何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的.换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生物学表型关联起来. 何为GO和KEGG? 为了解决将基因按照功能进行分类的问题,科学家们开发了很多基因功能注释数据库,.这其中比较有名的一个就是Gene Ontology(基因本体论,GO)和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(京都基因与基因组百科全书,K

期刊:Mol Cell Proteomics 题目:Celastrol protects from cholestatic liver injury though modulation of SIRT1-FXR signaling 通讯作者及单位:Fei Li, State Key Laboratory of Phytochemistry and Plant Resources in West China,Kunming Institute of Botany, Chinese Academy

基因富集分析是分析基因表达信息的一种方法,富集是指将基因按照先验知识,也就是基因组注释信息进行分类. 信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路.这些细胞外的分子信号(称为配体,ligand)包括激素.生长因子.细胞因子.神经递质以及其它小分子化合物等. 富集性分析应用范围非常广,从Disease Ontology, Gene Ontology, KEGG, 到Reactome Pathway等等. Go分析能够缩小查询基因的范围 BINGO :  查询这条通

发表时间:2019年4月 IF:5.232 一. 概述: 分支杆菌索状因子TDM(trehalose-6,6’-dimycolate)能够与巨噬细胞C-型凝集素受体(CLR)MINCLE结合引起下游通路变化.本文对TDM处理的巨噬细胞磷酸化蛋白质组进行定量分析,发现了依赖于MINCLE的信号通路和MINCLE非依赖的信号通路,两种信号通路具有不同的生物功能. 二. 研究背景:(简要介绍研究进展动态.研究目的和意义) 巨噬细胞对分支杆菌的识别依赖于TLR.CLR以及分支杆菌核酸.TDM是细胞壁主要

一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS

KRAS基因 一个是KRAS1,位于chr6 短臂上,是一个“假基因”,它不能被转录成RNA,故没有功能的 另一个是KRAS2,位于chr12 短臂上..是“真基因”,是能够转录.并且翻译成蛋白的,是有生物学活性的.188个aa,它的分子量是21.6KD. KRAS在细胞生长的信号调控中,起着一个枢钮的作用. 上游的EGFR(ErbB1).HER2(ErbB2).ErbB3.ErbB4等细胞表面受体,在接收到了外界信号之后,会通过RAS蛋白,把信号传递到下游. 而KRAS是RAS蛋白中的重要一员

随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜.通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能,阐明不同层次多基因协同作用的机理,进而在人类重大疾病如癌症.心血管疾病的发病机理.诊断治疗.药物开发等方面的研究发挥巨大的作用.它将大大推动人类结构基因组及功能基因组的各项基因组研究计划.生物信息学在基因组

如果你获得了一个肿瘤差异表达基因,想研究其是否可作为某种肿瘤的潜在标志物和靶点,又怕做实验会得到阴性结果,浪费时间和金钱,这时候你就应该想到Oncomine数据库了(www.oncomine.org). Oncomine整合了GEO.TCGA和已发表的文献等来源的RNA和DNA-seq数据,只要你用非营利机构邮箱注册了就可以免费使用了.下面就以ERBB2基因为例跟着小诺一步一步搞定Oncomine吧. 第一步:ERBB2在肿瘤中的表达 在搜索框中输入ERBB2并设定P值.差异表达倍数和差异的排序

EGFR: “Epidermal growth factor receptor”,表皮生长因子受体.别名:ErbB1,或 HER1 EGFR是ErbB基因家族的成员之一.ErbB基因家族包括了:EGFR(ErbB1).HER2(ErbB2).ErbB3.ErbB4.其中,HER2又称为ErbB2. EGFR是肿瘤靶向治疗当中最重要的靶子.其突变,会在很大程度上影响到多种靶向治疗有效性. 位于chr7  短臂 ,蛋白分子量170KDa,跨膜蛋白 定位于细胞膜上,细胞膜外的部分,负责与各种配体相结合

一.一条从细胞表面到细胞核的通路 二.Ras蛋白处于复杂信号级联的中心位置 胞外信号→酪氨酸激酶受体→Shc→Grb→Sos→Ras 三.酪氨酸的磷酸化控制着许多胞内信号蛋白的定位与活动 Src蛋白的同源结构域 SH1:催化 SH2:受体,识别特异的磷酸化多肽 还可以与一个伴侣蛋白相结合(一些酶) 这样使得这些蛋白能够依靠SH2二锚定在一些位点:特异磷酸化酪氨酸的位点 SH2这样可以与伴侣蛋白结合的结构域可以与别的蛋白组合,组合后的蛋白可以识别特异的结构(如磷酸化的酪氨酸残基),从而这些蛋白被募

