位点特异性重组 和 DNA转座 视频 https://www.bilibili.com/video/av7973580/ 教材 Molecular biology of the gene 7th edition  J.D. Watson et. al 很多重要DNA重排是由两类重要遗传重组造成的 保守位点特异性重组CSSR 两端特定序列之间 需要重组酶 形成联会复合体 转座重组 transpositional recombination 不一定特定 一.保守性位点特异性重组 1.CSSR的三种类

RM是library-based,通过相似性比对来识别重复序列,可以屏蔽序列中转座子重复序列和低复杂度序列(默认将其替换成N).使用数据库Dfam和Repbase. The Dfam database is a collection of Repetitive DNA element sequence alignments, hidden Markov models (HMMs) and matches lists for complete Eukaryote genomes. Repbase是

目录 研究一:G19833组装,2014NG 研究二:BAT 93组装,2016 genome biology 菜豆属(Phaseolus L.)为同源二倍体作物,包含有80 多个物种,多数为野生种,仅有5 个栽培种,分别为普通菜豆(P. vulgaris L.).多花菜豆(P. cocineus L.).利马豆(P. lunatus L.).丛林菜豆(P. dumosus L.)和宽叶菜豆(P. acutifolius L.),其中普通菜豆在世界范围内种植范围最广.栽培面积最大.食用人群最多.

目录 来源 一.简介 二.结果 基因组组装 重复序列和转座子 基因组特征和基因注释 绿豆的驯化 豆科基因组复制历史 基于转录组分析的豇豆属形成 绿豆育种基因组资源 三.讨论 四.方法 材料 组装 SNP/INDEL 分析和全基因组比对 遗传图谱构建 转座子(TE)检测和重复序列屏蔽 基因预测和注释 转录因子(TF)鉴定 非编码RNA鉴定 转录组组装和豇豆物种形成分析 抗病基因鉴定 全基因组复制分析 来源 Kang, Y., Kim, S., Kim, M. et al. Genome seque

最近需要做转座子分析,查找发现可以使用 TransposonPSI 来进行分析.但是登陆官网,该软件 update 时间为 2013 年,但是因为时间紧迫,暂时还没有进行其他方法的调研,所以先选用该软件进行了分析. 一.TransposonPSI 安装及使用 1. TransposonPSI 安装 官网: http://transposonpsi.sourceforge.net 下载地址:https://sourceforge.net/projects/transposonpsi/ 压缩包非常小

1950年Barbara Mclintock 首次在玉米中发现转座子(TEs),并由此获得诺贝尔奖.尽管长期被认为是垃圾DNA,但现在TEs被广泛认可是宿主基因组演化的重要推动力.它们可引起包含基因重复(gene duplication)在内的各种遗传突变,从而影响生物的进化轨迹. 转座子类型众多,包含non-LTR(Long Terminal Repeat)型逆转座子. LTR型逆转座子.Helitron型DNA转座子.TIR(Terminal Inverted Repeat)型DNA转座子等

NGS又称为下一代测序技术,高通量测序技术 以高输出量和高解析度为主要特色,能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列读取,在提供丰富的遗传学信息的同时,还可大大降低测序费用.缩短测序时间的测序技术. Sanger法测序(一代测序):是一种利用DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物的测序技术.每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP).由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团,使延长的

mRNA是由DNA的一条链转录而来的(可以是正链,也可以是反链),DNA是由非编码区和编码区组成,编码区也有其特殊的结构,主要有外显子和内含子组成. mRNA的一个重要性质就是可变剪切,也就是同一个编码区,可能会有不同的外显子组合. mRNA的结构:5'端的帽子结构和3'端的polyA尾巴. polyA和oligo(dT)是什么?它在mRNA纯化和反转录中有什么作用? 传统mRNA差异显示技术(DDRT-PCR)是根据绝大多数真核细胞mRNA3'端具有的多 聚腺苷酸尾(polyA)结构,因此可用

SVM软件包 LIBSVM -- A Library for Support Vector Machines(本项目所用到的SVM包)(目前最新版:libsvm-3.21,2016年7月8日) C-SVC(C-support vector classification), nu-SVC(nu-support vector classification), one-class SVM(distribution estimation), epsilon-SVR(epsilon-support vec

RNA提取和建库流程对mRNA-Seq的影响 已有 10460 次阅读 2014-8-14 14:21 |个人分类:转录组测序|系统分类:科研笔记|关键词:转录组测序,RNA-Seq,,链特异性RNA-Seq,转录组文库构建,总RNA提取| RNA-seq, 转录组测序, 链特异性RNA-Seq, 转录组文库构建, 总RNA提取   目前RNA-Seq是挖掘不同生长时期及不同胁迫条件下.不同组织细胞中其差异表达基因通常所采用的研究方法,同时还可以鉴定获得新的转录本信息以及不同的可变剪切事件,因而

