本文首发于“生信补给站”,https://mp.weixin.qq.com/s/Gl6BChxSYbSHMo9oMpufPg 连锁不平衡图,用来可视化不同SNP之间的连锁程度,前同事间俗称“倒三角”图. 本文使用自己的数据,因为安装R包后使用内置数据集运行出结果较容易,但是自己的数据就可能会有一些不大不小的“坑”,我替你们趟了... 一 载入R包 数据 数据为内置CEUData保存后,进行了“细微”的处理(去掉SNP碱基之间的“/”),这种基因型文件很常见: library("LDheatmap

最近解决一个动态链接上的问题,因为以前从来没有接触过这方面的知识,所以恶补了一下,首先要了解gcc编译指令(makefile),ld链接器的选项(还有连接脚本section指定内存位置),熟悉查看连接状态是否成功的指令工具(其中又有elf格式,ld.elf相关指令).然后反汇编理解动态链接的实际执行过程,总的说来这里面的东西还真很多,主要是网上比较深入资料很少,大部分博文也是一知半解,所以后续有问题应直接阅读标准文档.<程序员的自我修养----链接.装载与库>这本书详细介绍了一个应用程序在编译

Ubuntu下修改目录权限需要先用 sudo 来获得管理员权限,格式如下: sudo chmod 600 ××× (只有所有者有读和写的权限)sudo chmod 644 ××× (所有者有读和写的权限,组用户只有读的权限)sudo chmod 700 ××× (只有所有者有读和写以及执行的权限)sudo chmod 666 ××× (每个人都有读和写的权限)sudo chmod 777 ××× (每个人都有读和写以及执行的权限) 其中×××指文件名(也可以是文件夹名,不过要在chmod后加-l

参考:https://www.cnblogs.com/viviwind/archive/2012/08/02/2619451.html 常用方法如下: sudo chmod 600 ××× (只有所有者有读和写的权限)sudo chmod 644 ××× (所有者有读和写的权限,组用户只有读的权限)sudo chmod 700 ××× (只有所有者有读和写以及执行的权限)sudo chmod 666 ××× (每个人都有读和写的权限)sudo chmod 777 ××× (每个人都有读和写以及执

常用方法如下: sudo chmod 600 ××× (只有所有者有读和写的权限)sudo chmod 644 ××× (所有者有读和写的权限,组用户只有读的权限)sudo chmod 700 ××× (只有所有者有读和写以及执行的权限)sudo chmod 666 ××× (每个人都有读和写的权限)sudo chmod 777 ××× (每个人都有读和写以及执行的权限) 其中×××指文件名(也可以是文件夹名,不过要在chmod后加-ld). 解释一下,其实整个命令的形式是sudo chmod

常用方法如下: sudo chmod 600 ××× (只有所有者有读和写的权限)sudo chmod 644 ××× (所有者有读和写的权限,组用户只有读的权限)sudo chmod 700 ××× (只有所有者有读和写以及执行的权限)sudo chmod 666 ××× (每个人都有读和写的权限)sudo chmod 777 ××× (每个人都有读和写以及执行的权限) 其中×××指文件名(也可以是文件夹名,不过要在chmod后加-ld). 解释一下,其实整个命令的形式是sudo chmod

查看linux文件的权限: 查看path路径下名为filename的文件或文件夹的权限: ls -l path/filename ls -l path/filename 查看path路径下的所有文件的权限: ls -ls path ls -ls path 查看linux文件夹的权限: ls -ld 文件夹名称(所在目录) ls -ld 文件夹名称(所在目录) 修改文件及文件夹权限: 命令: sudo chmod -(代表类型)×××(所有者)×××(组用户)×××(其他用户) sudo chmo

与用户相关的系统配置文件主要有/etc/passwd 和/etc/shadow,其中/etc/shadow是用户资讯的加密文件,比如用户的密码口令的加密保存等: /etc/passwd 和/etc/shadow 文件是互补的: /etc/passwd 是系统识别用户的一个文件,系统所有的用户都在这里有登录记载:当我们以beinan 这个账号登录时,系统首先会查阅 /etc/passwd文件,看是否有beinan 这个账号,然后确定beinan的UID,通过UID 来确认用户和身份,如果存在则读取

Linux系统中“动态库”和“静态库”那点事儿 /etc/ld.so.conf  动态库的后缀为*.so  静态库的后缀为 libxxx.a   ldconfig   目录名 转载自:http://blog.chinaunix.net/uid-23069658-id-3142046.html 今天我们主要来说说Linux系统下基于动态库(.so)和静态(.a)的程序那些猫腻.在这之前,我们需要了解一下源代码到可执行程序之间到底发生了什么神奇而美妙的事情. 在Linux操作系统中,普遍使用ELF格

在新的SDK环境中调试百度地图的应用程序时,app总是意外退出,找了半天发现错误的原因是unrecognized selector xx的错误,另外还有报了一个Unknown class XXX in Interface Builder file的错误,找了一下百度官方的资料,官方建议是app的Build Settings中的Other Linker Flags中增加-all_oad选项,但是我的app中还连接了其他静态库,加了这个选项之后,编译的时候报了 ld duplicate symbol

