NCBI淘汰序列GI - 使用Accession.Version代替! 截至2016年9月,被称为“GI”的整数序列标识符将不再包括在NCBI支持的序列记录的GenBank,GenPept和FASTA格式中.FASTA标题将进一步简化,以便仅报告国际序列数据库协作(INSDC)和NCBI参考序列(RefSeq)项目管理的登录的序列登录号和记录标题. 当NCBI进行此转换时,我们鼓励具有依赖于GI的工作流的任何用户开始计划使用accession.version标识符.2016年9月之后,任何完全依

写在前面 第八周实验报告的deadline马上就要到了,大家都在奋笔疾书.这次的实验报告中有一个十分秃然的任务,要求学生用C语言编写一段代码,来处理编码问题. 我的ddl是在第七周,所以较早地解决了这个问题.但解决过程也是十分的秃然.鉴此,我决定分享一下这个任务的解决经验,希望给予需要的同学一点微薄的帮助. 索引 写在前面 EM卡韦根32/24格式卡号转换的实现 1.1 问题概述 1.2 EM卡的ID格式 1.3 规划卡号转换思路 1.4 代码实现 写在最后 注:本篇文章中的所有图片均添加了ti

代码示例: use Bio::DB::EUtilities; my @ids = qw(CAB02640 EAS10332 YP_250808 NP_623143 P41007); my $factory = Bio::DB::EUtilities->new(-eutil => 'efetch', -db => 'protein', -id => \@ids, -email => 'mymail@foo.bar', -rettype => 'gi'); my @gis

1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量值.phred软件在对reads进行base calling的时候会给出每一个碱基的质量值,这个质量值的计算与测序预期错误率相关(estimated probability of error): Phred Quality Score     Probability of incorrect bas

fasta格式 在生物信息学中,FASTA格式(又称为Pearson格式),是一种基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式.在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来编码,且允许在序列前添加序列名及注释. 格式 序列文件的第一行是由大于号">"或分号";"打头的任意文字说明(习惯常用">"作为起始),用于序列标记.从第二行开始为序列本身,只允许使用既定的核苷酸或氨基酸编码符号(参见下表).通常核苷酸符号大小写均可,而氨基酸常用大写字母

CString中Format函数与格式输入与输出 Format是一个非经常常使用.却又似乎非常烦的方法,下面是它的完整概貌.以供大家查询之用:   格式化字符串forma("%d",12)意思是将一个整形的格式化的字符(我觉得是保持其形状不变)  1).格式说明总是以%字符開始,下面是不同类型数据的格式方式%号后的说明:  d输出带符号十进制数  o输出无符号八进制数  x输出无符号十六进制数  u输出无符号数  c输出单个字符  s输出一串字符  f位小数)  e以指数形式输出实数 

场景:格式化银行卡444格式 手机号344格式 身份证号684格式 校验数据格式,replace后光标定位错乱 或光标一直定位在最后 解决,只针对input,代码用的vue: 获取光标位置: getCursorPos(obj) { var CaretPos = 0; // IE Support if (document.selection) { obj.focus(); var Sel = document.selection.createRange(); Sel.moveStart('char

转载]Blast本地化:使用Blastall进行数据库比对 (2012-02-13 21:25:31)   用blastall进行序列比对 blastall是最常用的blast程序之一,其功能非常强大,其下面有非常多的参数,但是一般使用的参数如:-p.-i.-d.-o.-e等几个. -p: 执行的程序名称 -d: 搜索的数据库名称 -i : 要查询的序列文件名(Query File) -e:(数学)期望值(Expectation value),E值是个统计阈值,缺省值10, 意指比对结果中由于随

Blast,全称Basic Local Alignment Search Tool,即"基于局部比对算法的搜索工具",由Altschul等人于1990年发布.Blast能够实现比较两端核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能,它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低. Blast的运行方式是先用目标序列建数据库(这种数据库称为database,里面的每一条序列称为subject),然后用待查序列(query)在database中搜索,每一条query与da

随着抗生素药物的发现及使用,越来越多的耐药菌株由此产生.而耐药菌株的发展则会增加疾病治疗的难度和成本,因此耐药微生物的研究则显得尤为重要.目前,通过对耐药基因的鉴定挖掘能够一定程度上帮助我们揭开耐药机制,为疾病的治疗.药物研发提供参考.ARDB是最先整合了各种微生物中抗药基因的数据库,但它从2009年开始就不再更新.而CARD(the Comprehensive Antibiotic Research Database)数据库包含了ARDB数据库中所有抗性信息,并搭建了一个基于志愿者贡献的数据共