EMC信号完整性落地实测1---走出玄学 无论我们从51单片机,STM32电路,运放,传感器,ADC采集还是可控硅晶闸管等等电源电路跨入到电子工程师的行业,我们通常会长时间处于低频的电子电路设计调试阶段,通常我们处理的是几百Hz或者几K Hz的信号通路.偶尔会有RS232,RS485,IIC,SPI或者CAN总线之类的通讯让我们的PCB经历几百K Hz的信号.这些其实涵盖了大部分的电子应用场景,我们在这个阶段更多的关注电路功能的实现,并没有也不太需要考虑信号完整性或者EMC的问题. 总有一天我们

非原创 参考资料: 一文掌握GO和pathway分析 - 生物信息学讨论版 -丁香园论坛http://www.dxy.cn/bbs/thread/34904124#34904124 GO富集 GO是Gene ontology的缩写,GO数据库分别从功能.参与的生物途径及细胞中的定位对基因产物进行了标准化描述,即对基因产物进行简单注释,通过GO富集分析可以粗略了解差异基因富集在哪些生物学功能.途径或者细胞定位. Pathway Pathway指代谢通路,对差异基因进行pathway分析,可以了解实

大家好,本周分享的是发表在Molecular & Cellular Proteomics 上的一篇关于人胃肠道间质瘤亚群蛋白质组图谱的文章,题目是Proteomic maps of human gastrointestinal stromal tumor subgroups,通讯作者是四川大学生物治疗国家重点实验室的戴伦治. 胃肠道间质瘤(Gastrointestinal stromal tumor, GIST)是一种起源于胃肠道间叶组织的肿瘤,也是最为常见的胃肠道肉瘤(Gastrointest

题目:Quantitative Proteomics of Th-MYCN Transgenic Mice Reveals Aurora Kinase Inhibitor Altered Metabolic Pathways and Enhanced ACADM To Suppress Neuroblastoma Progression 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:September 27, 2019 DOI:10.1021/acs.jproteom

------------------------------- Long noncoding RNAs are rarely translated in two human cell lines. (蛋白,多肽) Bánfai B, Jia H, Khatun J, Wood E, Risk B, Gundling WE Jr, Kundaje A, Gunawardena HP, Yu Y, Xie L, Krajewski K, Strahl BD, Chen X, Bickel P, Gi

关于数据挖掘发表文章,我们知道很多人是看不上.瞧不起.嗤之以鼻的.大抵是因为这些人平时只发 CNS 主刊,所以才认为通过数据挖掘这种用「别人的数据」或者叫「干实验」来发文章是“「垃圾」,没有什么价值. 真的是这样吗?今天我们要介绍的就是一篇做数据挖掘的 Cancer Cell 杂志的文章(IF: 27.4),大家来看看文章怎么样. A Comprehensive Pan-Cancer Molecular Study of Gynecologic and Breast Cancers. Cance

TCGA的关键数字:图片来源<细胞> 由美国政府发起的癌症和肿瘤基因图谱(Cancer Genome Atlas,TCGA)计划于2006年联合启动,目前已经收录了来自1万多例病人的33种癌症的数据,2.5PB的数据量.全世界无数顶尖肿瘤学家经过10多年的辛苦工作,于近期公布了TCGA研究的收官之作:“Pan-Cancer Atlas”泛癌症图谱.这些研究精华共发表了27篇相关论文,涉及基因组测序,转录组测序,甲基化等表观组学测序以及最终的整合分析,同时研究者也将它们与临床和影像数据相关联,展

一些基本概念: intracellular biochemical signaling pathways:胞内生化信号通路 extracellular mechanical cues: 胞外机械信号 The key mechanical machinery consists of myosin motors that enable contractile force generation and assist in cytoskeletal crosslinking, adhesion comp

背景:16SrRNA 基因通常作为分子标记进行微生物群落结构的研究,但是它有一些明显的限制,比如16S rRNA基因在物种中会有多个拷贝,而且,由于16S rRNA基因的进化速率较慢,在物种间保守,会存在多个物种的基因完全相同的情况,而且由于基因水平转移的发生,即使亲缘关系较远的物种,也可能出现基因序列完全相同的情况,更进一步讲,我们分析时通常只采用16S rRNA基因的某些区域,这导致物种间扩增出来的片段完全相同的概率大大增加:而一些蛋白编码基因,特别是一些参与重要的信号通路的基因,比如参与氮

转载自:http://blog.sciencenet.cn/blog-1509670-1000479.html 随着芯片和高通量测序技术的广泛应用,在肿瘤研究领域积累了越来越多的基因组学数据,特别是像The Cancer Genome Atlas(TCGA).International Cancer Genome Consortium(ICGC)等大型肿瘤基因组测序计划的启动和完成,积累了大量的基因组学数据,这些数据至今为止已经占据了NCBI等公共数据库的半壁江山,同时也产生了各种各样的数据库以

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