改编: python ~/tools2assemble/run_fastuniq.py SHT-3K-1_1.fq.gz SHT-3K-1_2.fq.gz 好像不支持gz文件,要先解压 http://sourceforge.net/projects/fastuniq/ 下载: http://sourceforge.net/projects/fastuniq/files/FastUniq-1.1.tar.gz/download 如果下载下来文件名是download 改一下名字 这是个tar.gz文

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b

14 InnoDB存储引擎 14 InnoDB存储引擎 14.1 InnoDB说明 14.1.1 InnoDB作为默认存储引擎 14.1.1.1 存储引擎的趋势 14.1.1.2 InnoDB变成默认存储引擎之后 14.1.1.3 InnoDB表好处 14.1.1.4 InnoDB表最佳实践 14.1.1.5 InnoDB表提升 14.1.1.6 InnoDB作为默认存储引擎测试 14.1.1.7 验证InnoDB是默认存储引擎 14.1.2 检查InnoDB可用 14.1.3 关闭InnoDB

2014-08-11 Createed By BaoXinjian

为什么二代测序的原始数据中会出现Read重复现象? 要搞清楚这个read重复(duplicate)的问题,我想我们需要从NGS数据的产出过程说起,具体来说如下: 基因组DNA提取: DNA随机打断,最常用的是超声打断: 对被打断的DNA片段进行末端修复(通常是3'加A),然后在两端加接头,选择特定长度的片段文库进行PCR扩增(通过PCR的扩增会选!择!性!地提高加上了接头的文库分子数量): 文库上机与测序芯片(Flowcell)上的引物结合,经过桥式PCR扩增,在芯片上形成测序所需的cluste

定义:融合基因是指两个或者多个基因联合起来,一起转录形成一个转录本: 检测的意义:融合基因可以作为某些疾病的特异分子标记,比如 bcr/abl融合基因存在于95%以上的慢性粒细胞白血病患者中: AML1/ETO融合基因主要见于急性粒细胞白血病部分分化型患者中: CBFβ/MYH11融合基因是M4Eo型白血病的分子标志: PML/RARα融合基因是急性早幼粒细胞白血病(APL)的分子标志: 检测方法: 只有少数的融合基因是因为染色体易位等原因,在DNA水平上联合在一起,而大多数的融合基因在DNA水

1. SAM格式说明 SAM代表Sequence Alignment/Map格式,是一种制表符分隔的文本格式,包含一个可选的头部分(header section,有人称之为“注释部分”),和一个比对部分(alignment section).如果包含头部分,那么头部分必须置于比对部分之前.头部分的行以@符号开头,而比对部分的行不以@符号开头.比对部分的每一行包含11个必选的字段,用于说明重要的比对信息,如比对位置(mapping position)等:另有可变数量的可选字段,用于存储其他信息(f

原本打算写有关 SSIS Package 中的事务控制过程的,但是发现很多基本的概念还是需要有 SQL Server 事务和事务的隔离级别做基础铺垫.所以花了点时间,把 SQL Server 数据库中的事务概念,ACID 原则,事务中常见的问题,问题造成的原因和事务隔离级别等这些方面的知识好好的整理了一下. 其实有关 SQL Server 中的事务,说实话因为内容太多, 话题太广,稍微力度控制不好就超过了我目前知识能力范围,就不是三言两语能够讲清楚的.所以希望大家能够指出其中总结的不足之处,对我

sysbench简介 Sysbench是一个模块化的.跨平台.多线程基准测试工具,主要用于评估测试各种不同系统参数下的数据库负载情况.它主要包括以下几种方式的测试:cpu性能,磁盘io性能,线程调度性能,内存分配及传输速度和数据库性能.由于本人是dba,因此重点关注sysbench测试数据库的场景.目前sysbench支持mysql,postgreSQL,oracle三种数据源. 下载&安装 1)  下载 通过http://download.csdn.net/download/jungeshid

