ncbi用基因登陆号查3'UTR

如何提取一个转录本的3'UTR区域的序列

庐州月光如何提取一个转录本的3'UTR区域的序列在做microRNA 和 mRNA 相互作用预测的时候,大家都知道microRNA 作用的靶点是位于mRNA 的3'UTR取,所以只需要提取mRNA 对应的3'UTR 区的序列去做分析即可: 那么如何提取一个mRNA的3'UTR区呢? 在UCSC数据库中,提供了3'UTR区序列的下载,以人类hg19为例, 利用table browser 浏览器选择对应的序列链接:http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables

linux下根据根据进程号查端口、根据端口号查进程号汇总，以及netstat的相关资料（工作中匮乏的知识）

sql身份证号查人数

select a.*,b.item_name from (select sum(buy_num) num,nqh from (select substr(a.embed_dis_province,1,10) dtime,b.buy_num,case substr(a.idcardcode,1,2) when '11' then '1100' when '12' then '1200' when '31' then '3100' when '50' then '5000' else substr(

CDS & ORF & 启动子 & 终止子 & 转录因子 & 基因结构 & UTR

ORF和CDS的区别 ORF的英文展开是open reading frame(开放阅读框). CDS的英文展开是coding sequences (编码区). CDS:DNA转录成mRNA,mRNA经剪接等加工后翻译出蛋白质,所谓CDS就是与蛋白质序列一一对应的DNA序列,且该序列中间不含其它非该蛋白质对应的序列,不考虑mRNA加工等过程中的序列变化,总之,就是与蛋白质的密码子完全对应. ORF:理论上的氨基酸编码区,一般是在分析DNA核酸图谱中(主要是利用电脑程序)得到的.程序会自动在DNA

生信-使用NCBI进行目的基因的引物设计

使用NCBI进行目的基因的引物设计全文概述利用生信工具进行目的基因的引物设计,使用了NCBI进行筛选与设计引物,使用 idtdna对筛选出的DNA进行检查.本文分享了如何筛选出高质量的基因引物,帮助想通过生信进行引物设计的学生.从业者找出合适的基因,毕竟购买引物也比较烧钱,避免设计出的基因质量偏低. NCBI查找基因 1.查询目的基因:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=zbed3 备注:这里需要注意的是,要找到合适的目的基因!如果找智人,一

NCBI下载sra数据（新）

今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接,网上查发现都是老的方法,NCBI页面已经变更,于是看了NCBI的help,并且记录下来新版的sra数据下载方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit.另外咨询师兄,总结得到新的wget下载的方法. 方法1 NCBI告知的方法(中断不能继续下载) 下载SRA Tookit https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software:点击software,选择需要的sra t

Linux/AIX/Windows端口和进程互查

经常我们需要通过端口号查是哪个进程占用,或想查看某个进程占用了哪些端口. 1.1Linux上通过端口查找进程比如我们想知道当前系统中80端口是哪个进程所占用 netstat -anp| |more #定位进程ID #通过进程ID定位出进程启动命令 1.2Linux上通过进程找端口比如我们想查找weblogic进程监听了哪些地址(地址即IP+端口) ps -ef |grep weblogic #定位进程ID netstat -anp|grep 74529 #通过进程ID定位 2.1AIX上通过

NCBI之gene系列

1.基因系列中的data索引 2.基因ID之间的转换对于生信,依托于别人的工具不如自己动手,由于研究发表的滞后性,往往很多工具提供的转换并不是最新的,况且开发者水平也参差不齐,理解原理才能让你来去自如. 今天主要记录几个ID转换的方式: 以果蝇为例详细的了解阅读下面:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/README 1.从NCBI下载基因ID信息:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/GENE_INFO/Inverte

NCBI

RefSeq: NCBI Reference Sequences GeneBank序列注释说明利用NCBI查找基因信息 NCBI中RefSeq各种accession说明(一) NCBI中RefSeq各种accession说明(二)

2016/4/5 Ajax ①用户名密码登陆注册 ② 判断用户名是否已存在 ③点击按钮出现民族选项下拉菜单 ④DBDA类加入Ajaxquery方法数组变字符串字符串拆分

①登陆注册查表匹配 0405Ajax.php ②判断用户名是否存在 <!DOCTYPE html> <html lang="en"> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>Document</title> <script src="jquery-1.11.2.min.js"></script>

tomcat端口号被占用，且杀进程不能够杀掉解决办法

在电脑上安装了zookeeper以后,配置好tomcat启动发现端口号8009端口号被占用,报错如下: 采用netstat –ano 查询所有进程查看或者根据端口号查进程netstat -ano |findstr ,然后进入进程列表杀进程发现杀不掉. 解决办法:根据报错信息是由于tomcat请求的端口号被占用,所以最后进到tomcat的server.xml中修改了他的配置文件中对应8009的端口号为8091,然后重新再启动,OK

linux篇---根据端口号查看进程位置

1)说明:Linux的所有进程都保存在/proc/目录下,保存形式为:/proc/进程号.进入到进程号目录后,里面有一个cwd链接文件即指向的进程的的目录. 2) 操作: A:根据端口号查进程如:lsof -i:端口号B:确定进程号.如:4874:C:查找进程执行的文件.ps aux | grep 4874D:确定进程所在的目录.ll /proc/4874:

