### miRNA特点 (1)广泛存在于真核生物中, 是一组不编码蛋白质的短序列RNA,它本身不具有开放阅读框架(ORF),并且由不同于mRNA的独立转录单位表达. (2)通常的长度为20-24 nt,但在3′端可以有1-2 个碱基的长度变化(对miRNA 的具体长度范围尚无统一标准). (3)成熟的miRNA , 5′端有磷酸基团, 3′端为羟基,且具有独特的序列特征.它们可以和上游或下游的序列不完全配对形成茎环结构. (4)miRNA5′端第一个碱基对U有强烈的倾向性,而对G却有抗性,但第2

#####linux目录结构特点一切从根开始linx中每个设备可以挂载在任何目录上面磁盘/设备/分区没有挂载 无法使用 举例-linux下面使用光盘###1.把光盘放入到光驱中 ###2.linux中使用光盘 对应 /dev/cdrom ll=l -i[root@oldboyedu-01 ~]# ll /dev/cdrom lrwxrwxrwx. 1 root root 3 Sep 25 10:01 /dev/cdrom -> sr0[root@oldboyedu-01 ~]# cd /dev/

相比动物miRNA 而言, 植物miRNA 的研究相对较少. 植物miRNA 相比动物miRNA , 有以下特点: 1) 植物miRNA 的长度为 21 nt 左右, 动物miRNA 长度在 22 ~ 23 nt; 2)   植物 miRNA 与 靶标转录本几乎完全互补配对,而动物 miRNA 不是: 3) 植物 miRNA 结合的区域可以位于任何区域,而动物 miRNA 主要在3‘ UTR 区结合: 植物miRNA 的形成过程: pri-miRNA          =>          

背景: miRNA通过和mRNA的3'UTR区结合,导致mRNA讲解或者抑制mRNA翻译,从而实现转录后调控的作用: 如果在miRNA和 mRNA的结合区域,发生了snp,就可能会影响miRNA和mRNA的结合:导致疾病或者其他的一些变化: 所以位于结合区域的snp 位点有极大的研究价值: 简介: PolymiRTS 数据库是一个miRNA 相关snp 位点的数据库,链接如下: http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/ 数据库中收录的snp位点可以分成两种: 1)snp

ZK的数据结构特点 ZooKeeper这种数据结构有如下这些特点: 1. 每个子目录项如NameService都被称作znode,这个znode是被它所在的路径唯一标识,如Server1这个znode的标识为/NameService/Server1 2. znode可以有子节点目录,并且每个znode可以存储数据,注意EPHEMERAL类型的目录节点不能有子节点目录 3. znode是有版本的,每个znode中存储的数据可以有多个版本,也就是一个访问路径中可以存储多份数据 4. znode可以是

转载:http://www.oebiotech.com/Article/mirnabjyyc.html http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-9/201492594150379.htm miRNA自从被发现以来,一直备受关注,俨然已成为非编码RNA家庭中永不凋零的“玫瑰”.关于miRNA,主要有两个研究方向,其一是作为biomarker,这方面研究仅需足够庞大的临床样本支撑即可:miRNA的另一研究方向为功能机制研究,此时必须有miRNA靶基因的参与,可是如何确

MicroRNA (miRNA)  是一类内生的.长度约为20-24个核苷酸的小 RNA,其在细胞内具有多种重要的调节作用.每个 miRNA 可以有多个靶基因的表达,而几个 miRNA 也可以调节同一个基因的表达.据推测,miRNA 调节着人类三分之一的基因. miRNA命名 1.物种 hsa.mmu.rno分别代表人.小鼠.大鼠. 2.类别 mir.MIR.miR分别代表动物未成熟miRNA.植物未成熟miRNA.成熟 RNA. 3.序号 即阿拉伯数字.代表miRNA发现的先后顺序.一般情况下

生物信息学-miRNA 转录组的分类: Noncoding RNA可分为负责Regulatory和housekeeping,housekeeping就是组织日常功能miRNA便是Regulatory RNA中的一种,长度18-22bp,具有短序列特异性,数量少于lncRNA,在相关物种中保守,20%-30%的miRNA可通过对non-coding RNA的靶向结合,达到调控编码蛋白质过程,从而调控制造蛋白质. miRNA参与生命活动,RNAi(RNA interference)是miRNA的一种

之前讲过预测植物miRNA的一款软件miR-PREFER, 今天在介绍一款软件miRDeep-p2, 也叫miRDP2 安装 在此之前,应安装一下软件 Bowite, Bowtie2, Vienna (RNA二级结构预测软件大礼包) 安装以上软件以后,在mirdp2下载最新版的miRDP2,以及ncRNA_rfam.tar.g 1 tar -xf miRDP2-v1.1.4.tar 2mv 1.1.4 miRDP2-v1.1.4 在TestData下载测试数据集--TestData.tar.gz

miRNA分析--数据过滤(一) miRNA分析--比对(二) 根据miRNA Target Prediction in Plants, miRNA并非所有区域都要求严格匹配,其中第1位碱基和第14位以后的碱基是允许错配(以miRNA 5'为始). miRNA 文件提交不管是U或者T都是可以的 miRNA 靶基因预测我采用了3个工具 1.psRNATarget: A plant Samll RNA Target Analysis Server 进去以后,提交自己miRNA文件,fasta格式,并