2014-08-11 Created By BaoXinjian

部分常见ORACLE面试题以及SQL注意事项 一.表的创建: 一个通过单列外键联系起父表和子表的简单例子如下: CREATE TABLE parent(id INT NOT NULL, PRIMARY KEY (id) ) CREATE TABLE child(id INT, parent_id INT, INDEX par_ind (parent_id), FOREIGN KEY (parent_id) REFERENCES parent(id) ON DELETE CASCADE ) 建表时

sysbench是一款压力测试工具,可以测试系统的硬件性能,也可以用来对数据库进行基准测试 wget https://github.com/akopytov/sysbench/archive/1.0.zip -O "sysbench-1.0.zip"  下载之后的名字是1.0.zip.解压之后为sysbench-1.0 百度云网盘:https://pan.baidu.com/s/1mjoa25y   密码:i4pm cd sysbench-1.0 执行autogen.sh用它来生成co

http://wiki.bits.vib.be/index.php/Identify_the_Phred_scale_of_quality_scores_used_in_fastQ # S - Sanger Phred+33, raw reads typically (0, 40) # X - Solexa Solexa+64, raw reads typically (-5, 40) # I - Illumina 1.3+ Phred+64, raw reads typically (0, 4

前言 有很多人担心生产系统上新东西的程序怕压力跟不上和稳定性不行,是的,大家都怕,所以领导要求做一次压力测试,我个人也觉得是有必要的. 如果按原理来说,mycat如果不做分片,纯粹只是代理的话,他所做的事情,其实更多的是数据转发,而这个转发能力,当然就是看他能有多强. 既然理论上转发能力很强,那么是不是就可以忽略不计呢,当然不是,所以需要用直连mysql的测试数据来做对比. 测试前准备 服务器配置为32核cpu(虚拟化后的数值,算上超线程),120G内存,16000iops的存储设备,具体分配情

1)samtools简介--------------------------------------------------------------------------背景:前面我们讲过sam/bam格式,sam文件虽然是可读的文本文件形式,但是通常是非常大,因此一般会对其压缩来节省磁盘空间,且对于很多软件来说,相比于对sam文件,对bam文件进行处理更加有效.SAMtools 是一款优秀的用以解析.处理sam/bam格式文件的一种软件包工具.其详细的文档可以在其官网里面找到.它主要包含以下

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Linux环境安装.NET运行环境 Linux环境安装.NET运行环境 1. 构建编译环境: (1) sudo apt-get install build-essential (2) sudo apt-get install automake (3) sudo apt-get install autoconf (4) sudo apt-get install bison (5) sudo apt-get install gettext (6) sudo apt-get install libto

Title:  Multiclonal Invasion in Breast Tumors Identified by Topographic Single Cell Sequencing 课题的目的和意义: Ductal carcinoma in situ (DCIS,原位导管癌)是一种早期的乳腺癌,很少发展成invasive ductal carcinoma(IDC,浸润型导管癌).由于瘤内异质性和导管中肿瘤细胞数量低,因此很难刻画在侵袭期间的基因组进化过程.为了克服这个障碍,作者开发了To

生物信息NGS相关软件众多. 常用的比对软件:bwa,bowtie: 去pcr重复的软件\:samtools,picard: calling variant:samtools/bcftools,gatk,varscan2,multc. 注释软件:annovar,snpneff 如何评价一个pipeline的好坏,个人愚见,应该拿一些已知突变点的标准品数据来评价,比如NIST的数据. 然后来判断假阴性率,和假阳性率. 假阴性率,就是标准品本身有的突变点,但是设计的pipeline没有检测到. 假阳

最近接触的数据都是靶向测序,或者全外测序的数据.对数据的覆盖深度及靶向捕获效率的评估成为了数据质量监控中必不可少的一环. 以前都是用samtools depth 算出单碱基的深度后,用perl来进行深度及捕获效率的计算.今天无意中看到了bamdst(https://github.com/shiquan/bamdst)这个软件,用起来也很方便,参考GitHub,在此记录使用方法. 下载并安装:下载安装包并解压后, cd ./bamdst-master make 安装好后,需要准备.bed文件及.b