•/etc/passwd文件用于存放用户账户信息,每行代表一个账户,每个账户的各项信息用冒号分割,例如: root:x:::root:/root:/bin/bash username:password:uid:gid:allname:homedir:shell .用户名. .密码,“x”代表密码存储在/etc/shadow中:当该值为其他任意非“x”值时,可以通过root用户切换(不需要密码),但是都无法通过非root用户切换到相应用户,因为无法获得起密码了. .uid,用户id,-499保留给

原来ld对于链接一系列的库的顺序是很敏感的,不然会报undefined referenced 的函数符号错误,意思就是未找到函数定义.实际上库是能正确打开的.如果库libA.a依赖于库libB.a,那么连接器的参数应该ln -lA -lB,   必须这样写.不然就会错误. 这个看来是历史的遗留问题.说白了就是,如果你确定某个库不重要,就放到最后,也就是说,库的加载顺序是按顺序进行的,从左到右,优先级最高,这也是远古时代机器太破的原因,内在和硬盘包括CPU都是极其稀罕珍贵的.所以要你提前搞定哪些需

Dnasp计算LD Table of Contents 1 Dnasp 计算LD 1 Dnasp 计算LD Dnasp有很多的功能,现在主要来记录其计算LD的功能. 首先File——然后打开data——然后在Data中Format里设 置格式,也就是你读入的文件是什么样子的,进行一个 描述.我们这里选DNA,Haploid(单倍体),然后OK,然后到Ana lysis找到Linkage Disequilibrium.这里要注意的是 生成的文件会非常的大.因为这是两两对比得到的结果. 得到的结果,

/MD./MT./LD(使用运行时库)(微软官网解释) Visual C++ 编译器选项 /MD./ML./MT./LD 区别 指定与你项目连接的运行期库 /MT多线程应用程序 /Mtd多线程应用程序(DEBUG) /MD多线程DLL /MDd多线程DLL(DEBUG) 前段时间编译一个引用自己写的静态库的程序时老是出现链接时的多个重定义的错误,而自己的代码明明没有重定义这些东西,譬如:LIBCMT.lib(_file.obj) : error LNK2005: ___initstdio alr

startup_stm32f10x_cl.s互联型的STM32F105xx,STM32F107xxstartup_stm32f10x_hd.s 大容量的STM32F101xx,STM32F102xx,STM32F103xxstartup_stm32f10x_hd_vl.s 大容量的STM32F100xxstartup_stm32f10x_ld.s 小容量的STM32F101xx,STM32F102xx,STM32F103xxstartup_stm32f10x_ld_vl.s 小容量的STM32F

转自:http://blog.chinaunix.net/uid-30339363-id-5116170.html 原文地址:Linux下函数调用堆栈帧的详细解释 作者:cssjtuer http://www.ibm.com/developerworks/cn/linux/l-overflow/ 本文首先向读者讲解了Linux下进程地址空间的布局以及进程堆栈帧的结构,然后在此基础上介绍了Linux下缓冲区溢出攻击的 原理及对策. 前言 从逻辑上讲进程的堆栈是由多个堆栈帧构成的,其中每个堆栈帧都对

-Wl选项告诉编译器将后面的参数传递给链接器. -soname则指定了动态库的soname(简单共享名,Short for shared object name) soname的关键功能是它提供了兼容性的标准: 当要升级系统中的一个库时,并且新库的soname和老库的soname一样,用旧库链接生成的程序使用新库依然能正常运行.这个特性使得在Linux下,升级使得共享库的程序和定位错误变得十分容易. 在Linux中,应用程序通过使用soname,来指定所希望库的版本,库作者可以通过保留或改变so

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr

转自:http://blog.csdn.net/shanshanpt/article/details/21024465 在2.6.24之后这个结构体有了较大的变化,此处先说一说2.6.16版本的sk_buff,以及解释一些问题. 一. 先直观的看一下这个结构体~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~在下面解释每个字段的意义~~~~~~~~~~~ struct sk_buff { /* These two members must be first. */ struct sk_buff    

本文乃转载, 我在其基础上做了少量修改. 原作者的E-mail是zhanglei@sict.ac.cn. 完成于2005.11.5-2005.11.8 0. Contents 1. 概论2. 基本概念3. 脚本格式4. 简单例子5. 简单脚本命令6. 对符号的赋值7. SECTIONS命令8. MEMORY命令9. PHDRS命令10. VERSION命令11. 脚本内的表达式12. 暗含的连接脚本 1. 概论 每一个链接过程都由链接脚本(linker script, 一般以lds作为文件的后缀

HttpClient:是一个接口 首先需要先创建一个DefaultHttpClient的实例 HttpClient httpClient=new DefaultHttpClient(); 发送GET请求: 先创建一个HttpGet对象,传入目标的网络地址,然后调用HttpClient的execute()方法即可: HttpGet HttpGet=new HttpGet(“http://www.baidu.com”); httpClient.execute(httpGet); 发送POST请求: