在上一篇中,我已经讲解了展示marker基因的前两种图形,分别是tsne/umap图.热图,感兴趣的读者可以回顾一下.这一节我们继续学习堆叠小提琴图和气泡图. 3. 堆叠小提琴图展示marker基因 相比于其他可视化形式,小提琴图可以更直观地展示某一类亚群的某一个基因的表达分布情况.我的marker基因一共选了12个,下面来画图: Seurat内置的VlnPlot函数可以直接画, library(xlsx) markerdf2=read.xlsx("ref_marker2.xlsx",

TLDR: 我正在传播2个数据集: Kannada-MNIST数据集:28x28灰度图像:60k 训练集 | 10k测试集 Dig-MNIST:28x28灰度图像:10240(1024x10)(见下图) 虽然这些数字符号是坎纳达(Kannada)语言,但是Kannada-MNIST数据集是为了替代MNIST数据集. 此外,我正在分发一个用同一种语言(主要是该语言的非本地用户)编写的10k个手写数字的额外数据集Dig-MNIST,可以用作额外的测试集. 资源列表: GitHub?: https:/

细胞通讯分析可以给我们一些细胞类群之间相互调控/交流的信息,这种细胞之间的调控主要是通过受配体结合,传递信号来实现的.不同的分化.疾病过程,可能存在特异的细胞通讯关系,因此阐明这些通讯关系至关重要. CellPhoneDB配有详实的受配体数据库,其整合了此前的公共数据库,还会手动矫正,以得到更加准确的受配体注释.此外,针对受配体有多个亚基的情况,也进行了注释.下面这张图显示了CellPhoneDB配有的数据库包含多少种分泌蛋白和膜蛋白.蛋白质复合物.受配体关系,以及它们来源于什么数据库. 1.

在上一篇帖子中,我介绍了CellPhoneDB的原理.实际操作,以及一些值得注意的地方.这一篇继续细胞通讯分析的可视化. 公众号后台回复20210723获取本次演示的测试数据,以及主要的可视化代码. 所有的数据和结果文件均已打包,下载后直接就能跑下面的代码画图. 下面的代码可以绘制对称热图 (如果你不清楚为啥热图要沿着对角线对称,可以看一下之前的推文) library(tidyverse) library(RColorBrewer) library(scales) pvalues=read.ta

整合基因组浏览器(IGV)是一种高性能的可视化工具,用来交互式地探索大型综合基因组数据.它支持各种数据类型,包括array-based的和下一代测序的数据和基因注释. IGV这个工具很牛,发了NB: James T. Robinson, Helga Thorvaldsdóttir, Wendy Winckler, Mitchell Guttman, Eric S. Lander, Gad Getz, Jill P. Mesirov. Integrative Genomics Viewer. Na

个人的一些碎碎念: 聚类,直觉就能想到kmeans聚类,另外还有一个hierarchical clustering,但是单细胞里面都用得不多,为什么?印象中只有一个scoring model是用kmean进行粗聚类.(10x就是先做PCA,再用kmeans聚类的) 鉴于单细胞的教程很多,也有不下于10种针对单细胞的聚类方法了. 降维往往是和聚类在一起的,所以似乎有点难以区分. PCA到底是降维.聚类还是可视化的方法,t-SNE呢? 其实稍微思考一下,PCA.t-SNE还有下面的diffusion

期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:(2019年9月) IF:3.78 (2018) 单位:巴塞尔大学,瑞士 物种:人细胞系 技术:冷冻电子显微镜(Cryo-EM),单粒子电子显微镜 一. 概述: 本文描述了一种“差异视觉蛋白质组学”(DVP)方法,在蛋白质组学层面研究不同样本间蛋白质和蛋白质复合体的结构变化.细胞裂解后,用无损方式制备成单粒子电子显微镜的上机样品,扫描成像.图像中的单个蛋白质粒子被提取出来,排列,归类,用定量分析法找到阴.阳性对照样品间蛋

前面我们已经学习了单细胞转录组分析的:使用Cell Ranger得到表达矩阵和doublet检测,今天我们开始Seurat标准流程的学习.这一部分的内容,网上有很多帖子,基本上都是把Seurat官网PBMC的例子重复一遍,这回我换一个数据集,细胞类型更多,同时也会加入一些实际分析中很有用的技巧. 1. 导入数据,创建Seurat对象 library(Seurat) library(tidyverse) testdf=read.table("test_20210105.txt",head

今天的内容讲讲单细胞文章中经常出现的展示细胞marker的图:tsne/umap图.热图.堆叠小提琴图.气泡图,每个图我都会用两种方法绘制. 使用的数据来自文献:Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune cell diversity and immune subtypes associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma. 去年7月发表在Cell Re

上篇博客<iOS可视化动态绘制八种排序过程>可视化了一下一些排序的过程,本篇博客就来聊聊图的东西.在之前的博客中详细的讲过图的相关内容,比如<图的物理存储结构与深搜.广搜>.当然之前写的程序是比较抽象的.上篇博客我们以可视化的方式看了一下各种排序的过程,今天博客中我们就来可视化的看一下图的相关部分,今天我们要画的图是无向图,并且每个点到其他点都有直接的连线.今天我们就基于此图来做一些事情.当然本篇博客在画图时我们使用的是Bezier曲线来画的,因为之前也聊过关于Bezier的相关东

