由于之前的HPC太难用了,所以决定搬家到十楼的工作站,于是就免不了配置必要的工作环境,其中一个少不了要安装的软件是就是fastqc,因为它太常用了. 我先是用conda安装,因为conda实在是太方便了,于是命令行:conda install fastqc  后面一路yes下去搞定,果然很顺利. 可是当我准备用的时候,输入命令: fastqc,诶?居然神奇吧的出错了,错误如下: zdwu@ubuntu:~/software/FastQC$ ./fastqc Exception in thread

1.fastqc是在Java环境下运行的:所以在安装fastqc之前,Linux下要有相应的Java运行环境(JRE).且java的版本应该在1.8.0版以上 2.java的安装:下载最新版本的Java,注意要下载带有JRE的版本. 3.解压:tar -zxvf java.tar.gz 4.cd java-1.8.0 5.进入java-1.8.0的目录,可以看到里面有一个叫jre的文件夹,jre里面有bin和lib子文件夹,将此二者的路径添加到.bashrc环境变量文件当中.就可以在任何路径下运

fastqc用于查看测序数据的质量. 1.下载: http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.8.zip 2.解压配置: unzip fastqc_v0.11.8.zip 配置: cd /data/software/FastQC chmod +x fa

通常我们下机得到的数据是raw reads,但是公司通常会质控一份给我们,所以到很多人手上就是clean data了.我们再次使用fastqc来进行测序数据质量查看以及结果分析. fastqc的操作: 1. FastQC使用 fastqc -f [bam | sam | fastq] -o [output] [filename1 filename2] 常用选项: -f --format:输入文件格式.[bam,sam,fastq文件格式] -o --outdir:输出文件夹指定 -t --thr

用FastQC检查二代测序原始数据的质量 2013-01-28 21:28:10|  分类: Bioinformatics |  标签:bioinformatics  deep-seq   |举报 |字号大中小 订阅 用微信  “扫一扫” 将文章分享到朋友圈. 用易信  “扫一扫” 将文章分享到朋友圈. 下载LOFTER 我的照片书  |     当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量.常用的工具就是fastqc (http://www.bioinformat

背景: 鉴于框架的使用者越来越多,文档太少,不少用户反映框架的入门门槛太高. 好吧,再辛苦下,抽时间写教程吧! 步骤1:下载框架源码 开源地址:https://github.com/cyq1162/Aries 建议用SVN或Git下载,因为随时可以更新.(打包Zip下的载的,更新升级不方便) 步骤2:F5 运行起来 数据库默认是指向文本数据库,所以可以直接运行,看到登陆界面: 默认用户名密码是:admin,111111,已经写在html中了. 点登陆,如果提示如下: 那你就打开web.confi

新的项目我们想用ASP.NET Core来开发,但是苦于我们历史的遗产很多,比如<使用 JavaScriptService 在.NET Core 里实现DES加密算法>,我们要估计等到.NET Core 1.2我们才会有大部分的API,通过NodeJs方式有点曲线救国的味道,很多人会不认同,如果要在纯的.NET Core下运行我们的ASP.NET Core项目,在特定的时间进度内很难办到,不仅仅我们所依赖的一些API还没有,还有我们大量的.NET Framwork的库还来不及迁移到.NET S

安装插件 在Sublime Text3下面写代码感觉很不错,但是写Python的时候遇到了一些问题. 用Sublime Text3打开python文件,或者在Sublime Text3下写好python代码,使用快捷键ctrl+b就可以运行了,会在当前窗口的下方出现运行的结果.比如 print("hello world!") 但是,要是使用了input这类需要交互的函数,ctrl+b运行就会出现错误 print("hello world!") x = input(&

接上篇<hadoop 2.7.3本地环境运行官方wordcount>.继续在本地模式下测试,本次使用hdfs. 2 本地模式使用fs计数wodcount 上面是直接使用的是linux的文件系统.现在使用hadoop fs.在本地模式下,hadoop fs其实也是使用的linux的fs.下面示例说明: 2.1 验证FS cd /home/jungle/hadoop/hadoop-local ls -l total 116 drwxr-xr-x. 2 jungle jungle 4096 Jan

hadoop 2.7.3本地环境运行官方wordcount 基本环境: 系统:win7 虚机环境:virtualBox 虚机:centos 7 hadoop版本:2.7.3 本次先以独立模式(本地模式)来运行. 参考: hadoop docs ​ 1 hadoop 安装 java环境 yum install java-1.8.0-openjdk hadoop下载压缩包并安装 mkdir ~/hadoop/ cd ~/hadoop/ # http://apache.fayea.com/hadoop

首先为什么要自己编写Dockerfile来构建 nginx.php.mariadb这三个镜像呢?一是希望更深入了解Dockerfile的使用,也就能初步了解docker镜像是如何被构建的:二是希望将来可以定制自己的images,特别是能针对不同的系统环境与目标需求适当对镜像进行调整改进.在编辑Dockerfile过程中也参考了以下相关范例: https://hub.docker.com/_/php/ https://hub.docker.com/_/mysql/ https://hub.dock

Linux scp 设置nohup后台运行 1.正常执行scp命令 2.输入ctrl + z 暂停任务 3.bg将其放入后台 4.disown -h 将这个作业忽略HUP信号 5.测试会话中断,任务继续运行不受影响 1.正常执行scp命令 从oradb30机器拷贝一个文件夹到oradb31机器: scp -r /u01/media/Disk1/ 192.168.1.31:/u01/media/ [root@oradb30 ~]# scp -r /u01/media/Disk1/ 192.168.

