视频  https://www.bilibili.com/video/av7973580/ 教材 Molecular biology of the gene 7th edition  J.D. Watson et. al RNA剪接 真核生物成熟RNA的形成需要剪接 有些pre-mRNA存在不只一种剪接方式,成为可变剪接 一.RNA剪接的化学基础 1.决定剪接位点的特定序列 3'端是多聚嘧啶区 2.当内含子两边的外显子连接时,内含子是以套索(lariat)除去的 二.剪接体 1.RNA剪接是由一

可变剪切的预测已经很流行了,目前主要有两个流派: 用DNA序列以及variant来预测可变剪切:GeneSplicer.MaxEntScan.dbscSNV.S-CAP.MMSplice.clinVar.spliceAI 用RNA来预测可变剪切:MISO.rMATS.DARTS 前言废话 科研圈的热点扎堆现象是永远存在的,且一波接一波,大部分不屑于追热点且不出成果也基本都被圈子给淘汰了. 做纯方法开发的其实是很心累的,费时费力费脑,特别是自己的研究领域已经过时的时候,另外还得承受外行的歧视:“你

circpedia 中收录了利用circexplorer 软件识别到的circRNA, 覆盖了人,小鼠,鸟类,昆虫多个物种的多种细胞系的数据 官网链接如下: http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/about 对于circRNA的来源基因(通常又叫做parent 基因) 来说,其可能产生的circRNA的类型是很多的,来源于同一个parent 基因的circRNA 叫做可变剪切的isoforms 利用数据库的搜索功能,查找在染色体的某一段上存在的circR

生物信息学——RNA的剪切过程   外显子(exon expressed region)是真核生物基因的一部分,它在剪接(Splicing)后仍会被保存下来,并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质. 外显子是最后出现在成熟RNA中的基因序列,又称表达序列.既存在于最初的转录产物中,也存在于成熟的RNA分子中的核苷酸序列.术语外显子也指编码相应RNA外显子的DNA中的区域.所有的外显子一同组成了遗传信息,该信息会体现在蛋白质上.      内含子(intron)在转录后的加工中,从最初的转录产物

  SUPPA是一款通过转录本定量来获取可变剪切定量结果的软件.转录本的定量方式有很多,例如count,FPKM, TPM等,作者建议使用TPM,因为先均一化了基因的长度,然后均一化了测序的深度.同时建议使用salmon软件进行定量 软件的下载与安装 首先下载salmon二进制版本 wget https://github.com/COMBINE-lab/salmon/releases/download/v0.14.0/salmon-0.14.0_linux_x86_64.tar.gz tar z

RNA提取和建库流程对mRNA-Seq的影响 已有 10460 次阅读 2014-8-14 14:21 |个人分类:转录组测序|系统分类:科研笔记|关键词:转录组测序,RNA-Seq,,链特异性RNA-Seq,转录组文库构建,总RNA提取| RNA-seq, 转录组测序, 链特异性RNA-Seq, 转录组文库构建, 总RNA提取   目前RNA-Seq是挖掘不同生长时期及不同胁迫条件下.不同组织细胞中其差异表达基因通常所采用的研究方法,同时还可以鉴定获得新的转录本信息以及不同的可变剪切事件,因而

第三章 RNA测序   RNA测序(RNA Sequencing,简称RNA-Seq,也被称为全转录物组鸟枪法测序Whole Transcriptome Shotgun Sequencing,简称WTSS),是基于二代测序技术研究转录组学的方法,可以快速获取给定时刻的一个基因组中RNA的种类和数量. RNA-Seq有助于查看基因的不同转录本.转录后修饰.基因融合.突变/SNP和基因表达随时间的变化,或在不同组中基因表达的差异. RNA-Seq除了可以查看mRNA转录本,还可以查看总RNA.小RN

// // ViewController.swift // Swift-Array // // Created by luorende on 16/9/12. // Copyright © 2016年 luorende. All rights reserved. // import UIKit class ViewController: UIViewController { override func viewDidLoad() { super.viewDidLoad() // Do any a

对应可变字符串可以插入.删除和替换,String提供了几个方法可以帮助实现这些操作.这些方法如下: splice(_:atIndex:).在索引位置插入字符串. insert(_:atIndex:).在索引位置插入字符. removeAtIndex(_:).在索引位置删除字符. removeRange(_:).删除指定范围内的字符串. replaceRange(_:,with: String) .使用字符串或字符替换指定范围内的字符串. 代码: var str ="Swift" pri

原创文章,欢迎转载.转载请注明:关东升的博客 对应可变字符串可以插入.删除和替换,String提供了几个方法可以帮助实现这些操作.这些方法如下: splice(_:atIndex:).在索引位置插入字符串. insert(_:atIndex:).在索引位置插入字符. removeAtIndex(_:).在索引位置删除字符. removeRange(_:).删除指定范围内的字符串. replaceRange(_:, with: String) .使用字符串或字符替换指定范围内的字符串. 代码: v

