ST-E00211::H5L3NCCXY:::: chr14 141M = - ACTTCACCTCCTGGAGTCCTGGACTTCCCCACATCTCCCCTGCCCCTCCCACGTTTCCATAGTCCAAGGGCCAGAGTAAATGAAAATACAGCAGCCGCCCAAGCAATGGGGCCCATGCTGGGGCTTCAGTCATCCCCATGT JFJFJFJJJJJJJJJJJJJJJFAJJJJJJJJJFFJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJ

测序数据中经常会接触到fastq格式的文件,比如说拿到fastq格式的原始数据后希望查看测序碱基的质量并去除低质量碱基.一般而言大家都是用现有的工具,比如说fastqc这个Java写的小程序,确实很好用,运行速度快,检查的项目也多.有时候我们也需要对这些数据进行个性化的分析,那么这个时候这些小工具就不能胜任了,需要我们自己写程序(脚本)来处理.本人目前才疏学浅,因此只有一下三种方案: 1.完全自己写脚本,读取每一行,手动解析,然后实现个性化分析.(显然这个比较慢,相当于重造了一个转速很慢的轮子)

#!/usr/bin/perl -w use warnings; use strict; input_fastq trim_length}; ; my ($fastq, $trim_length) = @ARGV; open(FASTQ, $fastq) or die "Can't open $fastq\n"; while (my $readid = <FASTQ>) { chomp $readid; chomp (my $sequence = <FASTQ>

准备测试文件 test.fq, 包含4条fastq 文件,碱基编码格式为phred64; @FC12044_91407_8_200_406_24 NTTAGCTCCCACCTTAAGATGTTTA +FC12044_91407_8_200_406_24 SXXTXXXXXXXXXTTSUXSSXKTMQ @FC12044_91407_8_200_720_610 CTCTGTGGCACCCCATCCCTCACTT +FC12044_91407_8_200_720_610 OXXXXXXXXXXXX

二代测序的分析过程中,经常需要统计原始下机数据的数据量,看数据量是否符合要求:另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标: 在kseq.h 的基础上稍加改造,就可以实现从fastq 文件中统计这些指标的功能,而且速度非常的快 #include <zlib.h> #include <stdio.h> #include <string.h> #include "kseq.h" // STEP 1: declare the type of

在分析中经常需要统计fasta/fastq文件的序列数和碱基数, 但是没有找到一些专门做这件事的小工具,可能是这个功能太简单了: 之前用自己写的perl的脚本统计这些信息, 当fastq文件非常大时,就变的很慢: 今天在网上搜到kseq.h可以parse fasta/fastq文件,用C写的, 速度很快: http://lh3lh3.users.sourceforge.net/parsefastq.shtml 自己试了一下, 在这个基础上添加个小功能, 命名为parse.c: #include

将fasta文件线性化处理 awk '/^>/ {printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;next;} {printf("%s",$0);} END {printf("\n");}' < input.fa cat Rmh.fasta | awk '{printf("%s%s",$0,((NR+1)%2==1?"\n"

之前写的一个小工具,写的很简陋,名字取的也很随意就叫skr,哈哈.主要是fq转fa.合并多个染色体的vcf文件等,功能不多(主要是C写起来太操蛋了T_T),通常我也只用来统计fastq文件信息: 这里给出工具地址:https://github.com/sharkLoc/skrTools usage: Program: skr Usage: skr <command> [options] fq2fa translate fastq file to fasta fqstat summary sta

前面[UWP开发之Mvvmlight实践五:SuspensionManager中断挂起以及复原处理]章节已经提到过Template10,为了认识MvvmLight的区别特做了此实例. 原代码地址:https://github.com/NewBLife/UWP/tree/master/MvvmDemo/FileOperationDemo 应用主要功能: 本地任何文件多项选择添加 照相机图片添加 显示添加文件(.jpg.png.pdf.xls等)的缩略图 列表文件删除 默认程序显示添加后的文件 应用

前几天,领导让我找一下老系统(Java)里getRemoteUser方法都哪个文件用了,package是什么,方法被调用了多少次,当时因为着急,所以,直接人工找的,但是以后要是再出现,人工找就太讨厌了,毕竟程序员以懒著称,因此,写了一个小工具进行查询. 一.效果图 从图中不难看出,现在的功能只能查询两类文件java和cs,毕竟是针对我们用的,如果想扩展的话,也是没有问题的,毕竟方法是通用的. 最终得到的是一个excel 二.开发过程 1.首先建一个实体类 实体类里面包含包名.文件名和使用次数 c

import java.io.BufferedReader; import java.io.BufferedWriter; import java.io.File; import java.io.FileInputStream; import java.io.FileNotFoundException; import java.io.FileOutputStream; import java.io.IOException; import java.io.InputStreamReader; im

