目录 问题一:各区域注释之和大于变异总数? 问题二:注释Region出现Gene和transcript等区域? 问题一:各区域注释之和大于变异总数? snpEff的结果很简单,但常常遇到如下问题. 我的SNP总数: 但是,注释的exon.intron和intergenic之和2,278,570就已经大于了总SNP数. 我大概能知道是什么原因.一个snp会落在多个基因上,所以既有可能落在exon,又有可能落在intron区,最后会大于总snp.同样,一个gene有多个转录本也会出现这样的情况.如果

1.进入网站http://snpeff.sourceforge.net/,下载snpeff: wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_core.zip 2.解压.安装 unzip snpEff_latest_core.zip 解压后出现如下图: 3.注释变异: /path/to/java -Xmx4g -jar snpEff.jar GRCh37.75 examples/test.chr22.vcf > te

jQ作为javascript的库( ▼-▼ ), 尽善尽美, 代码优美,  值得学习.  这一周平常上班没啥事也看jQ1.5的代码, 今天周六差不多看完了(Sizzle部分还没看), 重新看了一下, 又有很多新东西; 相对与1.4版本的ajax部分, 整个进行了重写, 实在是坑爹,  现在还有很多没弄懂,  ajax可以非常简单地: var xhr = new XMLHttpReques || new window.ActiveXObject("Microsoft.XMLHTTP");

https://www.jianshu.com/p/6284f57664b9 目前对于variant进行注释的软件主要有4个: Annovar, SnpEff, VEP(variant Effect Predictor), Oncotator, 选择合适的软件注释variants对于下游分析是很关键的, 今天我们来比较下这4种软件在variants 注释上的差异,进而帮助我们选择更合适的注释软件. 首先简要介绍下这4个软件的一些特点: Oncotator: 主要用于癌症特异性突变位点的注释,下面

CORE/HDD/src/wlan_hdd_main.c 模块初始化: static int __init hdd_module_init ( void) { return hdd_driver_init(); } static int hdd_driver_init( void) { VOS_STATUS status; v_CONTEXT_t pVosContext = NULL; struct device *dev = NULL; int ret_status = 0; #ifdef H

在spring中,所有的bean都是由BeanFactory进行管理的.下面是BeanFactory的类体系结构: 我们清楚的看到,DefaultListableBeanFactory继承了BeanFactory的优良传统,同时又实现了BeanDefinitionRegistry这个注册器,那么无疑,BeanDefinition在容器中的注册任务,非他莫属.事实上,DefaultListableBeanFactory拥有一个私有的BeanDefinitonMap属性,这个属性是个哈希Map,通过

前言 SynchronousQueue 是一个普通用户不怎么常用的队列,通常在创建无界线程池(Executors.newCachedThreadPool())的时候使用,也就是那个非常危险的线程池 ^_^. 它是一个非常特殊的阻塞队列,他的模式是:在 offer的时候,如果没有另一个线程在 take 或者 poll 的话,就会失败,反之,如果在 take或者 poll的时候,没有线程在offer ,则也会失败,而这种特性,则非常适合用来做高响应并且线程不固定的线程池的Queue.所以,在很多高性

此文源自一个博客,笔者用黑体做了注释与解读,方便自己和大家深入理解Attention model,写的不对地方欢迎批评指正.. 1.Attention Model 概述 深度学习里的Attention model其实模拟的是人脑的注意力模型,举个例子来说,当我们观赏一幅画时,虽然我们可以看到整幅画的全貌,但是在我们深入仔细地观察时,其实眼睛聚焦的就只有很小的一块,这个时候人的大脑主要关注在这一小块图案上,也就是说这个时候人脑对整幅图的关注并不是均衡的,是有一定的权重区分的.这就是深度学习里的At

golang实现依赖注入 依赖注入是软件工程中经常使用到的一种技术,它提供了一种控制反转的机制,把控制权利交给了调用方.调用方来决定使用哪些参数,哪些对象来进行具体的业务逻辑. 它有几个好处: 1 它让调用方更灵活. 2 大量减少定义类型的代码量 3 增加代码的可用性,因为调用方只需要关注它需要的参数,不需要顾及它不需要的参数了. 什么是依赖注入 依赖注入使用最多的应该是java中的spring框架了.依赖注入在使用的时候希望调用函数的参数是不固定的. function Action(a Typ

本节课程,需要先完成<扩增子分析解读>系列之前的操作 1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类 4去嵌合体 非细菌序列 生成代表性序列和OTU表 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们学习了嵌合体的形成,以及基于参考数据库去嵌合体:也学习了基于数据库比对来筛选细菌或真菌:最后基于最确定的OTU,我们生成代表性序列和OTU表,这是每种高通量测序都有的结果,后续的结果将全部基于这两个文件.

