全基因组选择(Genomic selection, GS)是一种利用覆盖全基因组的高密度标记进行选择育种的新方法,可通过早期选择缩短世代间隔,提高育种值(Genomic Estimated Breeding Value, GEBV)估计准确性等加快遗传进展,尤其对低遗传力.难测定的复杂性状具有较好的预测效果,真正实现了基因组技术指导育种实践. 原理 常规育种手段主要利用性状记录值.基于系谱计算的个体间亲缘关系,通过最佳线性无偏估计(best linear unbiased predication

目录 1. 优势杂交育种预测 2. GS育种原理与模型算法 岭回归和LASSO回归 贝叶斯方法 GBLUP和RRBLUP 偏最小二乘法 支持向量机/支持向量回归 其他方法 3. 模型预测能力验证 4. 局限性 基于数学建模的杂交种预测的一些假设: 影响因素 5. 展望 1. 优势杂交育种预测 杂交育种:选育优良纯合亲本,再进行亲本配组. 杂种优势与亲本间的遗传差异有关,前人通过遗传标记计算亲本间的遗传距离.但遗传距离和杂种优势的相关性只能在一定程度上定性地评价杂交组合的表现,并不能定量地预测表现

目录 1. GS概况 2. GS模型 1)直接法 GBLUP 直接法的模型改进 ①单随机效应 ②多随机效应 2)间接法 间接法模型 基于间接法的模型改进 3. GS模型比较 模型比较结论 4.问题及展望 文献来源: 尹立林, 马云龙, 项韬, 朱猛进, 余梅, 李新云, 刘小磊, 赵书红. 全基因组选择模型研究进展及展望[J]. 畜牧兽医学报, 2019, 50(2): 233-242. 华中农大赵书红老师于2019年发表在< 畜牧兽医学报>上的综述,主要针对动物. 1. GS概况 2009年

目录 1. 前言 2. BLUP方法 ABLUP GBLUP ssGBLUP RRBLUP 3. 贝叶斯方法 BayesA BayesB BayesC/Cπ/Dπ Bayesian Lasso 4. 机器学习 支持向量机 集成学习 深度学习 5. 其他模型 RKHS GWAS-assisted GS 非加性效应 多变量模型 多组学 6. 小结 参考资料 1. 前言 在介绍GS模型之前,我们有必要先来了解一下混合线性模型(Mixed Linear Model,MLM).混合线性模型是一种方差分量模

目录 1. 免费开源包/库 1.1 R包 1.2 Python库 2. 成熟软件 3. WEB/GUI工具 前面我们已经介绍了基因组选择的各类模型,今天主要来了解一下做GS有哪些可用的软件和工具.基因组选择处在热门研究阶段,每年都有不少新工具开发出来,可分析的软件非常之多,为了便于大家更加清晰地了解,这里我将它们分为免费开源包/库.成熟软件.WEB/GUI工具三类,用户使用难度依次降低. 1. 免费开源包/库 R和Python语言作为开源软件的代表,在数据分析领域有着不可替代的优势.近几年大部分

目录 1. 理论 2. 实操 2.1 rrBLUP包简介 2.2 实操 3. 补充说明 关于模型 关于交叉验证 参考资料 1. 理论 rrBLUP是基因组选择最常用的模型之一,也是间接法模型的代表.回顾一下,所谓间接法是指:在参考群中估计标记效应,再结合预测群的基因型信息将标记效应累加,最终获得预测群的个体估计育种值.而直接法则是指:将个体作为随机效应,参考群体和预测群体遗传信息构建的亲缘关系矩阵作为方差协方差矩阵,通过迭代法估计方差组分,进而求解混合模型获取待预测个体的估计育种值.简言之,直接

目录 什么是基因组选择? 基因组选择技术的发展 基因组选择的原理和流程 基因组选择的模型 基因组选择的展望 参考资料 什么是基因组选择? 基因组选择(Genomic Selection,简称GS)这一概念由挪威生命科学大学的Theo Meuwissen 教授于2001年提出.它是一种利用覆盖全基因组的高密度分子标记进行选择育种的新方法,可通过构建预测模型,根据基因组估计育种值(Genomic Estimated Breeding Value, GEBV)进行早期个体的预测和选择,从而缩短世代间隔

中国农业大学等多家单位2017年合作发表在<遗传>杂志上的综述,笔记之. 作者中还有李宁院士,不胜唏嘘. 1.概述 GS的两大难题:基因组分型的成本,基因组育种值(genomic estimted breeding value, GEBV)的准确性. 基于个体的基因组估计育种值GEBV比传统基于系谱的估计育种值(estimted breeding value, EBV)准确性更高. GS实施示意图: 基于单点SNP标记的GEBV估计方法 一类基于估计等位基因效应来计算GEBV: ①最小二乘法

目录 1. GS/GP在植物育种中的角色 2. GP模型应用 3. GP模型的准确性 4. 植物育种的GS展望 5. 小结 Genomic SelectioninPlant Breeding: Methods,Models,and Perspectives 国际玉米小麦改良中心(CIMMYT)José Crossa 2017年发表在<Trends in Plant Science>上的综述. 1. GS/GP在植物育种中的角色 过去的植物育种主要借助分子标记辅助选择法(MAS)来进行表型选择(

