlhttp://www.projky.com/entlib/6.0/Diagnostics/Tracing/ETWTraceEventSource.cs.htmlhttp://www.projky.com/entlib/6.0/Diagnostics/Tracing/Manifest.cs.htmlhttp://www.projky.com/entlib/6.0/D

http://www.projky.com/entlib/5.0/Microsoft/Practices/EnterpriseLibrary/Caching/BackgroundScheduler.cs.htmlhttp://www.projky.com/entlib/5.0/Microsoft/Practices/EnterpriseLibrary/Caching/Cache.cs.htmlhttp://www.projky.com/entlib/5.0/Microsoft/Practices

http://www.projky.com/entlib/4.1/Microsoft/Practices/EnterpriseLibrary/AppSettings/Configuration/Design/AppSettingNode.cs.htmlhttp://www.projky.com/entlib/4.1/Microsoft/Practices/EnterpriseLibrary/AppSettings/Configuration/Design/AppSettingsBuilder.c

http://www.projky.com/entlib/3.1/Microsoft/Practices/EnterpriseLibrary/AppSettings/Configuration/Design/AppSettingNode.cs.htmlhttp://www.projky.com/entlib/3.1/Microsoft/Practices/EnterpriseLibrary/AppSettings/Configuration/Design/AppSettingsBuilder.c