GFF3是GFF注释文件的新标准.文件中每一行为基因组的一个属性,分为9列,以TAB分开. 依次是: 1. reference sequence:参照序列 指出注释的对象.如一个染色体,克隆或片段.可以有多个参照序列. 该id的取名不能以’>’开头,不能包含空格. 2. source :来源 注释的来源.如果未知,则用点(.)代替. 3. type      :类型 属性的类型.建议使用符合SO惯例的名称(sequence ontology,参看[[Sequence Ontology Proje

后记: cufflinks安装: 下载安装包, 不要下载source code ,直接下载binary.    Source code    Linux x86_64 binary http://cufflinks.cbcb.umd.edu/downloads/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz 下载好后解压,解压后将cuff* 复制到/usr/local/bin中即可. 步骤: 第一步: 产生各自的gtf文件 cufflinks -p 30 -o ROOT

1)BED文件 BED 文件(Browser Extensible Data)格式是ucsc 的genome browser的一个格式 ,提供了一种灵活的方式来定义的数据行,以用来描述注释信息.BED行有3个必须的列和9个额外可选的列.每行的数据格式要求一致(见下图). 每条线的字段数目必须是任意单条数据的在注释上一致. BED文件结构:-------------------------------------------------------------必须有以下3列------------

目录 流程使用 问题 记录下braker2的使用要点,以备忘记. 流程使用 braker2有很多流程,根据你的数据:组装的基因组.转录组.蛋白(同源,包括近缘或远缘)选择不同流程,官网有说明: https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER 现在的动植物组装,大多数都含有以上三类数据吧,因此可选择如下流程,用公共数据库OrthoDB中的直系同源蛋白,根据自己的物种选择,有动物植物微生物等,如我选择植物就有300多万条序列. 作者指出,braker2并非证据越多越

工具推荐:https://github.com/openvax/gtfparse 真不敢相信,Linux自带的命令会这么强大,从gtf中提取出需要的transcript,看起来复杂,其实一个grep就搞定了. grep -F -f out.list gffcmp.combined.gtf > test.out 本文出自于http://www.bioinfo-scrounger.com转载请注明出处 gffcompare官网 gffcompare和gffread可以认为是专门开发出来用于处理gff

1)gff3及gtf2简介 一个物种的基因组测序完成后,需要对这些数据进行解读,首先要先找到这些序列中转录起始位点.基因.外显子.内含子等组成元件在染色体中的位置信息(即注释)后才能再进行深入的分析.gff/gtf是贮存这些注释信息的两种文件格式. GFF(general feature format):这种格式主要是用来注释基因组. 现大部分利用的是第三版,即gff3. GTF(gene transfer format):主要是用来对基因进行注释.当前所广泛使用的gtf格式为第二版,即gtf2

GFF3是GFF注释文件的新标准.文件中每一行为基因组的一个属性,分为9列,以TAB分开. 依次是: 1. reference sequence:参照序列 指出注释的对象.如一个染色体,克隆或片段.可以有多个参照序列. 该id的取名不能以'>'开头,不能包含空格. 2. source :来源 注释的来源.如果未知,则用点(.)代替. 3. type      :类型 属性的类型.建议使用符合SO惯例的名称(sequence ontology,参看[[Sequence Ontology Proje

后记: ************************************************************************ 在使用cufflinks和cuffmerge中 我使用的都是gff3, 海宝说最好用gtf, 无论怎么样gtf一定是可以用的. 由gff3转化为gtf用gffread: 命令: gffread Osativa_204_gene.gff3 -T -o Osativa_204_gene.gtf 转化后gff3文件中的信息都会被保留. 虽然featu

1,jbrowse 是什么东西 ? JBrowse is a genome browser with a fully dynamic AJAX interface, being developed as the eventual successor to GBrowse. It is very fast and scales well to large datasets. JBrowse is javascript-based and does almost all of its work di

参考: GFF格式说明 Generic Feature Format Version 3 (GFF3) 先下载一个 gtf 文件浏览一下 1 havana gene 11869 14409 . + . gene_id "; 1 havana transcript 11869 14409 . + . gene_id "; 有一个 R 的版本,可以看一看:R的bioconductor包TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene详解 另外,看看 Bioconducto

我们在做生物分析的时候,经常会碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注释文件.他们有着相似的名字,甚至连内容都极为相似~那么,他们究竟差在哪里呢? GFF全称为general feature format,这种格式主要是用来注释基因组. GTF全称为gene transfer format,主要是用来对基因进行注释. 数据结构 GTF文件以及GFF文件都由9列数据组成,这两种文件的前8列都是相同的(一些小的差别) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 reference sequence name

vcf和bed的位置信息区别 vcf和gff一般是从1-base开始计数,也就是文件里所代表的的位置是染色体的真实位置 bed文件一般所代表的位置是从0开始计数的,是一个半闭合区间,也就是(0,200]表示一个长度为200bp的序列,起始位置在染色体上其实是1到200的位置 pysam在处理的时候和bed是类似的,也是一个半闭合的区间,同时也是从0开始计数的. samtools则是从1开始计数 根据位置信息提取序列的方法 samtools提取 samtools faidx Vv.12X.dna.

