测序数据中经常会接触到fastq格式的文件,比如说拿到fastq格式的原始数据后希望查看测序碱基的质量并去除低质量碱基.一般而言大家都是用现有的工具,比如说fastqc这个Java写的小程序,确实很好用,运行速度快,检查的项目也多.有时候我们也需要对这些数据进行个性化的分析,那么这个时候这些小工具就不能胜任了,需要我们自己写程序(脚本)来处理.本人目前才疏学浅,因此只有一下三种方案: 1.完全自己写脚本,读取每一行,手动解析,然后实现个性化分析.(显然这个比较慢,相当于重造了一个转速很慢的轮子)

#!/usr/bin/perl -w use warnings; use strict; input_fastq trim_length}; ; my ($fastq, $trim_length) = @ARGV; open(FASTQ, $fastq) or die "Can't open $fastq\n"; while (my $readid = <FASTQ>) { chomp $readid; chomp (my $sequence = <FASTQ>

在分析中经常需要统计fasta/fastq文件的序列数和碱基数, 但是没有找到一些专门做这件事的小工具,可能是这个功能太简单了: 之前用自己写的perl的脚本统计这些信息, 当fastq文件非常大时,就变的很慢: 今天在网上搜到kseq.h可以parse fasta/fastq文件,用C写的, 速度很快: http://lh3lh3.users.sourceforge.net/parsefastq.shtml 自己试了一下, 在这个基础上添加个小功能, 命名为parse.c: #include

perl的文件句柄不仅支持普通文件, 还支持管道,今天需要统计一个fastq文件中的序列数和碱基数,而NGS的fastq文件一般都是gzip压缩的,所以 需要读取压缩文件中的内容,代码如下: my ($fastq) = @ARGV: my ($reads, $bases) = cal_sequence_info($fastq); print qq{$reads\t$bases\n}; sub cal_sequence_info { my $fastq = shift; my $file_hand

前言: 一直有个想法,就是把工作中遇到的坑通过自己的深挖,总结成一套相同问题的解决方案供各位同行拍砖探讨.眼瞅着2015年第一个工作日就要来到了,小匹夫也休息的差不多了,寻思着也该写点东西活动活动大脑和手指了.那么今天开始,小匹夫会记录一些平时工作中遇到的坑,以及小匹夫的应对方法,欢迎各位拍砖讨论.那么今天主要讨论一下Unity3D在移动端如何动态的读取外部文件,比如csv(txt),xml一类的文件.主要涉及的问题,就是PC端上本来测试的好好的东西,到了移动端就不能用了,所以要讨论一下PC端和

caffemodel是二进制的protobuf文件,利用protobuf的python接口可以读取它,解析出需要的内容 不少算法都是用预训练模型在自己数据上微调,即加载"caffemodel"作为网络初始参数取值,然后在此基础上更新.使用方式往往是:同时给定solver的prototxt文件,以及caffemodel权值文件,然后从solver创建网络,并从caffemodel读取网络权值的初值.能否不加载solver的prototxt,只加载caffemodel并看看它里面都有什么东

以下为一个完整的informatica读取ftp文件,并导入到系统中. 第一步: 通过shell脚本下载压缩包文件 /server/infa_shared/crm_prod/shell/ftpFromLive.sh $$ZIP_FILE_NAME shell脚本内容如下: #!/bin/bash filename=$ ftp -niv xxx.xxx.xxx.xxx <<-EOF user username password binary #服务器增加防火墙后,ftp请求已经修改为主动模式 p

在Android读取Word文件时,在网上查看时可以用tm-extractors,但好像没有提到怎么读取Word文档中字体的颜色,字体,上下标等相关的属性.但由于需要,要把doc文档中的内容(字体,下划线,颜色等)读取应用到android中(不包括图片和图表). 后面采用的是poi三方jar包(原包太大,可以从源代码里自己抽取有用的一些代码减少包的大小). 我的想法是:把doc中的内容解析出来后,加上html对应的标签,在android中通过Html.fromHtml在TextView中进行显示

一.背景 最近,在项目开发的过程中,遇到需要在properties文件中定义一些自定义的变量,以供java程序动态的读取,修改变量,不再需要修改代码的问题.就借此机会把Spring+SpringMVC+Mybatis整合开发的项目中通过java程序读取properties文件内容的方式进行了梳理和分析,先和大家共享. 二.项目环境介绍 Spring 4.2.6.RELEASE SpringMvc 4.2.6.RELEASE Mybatis 3.2.8 Maven 3.3.9 Jdk 1.7 Id

文章主要介绍了Javascript写入txt和读取txt文件的方法,需要的朋友可以参考下1. 写入 FileSystemObject可以将文件翻译成文件流. 第一步: 例: 复制代码 代码如下: Var fso=new ActiveXObject(Scripting.FileSystemObject); 创建一个可以将文件翻译成文件流的对象. 第二步:用于创建一个textStream 对象 括号里边有三个属性 1. 文件的绝对路径 2. 文件的常数 只读=1,只写=2 ,追加=8 等权限.(Fo

wjgl.aspx.cs: using System; using System.Collections; using System.Configuration; using System.Data; using System.Linq; using System.Web; using System.Web.Security; using System.Web.UI; using System.Web.UI.HtmlControls; using System.Web.UI.WebControl

sparkR读取csv文件 The general method for creating SparkDataFrames from data sources is read.df. This method takes in the path for the file to load and the type of data source, and the currently active SparkSession will be used automatically. SparkR suppo

 java读取properties文件的几种方法一.项目中经常会需要读取配置文件(properties文件),因此读取方法总结如下: 1.通过java.util.Properties读取Properties p=new Properties();  //p需要InputStream对象进行读取文件,而获取InputStream有多种方法:  //1.通过绝对路径:InputStream is=new FileInputStream(filePath);  //2.通过Class.getResou

ApexSQLLog可以只读取ldf文件 需要数据库在线 本文版权归作者所有,未经作者同意不得转载.

读取Excale表返回一个集合: package com.shiliu.game.utils; import java.io.File; import java.io.FileInputStream; import java.io.FileNotFoundException; import java.io.IOException; import java.io.InputStream; import java.lang.reflect.Field; import java.lang.reflec

在用eclipse做项目开发的时候我们常常会将一些重要的内容写在配置文件里面, 特别是连接数据库的url,username,password等信息,我们常常会新建一个properties文件将所有信息保存在里面 首先,File>new>file 然后输入你创建的名称,记住必须是properties作为后缀,例:db.properties 然后将文件放到你要放的的包中,最好是与原class文件在同一目录,方便读取 不多BB,来看如何读取 DBtil db = new DBtil();//已经创建

jsp读取properties文件 jsp中读取properties文件,并把值设到js变量中: mpi.properties文件内容: MerchantID=00000820 CustomerEMail=136992@163.com VirCardNoIn=000000000200 VerficationCode=hhdp2p 存储properties文件内容的jsp String Verfication = ResourceBundle.getBundle("mpi").getSt

最近项目用到ini文件,读取ini文件,方法如下: using System; using System.Collections.Generic; using System.Linq; using System.Text; using System.Collections.Specialized; using System.IO; using System.Runtime.InteropServices; using System.Windows.Forms; namespace test{ /

在web开发过程中,有些配置要保存到properties文件里,本章将给出一个工具类,用来方便读取properties文件. 案例: 1:config.properties文件 name=\u843D\u82B1\u6709\u610F str=\u6D41\u6C34\u65E0\u60C5 2:PropertiesUtil 类 package com.gcs.util; import java.io.BufferedInputStream; import java.io.FileInputS

1.方法一:采用OleDB读取EXCEL文件: 把EXCEL文件当做一个数据源来进行数据的读取操作,实例如下: public DataSet ExcelToDS(string Path) { string strConn = "Provider=Microsoft.Jet.OLEDB.4.0;" +"Data Source="+ Path +";"+"Extended Properties=Excel 8.0;"; OleDb