非原创 参考资料: 一文掌握GO和pathway分析 - 生物信息学讨论版 -丁香园论坛http://www.dxy.cn/bbs/thread/34904124#34904124 GO富集 GO是Gene ontology的缩写,GO数据库分别从功能.参与的生物途径及细胞中的定位对基因产物进行了标准化描述,即对基因产物进行简单注释,通过GO富集分析可以粗略了解差异基因富集在哪些生物学功能.途径或者细胞定位. Pathway Pathway指代谢通路,对差异基因进行pathway分析,可以了解实

关键词:PRM,kinase,colorectal cancer, metastasis, PRPS2 来自加州大学河滨分校的Yinsheng Wang教授应用PRM技术筛选出介导结肠癌细胞转移促进因子-PRPS2激酶.这项研究于2019年3月25日发表于蛋白组学主流期刊Journal of Proteome Research(原文链接:https://pubs.acs.org.ccindex.cn/doi/10.1021/acs.jproteome.9b00119). 背景 结肠癌(CRC)是

http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分子功能(molecular function).生物学过程(biological process)和细胞定位(cellular component)三个面对基因功能进行全面定义. 基因本体论,用于蛋白的功能分类! Gene Ontology可分为分子功能(Molecular Function),生物过

#===============================      版本1  ===============================================InterProScan的三种使用方法Interproscan,通过蛋白质结构域和功能位点数据库预测蛋白质功能.是EBI开发的一个集成了蛋白质家族.结构域和功能位点的非冗余数据库.Interproscan整合了一些使用最普及的一些数据库,并应用于功能未知的蛋白进行Interpro注释和GO注释.以下介绍3中interp

转载于 Original 2017-06-20 liuhui 生信百科 KEGG 数据库中,把功能相似的蛋白质归为同一组,然后标上 KO 号.通过相似性比对,可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号.通过KEGG数据库的注释极大的方便我们进行生物学通路的研究,可以直接查看物种某条生物学通路上基因的存在情况. 最简单的方法是看公司给的KEGG注释或者直接下载本物种每个基因的注释结果(比如,植物Phytozome:动植物Ensemble),然后对应到自己的差异基因集里面. 当然如果自己的物种没有KE

前言 一般而言,我们做完pathway富集分析,就做下气泡图或bar图来进行展示,但它们实际上只考虑了富集因子和Pvalue.如果我们不关注这两个因素,而是在乎样本本身的pathway丰度呢? 对于KEGG热图绘制,大部分是做到KO层级,因为基因/蛋白和KO的绝大部分都是一对一的对应关系.如果一定要做Pathway的丰度热图呢?一般的方法是将该通路中的基因/蛋白的丰度进行累加来表示该pathway的丰度. 好了,现在我们来计算并绘制热图吧. 数据处理 得到pathway富集分析结果文件一般是这样

目录 一.iMetaLab简介 二.内置工具与模块 1. Data Processing module 2. Functional Analysis 3. R Developing environment 4. R based data analysis packages 5. Web development libraries and frameworks 三.报告内容 1. 谱图肽段ID统计 2. 肽段鉴定结果分析 3. 蛋白鉴定结果分析 4. 物种分析 5. 功能分析 MetaMep fo

vmware里面的名词 vSphere.vCenter Server.ESXI.vSphere Client vSphere.vCenter Server.ESXI.vSphere Client VSphere包含很多产品组件,是vmware虚拟化的平台ESXI实际就是一个Linux操作系统,就是一个宿主机,用户不是root,而是admin,并且需要服务器支持硬件虚拟化 多台ESXI主机组成集群,多个集群组成一个数据中心,Vcenter既可以管理集群,也可以管理数据中心 vCenter Serv

问题说明:Apache服务总共有4个,是为了防止单点故障和负载均衡,负载均衡控制由局方的F5提供. 访问的内容在NAS存储上,现象是直接访问每个apache的服务内容都是没有问题,但是从负载地址过来的, 就报:AH01630 client denied by server configuration. 负载均衡地址:10.73.8.51,其中一个Apache服务地址是:10.73.8.52 ,NAS地址:10.73.8.60 网站采用了虚拟主机配置: <Directory "//10.73

1.安装.配置与启动 SSH分客户端openssh-client和openssh-server 如果你只是想登陆别的机器的SSH只需要安装openssh-client(ubuntu有默认安装,如果没有则sudo apt-get install openssh-client),如果要使本机开放SSH服务就需要安装openssh-server sudo apt-get install openssh-server 然后确认sshserver是否启动了: ps -e |grep ssh 如果看到ssh

xamarin IOS 开发时如果报错如下: an error occurred on client Build420719 while...... 出现如下问题时,可能是1.丢失文件2.没有包括在项目中造成的,而我的问题是丢失了图片文件下的Images.xcassets文件.把文件添加回去就可以了.查错查了大半天,记录下来也许有用. ----Thanks, have a nice day !

