目录 1.conda安装 2.配置RepBase 3.RepeatMasker避坑 4.RepeatProteinMask避坑 5.RepeatModeler避坑 6.自定义重复序列库 后记 1.conda安装 conda安装虽然简单,但还是有很多坑,而且很多都是隐形的坑. # conda install -c bioconda repeatmasker conda install -c bioconda repeatmodeler repeatmodeler依赖于repeatmasker,因此

1.简介 RepeatMasker是一款基于Library-based,通过相似性比对来识别重复序列,可以屏蔽序列中转座子重复序列和低复杂度序列(默认将其替换成N).提供有在线服务.RepeatMasker在进行序列比对时可以选用常见的几种算法,包括nhmmer.cross_match.ABBlast/WUBlast.RMBlast .Decypher(可以安装多个比对引擎,但每次只能使用其中一个). Repbase是由美国遗传信息研究所(GIRI)创建并维护,收录了转座子和其他重复序列及其注释

RM是library-based,通过相似性比对来识别重复序列,可以屏蔽序列中转座子重复序列和低复杂度序列(默认将其替换成N).使用数据库Dfam和Repbase. The Dfam database is a collection of Repetitive DNA element sequence alignments, hidden Markov models (HMMs) and matches lists for complete Eukaryote genomes. Repbase是

以前有的是非完整时间写的博客,抽时间需要统一整理一下. 今天在重新装repeatmasker. 整个过程是这样的,有关联的事情有两个. 1. 装repeatmasker需要各种Prerequisites,其中就可能用到了blast,而之前一直找这个版本的blast,在ncbi硬是没有找到: For RMBlast ( NCBI Blast modified for use with RepeatMasker/RepeatModeler ) please go to our download pa

如果进行重复序列的预测,则使用RepeatModeler,可自身比对进行查找 安装 (1)下载地址:http://www.repeatmasker.org/RepeatModeler/ (2)RepeatModeler安装之前需要安装以下软件 perl RECON - De Novo Repeat Finder;  鉴定重复家族 RepeatScout - De Novo Repeat Finder; 从基因组中鉴定重复序家族序列 TRF - Tandem Repeat Finder RMBla

本文默认读者有一定的生信基础,没有基础的可以阅读以前的笔记内容. maker作为比较受人认可的基因组注释软件,其流程较为清晰简单. 不知何故,我的conda无法安装maker,故而采用手动安装方式. maker软件官网:http://www.yandell-lab.org/software/index.html. 植物基因组注释使用maker-p,包含了maker主程序和其他依赖: mkdir /abyss/soft/maker # 新建流程文件夹 植物基因组注释包含了一些东西: #maker

写在前面: 继续docker的学习,学习了docker的基本常用命令之后,我在docker上安装jdk,tomcat两个基本的java web工具,这里对操作流程记录一下. 软件准备: 1.jdk-7u79-linux-x64.tar.gz 2.apache-tomcat-8.0.36.tar.gz 下载centos镜像:(下载centos这个过程极其漫长) # 启动docker服务 service docker start # 检索centos镜像 docker search centos #

如果你正在构建一个基于 gulp 的前端自动化开发环境,那么极有可能会用到 gulp-sass ,由于网络原因你可能会安装失败,因为安装过程中部分细节会到亚马逊云服务器上获取文件.本文主要讨论在不变更网络环境的前提下安装 gulp-sass / node-sass . 问题描述 执行 npm install 安装软件包 gulp-sass $ npm install gulp-sass 这个过程中会先安装 node-sass ,因为 gulp-sass 依赖于 node-sass .中间出现的错

介绍 Sublime Text3使用jshint依赖Nodejs,SublimeLinter和Sublimelinter-jshint. NodeJs的安装省略. 安装SublimeLinter Sublime的包管理器安装SublimeLinter. 安装成功后如下: Package Control Messages ======================== SublimeLinter ------------- ____ _ _ _ _ _ _ / ___| _ _| |__ | (

Fabio(Go 语言):https://github.com/eBay/fabio Fabio 是一个快速.现代.zero-conf 负载均衡 HTTP(S) 路由器,用于部署 Consul 管理的微服务. Fabio 由 eBay Classifieds Group 开发,用于处理 marktplaats.nl 和 kijiji.it 的流量.Marktplaats 所有的流量都经过 Fabio ,每秒有 250000 个请求,分发于数个 Fabio 实例,并且没有出现任何延迟. 简单流程图

加载完光驱后 1进行ping命令查看网络是否通畅 2设置硬盘的标识为GPT(主要用于64位且启动模式为UEFI,还有一个是MBR,主要用于32位且启动模式为bois) parted -a optimal /dev/sda (parted)print     命令查看是否有除了sda其他分区 如果有则删除 (parted)rm 2(2为分区的编号,有其他的也需要一并删除) (parted)mklabel gpt  此操作会清除掉所有分区上的所有数据 如果是MBR 则使用命令mklabel msdo

