参考: 独占鳌头的Illumina仪器(二代测序篇) HiSeq2000测序原理.流程与仪器 NGS文库制备的方法比较[心得点评] 各种测序文库构建方式 样本:就是待测的DNA.RNA或蛋白序列,样本来源单一的就是单样本,样本来源于多处就是多样本,一般我们测序用的样本都是单样本,但有时候有特殊需求,我们会把一些样本混合在一起测序,也就是多样本测序. 文库:二代三代读长都是有限的,为此我们必须将全长的序列打断成小片段的文库才能进行测序.总的来说,在NGS分析之前,制备RNA或DNA的主要步骤包括:

刚开始学javascript经常看到各种专业名词,在此整理一下个人的学习笔记: 直接量 直接量——就是程序中直接使用的数据值,如:88    //数字(String)"hello world" //字符串(Number)true //布尔值(Boobean)/[a-z][0-9]/   //正则表达式(RegExp)null //空值(null){x:1,y:2}   //对象(Object)[1,2,3,4,5] //数组(Array) 标识符(变量名) 标识符——就是一个名字,用来

前言: 系统的学习下Android开发中涉及到的一些专业名词 和Android开发工具 名词: 一.SDK(Software Development Kit) 软件开发工具包:一般都是一些软件工程师为特定的软件包.软件框架.硬件平台.操作系统等建立应用软件时的开发工具的集合. 二.API(Application Programming Interface) 应用程序接口,在Android中即sdk提供的方法(函数) 三..9.png “.9.png”是Andriod平台的应用软件开发里的一种特殊

二代测序原理: 1.DNA待测文库构建. 超声波把DNA打断成小片段,一般200--500bp,两端加上不同的接头2.Flowcell.一个flowcell,8个channel,很多接头3.桥式PCR扩增.每个DNA片段将在各自位置集中成束,每一束含有单个DNA模板的很多拷贝,目的:将碱基的信号强度放大,达到测序所需的信号要求.4.测序.边合成边测序.反应所需材料,dNTP的3’端特殊处理,不能继续反应,因此每次只能添加一个碱基,另外每个碱基有一种颜色.dNTP添加到链上后,所有未使用游离dNT

为什么二代测序的原始数据中会出现Read重复现象? 要搞清楚这个read重复(duplicate)的问题,我想我们需要从NGS数据的产出过程说起,具体来说如下: 基因组DNA提取: DNA随机打断,最常用的是超声打断: 对被打断的DNA片段进行末端修复(通常是3'加A),然后在两端加接头,选择特定长度的片段文库进行PCR扩增(通过PCR的扩增会选!择!性!地提高加上了接头的文库分子数量): 文库上机与测序芯片(Flowcell)上的引物结合,经过桥式PCR扩增,在芯片上形成测序所需的cluste

目录 软件开发架构 架构总结 网络编程前戏 OSI七层协议简介 OSI七层协议之物理连接层 OSI七层协议之数据链路层 网络相关专业名词 OSI七层协议之网络层 OSI七层协议之传输层 软件开发架构 规定了程序的请求逻辑.功能分块 1.C/S架构 Client:客户端 Server:服务端 """ 我们使用计算机下载下来的一个个app本质是各大互联网公司的客户端软件 通过这些客户端软件我们就可以体验到各个互联网公司给我们提供的服务 eg: 下载淘宝客户端 打开 体验淘宝服务端

综述先看这里 第一节的1.1简单介绍了DC/DC是什么: 第二节是关于DC/DC的常见的疑问答疑,非常实用: 第三节是针对nRF51822这款芯片电源管理部分的DC/DC.LDO.1.8的详细分析,对于研究51822的人很有帮助: 第四节是对DC/DC的系统性介绍,非常全面: 第五节讲稳压电路的,没太多东西,可以跳过: 第六节讲LDO的,包含LDO和DC/DC的选型建议.LDO电容的选择等,很好: 第七八两节从专业角度给出提高电源效率的建议(目前还用不到). 一.DC/DC转换器是什么意思 le

    一.等效串联电阻ESR概述 ESR是Equivalent Series Resistance的缩写,即“等效串联电阻”.理想的电容自身不会有任何能量损失,但实际上,因为制造电容的材料有电阻,电容的绝缘介质有损耗.这个损耗在外部,表现为就像一个电阻跟电容串联在一起,所以就称为“等效串联电阻”.有的电容还会标出ESR值(等效串联电阻),ESR越低,损耗越小,输出电流就越大,电容器的品质越高. 二.ESR的成因分析 任何一个电容都会存在ESR,在电容电极之间始终都存在着一个电气性的电阻,如金属

c2c: 就是我卖东西你来买  (comsumer to comsumer个人对个人) b2c: 就是我开公司卖东西你来买 (business to comsumer 公司对个人) o2o: 就是我开公司卖东西你来买,而且还要来拿东西 (online tot offline 线上对线下) b2b: 就是你也开了个公司来买东西(business to business 公司对公司) 重构:通过调整程序代码改善软件的质量.性能,使其程序的设计模式和架构更趋合理,提高软件的扩展性和维护性. 重构的两种

