Uniprot数据库是Universal Protein的英文缩写,是信息最丰富.资源最广的蛋白质数据库. UniprotKB由两部分组成: UniProtKB/Swiss-Prot 高质量的.手工注释的.非冗余的数据集,这些数据都是由质量保证的. UniProtKB/TrEMBL 该数据集包含高质量的计算分析结果,需要我们手工注释.     当我们搜索蛋白质时,就会如下显示多个蛋白质的信息:   Entry:是Uniprot给每个蛋白质赋予的独一无二的ID Entry name:是蛋白ID的简

Nr,GenBank, RefSeq, UniProt 数据库的异同 有的文章在做DEG分析时,会把reads比对到RefSeq的转录组上.我也没搞清楚这和直接比对到常规转录组上有什么区别. 文章:Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Dynamic Changes in lncRNA Expression during Reprogramming 方法:For differential expression analysis, we aligne

Uniprot 数据库是收录信息最全面的蛋白质数据库,包含swissport, uniparc, TrEMBL 3个子数据库: 其中swiss-prot 是手工核对过的 ,非冗余, 有详细注释信息的蛋白数据库,也是最常用的数据库: 该数据库收录了不同物种的蛋白信息,以人类为例, 数据库中可以看到如下的信息: http://www.uniprot.org/uniprot/?query=*&fil=organism%3A%22Homo+sapiens+%28Human%29+%5B9606%5D%2

一.数据库基础知识 1.概念 数据库全称数据库管理系统,简称DBMS,是一种在计算机中,针对数据进行管理.存储.共享的一种技术. 2.分类 数据库的发展过程中,按逻辑模型可分为以下几种: 3.关系型数据库 PS: 1.候选键.主键.外键都是需要用户来定义的,一般来说,这些键的定义都会和业务.真实数据匹配. 2.NF范式:在关系模型数据库中为了排除数据的冗余.数据的完整性.排除新增或删除数据的异常,通常引入范式的概念: 范式简称NF,总计有6种:1NF\2NF\3NF\BCNF\4NF\5NF;

转自:http://supportopensource.iteye.com/blog/678898 一.数据库管理概述 在完成Oracle软件安装后,DBA就应该对组织和管理数据库负责任,其主要任务是: (1)启动和关闭数据库: (2)创建数据库: (3)删除数据库: (4)调整初始化参数: (5)管理网络. 对于数据库的管理,必须要具有SYSDBA和SYSOPER的角色,才有权启动.关闭.运行数据库.SYSDBA角色拥有SYS数据表的所有权限,SYSOPER的角色拥有Public数据表的所有权

如果在 Access 数据库中删除数据或对象,或者在 Access 项目中删除对象,Access 数据库或 Access 项目可能会产生碎片并会降低磁盘空间的使用效率.压缩 Access 数据库或Access项目实际上是复制该文件,并重新组织文件在磁盘上的存储方式.压缩同时优化了 Access 数据库和 Access 项目的性能. 所以我们在对日益增大的数据库导致的ASP程序慢得无法忍受的时候,就想到了要压缩他.但常规的做法把他下载到本地然后用MSaccess来完成压缩操作,然后再上传! 需要注

HGNC 全称为HUGO Gene Nomenclature Committee, 叫做 HUGO基因命名委员会,负责对人类基因组上包括蛋白编码基因, ncRNA基因,甲基因和其他基因在内的所有基因提供一个唯一的,标准的,可以广泛传播的symbol; 数据库的主页为 http://www.genenames.org/ 对于每个human的基因来说,在HGNC数据库中会有一个数字标识的唯一ID, 也会有一个唯一的symbol, HCNC数据库提供了免费下载的功能: 下载对应的链接,命令为 lftp

ylbtech-杂项-DB:时序数据库 1.返回顶部 1. 时序数据库全称为时间序列数据库.时间序列数据库主要用于指处理带时间标签(按照时间的顺序变化,即时间序列化)的数据,带时间标签的数据也称为时间序列数据. 时间序列数据主要由电力行业.化工行业等各类型实时监测.检查与分析设备所采集.产生的数据,这些工业数据的典型特点是:产生频率快(每一个监测点一秒钟内可产生多条数据).严重依赖于采集时间(每一条数据均要求对应唯一的时间).测点多信息量大(常规的实时监测系统均有成千上万的监测点,监测点每秒钟都

Uniprot,全名Universal Protein,其整合了Swissprot.TrEMBL和PRI-PSD三大数据库,是目前使用非常广泛的蛋白质数据库 常规物种的蛋白质组学研究一般会使用Uniprot数据库的蛋白序列作为查库序列,因此蛋白组学的结果常以uniprot ID作为识别ID,而且Uniprot数据库还与其他公共库进行了关联,丰富了蛋白相关的信息 这里主要是对Uniprot的API进行一个小结.之前略微了解过KEGG的API,能非常方便的通过URL以及编程命令轻松访问KEGG数据库

什么是数据库? 是存放数据的电子仓库.以某种方式存储百万条,上亿条数据,供多个用户访问共享. 每个数据库都有一个或多个不同的api用于创建.访问,管理和复制所保存的数据. 数据库分关系型数据库和非关系型数据库 什么是关系型数据库? 依据关系模型创建的数据库,把数据保存在不同的表中,表与表存在着某些关系. 特点: 1.安全 2.保持数据的一致性 3.实现对表与表进行复杂的数据查询 常见的关系型数据库: 1.db2 2.oracle 3.mysql 4.sql server 什么是非关系型数据库?

