本文转自Y叔公众号 自己KEGG数据库好处: 可重复性好 没网也可以进行分析 步骤 1 在KEGG官网找到自己物种的3字符缩写 2 加载Y叔获取kegg.db 的R包 1 ##安装Y叔的包 2 library(remotes) remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb") #若报错 force ,则强制安装 remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb", for

参考:KEGG数据库中文教程 - 博奥  &[学习笔记]KEGG数据库 - 微信 学习一个技能最主要的事情你必须知道,那就是能通过它来做什么? KEGG数据库里面有什么? 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息,例如Glycolysis / Gluconeogenesis? 如何查询某一化合物的信息,例如Pyruvate? 如何查询Pyruvate涉及了哪些生化反应? 如何查询某一基因的信息,例如gltA ? 如何知道Bacillus subtilis是否有gltA? 如何查询 gl

目录 KEGG本地库文件 按物种拆分KEGG数据库 1.获得物种分类信息 2.获得物种分类的序列信息并建库 3.获得物种分类的K-ko对应文件 根据相似性原理,序列相似,功能相似,所有功能注释无非是用比对工具将输入序列比对到数据库序列,再将输入ID对应数据库ID,进一步对应到功能条目的关系. 数据库要么建到本地,要么联网调用API,一般的软件或包做注释都是通过联网来获得,或者调用依赖的一些专门注释的包(文件较大).工业生产中,一般需要构建本地数据库. 如果不对原始数据库按物种或其他分类来进行拆分

已知KEGG数据库中ko_map.tab文件,K-->ko: 目标文件:map-->K 代码示例: #! /usr/bin/perl -w use strict; my %seq; open IN, "ko_map.tab" or die $!; while(<IN>){ chomp; my ($ko,$map) = split(/\t/,$_,2); my @maps = split(/ /,$map); foreach my $elis (@maps){ i

KEGG数据库的使用方法与介绍 KEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系:基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图:另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K)标签.下面就首先来讲一下KEGG orthology. 任找一个

转载自https://mp.weixin.qq.com/s/pqbMXMkuqEXbLf31PTxGZQ KEGG简介 KEGG 数据库于 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版,目前发展为一个综合性数据库,其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库.在 KEGG ORTHOLOGY 数据库中,将行使相同功能的基因聚在一起,称为 Ortholog Groups (KO entries),每个 KO 包含多个基因信息,并

1)安装载入 ------------------------------------------- if("org.Hs.eg.db" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("org.Hs.eg.db")}suppressMessages(library(org.Hs.eg.db))

在SQL2008查找某数据库中的列是否存在某个值 --SQL2008查找某数据库中的列是否存在某个值 create proc spFind_Column_In_DB ( @type int,--类型:1为文字类型.2为数值类型 )--需要搜索的名字 ) as --创建临时表存放结果 create table #tbl(PK int identity primary key ,tbl sysname,col sysname) ),) begin declare curTable cursor fa

分享一个SQLSERVER脚本(计算数据库中各个表的数据量和每行记录所占用空间) 很多时候我们都需要计算数据库中各个表的数据量和每行记录所占用空间 这里共享一个脚本 CREATE TABLE #tablespaceinfo ( nameinfo ) , rowsinfo BIGINT , reserved ) , datainfo ) , index_size ) , unused ) ) ); DECLARE Info_cursor CURSOR FOR SELECT '[' + [name]

1.登陆成功后,首先进入某一个数据库 (不是指数据库服务器) use t1; //t1是数据库名 如图所示: 2.在此数据库中建立数据库表 2.1 先建立表结构(可以理解为表的列名,也就是字段名)在实际生产过程中,表结构是需要经过精心设计的. 通用的语法格式为: CREATE TABLE table_name (column_name column_type); 举例如下: create table tb3( id smallint unsigned auto_increment primary

报错: 分发数据库中可能存在不一致的状态: dist_backup_lsn {00000030:000001ba:0004},dist_last_lsn {00000030:000001cd:0004}.请执行 "sp_repldone NULL, NULL, 0, 0, 1",然后执行 sp_replflush.请重新初始化对发布的所有订阅. (源: MSSQLServer,错误号: 18846) 错误来自于: 第一个参数为dist_last_lsn,第二个参数为dist_backu