知识全聚集 .Net Core 技术突破 | 简单说说工作单元 教程 01 | 模块化方案一 02 | 模块化方案二 其他教程预览 分库分表项目实战教程 Git地址: https://github.com/MrChuJiu/EasyLogger 01 | 前言 02 | 简单的分库分表设计 03 | 控制反转搭配简单业务 04 | 强化设计方案 05 | 完善业务自动创建数据库 06 | 最终篇-通过AOP自动连接数据库-完成日志业务 从10.1到现在都太忙了,好久没更新文章了,也主要因为 工作

目录 说明 1.前言 2.植物GS瓶颈 3.提高GS预测的准确性 4.GS与现代育种技术结合 5.GS开源育种网络 说明 Enhancing Genetic Gain through Genomic Selection: From Livestock to Plants 这篇是徐云碧老师2019年发表在<Plant Communications>上的综述.徐老师是农科院作科所以及CIMMYT的分子育种专家,著有<分子数量遗传学>和<分子植物育种>,提出环境型.遗传增益等

目录 1.GS研究 2.数量遗传发展 GS应用主要在国外大型动物和种企,国内仍以学术为主.近期整理相关学术文献,了解到一些相关研究人员,记录下备忘查询,但不可能全面. 1.GS研究 Theo Meuwissen(挪威生命科学大学) GS概念提出者,号称"基因组选择之父",贝叶斯方法为主,但是做动物的,所以可略过. https://www.researchgate.net/scientific-contributions/Theo-H-E-Meuwissen-2120554457 Ign

为帮助开发者更好地了解和学习前沿数据库技术,腾讯云数据库特推出"DB · TALK"系列技术分享会,聚焦干货赋能创新,邀请数十位鹅厂资深数据库专家每月和您一起深入探讨云数据库的内核技术.性能.架构.管理运维和最佳实践等. 3月30日第一期分享会"数据库管理与运维"专场已结束,错过直播的小伙伴也不要拍

目       录 工业物联网和集成系统解决方案的技术路线... 1 前言... 1 第一章           系统架构... 3 1.1           硬件构架图... 3 1.2           组件构架图... 4 第二章           技术选型与介绍... 5 2.1           开发环境... 5 2.2           数据源... 5 2.3           数据采集... 5 2.4           数据上传服务... 6 2.5      

--新华龙电子为韩国WIZnet公司网络芯片授权代理商,具有20多年的专业团队IC应用开发实力-- 如今不管是在企业还是小区.街道,甚至是居民室内,以太网接口无处不在.有鉴于此,电子设备必将向更加智能的网络化方向发展.作为潜心研发全硬件TCP/IP技术长达10余年的WIZnet,在即将迎来更广阔市场前景的物联网领域有何差异化竞争优势?WIZnet公司陈海峰博士在电子发烧友论坛上,全面解答WIZnet所独有的全硬件TCP/IP协议栈技术. 基于WIZnet所独有的全硬件TCP/IP协议栈技术,着眼

通常JavaEE和.NET被定义为构建大型在线系统,因为其支持面向对象设计,异步通讯,MVC等都相对比较完善,而PHP通常用于构建比较轻量的业务,例如SNS服务. 因为实施速度快,工程师社区规模大,开源的方案比较多而且成熟,如果初创企业是帮助建站,在线广告或企业宣传网站建设,或者其他中小型应用,如果恰巧有成熟第三方开源架构可以选择,那么PHP是不错的选择.就好象为企业建站,会发现Wordpress, Joomla, Durpal都是不错的选择,而且非常富有生产力.  如果业务系统都要自己来搭建,

前言 工作三年了,一直从事基于.NET体系的企业应用开发,心得和经验也攒了点:担心时间长了给忘了,所以得给写下来,以便以后回味回味:更重要的是能让知识系统化和体系化. 本系列以一个简单的企业应用系统为基线,以技术设计使用为主线来总结我这三年的一些心得. 框架结构 1. C/S,B/S架构,N-tire, Restful服务,SOA: 2. EAI(企业系统应用集成): 3. 持续集成(Continuous integration): 4. Scrum/XP开发: 5. 软件管理; 具体技术 1.

昨天刚发布的小米3用的是OGS全贴合屏幕技术,包括魅族MX3也是同样的技术,但是iPhone5是In-Cell屏幕技术,什么才是全贴合?它们之间到底有何区别?哪个好?小编今天就来普及一下全贴合屏幕技术的知识,包括In-Cell.On-Cell以及OGS. 什么是全贴合? 智 能手机的竞争变得越来越激烈,许多厂商都希望通过硬件的差异化来凸显自己,什么IPS.SLCD.视网膜.ClearBlack等新名词不断的出现,很多 时候在我们还未理解新技术的时候新的技术名词又诞生了.最近又有不少手机厂商开始以

DevOps是近几年非常流行的系统研发管理模式,很多公司都或多或少在践行DevOps.那么,今天就说说特来电云平台在DevOps方面的实践吧. 说DevOps,不得不说DevOps的具体含义.那么,DevOps是什么呢?是开发+运维么?每个人都DevOps的理解都不尽相同,下面是一组对DevOps的定义,通过这组定义,我们基本可以看清DevOps是干啥的.在这众多的解释中,我认为有一种解释可以更贴切:DevOps是一种能力,具备此能力的团队可以高质量.快速的交付软件产品或服务.这个总结定义道出了

从DOS时代至移动互联网的技术路线回顾 Normal 0 7.8 磅 0 2 false false false EN-US ZH-CN X-NONE /* Style Definitions */ table.MsoNormalTable {mso-style-name:普通表格; mso-tstyle-rowband-size:0; mso-tstyle-colband-size:0; mso-style-noshow:yes; mso-style-priority:99; mso-styl