abline 函数的作用是在一张图表上添加直线, 可以是一条斜线,通过x或y轴的交点和斜率来确定位置:也可以是一条水平或者垂直的线,只需要指定与x轴或y轴交点的位置就可以了 常见用法: 1)添加直线 水平线: 通过h 参数设置直线与y轴的交点就可以了,代码示例如下: plot(1:5, 1:5, xlim = c(0,6), ylim = c (0,6)) abline(h = 0, col = "red") 效果如下: 垂直线: 通过v 参数设置直线与x轴的交点就可以了,代码示例如下

abline 函数的作用是在一张图表上添加直线, 可以是一条斜线,通过x或y轴的交点和斜率来确定位置:也可以是一条水平或者垂直的线,只需要指定与x轴或y轴交点的位置就可以了 常见用法: 1)添加直线 水平线: 通过h 参数设置直线与y轴的交点就可以了,代码示例如下: plot(1:5, 1:5, xlim = c(0,6), ylim = c (0,6)) abline(h = 0, col = "red") 效果如下: 垂直线: 通过v 参数设置直线与x轴的交点就可以了,代码示例如下

op <- par(mfrow = c(2, 2)) #设置画布 p2 <- curve(x^2, 0, 1) #绘制曲线 legend("topleft", inset = .05, title = " Functions", legend = " y = x^2") #添加标注 abline(h = 0, v = 0.3, lty = 3, col = "red") #绘制参考线 p3 <- curve(

Nice R Code Punning code better since 2013 RSS Blog Archives Guides Modules About Markov Chain Monte Carlo 10 JUNE 2013 This topic doesn’t have much to do with nicer code, but there is probably some overlap in interest. However, some of the topics th

PPPcode{white-space: pre;} pre:not([class]) { background-color: white; }if (window.hljs && document.readyState && document.readyState === "complete") { window.setTimeout(function() { hljs.initHighlighting(); }, 0);} .main-contain

原理: 主成分分析 - stanford 主成分分析法 - 智库 主成分分析(Principal Component Analysis)原理 主成分分析及R语言案例 - 文库 主成分分析法的原理应用及计算步骤 - 文库 主成分分析之R篇 [机器学习算法实现]主成分分析(PCA)--基于python+numpy scikit-learn中PCA的使用方法 Python 主成分分析PCA 机器学习实战-PCA主成分分析.降维(好) 关于主成分分析的五个问题 多变量统计方法,通过析取主成分显出最大的个

As always a more colourful version of this post is available on rpubs. Even if LM are very simple models at the basis of many more complex ones, LM still have some assumptions that if not met would render any interpretation from the models plainly wr

功效分析:可以帮助在给定置信度的情况下,判断检测到给定效应值时所需的样本量,也可以在给定置信水平的情况下,计算某样本量内可以检测到的给定效应值的概率 1.t检验 案例:使用手机和司机反应时间的实验 library(pwr) # n表示样本大小 # d表示标准化均值之差 # sig.level表示显著性水平 # power为功效水平 # type指的是检验类型 # alternative指的是双侧检验还是单侧检验 pwr.t.test(d=.8,sig.level = .05,power = .9

进行数据初步处理(perl) 统计amplicon的RC(read counts),并且相互overlap大于75%的amplicon合并起来 统计每个amplicon的GC含量,均值, 性别识别并校正,文库大小.长度.GC含量标准化 文库大小标准化 某个sample的文库大小(read counts * amplicon length) / 平均每个ampicon文库大小(sum(read counts * amplicon length) / amplicon size)) 标准化前 标准化

如果你的职业定位是数据分析师/计算生物学家,那么不懂PCA.t-SNE的原理就说不过去了吧.跑通软件没什么了不起的,网上那么多教程,copy一下就会.关键是要懂其数学原理,理解算法的假设,适合解决什么样的问题.学习可以高效,但却没有捷径,你终将为自己的思维懒惰和行为懒惰买单. 2019年04月25日 不该先说covariacne matrix协方差矩阵的,此乃后话,先从直觉理解PCA.先看一个数据实例,明显的两个维度之间有一个相关性,大部分的方差可以被斜对角的维度解释,少数的noise则被虚线解