使用Tophat+cufflinks分析差异表达  2017-06-15 19:09:43     522     0     0 使用TopHat+Cufflinks的流程图 序列的比对是RNA分析流程中核心的一步.序列的比对,或者说是字符串的比对本身就是计算机科学中的一个经典问题,在生物信息学中更加频繁的出现.序列比对中的错配,插入.缺失可以识别出样本和基因组之间的多态性,甚至可以找出肿瘤样本中的gene fusion.而map到没有注释的基因可能是新的编码基因,或者是非编码RNA.同时RN

来源:STARmanual.pdf 来源:Calling variants in RNAseq PART0 准备工作 #STAR 安装前的依赖的工具 #Red Hat, CentOS, Fedora. sudo yum update sudo yum install make sudo yum install gcc-c++ sudo yum install glibc-static PART1 Quick start #STAR Basic workflow ###1. Generating

1. -(void)timetick { _d = 0; NSTimer *newtime =[NSTimer scheduledTimerWithTimeInterval:1 target:self selector:@selector(printfdate:) userInfo:@"byL" repeats:YES]; } -(void)printfdate:(NSTimer*)time1 { NSLog(@"%d,%@",_d++,time1.userInfo

Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean 中文名:基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆驯化及改良相关基因 发表期刊杂志:nature biotechnology影响因子:41.514发表时间:2015年2月发表单位:中科院遗传与发育生物学研究所 一.      研究取材62株野生大豆.130株地方种和110个

参考:产品手册 PacBio三代全长转录组有什么优势? 近年来,随着高通量测序技术的发展,转录组测序已经成为研究基因表达调控的主要手段.但二代的转录本重构准确率很低,三代可以直接得到全长转录本,无需组装.可改善基因表达定量结果,发现新的基因和转录异构体,鉴定可变剪切及基因融合现象. Google第一个就是官网介绍,可以立马理解Iso-Seq的字面意思了. Iso-Seq 就是 isoform sequencing,中文就是同源异构体测序,其实也是一种 RNA 测序技术. The challeng

参考文章:http://weibo.com/p/23041883f77c940102vbkd?sudaref=passport.weibo.com 软件连接:https://github.com/alexdobin/STAR/ 因为不连续的转录本结构,相对短的片段长度,和测序技术持续增加的通量,高通量RNA-seq数据的准确比对是一个有挑战性且仍未解决的问题.当前可用的RNA-seq比对器遭受高比对错误率,低比对速度,片段长度限制和比对偏差.结果:为了比对我们的大量(> 800亿片段)ENCOD

RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析 差异分析的步骤:1)比对:2) read count计算:3) read count的归一化:4)差异表达分析: 背景知识:1)比对:普通比对: BWA,SOAP开大GAP比对:Tophat(Bowtie2):2) Read count(多重比对的问题):丢弃平均分配利用Unique region估计并重新分配表达量计算的本质目标基因表达量相对参照系表达量的数值.参照的本质:( 1)假设样本间参照的信号值应该是相同的:( 2)将样本间参照的观测值校

纳米孔测序技术(又称第四代测序技术)是最近几年兴起的新一代测序技术.目前测序长度可以达到150kb.这项技术开始于90年代,经历了三个主要的技术革新:一.单分子DNA从纳米孔通过:二.纳米孔上的酶对于测序分子在单核苷酸精度的控制:三.单核苷酸的测序精度控制.目前市场上广泛接受的纳米孔测序平台是Oxford Nanopore Technologies(ONT)公司的MinION纳米孔测序仪.它的特点是单分子测序,测序读长长(超过150kb),测序速度快,测序数据实时监控,机器方便携带等.这篇综述重

RNA-seq这个工具该什么时候用?ATAC-seq该什么时候用?有相当一部分项目设计不行,导致花大钱测了一些没有意义的数据. 还是在中心法则这个框架下来解释,这是生物信息的核心.打开华大科技服务官网梳理一下现在到底都有些什么测序技术: 全基因组测序和重测序 - 组装以及寻找变异 (外显子和目标区域测序) RNA-seq测序 - 基因表达 (smRNA,lncRNA,circRNA,PB全长,可变剪切) 甲基化测序 ChIP-seq和ATAC-seq 蛋白组 - 所有蛋白的变化 代谢组 - 植物

一.circRNA序列提取 环状RNA (circRNA)是一类不具有 5' 末端帽子和 3' 末端 poly(A)尾巴.并以共价键形成环形结构的非编码 RNA 分子. 环状RNA (circRNA) 是区别于传统线性 RNA 的一类新型 RNA,大量存在于真核转录组中且表达具有时空特异性.在调控基因转录.作为疾病诊断marker等方面具有重要的研究和临床意义. 在预测circRNA时,都是检测breakpoint 处的reads 数,最后给出的环状RNA的ID 都是诸如 chr14:10699