之间介绍过annovar进行对snp注释,今天介绍snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants on genes 详细的说明请阅读: http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html 一.安装 1 wget http://sourceforge.net/projec

文献名:SAAVpedia: identification, functional annotation, and retrieval of single amino acid variants for proteogenomic interpretation(SAAVpedia:蛋白质基因组解释的单氨基酸突变的识别.功能注释和检索) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:2019年10月 IF:3.78 单位: 韩国基础科学研究所,生物融合分析研究中心 韩

参考: (1)https://docs.oracle.com/javase/specs/jls/se7/html/jls-16.html (2)https://docs.oracle.com/javase/specs/jls/se7/html/jls-14.html#jls-14.1 后面的Unreachable Statements部分 This pass implements dataflow analysis for Java programs. Liveness analysis che

第七篇 前言 本篇文章主要讲解下载操作的相关知识,SDWebImageDownloaderOperation的主要任务是把一张图片从服务器下载到内存中.下载数据并不难,如何对下载这一系列的任务进行设计,就很难了.接下来我们一步一步的分析作者在开发中的思路和使用到的技术细节. NSOperation NSOperation想必大家都知道,为了让程序执行的更快,我们用多线程异步的方式解决这个问题,GCD与NSOperation都能实现多线程,我们这里只介绍NSOperation.如果大家想了解更多N

养成记笔记的习惯,对于一个软件工程师来说,我觉得很重要.记得在知乎上看到过一个问题,说是人类最大的缺点是什么?我个人觉得记忆算是一个缺点.它就像时间一样,会自己消散. 前言 终于写完了 AFNetworking 的源码解读.这一过程耗时数天.当我回过头又重头到尾的读了一篇,又有所收获.不禁让我想起了当初上学时的种种情景.我们应该对知识进行反复的记忆和理解.下边是我总结的 AFNetworking 中能够学到的知识点. 1.枚举(enum) 使用原则:当满足一个有限的并具有统一主题的集合的时候,我

MJRefresh这个刷新控件是一款非常好用的框架,我们在使用一个框架的同时,最好能了解下它的实现原理,不管是根据业务要求在原有的基础上修改代码,还是其他的目的,弄明白作者的思路和代码风格,会受益匪浅. 前言 随着开发经验的不断积累,个人的能力也会不断提高.每个人的进步都会有一个过程,这个过程就好比登山.一个框架对我们的意义从开始的简单实用,慢慢的就会过渡到了解,最终让它成为你大脑的一部分.这篇文章不会对代码进行逐行解读,最重要的目的是让朋友们明白 MJRefresh 是怎么做到刷新的,我们还能

AFNetworking的源码解读马上就结束了,这一篇应该算是倒数第二篇,下一篇会是对AFNetworking中的技术点进行总结. 前言 上一篇我们总结了 UIActivityIndicatorView UIRefreshControl UIImageView 这3个控件的分类.那么这一篇就总结下剩余的3个分类:UIButton UIProgressView UIWebView . UIButton+AFNetworking UIButton跟图片相关的属性大概有两个,Image和Backgro

做ios开发,AFNetworking 这个网络框架肯定都非常熟悉,也许我们平时只使用了它的部分功能,而且我们对它的实现原理并不是很清楚,就好像总是有一团迷雾在眼前一样. 接下来我们就非常详细的来读一读这个框架的代码,我们的目标就是理解了它的思想之后,能够明白我们的请求是如何实现的,我们的代码哪里还需要进行改进,如果能够更进一步,我们能够总结出一套适合大部分应用的网络架构思想. 能够让一些人从中受益. 我们先来看看整个框架的文件系统,我们先不对每个文件的作用进行说明,在整个源码解读最后的一篇中我

这篇就讲到了跟请求相关的类了 关于AFNetworking 3.0 源码解读 的文章篇幅都会很长,因为不仅仅要把代码进行详细的的解释,还会大概讲解和代码相关的知识点. 上半篇: URI编码的知识 关于什么叫URI编码和为什么要编码,请看我转载的这篇文章 url 编码(percentcode 百分号编码) 给定一个URL:http://www.imkevinyang.com/2009/08/%E8%AF%A6%E8%A7%A3javascript%E4%B8%AD%E7%9A%84url%E7%B