目录 1. eggNOG简介 2. eggNOG-Mapper注释原理 3. eggNOG 5.0数据资源 4. eggNOG-Mapper使用 5. NOG.KOG.COG.KEGG.GO区别? 1. eggNOG简介 最近考虑到所用的一些数据库太旧了,需要更新.在整理的时候发现eggNOG数据库在去年的时候已经做了一次更新eggNOG 5.0: a hierarchical, functionally and phylogenetically annotated orthology reso

Oracle手边常用命令及操作语句 作者:白宁超 时间:2016年3月4日11:24:08 摘要:日常使用oracle数据库过程中,常用脚本命令莫不是用户和密码.表空间.多表联合.执行语句等常规操作.另外表的导入导出也很常用,这些脚步命令之前都做有总结,今统一整理出最为常用的语句,使用方便而已. 1 oracle数据安装相关 oracle安装后自动生成sys(默认密码sysdba,最高权限)和system(管理员操作权限)用户 常用操作: 导出dmp: exp userbnc/userbnc@M

导读 今天的主要内容是:两个管理员用户sys&system.数据库的逻辑备份和逻辑恢复.数据字典.表空间&数据文件. 一.Oracle数据库管理员的职责(了解) 数据库管理员(dba)是对数据库数据进行维护和管理的工作者,一般有以下职责/工作: 安装和升级Oracle数据库. 建库.表空间.表.视图.索引...... 指定并实施数据的备份和恢复计划. 数据库权限管理.调优.故障排除. 对于高级dba,要求能参与项目开发,会编写sql语句.存储过程.触发器.规划.约束.包等内容. 二.Ora

存储管理 查询块的大小:show parameter db_block_size database:数据库 tablespace:表空间 datafile:数据文件 segments:段 extents:扩展(范围) dba_extents:每一个扩展的信息 dba_segments:段的信息 add datafile:添加数据文件 rollback:回滚(做完一个命令后悔了可以用回滚回到上一个命令) objects:对象 user_tables:用户的表 dba:数据库所有 including

时序数据库 时序数据库全称为时间序列数据库.主要用于处理带时间标签(按照时间的顺序变化,即时间序列化)的数据,带时间标签的数据也称为时间序列数据.时间序列数据主要由电力行业.化工行业.物联网行业等各类型实时监测.检查与分析设备所采集.产生的数据,这些数据的典型特点是:产生频率快(每一个监测点一秒钟内可产生多条数据).严重依赖于采集时间(每一条数据均要求对应唯一的时间).测点多信息量大(常规的实时监测系统均有成千上万的监测点,监测点每秒钟都产生数据,每天产生几十GB的数据量). 时序数据库最新排名

说明: ①Elm格式: PLMD ID    Uniprot Accession    Position     Type     Sequence   Species    PMIDsPlMD编号 Uniprot数据库编号         位点 翻译后修饰类型 序列信息 物种 PMID PLMD-1   O00115     52     Ubiquitination  MIPLLLAALLCVPAGALTC Homo sapiens   21963094;23266961 ②代码说明:从上述

psp 项目 内容 开始时间 结束时间 被打断 净时间 12月2日 写博客 对各小组评价 11:20 12:05 0 45 写博客 final评价1 23:40 23:57 0 17 12月5日 看论文 数据集搜索+特征提取 9:00 10:00 0 60 12月6日 数据库 UNIProt数据库下载数据 8:50 11:30 0 180 讨论班 组内讨论 13:30 15:50 0 140 算法学习 PSIblast学习 16:00 20:50 90 200 12月7日 写代码 蛋白质序列+位

http://www.educity.cn/jiaocheng/j9415.html JSP程序员常用的技术   第1章 JSP及其相关技术导航 [本章专家知识导学] JSP是一种编程语言,也是一种动态网页开发技术,要用它完成实践项目工程的开发,需要掌握的知识点比较多.为了让读者对JSP这一开发技术的知识体系有个全面.清晰的了解,为后续的学习打下基础,本章将首先讲述作为一名JSP程序员应该掌握的技术知识体系和本书的内容安排.接着,对JSP技术进行了简要的介绍,使读者了解JSP技术的功能和优势.读

前言 随着Devops.云计算.微服务.容器等理念的逐步落地和大力发展,机器越来越多,应用越来越多,服务越来越微,应用运行基础环境越来多样化,容器.虚拟机.物理机不一而足.面对动辄几百上千个虚拟机.容器,数十种要监控的对象,现有的监控系统还能否支撑的住?来自于容器.虚拟机.物理机.网络设备.中间件的指标数据如何采用同一套方案快速.完整的收集和分析告警?怎样的架构.技术方案才更适合如此庞大繁杂的监控需求呢? 上篇文章<建设DevOps统一运维监控平台,先从日志监控说起>主要从日志监控的方面进行了

目录 来源 一.简介 二.结果 基因组组装 重复序列和转座子 基因组特征和基因注释 绿豆的驯化 豆科基因组复制历史 基于转录组分析的豇豆属形成 绿豆育种基因组资源 三.讨论 四.方法 材料 组装 SNP/INDEL 分析和全基因组比对 遗传图谱构建 转座子(TE)检测和重复序列屏蔽 基因预测和注释 转录因子(TF)鉴定 非编码RNA鉴定 转录组组装和豇豆物种形成分析 抗病基因鉴定 全基因组复制分析 来源 Kang, Y., Kim, S., Kim, M. et al. Genome seque