在对vcf的操作有这样三个软件: Vcftools:主要用于群体分析,文本处理的功能不是很强大,虽然这个软件也可以拆分样本,但是这种拆分不涉及文件的处理,只是保留在分析流程里. GATK .x:这个软件最大的问题就是需要参考基因组,而且序列长度各个方面都要与待处理的文件一致这样就给我们的数据处理带来一定的麻烦. Bcftools:涉及文本的处理,功能很强大,后续随着我的分析还要继续介绍. 利用Bcftools按样本拆分文件主要利用了“--view”这个软件包,主要代码如下: bcftools v

前言: 这是coursera课程:Probabilistic Graphical Models上的第二个实验,主要是用贝叶斯网络对基因遗传问题进行一些计算.具体实验内容可参考实验指导教材:bayes network for genetic inheritance. 大家可以去上面的链接去下载实验材料和stard code,如实验内容有难以理解的地方,欢迎私底下讨论.下面是随便写的一些笔记. 完成该实验需要了解一些遗传方面的简单知识,可参考:Introduction to heredity(基因遗

第一步:下载Annovar 上Annovar官网下载(http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/download/),现在要邮件注册后才能下载.邮件注册后会给你最新版软件下载地址, 下载后文件为annovar.latest.tar.gz. 第二步:安装Annovar linux系统下用该命令解压 tar zxvf annovar.latest.tar.gz 解压后生成annovar文件夹,里面有6个perl脚本程序和两个

这篇文章是对之前啊啊救救我,为何我的QQ图那么飘(全基因组关联分析)这篇文章的一个补坑. LD SCore除了查看显著SNP位点对表型是否为基因多效性外,还额外补充了怎么计算表型的遗传度和遗传相关性. 1 下载.安装ldsc git clone https://github.com/bulik/ldsc.git cd ldsc 2 安装ldsc依赖的环境 conda env create --file environment.yml source activate ldsc 3 测试是否安装成功

计算等位基因频率有两种方式,第一种用vcftool计算: /path/to/vcftools --vcf file.vcf --freq --chr 1 --out filefreq 很简单的一个命令行,file.vcf指的是你要输入的vcf文件,--freq表示计算等位基因频率,--chr后面的1表示你要计算的区域在1号染色体,当然,你也可以选择你想计算的染色体区域,filefreq指的是输出的文件名. 结果如下图所示: 第二种用plink计算: /path/to/plink-1.07-x86

视频  https://www.bilibili.com/video/av7973580?from=search&seid=16993146754254492690 教材 Molecular biology of the gene 7th edition  J.D. Watson et. al DNA的复制,染色体组装 一.Replication Enzymes 复制酶 1.酶结构: 手状结构.thumb不动,而finger动. 手掌:①聚合作用. β折叠片层 2个二价金属离子(Mg2+orMn

实验系统:CentOS 6.6_x86_64 实验前提:提前准备好编译环境,防火墙和selinux都关闭 实验说明:本实验共有4台主机,IP及角色分配如拓扑 下载地址:试验中用到mariadb软件的下载地址,http://pan.baidu.com/s/1bnnYiMr 实验拓扑: 一.准备工作 1.修改hostname和hosts文件为如下表格中内容: 说明:mysql是zabbix数据存放主机,server是zabbix主服务主机,web是zabbix前端展示主机,agent是被监控主机.通

[转载请注明出处]http://www.cnblogs.com/mashiqi 2016/11/05 在编写LaTeX文档的时候,由于文档的section较多,或者section的编写时间各不相同,我们可能碰到如下问题: 1.由于想分开编写各个section 2.preamble太多,想专门弄一个文件放preamble 3.想用bibtex来生成参考文献 我分别参考了这个几个网页:111 222,再结合自己的上手体会,给出下面这个(还凑合的)解决方案. 我们首先建立一个文件夹"project&q

winform的ComboBox中只能赋值text,显示和值是一样的,很多时候不能满足根本需要,熟悉B/S开发的coder最常用的就是text和value分开的,而且web下DropDownList本来就是分为text和value.ComboBox要实现同样功能,使item有多个值,只能用重写一个类来实现了. 重写类如下: using System; namespace sm { class cListItem { private string id = string.Empty; public

Android 5.0之后需要AIDL和生成的java文件要分开存放,否则生成can't fin symbol class.但是4.3没有这个限制.被这个弄了一天,跟老大讨论了一下才豁然开朗.