在项目开发过程中,有时会需要用到调用第三方程序实现本系统的某一些功能,例如本文中需要使用到的swftools插件,那么如何在程序中使用这个插件,并且该插件是如何将PDF文件转化为SWF文件的呢?接下来就会做一个简单的介绍. 在.NET平台中,对C#提供了一个操作对本地和远程的访问进程,使能够启动和停止系统进程.这个类就是System.Diagnostics.Process,我们首先来了解一下该类. 一.解析System.Diagnostics.Process类 在C#中使用Process类可以提

今天在测试时遇到了需要将大量整理好的Excel数据转换为plist文件的情况.百度了一下教程,发现虽然别人也遇到过类似的情况,但是有些讲的还是不够细致.所以做如下整理.   百度到的内容中有使用MesaSQLite的情况,由于没有走通,在这里暂时不提.   实际处理过程如下:   1.转化excel文件到记事本文件.复制粘贴出来即可,这部分的操作我是在windows下进行的,使用的是excel跟notepad++.使用默认操作也导致后面遇到了一些问题.   2.直接将转化后的记事本文件拖入Xco

使用java统计某文件夹下所有文件的行数 经理突然交代一个任务:要求统计某个文件夹下所有文件的行数.在网上查了一个多小时没有解决.后来心里不爽就决定自己写一个java类用来统计文件的行数,于是花了两个小时将代码写出(可见我的java功底还是挺烂的).虽然有很多有待改进的地方,依然有纪念意义. 本java类的核心是通过BufferedReader类的readLine()方法,间接的统计行数:通过递归遍历文件. 这个类只是写来完成任务的.结果不是很严谨,许多情况并没考虑到:比如判断想读取某一类文件怎

# 查看当前目录下的文件数量(不包含子目录中的文件) ls -l|grep "^-"| wc -l # 查看当前目录下的文件数量(包含子目录中的文件) 注意:R,代表子目录 ls -lR|grep "^-"| wc -l # 查看当前目录下的文件夹目录个数(不包含子目录中的目录),同上述理,如果需要查看子目录的,加上R ls -l|grep "^d"| wc -l # 查询当前路径下的指定前缀名的目录下的所有文件数量# 例如:统计所有以“2016

# -*- coding: utf-8 -*- import os, errno def fileName(path):#获取文件夹 str = '' for i in range(1,len(path.split('\\'))): str+=path.split('\\')[i]+'\\' return str def mkdir_p(path): #创建目录树 try: os.makedirs(path) except OSError as exc: # Python >2.5 (excep

最近系统需要一个office文件预览功能 解决方案为使用libreoffice将office文件转换为pdf文件,然后使用swftools将pdf文件转换为swf文件 最后在前台使用flexpaper浏览swf文件,即可实现预览 环境搭建完成,转换也没有问题,但是预览效果看到所有中文全部为乱码 下载转换后的pdf文件也是乱码,由此可见时libreoffice转换这一步出现了问题 服务器转换文件乱码主要是由于没有中文字体导致的,我在ubuntu desktop系统下使用libreoffice打开o

引言 这一周主要精力集中学习一个同事开发的本地文件搜索项目上,其中客户端添加共享文件时主要是使用FileSystemWatcher 监控文件,并在各种事件发生时向服务器发送消息. 解决方法 FileSystemWatcher类以前也使用过,没有太仔细去观察,这次使用时才发现其事件提示会很有趣: a):当你添加文件或文件夹时,会触发Created事件,然后修改默认文件夹或文件名称再触发Changed事件. b):复制或移动文件夹文件时则是触发Created事件. c):删除文件夹或文件时触发Del

方法一: 在packages/apps下面以需要预置的APK名字创建文件夹,以预置一个名为Test的APK为例 将Test.apk放到packages/apps/Test下面 在packages/apps/Test下面创建文件Android.mk,文件内容如下: include $(CLEAR_VARS) # Module name should match apk name to be installed LOCAL_MODULE := Test LOCAL_MODULE_TAGS := op

ORACLE数据库有时候需要对存储进行调整,增加分区.IO调优等等,此时需要移动数据文件.重做日志文件.控制文件等等,下文结合例子总结一下这方面的知识点. 进行数据文件.重做日志文件.控制文件的迁移前,需要总体了解一下当前Linux服务器的磁盘.分区信息,以及服务器文件使用情况,如下所示 查看Linux服务器的文件使用情况 1: [root@DB-Server ~]# df -h 2:  3: Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on 4:  5: /

http://www.tuicool.com/articles/M7ZR3y 原文 http://blog.csdn.net/kylinsoong/article/details/12623997 主题 WildFlyXMLJBoss AS 内容概述 JBoss7/WildFly设底层框架一大亮点的Module class loading,及每一个相对独立的模块看作一个Module,每个Module都有自己的class loader,Module之间可以相互依赖,如下图: 当JBoss7安装完成