TODO:从数据库中随机抽取一条记录 1.最直接,最粗暴的方法先计算记录的总数,然后选择一个从0到记录总数之间的随机数n,利用skip跳过n条记录,这是效率低下的的方法,首先的记录总数,在用skip会很耗时间: 2.那么有什么办法能够提供效率呢,方法就是给每条记录添加一个0-1的随机因子random. "random" : 0.5127909016609585 想要在记录中查找一个随机记录,只要计算出一个随机数并作为查询条件就好了 Result = db.getCollection('

构造一棵easyui前台框架的一个树形列表为例后台框架是spring MVC+JPA. 先看一下数据库是怎么建的,怎么存放的数据 下面是实体类 /** * 部门类 用户所属部门(这里的部门是一个相对抽象的词) * 使用前缀编码,每级增加三个数字,如:第一级 001,第二级001001,第三级001001001 * @author Administrator * */ @Entity public class Department { private String id; //部门id priva

将文本数据导入到数据库中的方法有很多,将文本格式(csv和txt)导入到SQL Server中,bulk insert是最简单的实现方法 1,bulk insert命令,经过简化如下 BULK INSERT schema_name . table_name FROM 'data_file' WITH ( FIELDTERMINATOR = 'field_terminator', ROWTERMINATOR = 'row_terminator', DATAFILETYPE=‘WideChar’ )

一.本文所涉及的内容(Contents) 本文所涉及的内容(Contents) 背景(Contexts) 遇到的问题(Problems) 实现代码(SQL Codes) 方法一:拼接SQL: 方法二:调用模板存储过程创建存储过程: 总结 扩展阅读 参考文献(References) 二.背景(Contexts) 在我的数据库服务器上,同一个实例下面挂载着许多相同结构的数据库,他们为不同公司提供着服务,在许多时候我需要同时创建.修改.删除一些对象,存储过程就是其中一个,但是想要批量创建存储,这有些特

我们在<聊聊默认支持的各种配置源>和<深入了解三种针对文件(JSON.XML与INI)的配置源>对配置模型中默认提供的各种ConfigurationSource进行了深入详尽的介绍,如果它们依然不能满足项目中的配置需求,我们可以还可以通过自定义ConfigurationProvider来支持我们希望的配置来源.就配置数据的持久化方式来说,将培植存储在数据库中应该是一种非常常见的方式,接下来我们就是创建一个针对数据库的ConfigurationSource,它采用最新的Entity

将Oracle数据库中的数据写入Excel 1.准备工作 Oracle数据库"TBYZB_FIELD_PRESSURE"表中数据如图: Excel模板(201512.xls): 2.任务说明 我们要完成的任务就是将表"TBYZB_FIELD_PRESSURE"中的数据,按照Excel模板(201512.xls)的样式导入到一个新的Excel中.即:Excel模板(201512.xls)不改变,生成一个和它一样的Excel并且导入数据. 3.关键代码 // 使用Fie

PowerDesigner从SqlServer数据库中导入实体模型 时间 2013-06-28 10:26:34 CSDN博客 原文  http://blog.csdn.net/sxycxwb/article/details/9193825 主题 PowerDesigner SQL Server 一.开启数据库服务并配置ODBC数据源 1.开启数据库服务 (1)通过SQL Server Configuration Manager配置工具启动SQL Server服务或者用命令net start m

--关于null在oracle数据库中是否参与计算,进行验证,with td as (select null id,1 name from dual ),td1 as ( select null id,2 name from dual ) select * from td, td1 where nvl(td.id,'0.00') = '0' select '1'||'0.1' from dual number number -> char select to_char(3333.00,'999,

批量解密SQLSERVER数据库中的各种对象的工具dbForge SQL Decryptor2.1.11 之前写过一篇文章,使用redgate公司的SQL PROMPT工具,但是不太方便 SQLPROMPT5.3对各种加密对象的解密测试 SQL2005解密已经被加密的存储过程 昨天ahdung 童鞋介绍了这个工具给我,非常感谢他 dbForge SQL Decryptor这个工具的软件公司是devart,也是跟redgate公司一样,制作各种数据库辅助工具和编程工具的一家比较出名的软件公司 官网