CodeIgniter 是一个简单快速的PHP MVC框架.EllisLab 的工作人员发布了 CodeIgniter.许多企业尝试体验过所有 PHP MVC 框架之后,CodeIgniter 都成为赢家,主要是由于它为组织提供了足够的自由支持,允许开发人员更迅速地工作. CI 2.0 多目录(应用程序)配置. 多目录的意思是指在同一个网站中有多套程序,最简单的例子就是网站的前台展示与后台管理.二者由于在网站功能中分属不同部分,通常会有不同的界面, 用到images/stylesheet/jav

今天和两个同事讨论Log4j,他们都需要解决一个问题,怎么分开输出Logger.这么讲不清楚,举个例子: package com.gmail.at.ankyhe.log4jtest; import org.apache.log4j.Logger; public class ClassA { private static Logger logger = Logger.getLogger(ClassA.class.getName()); public ClassA() { logger.info("

uboot提供了两种编译策略,即可以将生成的目标文件与源码混在一起,也可以将生成的目标文件与源码分开.通过对uboot Makefile的分析,笔者编写了一个简单的实现这种功能的Makfile. 顶层makefile ifneq ($(BUILD_DIR),) saved-output := $(BUILD_DIR) # Attempt to create a output directory. $(shell [ -d ${BUILD_DIR} ] || mkdir -p ${BUILD_DI

shadow build shadow build 是什么东西?就是将源码路径和构建路径分开(也就是生成的makefile文件和其他产物都不放到源码路径),以此来保证源码路径的清洁. 这不是qmake独创的东西,cmake中早就使用这个东西了   cmake qmake 备注 in-source cmake . qmake project.pro 在源码路径下执行 out-of-source(shadow-build) mkdir build cd buildcmake ../project m

/* 现在输入 n 个数字, 以逗号, 分开: 然后可选择升或者 降序排序: */ import java.util.*; public class bycomma{ public static String[] splitStringByComma(String source){ if(source==null||source.trim().equals("")){ return null; } StringTokenizer commaToker = new StringToken

刚开始以为复杂的linq语句查询会不会比分开来写效率高,因为复杂的语句关联和嵌套多,执行应该慢.分开写虽然多了一次io处理,但是关联比较少,数据了比价少,和朋友讨了一下,回家就做了个测试,废话不多说,直接上代码. var dbconten2 = new SqlSugarTestEntities(); Stopwatch sw2 = new Stopwatch(); sw2.Start(); var orderproduct = (from o in dbconten2.order join p

IIS6里面,要把服务器上的各站点权限分开,要建一堆帐号,再一个一个站点绑定.IIS7.5就不用了. 选择 "应用程序用户" 选择 "应用程序用户",启动应用程序池时动态创建 "应用程序池标识" 帐户,创建是的"虚拟"帐号(在用户管理里看不到该用户). 给网站文件夹添加权限 因为是虚拟账号搜索不到的,只能手动输入. IIS AppPool\应用程序池名 配置身份验证方式 IIS7.5中神秘的ApplicationPoolIde

读取fasta文件genome_test.fa,并计算染色体总长,同时输出最长染色体编号.序列以及长度 fasta文件genom_test.fa的内容如下: >chr1ATATATATAT>chr2ATATATATATCGCGCGCGCG>chr3ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATAT>chr4ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCGCGCG>chr5ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCG

[升鲜宝]生鲜配送管理系统_升鲜宝 V2.0 按[客户]的商品分类分开打印(配送单)与按[客户]商品分类[对账单]导出相关销售订单商品功能相关说明(一) 业务场景概述与痛点 1.中小学校食堂的客户,每天都按自己的商品分类需要统计每日的配送量且配送打印单也要分开打印 2.中小学校食品的客户,每个对账周期也按自己的商品分类统计这个对账周期的消费金额与明细情况[方便统计学生的营养膳食情况]. 3.很多生鲜配送系统,就只有一个商品库,每个商品都属于唯一的商品分类,但是因为每个客户的商品库的商品分类都有可

目录 一.本文使用的python版本安装 二.安装python2 和 Python3 三.修改名称,配置环境,实现共存 1.将C:\Python36中的python.exe修改为python3.exe,如图: 2.将C:\Python36\Scripts中的pip.exe文件删除,得到如下图: 3.在系统环境变量Path中添加默认路径 4.测试 5.python包安装命令 4.linux下实现pytho2和3版本的共存 四.jupyter的Python2和python3共存解决方案(需要安装py

1.将开发环境.测试环境.生产环境的配置文件分开存放,如下图: 2.在Maven中配置不同的环境打包配置文件的路径,配置如下: <profiles> <profile> <!-- 开发环境 --> <id>dev</id> <properties> <env>dev</env> </properties> <activation> <!-- 默认激活该profile节点-->