miRNA分析--数据过滤(一) 在比对之前为了减少比对时间,将每一个样本中的reads进行合并,得到fasta格式,其命名规则如下: 样本_r数子_x数字 r 中的数字表示reads序号: x 中的数字表示该条reads重复次数 比对分为两条策略 1.根据本物种已有的miRNA序列进行比对, 已知当miRNA序列从 miRBase或者 sRNAanno得到 (应该将clean reads比对到所研究物种到tRNA, rRNA, snoRNA,mRNA等数据,允许一个错配,将比对上等reads过

miRNA 数据过滤我使用cutadapt 1 cutadapt -a AGATCGGAAGAGCACACGTCT -m 15 -q 20 --discard-untrimmed -o outname .fa --discard-untrimmed 把reads中不含有adaper的reads去掉 -a 剪切reads 3'端adapter(双端测序第一条read),加$表示adapter锚定在reads3'端可找公司要 -g 剪切reads 5'端adapter(双端测序第一条read),加$

miRNA MicroRNA (miRNA)  是一类内生的.长度约为20-24个核苷酸的小 RNA,其在细胞内具有多种重要的调节作用.每个 miRNA 可以有多个靶基因的表达,而几个 miRNA 也可以调节同一个基因的表达.据推测,miRNA 调节着人类三分之一的基因. 1.物种 hsa.mmu.rno分别代表人.小鼠.大鼠. 2.类别 mir.MIR.miR分别代表动物未成熟miRNA.植物未成熟miRNA.成熟 RNA. 3.序号 即阿拉伯数字.代表miRNA发现的先后顺序.一般情况下,数

参考论文:ImageNet Classification with Deep Convolutional Neural Networks 1.特点 1.1 ReLU Nonlinearity的提出 ReLU是非饱和非线性函数,f(x) = max(0, x),收敛速度比饱和激活函数快. 优缺点: ReLU部分解决了sigmoid的饱和性,缺点是在小于0的地方会出现神经单元死亡,并且不能复活的情况.所以,有关于ReLU的改进方法的提出(leaky ReLU, parameterized ReLU,

1.miRbasehttp://www.mirbase.org/2.miRDBhttp://www.mirdb.org/miRDB/policy.html3.miRandahttp://www.microrna.org/microrna/home.do4.TargetScanhttp://www.targetscan.org/vert_71/5.miRTarBasehttp://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/

STL容器特征总结 2011-11-09 11:10:50|  分类: STL|举报|字号 订阅     STL中顺序容器类和关联式容器类的主要特征如下:(1)Vector 1.内部数据结构:连续存储,例如数组. 2.随机访问每个元素,所需要的时间为常量. 3.在末尾增加或删除元素所需要时间与元素数目无关,在中间或开头增加或删除元素所需时间随元素数目呈线性变化. 4.可动态增加或减少元素,内存管理自动完成,但程序员可以使用reserve()成员函数来管理内存. 5.vector的迭代器在内存重新

参考: 分子生物学教材 再一次,翻看真核生物基因结构! mRNA基本结构特点 Structure and function of Messenger RNA (mRNA ) 基因结构 其实这个结构不完整,完整的如下: 主要注意UTR这个结构 真核生物的基因结构包括编码区和非编码区. 编码区 编码区其实是断裂基因结构,也就是不连续基因.具有蛋白编码功能的不连续 DNA 序列称为外显子,外显子之间的非编码序列为内含子. 每个外显子和内含子接头区都有一段高度保守的一致序列,即内含子5'末端大多数是 G

虽然前段时间ARM被日本软银收购了,但是科技是无国界的,所以呢ARM相关知识该学的学.现在看ARM指令集还是倍感亲切的,毕竟大学里开了ARM这门课,并且做了不少的实验,当时自我感觉ARM这门课学的还是可以的.虽然当时感觉学这门课以后似乎不怎么用的上,可曾想这不就用上了吗,不过之前学的都差不多忘了,还得捡起来呢.ARM指令集是精简指令集,从名字我们就能看出指令的个数比那些负责指令集要少一些.当然本篇所涉及的ARM指令集是冰山一角,不过也算是基础,可以阅读Hopper中的汇编了,实践出真知,看多了自

Atitit.如何建立研发体系 组织,流程,prj..Mana  oppm 发管理是一个完整的管理体系,从结构上来讲,它主要由四个方面的内容构架而成:组织结构与岗位设置 管理流程与工作流程..项目及管道管理(项目资源的优化与筛选) 第一部分 研发管理体系概述 1.1:高效的研发管理体系有哪些表现? 1.2:中国企业研发管理现状与存在的问题 1.3:有快速.高质量.精准.低成本的研发体系吗? 1.4:产品与研发管理体系的进阶演进路线 1.4.1:PACE提供的五级进阶模式 1.4.2:每个级别的表

Atitit. 项目文档目录大纲 总集合  v2 -----Atitti.原有项目源码的架构,框架,配置与环境说明 v3 q511 -----Atitit.开发环境 与 工具 以及技术框架 以及 注意事项 v2 .docx 我们推荐的开发理念与工具与技术 -----现有数据库表说明.docx ------功能表v2 q55 - 副本.xlsx 主要对客户需求进行了解析,结构化,归纳整理 -------训练系统需求具体内容  最新版 (1).doc(客户原始需求最新版) ------Atitti.