1)airway简介 在该workflow中,所用的数据集来自RNA-seq,气道平滑肌细胞(airway  smooth muscle cells )用氟美松(糖皮质激素,抗炎药)处理.例如,哮喘患者使用糖皮质激素来减少呼吸道炎症,在该实验设计中,4种细胞类型(airway smooth muscle cell lines )用1微米地塞米松处理18个小时.每一个cell lines都有对照与处理组(a treated and an untreated sample).关于实验设计的更多信息可

Customizing graphics GraphicsLaTeXLattice (Treillis) plots In this chapter (it tends to be overly comprehensive: consider it as a reference and feel free to skip it), we consider all the configurable details in graphics: symbols, colours, annotations

功效分析 功效分析可以帮助在给定置信度的情况下,判断检测到给定效应值时所需的样本量.反过来,它也可以帮助你在给定置信度水平情况下,计算在某样本量内能检测到给定效应值的概率.如果概率低得难以接受,修改或者放弃这个实验将是一个明智的选择. 10.1假设检验速览 在研究过程时,研究者通常关注四个量:样本大小.显著性水平.功效和效应值.样本大小指的是实验设计中每种条件/组中观测的数目.显著性水平(也称为alpha)由I型错误的概率来定义.也可以把它看做是发现效应不发生的概率.功效通过1减去II型错误的概

憔悴到了转述中文综述的时候了........ 在统计学角度来看,时间序列分析是统计学中的一个重要分支, 是基于随机过程理论和数理统计学的一种重要方法和应用研究领域.  时间序列按其统计特性可分为平稳性序列和非平稳性序列. 目前应用最多的是Box一JenkinS 模型建模法, 它是由G.E.P.Box和英国统计学家G.M.JenkinS于1970年首次系统提出的.Box一JenkinS方法是一种较为完善的统计预测方法 , 他们的作用是为实际工作者提供了对时间序列进行分析.预测 , 以用对ARMA模

本例使用forecast包中自带的数据集wineind,它表示从1980年1月到1994年8月, 由葡萄酒生产商销售的容量不到1升的澳大利亚酒的总量.数据示意如下: #观察曲线簇 len=1993-1980+1 data0=wineind[1:12*len] range0=range(data0)+c(-100,100) plot(1:12,1:12,ylim=range0,col='white',xlab="月份",ylab="销量") for(i in 1:le

这篇文章更多的是对于混乱的中文资源的梳理,并补充了一些没有提到的重要参数,希望大家不会踩坑. 1. 简介 1.1 背景 WGCNA(weighted gene co-expression network analysis,权重基因共表达网络分析)是一种分析多个样本基因表达模式的分析方法,可将表达模式相似的基因进行聚类,并分析模块与特定性状或表型之间的关联关系,因此在基因组研究中被广泛应用. 相比于只关注差异表达的基因,WGCNA利用数千或近万个变化最大的基因或全部基因的信息识别感兴趣的基因集,并

y,X1,X2,X3 分别表示第 t 年各项税收收入(亿元),某国生产总值GDP(亿元),财政支出(亿元)和商品零售价格指数(%). (1) 建立线性模型: ① 自己编写函数: > library(openxlsx) > data = read.xlsx("22_data.xlsx",sheet = 1) > x = data[,-c(1,2)] > x = cbind(rep(1,17),x) > x_mat = as.matrix(x) > y

#----------------------------------------# # R in Action (2nd ed): Chapter 10 # # Power analysis # # requires packages pwr to be installed # # install.packages("pwr") # #----------------------------------------# par(ask=TRUE) library(pwr) # t te

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Contents 数据来源 代码演示 讨论 一.数据来源 为了节省时间,我直接用了官方所给的数据,分别是雄性和雌性小鼠的肝脏芯片数据 Female Data Male Data 二.代码演示 数据输入 library(WGCNA) femData<-read.csv("LiverFemale3600.csv") dim(femData) names(femData) datExpr0 = as.data.frame(t(femData[, -c(1:8)])) names(dat