data.table包提供了一个非常简洁的通用格式:DT[i,j,by]. 可以理解为:对于数据集DT,选取子集行i,通过by分组计算j. 对比与dplyr等包,data.table的运行速度更快. 创建方式和data.frame 一样 创建一个data.frame: DF = data.frame(x=c("b","b","b","a","a"),v=rnorm(5)) 创建一个data.table: D

由于基因组数据过大,想进一步用R语言处理担心系统内存不够,因此想着将文件按染色体拆分,发现python,awk,R 语言都能够非常简单快捷的实现,那么速度是否有差距呢,因此在跑几个50G的大文件之前,先用了244MB的数据对各个脚本进行测试,并且将其速度进行对比. 首先是awk处理,awk进行的是逐行处理,具有自己的语法,具有很大的灵活性,一行代码解决,用时24S, #!/usr/bin/sh function main() { start_tm=date start_h=`$start_tm

################################################### 问题:数据框 data.frame 查.排序等,   18.4.27 怎么对数据框 data.frame实施 查询位置.查询满足条件的个案数..排序. ??? 解决方案: #查询位置 weizhi <- which(iris$Sepal.Length >= 6.9)   #返回一个向量,显示的是所有 >=6.9的行的行号 max(iris$Sepal.Length)    #[1] 7

R语言data.table速查手册 介绍 R中的data.table包提供了一个data.frame的高级版本,让你的程序做数据整型的运算速度大大的增加.data.table已经在金融,基因工程学等领域大放光彩.他尤其适合那些需要处理大型数据集(比如 1GB 到100GB)需要在内存中处理数据的人.不过这个包的一些符号并不是很容易掌握,因为这些操作方式在R中比较少见.这也是这篇文章的目的,为了给大家提供一个速查的手册. data.table的通用格式: DT[i, j, by],对于数据集DT,

每每以为攀得众山小,可.每每又切实来到起点,大牛们,缓缓脚步来俺笔记葩分享一下吧,please~ --------------------------- 由于业务中接触的数据量很大,于是不得不转战开始寻求数据操作的效率.于是,data.table这个包就可以很好的满足对大数据量的数据操作的需求. data.table可是比dplyr以及Python中的pandas还好用的数据处理方式. 网络上充斥的是data.table很好,很棒,性能棒之类的,但是从我实际使用来看,就得泼个水,网上博客都是拿一

R语言︱数据集分组 大型数据集通常是高度结构化的,结构使得我们可以按不同的方式分组,有时候我们需要关注单个组的数据片断,有时需要聚合不同组内的信息,并相互比较. 一.日期分组 1.关于时间的包都有很多很好的日期分组应用. 2.cut()函数 cut(x, n):将连续型变量x分割为有着n个水平的因子 cut(x, breaks, labels = NULL, include.lowest = FALSE, right = TRUE, dig.lab = 3, ordered_result = F

这个包让你可以更快地完成数据集的数据处理工作.放弃选取行或列子集的传统方法,用这个包进行数据处理.用最少的代码,你可以做最多的事.相比使用data.frame,data.table可以帮助你减少运算时间.一个数据表格包含三部分,即DT[i, j, by].你可以理解为我们告诉R用i来选出行的子集,并计算通过by来分组的j.大多数时候,by是用于类别变量的. 特点 data.table(DT)的操作语句类似于SQL,DT[i, j, by]中的i, j, by 对应着SQL语句的 i=where,

利用data.table包变形数据 一. 基础概念 data.table 这种数据结构相较于R中本源的data.frame 在数据处理上有运算速度更快,内存运用更高效,可认为它是data.frame 的升级版.同时,data.table 包具备更多更强的功能,它基本工作形式是, dt [i, j, by] dt 为data.table 结构 i 为行,j 为列,by 为分组 二. 创建 data.table 和data.frame一样,如下: data.table(a=c(1, 2), b=c(

前提 假设 一个小怪 有三种属性,等级(level).品质(quality).id(pid) 我们需要对他们进行排序,两种排序情况,第一是单一属性排序,比如按照等级进行排序,或者多种属性进行优先级排序. 根据等级排序 local function testSort(a,b) return tonumber(a.level)> tonumber(b.level) end table.sort(tableName,testSort) 属性优先级排序 需求如下: --排列顺序优先级从高到低依次为: -