在 ASP.NET OWIN OAuth(Microsoft.Owin.Security.OAuth)中,access token 的默认加密方法是: 1) System.Security.Cryptography.DpapiDataProtector.Protect() 2) Convert.ToBase64String() 3) .TrimEnd('=').Replace('+', '-').Replace('/', '_'); access token 的默认解密方法是: 1) Syste

OAuth真是一个复杂的东东,即使你把OAuth规范倒背如流,在具体实现时也会无从下手.因此,Microsoft.Owin.Security.OAuth应运而生(它的实现代码在Katana项目中),帮助开发者偷了不少工,减了不少料. 这篇博文试图通过一个简单的示例分享一下如何基于Microsoft.Owin.Security.OAuth,使用Client Credentials Grant授权方式给客户端发放access token. Client Credentials Grant的授权方式就

Client Credentials Grant是指直接由Client向Authorization Server请求access token,无需用户(Resource Owner)的授权.比如我们提供OpenAPI让大家可以获取园子首页最新随笔,只需验证一下Client是否有权限调用该API,不需要用户的授权.而如果Client需要进行发布博客的操作,就需要用户的授权,这时就要采用Authorization Code Grant. DotNetOpenAuth是当前做得做好的基于.NET的OA

转发. [Tutorial & Sample] How to use OData Client Code Generator to generate client-side proxy class             Rate This                            layla liu

HTML元素有几个offset.client.scroll开头的属性,总是让人摸不着头脑.在书中看到记下来,分享给需要的小伙伴.主要是以下几个属性: 第一组:offsetWidth,offsetHeight,offsetLeft,offsetTop,offsetParent  第二组:clientWidth,clientHeight,clientLeft,clientTop 第三组:scrollWidth,scrollHeight,scrollLeft,scrollTop 详细定义如下: 1.1

一.计时器 setInterval ( 函数/名称 , 毫秒数 )表示每经过一定的毫秒后,执行一次相应的函数(重复) setTimeout ( 函数/名称 , 毫秒数 ) 表示经过一定的毫秒后,只执行一次相应的函数(不重复) 清除计时器: clearInterval( ); clearTimeout( ); 当计时器调用执行完毕时,它将返回一个timer ID, 如果将该ID传递给clearInterval,便可以终止代码的执行. 实例: 页面布局: <div id="wrap"

[原创申明:文章为原创,欢迎非盈利性转载,但转载必须注明来源] 之前写过一篇文章,介绍单点登录的基本原理.这篇文章重点介绍开源单点登录系统CAS的登录和注销的实现方法.并结合实际工作中碰到的问题,探讨在集群环境中应用单点登录可能会面临的问题.这篇文章在上一篇的基础上,增加了第四部分,最终的解决方案. 1 单点登录的过程 为了描述方便,假设有如下一个单点登录系统.一套CASServer,两套CAS Client系统.为了描述的方便,省略CAS Server调用用户系统完成登录,以及CASClien

SVN简介: 为什么要使用SVN? 程序员在编写程序的过程中,每个程序员都会生成很多不同的版本,这就需要程序员有效的管理代码,在需要的时候可以迅速,准确取出相应的版本. Subversion是什么? 它是一个自由/开源的版本控制系统,一组文件存放在中心版本库,记录每一次文件和目录的修改,Subversion允许把数据恢复到早期版本,或是检查数据修改的历史,Subversion可以通过网络访问它的版本库,从而使用户在不同的电脑上进行操作. 一:SVN服务器搭建和使用. 二:客户端SVN基本使用.

Linux下的C Socket编程(一) 介绍 Socket是进程间通信的方式之一,是进程间的通信.这里说的进程并不一定是在同一台机器上也有可能是通过网络连接的不同机器上.只要他们之间建立起了socket的连接,那么数据便可以在机器之间进行双向的交流,直到连接断开. socket的建立 在我们接触到实际的代码API之前,我们应该对基础的连接方式有所了解. Note left of server: 建立一个正被监听的socket并等待客户端的连接 Note right of client: 建立一

http中有Get/Post/PostForm方法 也可以通过http包中设置client 请求配置 ,然后通过client.Do方法实现请求 下demo中功能都实现,其中有详细说明: package main import ( "log" "net/http" //http 请求用 "io" // io.Copy获取http请求状态用;HttpPost "os" // os.Stdout 取io.Copy 返回数据中的sta