Iso-seq , 全称叫做 Isoform-sequencing, 是 Pacbio 公司对自己开发的转录本测序技术的规范化命名:是利用三代测序长读长的特点,不打断转录本,直接测序,从而得到全长转录本的一种测序技术. 对于iso-seq 的分析而言,必须掌握以下几个基本概念: 1)ROI 了解过三代测序数据分析的人,对于CCS 环形一致性序列的概念肯定不会陌生,在iso-seq中,提出了比CCS 更加灵活的一个概念:ROI ROI , 全称 reads of insert,可以理解为插入片段,

1.下载安装 https://bitbucket.org/mroachawri/purge_haplotigs/wiki/Install 1.Dependencies (in no particular order) bedtools $ sudo apt install bedtools $ bedtools --version bedtools v2.26.0 samtools $ sudo apt install samtools $ samtools --version samtools

准备工作:1.安装 Windows PowerShell 3.0 (需要启用Windows AutoUpdate服务,安装完毕计算机需要重启) https://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=345952.VMware-PowerCLI-6.0.0-3056836.exe http://www.pc6.com/softview/SoftView_570251.html3.ESXi-Customizer-PS-v2.6.0.ps1

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101nidy.html 网址:http://cd-hit.org :http://www.bioinformatics.org/cd-hit/ : 下载:http://www.bioinformatics.org/cd-hit/ CD-HIT  去冗余,也可以叫做相似序列的聚类. 简介:CD-HIT stands for Cluster Database at High Identity with Toler

本节课程,需要先完成 扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类   先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们制作了Usearch要求格式的Fasta文件,对所有序列进行去冗余和低丰度过滤,并聚类生成了OTU.   接下来我们对OTU进一步去除嵌合体,并生成代表性序列和OTU表.   什么是chimeras(嵌合体)? 嵌合体序列

最近一篇NG中使用到的软件,用来去除冗余的contigs,现简单记录. CD-HIT早先是一个蛋白聚类的软件,其主要的特定就是快!(ps:不是所有快的都是好的) 其去除冗余序列的大概思路就是: 首先对所有序列长度进行排序,从最长的开始,形成一个序列类,然后依次对序列进行处理,如果下一条序列和代表的序列相似性在cutoff,则将其加入同一类,否则得到新的类. 所以快主要是两个方面的原因:一个是使用了word过滤方法,即如果两条序列之间的相似性在80%(假设序列长度为100),那么它们至少有60个相

SMRT portal安装教程: http://www.pacb.com/wp-content/uploads/2015/09/SMRT-Analysis-Software-Installation-v2.3.0.pdf ISO-seq数据地址: /share/backups/pacbio/20160222_68 的 A01 和 B01. <1kb的得到1.28G数据,>1kb的得到了2.8G的数据. SMRT portal 地址: http://59.79.232.10:8080/smrtp

众所周知,现实世界是一个三维空间,除去时间这一维度,现实世界是由长度.宽度和高度三个维度组成,我们每天就生活在这个三维世界中,而现有的显示设备大多数都只能显示二维信息,并不能带给人真实的三维感觉.为了使显示的物体和场景具有深度感(也就是3D),人们纷纷对3D显示技术展开研究,经历了二十几年的发展,目前已取得了十分丰硕的成果. 裸眼3D显示器被广泛应用于广告.传媒.示范教学.展览展示以及影视等各个不同领域.区别于传统的双目3D显示技术,裸眼3D显示由于拥有其裸眼的独特特性,即不需要观众佩戴眼镜或头

之前的文章:构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb 本地运行blast时,需要指定out format. 常见的网页版blast结果可以参照:Blast结果的详细解析 *** Formatting options -outfmt <String> alignment view options: 0 = Pairwise, 1 = Query-anchored showing identit

1. 前言 如果说目前H.264是视频CODEC的实际霸主,那么AAC就是音频CODEC的女王.主流的音视频格式都是H.264搭配AAC,无论是非实时的媒体文件还是实时的媒体流. 2. AAC历史 Advanced Audio Coding (AAC) 是一个有损压缩的音频编码集(其实新的编码工具也支持无损). 其设计目标是替代原有MP3编码标准,在与MP3在相似的码率下希望质量优于MP3.这一目标已达到并且由ISO和IEC标准组织标准化在MPEG-2和MPEG-4中. AAC已被广泛支持并应用

delete from 表名 where id not in (select d.id from (SELECT id FROM 表名 GROUP BY c1,c2,c3,c4)as d) #去重复,把url重复,且区为空的中去掉.select * from TABLE where url in (select u.url from (select * from TABLE where id not in (select d.id from (SELECT id FROM TABLE GROUP