1:如何使用 1:点击下载:.NET可视化调试工具 (更新于2016-12-29 19:11:00) (终于彻底兼容了部分VS环境下无法使用的问题) 2:解压RAR后执行:CYQ.VisualierSetup.exe 成功后关掉提示窗口即可. PS:一次运行,支持各个VS版本,终身提高调试的效率,而且没任何副作用. 2:开源及后续升级地址: 开源地址:http://code.taobao.org/svn/cyqopen/trunk/CYQ.Visualizer/ 后续升级获取地址:https:/

Webstorm+Webpack+echarts   ECharts 特性介绍 ECharts,一个纯 Javascript 的图表库,可以流畅的运行在 PC 和移动设备上,兼容当前绝大部分浏览器(IE8/9/10/11,Chrome,Firefox,Safari等),底层依赖轻量级的 Canvas 类库 ZRender,提供直观,生动,可交互,可高度个性化定制的数据可视化图表. ECharts 3 中更是加入了更多丰富的交互功能以及更多的可视化效果,并且对移动端做了深度的优化.   1.npm

前面几篇博客都是关于排序的,在之前陆陆续续发布的博客中,我们先后介绍了冒泡排序.选择排序.插入排序.希尔排序.堆排序.归并排序以及快速排序.俗话说的好,做事儿要善始善终,本篇博客就算是对之前那几篇博客的总结了.而本篇博客的示例Demo也是在之前那些博客Demo的基础上做的,也算是集成了各种排序的方法,然后给出了可视化的解决方案.今天博客的内容还是比较有趣的. 因为本猿是做iOS开发的,所以就使用iOS相关的组件来表示上述各种排序的过程.使用可视化方式来感受一下上述这些排序方法的异同.本篇博客所使

首先说明一下,即使不熟悉fis3,阅读文本应该也会有所收获. 本文以fis-parser-imweb-tplv2插件为模板插件,目的不在于使用哪个模板,而是组件可视化的实现思路,不必担心. 先说说模板插件 首先说明一下,我们的项目使用的fis3自带的mod.js做模块化开发. fis-parser-imweb-tplv2插件是同事在imweb待着的时候写的.模板使用和jsp写法一致,文件类型为tpl类型 <div class="tips"> <em> <i

前言: 最近飞机失联的太多,明天要飞北京处理服务器双机热备的问题,航空保险已买,单号是:TF10122913. 至于我的银行卡密码,在我枕头下面的字条里,要是我之后没再更新文章,请通知我家人,哈哈哈哈. 好了,Joke 被 Play 后,下面 Enter 正文. 背景: 话说:使用CYQ.Data时,会经常断点MDataTable的对象,为了查看表格的数据内容,在监视里会常ToDataTable(),然后借可DataTable的可视化方式查看表格. 近日:心中莫名就来了一句话,不转行不行?狠想直

前言: 很久前,我发过两篇文章,分别介绍自定义代码版和可视化调试: 1:Visual Studio 小技巧:自定义代码片断 2:自定义可视化调试工具(Microsoft.VisualStudio.DebuggerVisualizers) 具体可以用两张图来表示: 1:自定义代码片断: 2:可视化调试工具: 问题来源: 某次,我发现自己的可视化调试的类库有点旧,想更新一下,却发现: 电脑上安装了VS2005.VS2008.Vs2012几个版本的VS,要到处打开路径,复制,粘贴,很烦. 复制完还得测

记得有朋友问老周,系统中的“计算器”应用的界面菜单是怎么做的.其实,你可以用VS 2015的新工具来查看它的界面结构. 实时可视化树工具只能查看XAML定义的界面,如WPF和Win App.现在,Win App都编译为本地代码,直接找可执行文件是走不通了. 但有了新的实时可视化工具,你可以自己去研究Win 10 App的界面,包括小娜面板在内都是可以查看的. 好,屁话不多说,就简单介绍一下如何用吧.其实很简单. 1.以管理员身份运行VS 2015,有的应用需要管理员权限,有的不用,以防万一,还是

星期一的早上,我在办公区鸟瞰窗外,目光所到之处,用顾城的那首"你看天时很近,看我时很远"倒是格外的应景.作为一名父亲,看着工位上3M的口罩,想想此刻还在熟睡的孩子,多少有些无奈--又是PM25指数200+的一天.这么大的中国,如何给孩子找一方净土,让孩子能够健康快乐的成长.正是带着这样的一个想法,我查询了几个我比较关注的城市的PM值,比如北京,成都,杭州,深圳,厦门等地方,都不理想,一种赶尽杀绝的节奏,难道在中国只能做君子,自强不吸?同时,我个人发现一个情况,我的手机是华为荣耀6plu

概念: visual formatting model,可视化格式模型 The CSS visual formatting model is an algorithm that processes a document and displays it on visual media. 它是一种规则,用于规定用户代理如何将DOM树展示在可视化媒体中. 通俗的说,我们在HTML中写一个p标签,在浏览器中打开之后,他会是以什么样子展现出来(他的宽度.高度是多少,他在哪里,他与相邻的元素是什么关系.)这

flask+sqlite3+echarts2+ajax数据可视化报错: UnicodeDecodeError: 'utf8' codec can't decode byte 解决方法: 将 py文件和html文件用用记事本打开,然后另存为,将编码ANSI改成:UTF-8