REF https://www.plob.org/article/5987.html 解压后,查看html格式的结果报告.结果分为如下几项: 结果分为绿色的"PASS",黄色的"WARN"和红色的"FAIL". 1 Basic statistics如下面例子所示: 2 Per base sequence qualityquality就是Fred值,-10*log10(p),p为测错的概率.所以一条reads某位置出错概率为0.01时,其quali

通常我们下机得到的数据是raw reads,但是公司通常会质控一份给我们,所以到很多人手上就是clean data了.我们再次使用fastqc来进行测序数据质量查看以及结果分析. fastqc的操作: 1. FastQC使用 fastqc -f [bam | sam | fastq] -o [output] [filename1 filename2] 常用选项: -f --format:输入文件格式.[bam,sam,fastq文件格式] -o --outdir:输出文件夹指定 -t --thr

用FastQC检查二代测序原始数据的质量 2013-01-28 21:28:10|  分类: Bioinformatics |  标签:bioinformatics  deep-seq   |举报 |字号大中小 订阅 用微信  “扫一扫” 将文章分享到朋友圈. 用易信  “扫一扫” 将文章分享到朋友圈. 下载LOFTER 我的照片书  |     当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量.常用的工具就是fastqc (http://www.bioinformat

文章转载于 Original 2017-07-06 Jolvii 生信百科 介绍一下如何理解 FastQC 各模块的结果 FastQC 的使用 FastQC的安装介绍请看这里.FastQC 支持 fastq.gzip 压缩的 fastq.SAM.BAM 等格式,在不指定文件类型的情况下,FastQC 会根据文件的名字来推测文件的类型: 以 .sam 或者 .bam 结尾的文件会被当作 SAM/BAM 文件来打开,并统计 mapped 和 unmapped reads 在内的所有 reads:其它

由于之前的HPC太难用了,所以决定搬家到十楼的工作站,于是就免不了配置必要的工作环境,其中一个少不了要安装的软件是就是fastqc,因为它太常用了. 我先是用conda安装,因为conda实在是太方便了,于是命令行:conda install fastqc  后面一路yes下去搞定,果然很顺利. 可是当我准备用的时候,输入命令: fastqc,诶?居然神奇吧的出错了,错误如下: zdwu@ubuntu:~/software/FastQC$ ./fastqc Exception in thread

上一篇零散地罗列了看源码时记录的一些类的信息,这篇完整介绍一个作业流在Azkaban中的执行过程,希望可以帮助刚刚接手Azkaban相关工作的开发.测试. 一.Azkaban简介 Azkaban作为开源的调度系统,在大数据中有广泛地使用.它主要有三部分组成:Azkaban Webserver.Azkaban Executor. DB. 图1 Azkaban架构 图1所示的是Azkaban的基本架构:Webserver主要负责权限验证.项目管理.作业流下发等工作:Executor主要负责作业流/作

看完SQL Server 2014 Q/A答疑集锦:想不升级都难! 转载自:http://mp.weixin.qq.com/s/5rZCgnMKmJqeC7hbe4CZ_g 本期嘉宾为微软技术中心技术架构师韩凯(社区ID:Chris_Han0015),主要负责大数据和云计算领域.在美国取得系统工程硕士学位后,服务于华尔街主要银行与金融机构.从事流程再造与创新与商务智能方案设计实施. IT名人堂栏目对微软技术中心技术架构师韩凯进行了独家访谈,揭秘了SQL Server 2014不可不知的那些事儿.

现在最热门的前端框架有AngularJS.React.Bootstrap等.自从接触了ReactJS,ReactJs的虚拟DOM(Virtual DOM)和组件化的开发深深的吸引了我,下面来跟我一起领略ReactJs的风采吧~~ 文章有点长,耐心读完,你会有很大收获哦~  一.ReactJS简介 React 起源于 Facebook 的内部项目,因为该公司对市场上所有 JavaScript MVC 框架,都不满意,就决定自己写一套,用来架设 Instagram 的网站.做出来以后,发现这套东西很

摘要 : 最近在博客园里面看到有人在讨论 C# String的一些特性. 大部分情况下是从CODING的角度来讨论String. 本人觉得非常好奇, 在运行时态, String是如何与这些特性联系上的. 本文将侧重在通过WinDBG来观察String在进程内的布局, 以此来解释C# String的一些特性. 问题 C# String有两个比较有趣的特性. String的恒定性. 字符串横定性是指一个字符串一经创建,就不可改变.那么也就是说当我们改变string值的时候,便会在托管堆上重新分配一块

写在前面 阅读目录: 具体业务场景 业务需求变化 "愚蠢"的应对 消息列表实现 消息详情页实现 消息发送.回复.销毁等实现 回到原点的一些思考 业务需求变化,领域模型变化了吗? 对象读取的额外思考 写在最后 领域驱动设计的核心-Domain Model(领域模型),这个大家都知道,可是,上次关于领域模型的设计分享,要追溯到两个月之前了,这中间搞了一些有的没有的东西,比如纠结于仓储等,说这些东西不重要,其实也蛮重要的,因为它是一个完整应用程序所必须要考虑的东西(Demo 除外),但是相对

在知乎上看到这篇文章讲得确实挺好,从头看到尾都非常形象生动,一口气看完,没有半点模糊,非常不错,所以推荐给大家,非常值得一读. 作者:Ovear链接:https://www.zhihu.com/question/20215561/answer/40316953来源:知乎 一.WebSocket是HTML5出的东西(协议),也就是说HTTP协议没有变化,或者说没关系,但HTTP是不支持持久连接的(长连接,循环连接的不算)首先HTTP有1.1和1.0之说,也就是所谓的keep-alive,把多个HT