1.关于 1.1 基于原版sigslot做了部分修改.原版的信号支持最多支持8个参数,改进后,最多支持1个参数,这样肯定不能满足日常需求,但是,我们可以将信号的一个参数改为类型指针,比如信号定义时的模板传递一个结构体,这样,就可以很方便的传递多于1个的参数了,将参数做了封装放入到结构体,槽函数直接读取传过来的结构体内容. 很方便的对其做了扩展. 简单说: 去冗余代码. 1.2 改进版中增加了部分注释 一份良好的代码需要良好的注释.可能是我水平太低,哈哈,习惯了. 1.3 仅仅去除了冗余代码,并没

SELECT GROUP_CONCAT(md.data1) FROM DATA md,contacts cc WHERE md.conskey=cc.id AND md.mimetype_id= 5 AND md.user_id=17: 利用函数:group_concat(),实现一个ID对应多个名称时,原本为多行数据,把名称合并成一行,如|1 | 10,20,20| 本文通过实例介绍了MySQL中的group_concat函数的使用方法,比如select group_concat(name)

group_concat([DISTINCT] 要连接的字段 [Order BY ASC/DESC 排序字段] [Separator '分隔符']) 以cat_id分组,把name字段的值打印在一行,逗号分隔(默认) 修改分隔符 去冗余 排序

容易忘记的小知识点: Matlab程序首行程序: clear:close all:clc:程序运行开始最好清理下之前残留的各种数据,不然matlab可能会出错. clear(清理变量空间),close all(关掉所有显示的图像figure),clc(清理命令窗口中的显示) Matlab程序换行(一个空格加上3个.即 ...然后直接下一行就可以继续写代码) Matlab下程序计时 如下:tic和toc可以在程序中使用多个,计算各个程序字块的运行时间.还可以嵌套使用... tic;%计时开始 %%

一.CONCAT(str1,str2,…) 返回结果为连接参数产生的字符串.如有任何一个参数为NULL ,则返回值为 NULL. select concat(s_id, "--", s_bar_code) from `t_storage_order_detail` WHERE `s_sn` LIKE '%R2016091200002%' LIMIT 0, 1000; +--------------------------------+| concat(s_id, "--&qu

读书笔记:提高C++性能的编程技术   第1章 跟踪范例 1.1 关注点 本章引入的实际问题为:定义一个简单的Trace类,将当前函数名输出到日志文件中.Trace对象会带来一定的开销,因此在默认情况下不会开启Trace功能.问题是:怎么设计Trace类,使得在不开启Trace功能时引入的开销最小. 1.2 使用状态变量开关功能 用宏来开关Trace功能很简单,在不开启时开销完全没有: #ifdef TRACE Trace trace("aaa"); #endif 缺点是每次开关都需要

国家集训队1999论文集 陈宏:<数据结构的选择与算法效率——从IOI98试题PICTURE谈起>来煜坤:<把握本质,灵活运用——动态规划的深入探讨>齐鑫:<搜索方法中的剪枝优化>邵铮:<数学模型的建立.比较和应用>石润婷:<隐蔽化.多维化.开放化——论当今信息学竞赛中数学建模的灵活性>杨帆:<准确性.全面性.美观性——测试数据设计中的三要素>周咏基:<论随机化算法的原理与设计> 国家集训队2000论文集 陈彧:<信

来自: http://hchmsguo.iteye.com/blog/555543 MySQL中group_concat函数 完整的语法如下: group_concat([DISTINCT] 要连接的字段 [Order BY ASC/DESC 排序字段] [Separator '分隔符']) 基本查询 select * from aa; +------+------+ | id| name | +------+------+ |1 | 10| |1 | 20| |1 | 20| |2 | 20|

这篇文章将讲述immutable.js的基本语法和用法. 1.fromJs()  Deeply converts plain JS objects and arrays to Immutable Maps and Lists. immutable.fromJs([1,2,3]) 相当于 immutable.List([1,2,3])  把一个js数组转化为immutable的形式 查看list的大小  immutableA.size 或者  immutable.count() 判断是否是list

#########shell脚本命令#### 1.diff diff file file1 ####比较两个文件的不同 -c ####显示周围的行 -u ####按照一格式统一输出生成补丁 -r ####比较两个文件的不同 patch file file.path ####打补丁 -b ####备份原文件 mnt]# diff westos westos.new -c ###显示周围行 *** westos2016-11-22 04:04:37.782657053 -0500 --- westo