环境准备 1.亚马逊EC2 Windows Server 2016 with Container 2.Visual Studio 2015 Enterprise(Profresianal要装Update 3) 3..NET Core 1.0.0 – VS 2015 Tooling Preview 2.请点击此处安装 4.Microsoft .NET Core SDK,可以到微软官方网站下载安装 5.Visual Stuido Tool For Docker(在VS扩展里下载安装) 实验步骤 一.

前言: 在我们做App开发的过程中基本上都会用到文件存储,所以文件存储对于我们来说是相当熟悉了,不过自从Android 6.0发布之后,基于运行时权限机制访问外置sdcard是需要动态申请权限,所以以往直接sdcard根目录上直接新建了一个xxx/cache/目录来做文件存储就会不是那么容易控制了,所以有必要重新认识一下Android文件存储的相关知识了. 背景: 有关外置sdcard的读写权限 <uses-permission android:name="android.permissi

前言: 今天还是围绕着最近面试的一个热门话题Android 6.0权限适配来总结学习,其实Android 6.0权限适配我们公司是在今年5月份才开始做,算是比较晚的吧,不过现在Android 6.0以上设备越来越多了,所以Android 6.0 权限适配是必不可少的工作,这里主要介绍一下我们公司是如何做Android 6.0权限适配的. 权限管理相关博客: Android权限管理之Permission权限机制及使用 Android权限管理之Android 6.0运行时权限及解决办法 Androi

本次将要很大家分享的是一个跨平台运行的服务插件 - TaskCore.MainForm,此框架是使用.netcore来写的,现在netcore已经支持很多系统平台运行了,所以将以前的Task.MainForm改良成跨平台的服务共大家使用和相互交流:本来这篇应该分享的是nginx+iis+redis+Task.MainForm构建分布式架构后续文章,但使用.netcore来定义一个服务插件和跨平台测试经过让我既兴奋又头痛,不说了下次再分享分布式后续文章吧:那么开始今天的分享内容,希望各位多多支持:

经常听到有朋友抱怨他的电脑运行软件或者游戏时提示缺少什么 d3dx9_xx.dll 或 msvcp71.dll.msvcr71.dll又或者是 .Net Framework 初始化之类的错误而无法正常使用,其实很多时候,只是因为你的电脑没有安装好这些软件所需要的运行库 (又称"运行时" / Runtime) 而已. 在 Window s环境下,很多软件特别是游戏都需要依赖一些运行库才能正常使用,而这些库并没有集成在 Windows 里的,需要我们自行下载安装 (所需的运行库一般在软件或

 || 版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载. 一.前言     今天起开始分享关于操作系统的相关知识,本人也是菜鸟一个,正处于学习阶段,这整个操作系统篇也是我边学习边总结的一些结果,希望能给正在学习或者有意向学习操作系统的童鞋带来帮助.     二.有关知识     在进入代码之前,先给大家普及一些硬件知识,如果你已经具备了这方面的知识,可以直接略过这部份.     1.计算机怎么启动操作系统的?     首先,我们思考一个问题,为什么一个硬盘安装系统之后打开计算机电源之后就能正

谈及.NET跨平台,已经不是什么稀奇的事儿.今天我们就以Jexus服务器的部署为例.简单示范下.在这里,我用VMWare虚拟机来搭建Linux运行环境. Linux,我们选择CentOS7.大家可以前往官网下载:https://www.centos.org/download/ 大家可以看到: CENTOS 有三种,关于这三种的区别,在这里就不做过多阐述.我下载的事DVD.iso.4GB多的样子. 接下,就是在虚拟机中,安装CentOS系统. 安装成功后,我们首先在tmp目录下,通过wget命令下

微信Web开发者工具只有window版本和mac版本,如果想要在Linux系统下运行微信Web开发者工具,需要花费很大周折. 注:带 * 的步骤或文件为不确定是否管用的步骤或文件.本人系统为Linux Mint 18.1版本. 1.下载nwjs 下载nwjs的SDK. 2.将微信web开发者工具拷贝到nwjs 将在window系统下安装的微信web开发者工具文件夹中的package.nw.icon.ico.* 微信web开发者工具.exe拷贝到nwjs sdk解压后的文件夹内. * 解压 微信w