Linux平台 Oracle 10gR2(10.2.0.5)RAC安装 Part3:db安装和升级 环境:OEL 5.7 + Oracle 10.2.0.5 RAC 5.安装Database软件 5.1 解压安装介质 5.2 开始安装db软件 5.3 root用户执行脚本 6.升级Database软件 6.1 升级db软件 6.2 root用户执行脚本 7.创建数据库 7.1 创建监听 7.2 创建ASM 7.3 创建数据库 Linux平台 Oracle 10gR2 RAC安装指导: Part1

Linux平台 Oracle 10gR2(10.2.0.5)RAC安装 Part1:准备工作 环境:OEL 5.7 + Oracle 10.2.0.5 RAC 1.实施前准备工作 1.1 服务器安装操作系统 1.2 Oracle安装介质 1.3 共享存储规划 1.4 网络规划分配 2.主机配置 2.1 使用yum安装oracle-validated包来简化主机配置的部分工作 2.2 共享存储配置 2.3 配置/etc/hosts 2.4 配置Oracle用户等价性 2.5 创建软件目录 2.6

来微信支付有2年多了,从2年前的互联网模式转变为O2O模式,主要的场景是跟线下的商户去打交道,不像以往的互联网模式,有产品经理提需求,我们帮忙去解决问题. 转型后是这样的,团队成员更多需要去寻找业务的方向,思考能为商户或者业务做点什么来体现其身价值,这样的转变是机会也是挑战,我一直相信在特别的环境下能迅速磨练出了跨岗位技能和综合素质,然而一路走来也发现了自己的短板(所谓的产品思维),并非想提升就可以,有时候感到自己很无能. 于是这样熬过来,暗示自己保持积极乐观的心态,平时使用一些通用的方法来提醒

Tlinux2.2发行版基于CentOS 7.2.1511研发而成,内核版本与Tlinux2.0发行版保持完全一致,更加稳定,并保持对Tlinux2.0的完全兼容.Mono 4版本要求CentOS 7,tLinux 1.2 通过源码编译方式进行安装4.8 有无数错误,主要是Mono 4.8 用了新的Cmake编译,这里介绍tLinux2.2 下源码安装Mono 4.8 . 一.  系统更新的体验和CentOS7一样,运行yum –y update 二.  安装Mono源码安装需要的库 yum -

如有需要WPF工具的朋友可以移步 工欲善其事,必先利其器 之 WPF篇: 随着开发轨迹来看高效WPF开发的工具和技巧 之前一篇<c++的性能, c#的产能?!鱼和熊掌可以兼得,.NET NATIVE初窥>承蒙大家喜爱和编辑推荐,在此非常感谢大家支持.在回复中我发现很多朋友还在使用老的IDE,当然有些是公司决定的,和个人无关.但是有条件的话还是新的IDE比较适合大家,毕竟新的IDE会有新的特性来减少大家编程时间,加快效率,这样就会挤出更多的时间给大家思考.做.NET, VS是必备的.所以这次我想

写在前面: Just mark! 创建linux虚拟机的时候经常要安装JDK,配置环境变量,却又经常忘记,这里记录一下. 环境:Centos-6.8-x86_64-minimal JDK :jdk-7u79-linux-x64.tar.gz 安装: 解压jdk压缩包 tar zxvf jdk-7u79-linux-x64.tar.gz 配置环境变量 1.编辑 /etc/profile文件 vi /etc/profile 2.在profile文件尾部加入 export JAVA_HOME=/web

Linux主要分为两大系发行版,分别是RedHat和Debian,lamp环境的安装和配置也会有所不同,所以分别以CentOS 7.1和Ubuntu 14.04做为主机(L) Linux下安装软件,最常见有源码安装方式.RPM/deb安装方式.yum/apt-get安装方式等,在这里使用yum/apt-get安装LAMP开发环境 CentOS 7.1 下安装LAMP开发环境及配置文件管理 安装并配置Apache [root@localhost ~]# yum install httpd 默认安装

1.什么是虚拟机? 虚拟机指通过软件模拟的具有完整硬件系统功能的.运行在一个完全隔离环境中的完整计算机系统 2.安装Linux虚拟机前要做的准备 2.1:一台windows环境的pc 2.2:下载VMware软件 2.3:下载Centos6.3的iso镜像 3.VMware软件的下载与安装 3.1:什么是VMware? VMware是一个虚拟PC的软件,可以在现有的操作系统上虚拟出一个新的硬件环境:相当于模拟出一台新的PC,以此来实现在一台计算机上真正同时运行两个操作系统. VMware官网:h

1 php -v查看php版本 2 brew search php|grep redis 搜索对应的redis   ps:如果没有brew 就根据http://brew.sh安装 3 brew install 安装对应的redis 4 找到php.ini添加extension_dir=路径(redis.so所在的路径) 5 如果没有extension=redis.so就添加 6 重启apache或者ngnix