    R语言data.table包是自带包data.frame的升级版,用于数据框格式数据的处理,最大的特点快.包括两个方面,一方面是写的快,代码简洁,只要一行命令就可以完成诸多任务,另一方面是处理快,内部处理的步骤进行了程序上的优化,使用多线程,甚至很多函数是使用C写的,大大加快数据运行速度.因此,在对大数据处理上,使用data.table无疑具有极高的效率.这里我们主要讲的是它对数据框结构的快捷处理. 和data.frame的高度兼容 DT = data.table(x=rep(c("b&

R语言data.table包是自带包data.frame的升级版,用于数据框格式数据的处理,最大的特点快.包括两个方面,一方面是写的快,代码简洁,只要一行命令就可以完成诸多任务,另一方面是处理快,内部处理的步骤进行了程序上的优化,使用多线程,甚至很多函数是使用C写的,大大加快数据运行速度.因此,在对大数据处理上,使用data.table无疑具有极高的效率.这里主要介绍在基因组数据分析中可能会用到的函数. fread 做基因组数据分析时,常常需要读入处理大文件,这个时候我们就可以舍弃read.ta

R语言数据分析利器data.table包-数据框结构处理精讲 R语言data.table包是自带包data.frame的升级版,用于数据框格式数据的处理,最大的特点快.包括两个方面,一方面是写的快,代码简洁,只要一行命令就可以完成诸多任务,另一方面是处理快,内部处理的步骤进行了程序上的优化,使用多线程,甚至很多函数是使用C写的,大大加快数据运行速度.因此,在对大数据处理上,使用data.table无疑具有极高的效率.这里我们主要讲的是它对数据框结构的快捷处理. 和data.frame的高度兼容

p.p1 { margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 30.0px "Helvetica Neue"; color: #323333 } p.p2 { margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 24.0px "Helvetica Neue"; color: #323333 } p.p3 { margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 12.0px "

>library(data.table)>data=fread("10000000.txt")>Read 9999999 rows and 71 (of 71) columns from 3.375 GB file in 00:02:36##一千万行,耗时160s.##同样的数据用read.table函数读取要600s. 参考资料: R语言data.table速查手册:https://www.cnblogs.com/nxld/p/6059570.html https:

面对的是这样一个问题,不断读入一行一行数据,append到data frame上,如果用dataframe,  rbind() ,可以发现数据大的时候效率明显变低. 原因是 每次bind 都是一次重新整个数据集的重新拷贝 这个链接有人测试了各种方案,似乎给出了最优方案 http://stackoverflow.com/questions/11486369/growing-a-data-frame-in-a-memory-efficient-manner library(data.table) d

R语言处理大规模数据速度不算快,通过安装其他包比如data.table可以提升读取处理速度. 案例,分别用read.csv和data.table包的fread函数读取一个1.67万行.230列的表格数据. # 用read.csv读取数据timestart<-Sys.time() data <- read.csv("XXXXs.csv",header = T,stringsAsFactors = F) timeend<-Sys.time() runningtime<

data.table包主要特色是:设置keys.快速分组和滚得时序的快速合并.data.table主要通过二元检索法大大提高数据操作的效率,同时它也兼容适用于data.frame的向量检索法. require(data.table) ## Loading required package: data.table 1.创建data.table格式数据 类似于data.frame数据的创建,使用data.table函数 (DF = data.frame(x=c("b","b&qu

在第一节中,我们回顾了许多用于操作数据框的内置函数.然后,了解了 sqldf 扩展包,它使得简单的数据查询和统计变得更简便.然而,两种方法都有各自的局限性.使用内置函数可能既繁琐又缓慢,而相对于各式各样的 R 函数来说,SQL 又不够强大,所以用 sqldf 进行数据的汇总统计,也不容易.data.table 包提供了一个加强版的 data.frame.它运行效率极高,而且能够处理适合内存的大数据集,它通过 [ ] 实现了一种自然的数据操作语法.如果尚未安装,请运行以下命令:install.pa

data.table 1.生成一个data.table对象 生成一个data.table对象,记为DT. library(data.table) :],V3=round(rnorm(),),V4=:) DT ##     V1 V2      V3 V4 ##  :    A   ##  :    B - ##  :    C - ##  :    A - ##  :    B   ##  :    C - ##  :    A - ##  :    B - ##  :    C   ## : 

多条件排序可能有很多种思路,效率也各不相同,我的方法可能只适合自己用,毕竟目的是为了实现功能,所以采用了最笨的方法,不过效果还是很理想的,经过多次测试,6列1000行数据,平均排序时间大约是:28ms. 具体实现代码如下: function isArr(data) { return ({}).toString.call(data) == '[object Array]'; } function getIndex(arr) { var i = 0, len = arr.length keys =