GEO数据下载分析（SRA、SRR、GEM、SRX、SAMN、SRS、SRP、PRJNA全面解析）

很多时候我们需要从GEO(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)下载RNA-seq数据,一个典型的下载页面是https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE76381(搜 GSE76381). 这里你会看到数据的总览: GSM2268339 1772067089_A01 GSM2268340 1772067089_A02 GSM2268341 1772067089_A03 -- Supplementary

windows API 开发飞机订票系统图形化界面 (三)

来吧,接下来是各个功能的函数的实现代码. 首先,程序运行时加载读入账户信息和航班信息.接下来就该读取文件了. 我把账户资料和航班信息储存在了.txt文件里那么问题就来了,挖掘机...额,不对,应该怎么读入账户资料和航班信息? 每一行是结构体的一个成员,我读入的方式是一行一行读入. 两个读入函数代码如下: //读入账户信息 BOOL ReadAccountData(HWND hwndDlg){ FILE *fp; passenger = (Passenger *)malloc(sizeof(Pa

ubuntu下一次网络流量危机

为了便于团队合作,公司局域网搭建了一台服务器,安装了ubuntu 13.04. 一直相安无事.直到今天上午. 突然的大流量,让整个局域网网速慢下来,网页都打不开. 差不多一个小时都是这样,我还以为是公司有人在下载大文件,在群里吼了一下,还是很慢,路由器也很难登陆进去. 后来终于进了路由器查看,发现服务器一个UDP上下行几乎占满了公司带宽. 参考博客 http://os.51cto.com/art/201404/435279.htm 下载了两款linux下查看网络连接的工具,nload 和 pkt

常用linux命令（项目部署）

centos 图形命令行界面切换如果在图形界面下,按:Ctrl+Alt+F2进入如下命令行界面 -------------- 看当前目录的路径: pwd ................... Tomcat 假设tomcat所在目录为/usr/local/apache-tomcat/ 1.打开tomcat配置文件 #vi /usr/local/apache-tomcat/conf/server.xml 2.打开Tomcat配置文件之后按 /8080 快速检索 3.修改端口,按 i 进行,

使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析易如反掌

使用limma.Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析易如反掌 Charity Law1, Monther Alhamdoosh2, Shian Su3, Xueyi Dong3, Luyi Tian1, Gordon K. Smyth4 and Matthew E. Ritchie5 1The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, 1G Royal Parade, Parkville, VIC 3052, Melbo

Windows网络命令

如何查看系统端口 Windows中要查看系统端口,可以使用netstat命令,点击开始---运行---键入cmd,打开命令提示符窗口,在命令提示符状态下键入“netstat -an”,按下回车键后就可以看到以数字形式显示的TCP和UDP连接的端口号及状态.如何关闭端口: 在默认的情况下,有很多不安全的或没有什么用的端口是开启的比如Telnet服务的23端口.FTP服务的21端口.SMTP服务的25端口.RPC服务的135端口等,为了系统的安全性可以通过下面的方法来关闭端口:比如关闭SMTP服

记升级mysql后的一次故障

一.问题背景接上级要求,某生产数据库需要实施备份:刚好漏洞扫描报告出来,mysql 版本需要升级到5.7.20,于是就未雨绸缪,先写脚本.脚本在mysql旧版本下完全可用(未升级前,mysql 为5.7.18).升级完后,本着技术人员的一种严谨态度,绝对要sh -x 看看脚本在新环境下有没有出现异常啦~~~ 二.现象(主要有两个) 1.mysqldump只能备份表不能备份库(Z库和S库),刚好测试时用的是S库!(这个强调下面是有用的,观众慢慢欣赏).开始非常纳闷,两个库才不到100M,my

基于PHP的微信支付教程

微信支付作为各大移动支付方式之一,本课程只要向大家介绍并使用微信支付的常用功能,进而集合到已有的项目中去,希望各位能够快速上手并掌握实战"干货". 出处至:汇智网 hubwiz.com 准备工作关于微信支付 1. 生活中的微信支付目前我们日常生活中接触得比较多的线上电子支付方式主要有两种,一种是支付宝,另一种就是微信支付了,微信支付是集成在微信客户端的支付功能,所谓微信客户端,主要是微信的移动应用,例如安卓(Android)微信APP.IOS微信APP,用户可以通过手机的微信

【靶场练习_sqli-labs】SQLi-LABS Page-2 (Adv Injections)

Less-21:括号+单引号绕过+base64cookie编码总感觉我已经把sql注入做成代码审计了:P <?php //including the Mysql connect parameters. include("../sql-connections/sql-connect.php"); if(!isset($_COOKIE['uname'])) { //including the Mysql connect parameters. include("../sq

巴特西