当我们想要从genbank 中下载序列的时候,总需要点击右上角的download 按钮,选择对应的格式,然后通过浏览器进行下载,这样反复的点击很费时间了 其实可以通过bioperl 自动化的完成下载: 代码如下: #!/usr/bin/env perl use Bio::SeqIO; use Bio::DB::GenBank; my ($acc, $out_dir) = @ARGV; ; system qq{mkdir -p $out_dir} if not -d $out_dir; my $s

1.把BLAST的压缩文件解压,然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下:2.制作软链接,将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下,eg:ln -s /home/username/blast/bin:3.在当前用户目录下,编辑bashrc文件,在文件中加入export PATH=/home/username/bin/=$PATH;4.在当前目录下,将数据文件格式化,$formatdb -i filename.后缀 -p F -o T 5.将待进行blas

SAINT的介绍 SAINT(Significance Analysis of INTeractome)是一种概率方法,用于在亲和纯化-质谱(AP-MS)实验中对阴性对照的诱饵-猎物相互作用进行打分,从而获取与靶向蛋白具有可能互作关系的蛋白. SAINTexpress是SAINT的改进版,具有更简单的统计模型和更快的评分算法,显著提高了计算速度和评分的敏感性,下面简单介绍一下这个软件的使用. SAINTexpress的使用 下载与安装 wget https://sourceforge.net/p

1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷酸序列数据库(F - nucleotide)/蛋白质序列数据库(T – protein),default = T -a 输入数据库的格式是否为ASN.1/FASTA [T/F],default = F -o 解析选项:解析序列标识并且建立目录[T/F],default = F -l 自定义log文件命令defa

目录 1.准备本地数据库文件 1.1 NR库下载 1.2 Taxonomy数据库下载 2.按物种拆分NR库 2.1 第一步:获得Aceesson和分类物种的对应关系 2.2 第二步:获得分类物种的序列 2.3 第三步:建库和比对 1.准备本地数据库文件 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库,是所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列.Taxonomy物种分类数据库,包括大于7万余个物种的名字和系谱,这些物种都至

关于 Tableau Tableau 帮助人们将数据转化为可以付诸行动的见解.探索无所不能的可视化分析.只需点击几下即可构建仪表板,进行即兴分析. Tableau与R对比: 1.从开发的角度讲,Tableau开发上手容易效率高,只要有excel的基础,1天内Tableau就可以出门,并且对数据的导入和加载都是向导式,简单明了,但是R是完全靠代码实现的,需要单独理解和学习一下R脚本: 2.从使用角度讲,Tableau可以实现交互式报表,让用户自己参与和发现问题,可视化效果当然也比R要绚丽很多,R一

#include<stdio.h> #include<string.h> #include<stdlib.h> #define NUM 1000 void enter(); void search_num(); void dele_num(); void modi_num(); void browse(); void count(); void load(); void add(); void menu(); int n; //员工的总数 struct emploee

来源:http://blog.chinaunix.net/uid-21566578-id-438233.html 注意对比:[python]argparse模块 作者:limodou版权所有limodou(chatme@263.net) 如要转载请保留此信息! 在运行程序时,你可能需要根据不同的条件,输入不同的命令行选项来实现不同的功能.目前有短选项和长选项两种格式.短选项格式为"-"加上单个字母选 项:长选项为"--"加上一个单词.长格式是在Linux下引入的.许

总体上来说,发送命令格式如下:模块号(1字节)功能码 起始地址(2字节)   数据(X字节) CRC(2位) 模块号(1字节)功能码(要读取的寄存器,读 01,设置05,Coil Status/Input Status,1字节)起始地址(2字节,H->L) 数据 CRC校验 响应格式 模块号(1字节)功能码(1字节)字节数 数据(H->L) CRC校验 功能码:01 读取线圈状态,取得一组逻辑线圈的当前状态(ON/OFF) 模块号(1字节)功能码 起始地址(2字节,H->L) 读取位数(

同学们把自己的coding主页链接贴在评论里,要求格式"班号+学号+coding主页链接",如: "1301+13061193 + https://coding.net/u/SivilTaram" (主页的格式统一为 https://coding.net/u/xxxx ,其中 xxxx 为同学们的用户名) [最新:2016.3.22号更新] 现收集信息汇总如下,希望没有信息的同学尽快补充完整 1,2班同学 学号 姓名 博客地址 Coding主页地址 20110401