经常有人问这种问题,用了些时间java之后,发现这俩玩意除了一小部分壳子长的还有能稍微凑合上,基本上没什么相似之处,可以说也就是马甲层面上的相似吧,还是比较短的马甲... 一般C#多用于业务系统的开发,快速实现,微软官方的各种封装,各种语法糖,使得c#在语义语法层面上更人性化,开发思路更专注于业务逻辑,对技术的实现并不需要关心的很细(当然这是指初级的入门程度),不过也带来的一些缺陷,当表面上的功夫不能满足的时候,.net程序员就不得不去了解微软封装起来的东西,所以我认识的.net程序员几乎人手一

jqery的语法和js的语法一样,算是把js升级了一下,这两种语法可以一起使用,只不过是用jqery更加方便 一个页面想要使用jqery的话,先要引入一下jqery包,jqery包从网上下一个就可以,一般用带有min的,是压缩版的,如果还要引用其他js文件的话,一定要juery包在上面,其他的引用放在他下面 先来看看如果使用Juery的话,怎么来引用Juery包 这样来引用,然后就可以用Juery方法了 和js的语法一样,都是写在<script type = "text/javascrip

来微信支付有2年多了,从2年前的互联网模式转变为O2O模式,主要的场景是跟线下的商户去打交道,不像以往的互联网模式,有产品经理提需求,我们帮忙去解决问题. 转型后是这样的,团队成员更多需要去寻找业务的方向,思考能为商户或者业务做点什么来体现其身价值,这样的转变是机会也是挑战,我一直相信在特别的环境下能迅速磨练出了跨岗位技能和综合素质,然而一路走来也发现了自己的短板(所谓的产品思维),并非想提升就可以,有时候感到自己很无能. 于是这样熬过来,暗示自己保持积极乐观的心态,平时使用一些通用的方法来提醒

一.问题来源 一直没有搞清楚NSString.NSArray.NSDictionary--属性描述关键字copy和strong的区别,看别人的项目中属性定义有的用copy,有的用strong.自己在开发中也是没有认真的去研究,至于使用copy还是用strong完全是根据心情随性而为,也一直没有出什么问题.可苹果竟然分了两个关键字,就肯定有其用意,为了提高自己还是要仔细的搞清楚其中之差别!好了,废话说完进入正题. 二.对象属性描述copy与strong的区别 直接上代码: ``` @propert

x86是指intel的开发的一种32位指令集,从386开始时代开始的,一直沿用至今,是一种cisc指令集,所有intel早期的cpu,amd早期的cpu都支持这种指令集,ntel官方文档里面称为"IA-32" x84_64是x86 CPU开始迈向64位的时候,有2选择:1.向下兼容x86.2.完全重新设计指令集,不兼容x86.AMD抢跑了,比Intel率先制造出了商用的兼容x86的CPU,AMD称之为AMD64,抢了64位PC的第一桶金,得到了用户的认同.而Intel选择了设计一种不兼

相同 Comparable和Comparator都是用来实现对象的比较.排序 要想对象比较.排序,都需要实现Comparable或Comparator接口 Comparable和Comparator都是Java的接口 区别 Comparator位于java.util包下,而Comparable位于java.lang包下 Comparable接口的实现是在类的内部(如 String.Integer已经实现了Comparable接口,自己就可以完成比较大小操作),Comparator接口的实现是在类

在用mysql客户端对数据库进行操作时,打开终端窗口,如果一段时间没有操作,再次操作时,常常会报如下错误: ERROR (HY000): Lost connection to MySQL server during query ERROR (HY000): MySQL server has gone away No connection. Trying to reconnect... 这个报错信息就意味着当前的连接已经断开,需要重新建立连接. 那么,连接的时长是如何确认的? 其实,这个与inte

直接正题: 看一下line-height可能的值: 其实可以分为两类: (1)不带单位的(如line-height:1.5),这种是推荐使用的: (2)带单位的(如line-heigth:30px/1.5em/150%); 这两种有什么区别呢? 其实只要记住: 一. 设置的如果是不带单位的(第一种),那它就是"缩放因子",后代元素会继承这个缩放因子而不是继承父级的计算后的值,例如: <div style="line-height:1.5;font-size:12px;