是否切词:对关键词是否切分,举例,姓名域的一个值:"张三" , 是否切分成"张"."三"等等多个term. 是否索引:建立索引的时候是否对该字段域对应的数据建立索引.是不是放到倒排表中,此域的关键字与document之间的对应关系存不存在即反向关系存不存在,通过term能不能定位到document 是否存储:对此字段域的数据进行获取时,是否能还原! document.get("fieldName") 能不能得到内容 //先写着

redux: 用来管理react app 状态(state)的一个架构. store: 通过createStore()创建,用来存放state,与react app是完全分离的.createStore至少有一个参数rootReducer(dispatch会调用reducer) react app通过connect()函数与store连接,并通过props获取到store里相应state的数据.store通过dispatch()方法发起action动作,从而改变state. Provider: r

一.Zookeeper的集群角色 Leader:该角色是整个zookeeper集群工作机制中的核心 Follower:该角色是zookeeper集群状态的跟随者 Observer:在集群中充当观察者的角色 (这三类角色的具体使用会在后面的博客中详细介绍) 二.会话 会话是指客户端与zookeeper服务器的连接,zookeeper中的会话叫session,客户端靠与服务器建立一个TCP长连接来维持一个session,通过这个连接,客户端能够与zookeeper服务器保持有效的通话,也能向zook

1.摘果:按照单一客户上订单的内容进行拣选货品(即去货位上拣货),拣选完成后即可直接进行质检.包装. 2.播种:将多个客户订单上的货品进行汇总,然后对这些货品进行拣选.拣选完成后,再区分出每一个客户的商品,并分别进行质检.包装.下图表示的是播种中的分拣过程,拣选车(小推车)上存放的是多个客户的商品,然后左边架子上的每一个小格代表一个用户.现在需要将这些商品对应于哪个客户区分出来. 摘果与播种对比如下图所示: 3.月台(platform):月台是指装卸货场所修建的装卸货平台,借助月台,搬运叉车能够

灌水正式开始: 说明:我的农田,我灌水 一.QA . QC & QM: 1.QM QM 是quanlity management,中文名称是品质管理 2.QA QA是英文quality assurance 的简称,中文含义是质量保证. 3.QC  QM 是quanlity management,中文名称是品质管理. 实际上不管你身在哪个职位上只是分工不同,不要认为QM就管QA.QC,在这个领域内都各为其政 二.测试模型(V模型.W模型.H模型.X模型): 1.V模型 特点:[活动串行]这是一种古

PNR: PNR是旅客订座记录,即Passenger Name Record的缩写,它反映了旅客的航程,航班座位占用的数量,及旅客信息.适用民航订座系统. 一个PNR由以下几项组成: 姓名组NM 航段组 团体情况 联系地址 出票情况TK 邮票地址组 开帐地址组 票价情况组 辅助项目组(订旅馆.出租飞机.地面运输服务.出租车) 特殊服务组SSR 其他服务情况组 OSI 备注RMK 责任组 其中:1.2.3.4.5是必需的. 打票机出票需增加票价组.票价计算组.付款方式组项目.还可以包括旅游代码组.

数据对象和属性类别: 数据一般有噪声,数量庞大,且来自不同的数据源 数据集由数据对象组成,一个数据对象代表一个实体 数据对象:样本.实例.数据点.对象 数据对象以数据元组的形式存放在数据库中,数据库的行对应于数据对象,列对应于属性 属性是一个数据字段,与维.特征.变量对应 维 用于数据仓库中 特征 用于机器学习中 变量 用于统计学中 属性的类型 值域 属性有四大类: 标称属性:只代表某种类别,不具有意义的序(无排序)例如第一食堂.第二食堂这种也是不具有意义的序 二元属性:标称属性的一种特殊情况 

最近在看 SIGGRAPH2015 有关 VR Display and Interaction 的几篇文章,之前从来没看过有关方面的 paper,一看才发现专业词汇太多了,根本不懂啊,幸亏 Paper Reading 的要求不高.用百度,Google翻译一些短语,结果也不对劲.从 可穿戴设备网找到这个 VR吹牛宝典:高大上的专业名词汇总,就转过来了. 微透镜阵列显示技术(Microlens Array Display technology):通过对微透镜阵列结构进行深入研究,揭示了微透镜阵列对微

操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程 具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./

你能给别人讲清楚这个概念吗? 二代测序中,每测一个碱基会给出一个相应的质量值,这个质量值是衡量测序准确度的.碱基的质量值13,错误率为5%,20的错误率为1%,30的错误率为0.1%.行业中Q20与Q30则表示质量值≧20或30的碱基所占百分比.例如一共测了1G的数据量,其中有0.9G的碱基质量值大于或等于20,那么Q20则为90%.         Q20值是指的测序过程碱基识别(Base Calling)过程中,对所识别的碱基给出的错误概率.         质量值是Q20,则错误识别的概率

illumina SBS测序详解 2018年01月02日 09:33:56 sixu_9days 阅读数:9789 标签: 生物信息学二代测序 更多 个人分类: 测序原理   最近回头重新看了illlumina paired end sequence的测序原理视频,发现了以前没有注意的一些问题,而这些问题也是大家平时容易搞错的,因此花了几天时间将illumina 的paired end sequence 从构建文库到上机测序的整个过程以及原理较为详细的写了出来. 基础知识:illumina测序的