以前学习渗透时,虽然也玩过万能密码SQL注入漏洞登陆网站后台,但仅仅会用,并不理解其原理. 今天学习c#数据库这一块,正好学到了这方面的知识,才明白原来是怎么回事. 众所周知的万能密码SQL注入漏洞,大家相信很熟悉了. 不懂得简单了解下,懂的大牛直接飘过即可. ***************************************************************************** 当我们用御剑之类的扫描器扫描到某些有这个万能密码SQL注入的漏洞网站后台后, 打开

前言 2016年9月22日凌晨,微信官方通过“微信公开课”公众号发布了关于微信小程序(微信应用号)的内测通知.整个朋友圈瞬间便像炸开了锅似的,各种揣测.介绍性文章在一夜里诞生.而真正收到内测邀请的公众号据说只有200个. 虽然内测名额十分稀少,但依赖中国广大开发者的破解和分享精神,在网络上很快出现了开发工具的破解版本和API文档.然而可能是微信的妥协或者早已预料,9月24日微信官方发布了不需要破解就可以使用的微信小程序开发者工具和文档,对于费劲心思破解完的开发者来说应该瞬间整个人都不好了. 以下

原文链接:https://github.com/AlloyTeam/AlloyTouch/wiki/kandian 先验货 访问DEMO你也可以点击这里 源代码可以点击这里 如你体验所见,流程的滚动的同时还能支持头部的动画?不断地加载新数据还能做到流畅的滑动!怎么做得的?使用AlloyTouch CSS 0.2.0及以上版本便可! 头部动画 加载更多 实现代码 var infoList = document.getElementById("infoList"), mockHTML =

前言: 虽说网上有太多的Android课程,但是大多都是视频,有Android在线开发环境的几乎没有,但是对于学习Android的人来说拥有在线的Android开发环境是非常好的,可以随时动手操作学习Android开发,及时了解自己的掌握情况! 实验楼就提供了Android在线开发环境,你不需要本地搭建Android开发环境,打开浏览器就可以进行Android开发的学习~ 可以随便折腾!!而且边看边动手操作,可以更快上手Android开发. Android开发在线环境 项目介绍: 项目一:[SQ

去年参加几次技术沙龙时,我注意到一个有意思的现象:与之前大家统一接受的换名片不同,有些人并不愿意被添加微信好友--"不好意思,不熟的人不加微信". 这个现象之所以有意思,是因为名片暴露的个人信息似乎更多:所在公司.职位.电话.邮件等等;相反,微信只暴露一个账号.如果是从隐私角度考虑,能接受换名片就应当能接受加微信.但不愿意加微信,恰恰也是从隐私的角度出发的,因为不愿意被打扰. 所以不加微信的原因,是"隐私"之外另一重考虑:不愿意跟你发生某种形式的联系. 所谓&quo

作为前端开发人员,对于我们的站点或应用的缓存机制我们能做的似乎不多,但这些却是与我们关注的性能息息相关的部分,站点没有做任何缓存机制,我们的页面可能会因为资源的下载和渲染变得很慢,但大家都知道去找前端去解决页面慢的问题而不会去找服务端的开发人员.因此,了解相关的缓存机制和充分的利用它似乎就变得必不可少. web端的缓存机制其实有多种,我在这里只是学习和整理了以浏览器为载体的HTTP缓存机制,看看它是如何工作的. 文章目录: 一.web缓存的种类 二.为什么需要浏览器缓存?我们需要做些什么? 三.

写在前面 阅读目录: Visual Studio "14" CTP 关于 ASP.NET vNext ASP.NET vNext 实践 后记 ASP.NET vNext 发布已经过去了一个多月的时间,发布详情请访问:振奋人心呐!关于下一代.NET——ASP.NET vNext 的更多说明,当时看这完篇新闻的第一感觉就像文章标题一样“振奋人心”,其实每个人都有自己的感受,对于我来说,ASP.NET vNext 最大的特性就是跨平台(基于 Mono 运行时),试想下:作为.NET程序员,终

最近前端圈子里面,发现大家都在热炒概念,什么knockout,angularJs,都被捧成神了,鄙人不才,最近心情也不好,特地写这篇文章来找骂 写代码的码农都知道,Java社区虽然不是一个提出分层思想的,确实贯彻的最好的,如今是个Java开发都不会不知道SSH的开发模式,从MVC到MVVM的概念的热炒,其实真没什么技术进步 (如果你觉得本文言辞激烈,过于愤世嫉俗,实在看不下去,欢迎移步另一位园友的分层进化史科普文章http://www.cnblogs.com/indream/p/3602348.

我有个windows服务程序,今天重点在测试系统逻辑.部署后,在看系统日志时,不经意看到一行:scheduler is shutted down. 2016-12-29 09:40:24.175 {"当前期计息日期":"2016/12/29","计息类型":"利息","当前期利息":0.36666666666666664,"总利息":0.36666666666666664,"月

数据结构看python 作者:白宁超 2016年10月9日14:04:47 摘要:继<快速上手学python>一文之后,笔者又将python官方文档认真学习下.官方给出的pythondoc入门资料包含了基本要点.本文是对文档常用核心要点进行梳理,简单冗余知识不再介绍,作者假使你用c/java/c#/c++任一种语言基础.本系列文章属于入门内容,老鸟可以略看也可以略过,新鸟可以从篇一<快速上手学python>先接触下python怎样安装与运行,以及pycharm编辑器的使用和配置:篇