1.官网简介 http://cab.spbu.ru/software/quast-lg/ QUAST- lg是QUAST的一个扩展,用于评估大型基因组装配(直至哺乳动物大小).QUAST- lg从5.0.0版本开始包含在QUAST包中(下载最新版本).像往常一样运行QUAST,不要忘记在您的命令中添加‐large选项! 新功能的简短列表(参见所有更改): 通过使用新的快速比对(minimap2)和重构对齐分析模块,显著提高了速度 新的基于k-mer的评估基因组完整性和正确性度量 BUSCO增加了

转载Part 2  Biopython的重头戏-生物学中序列的处理 Biopyhton的Seq和Python中标准字符串有两大重要的不同之处:首先,他们的处理方法不同.Seq适用于很多不同字符串的用的方法,如translate(),但是又有所不同.而且Biopython中加入了不同字符处理中没有的方法,如reverse_complement(); 第二,Seq模块中加入了重要的特性alphabet,这个对象可以解释序列代表的意思,即这个序列是一个DNA序列还是蛋白质序等. 是alphabet对象

qRT-PCR是指先由RNA进行反转录生成cDNA,然后以cDNA为模板进行检测,检测的是该cDNA的含量,而cDNA由特定的RNA逆转录而来,所以间接地检测了RNA的含量. 基因表达: 转录:DNA到RNA 翻译:RNA到氨基酸.蛋白 一般认为RNA, mRNA的量和最后的蛋白量一致「不考虑转录后调控」: 当然目前绝大数研究基因表达的都是qPCR和WB一起来. 基因表达水平一定意义上就是转录水平,转录出来的RNA经反转录成cDNA,荧光定量PCR时经多次复制扩增,使得其含量到达一定值, 所以复

单细胞测序技术(single cell sequencing) 2018-03-02 11:02   来源: 一呼百诺  点击次数:6587关键词:   前言 单细胞生物学最近几年是非常热门的研究方向.在这一领域中,最前沿的则是单细胞测序技术.传统测序方法一次处理成千上万个细胞,得到的变异水平也是成千上万个细胞的平均后水平.但是,就如同世界上没有完全相同的两片树叶一样,没有两个细胞是完全相同的.所以,单细胞测序对于研究单个细胞就显得至关重要. 单细胞测序可以揭示出每个细胞独特的微妙变化,甚至可以

基因组表达分析:如何选择RNA-seq vs. 芯片 发布日期:2017-03-29 10:00 DNA 芯片(上图左侧)由附着在表面的核酸探针组成.首先,从样品中提取 RNA 并转化为互补 DNA(cDNA),用荧光标签(1)进行标记. 接下来标记的 cDNA 片段与芯片(2)上的核酸杂交. 扫描芯片检测每个斑点的荧光水平,从而得到基因表达水平(3). 在 RNA-seq 中,RNA 也从样品中提取并转化为 cDNA,以备用于测序(A). 接下来对 cDNA 文库进行测序(B),将所得读数与基

视频  https://www.bilibili.com/video/av7973580/ 教材 Molecular biology of the gene 7th edition  J.D. Watson et. al 调控RNA 一.细菌中RNA介导的调控 sRNA对翻译的激活与抑制 色氨酸trp操纵子 色氨酸浓度高时: 先导核糖体顺利通过先导RNA的两个Trp密码子 占据位置2 位置3.4形成发夹 形成衰减子(4后面有polyU终止信号) 色氨酸浓度低时: 先导核糖体被两个Trp密码子阻滞

视频  https://www.bilibili.com/video/av7973580?from=search&seid=16993146754254492690 教材 Molecular biology of the gene 7th edition  J.D. Watson et. al DNA的突变和修复 一.复制错误及修复 1.突变的本质 点突变 大范围插入.缺失 染色体结构整体重排 与转座子插入,细胞重组异常活动有关 染色体上有重组热点 微卫星DNA极易发生突变 如CA二核苷酸序列重

视频  https://www.bilibili.com/video/av7973580?from=search&seid=16993146754254492690 教材 Molecular biology of the gene 7th edition  J.D. Watson et. al DNA的复制,染色体组装 一.Replication Enzymes 复制酶 1.酶结构: 手状结构.thumb不动,而finger动. 手掌:①聚合作用. β折叠片层 2个二价金属离子(Mg2+orMn

全基因组测序 全基因组测序分为从头测序(de novo sequencing)和重测序(re-sequencing). 从头测序(de novo)不需要任何参考基因组信息即可对某个物种的基因组进行测序,利用生物信息学分析方法进行拼接.组装,获得该物种的基因组序列图谱,从而推进该物种的后续研究.基因组重测序 是对有参考基因组物种的不同个体进行的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析. 基因组重测序主要用于辅助研究者发现单核苷酸多态性位点(SNPs).拷贝数变异(CNV).插入/缺失(I

Strand Specific mRNA sequencing 之重要性与分析 发表评论 2,761 A+ 所属分类:Bioinformatics   收  藏 研究生物基因转录体的方法有许多种,而使用次代定序仪系统进行转录体定序是目前相当热门的一种方式,科学家们使用 RNA-seq 分析转录体表现主要期望能够获得三种重要信息: 1. 了解整个转录体构造.splicing 位置以及批注基因的功能. 2. 将所有转录体的表现量多寡定量. 3. 找出 alternative splicing 的可能