简单说明: 从2.28.0版开始,bedtools使用htslib库支持CRAM格式 除了BAM文件,bedtools默认所有的输入文件都以TAB键分割 除非使用-sorted选项,bedtools默认不支持大于512M的染色体 如果没有使用-sorted参数对染色体按编码顺序进行排序(e.g., sort -k1,1 -k2,2n ),则必须使用-g参数输入相同排序染色体 bedtools要求染色体命名方案在比较文件中是相同的(例如'chr1'和'1'不能同时存在) 1 genomecov 计

Console.WriteLine("请输入班级的总人数:"); int count = int.Parse(Console.ReadLine()); ;//声明一个循环变量来记录循环的次数. ;//声明一个用来存储学生成绩的总和的变量. while (i<=count) { Console.WriteLine("请输入第{0}个学生的成绩",i); int score = int.Parse(Console.ReadLine()); sum += score

Hash是把锋利的刀子,处理海量数据时经常用到,大家可能经常用hash,但hash的有些特点你是否想过.理解过.我们可以利用我们掌握的概率和期望的知识,来分析Hash中一些有趣的问题,比如: 平均每个桶上的项的个数 平均查找次数 平均冲突次数 平均空桶个数 使每个桶都至少有一个项的项个数的期望 本文hash的采用链地址法发处理冲突,即对hash值相同的不同对象添加到hash桶的链表上. 每个桶上的项的期望个数 将n个不同的项hash到大小为k的hash表中,平均每个桶会有多少个项?首先,对于任意

同学们大家好,欢迎收看由老王测量上班记出品的cass9.1视频课程 我是本节课主讲老师九天. 我们讲课的教程附件也是共享的,请注意索取测量空间中. [点击索取cass教程]5元立得 (给客服说暗号:“老王测量上班记”) 即可5元获得教程全系列,不带软件安装 这节课我们学习方格网土方计算. 课程教案 土方量计算在土方工程中有着重要意义和作用,是工程设计的一个重要组成部分.土方量是竖向规划或调整的一个重要依据,也直接关系到工程造价,所以在计算土方时一定要实事求是.精益求精.符合实际.土方计算是土方测

tensorflow提供的tf.train.ExponentialMovingAverage 类利用指数衰减维持变量的滑动平均. 当训练模型的时候,保持训练参数的滑动平均是非常有益的.评估时使用取平均后的参数有时会产生比使用最终训练好的参数值好很多的效果.方法apply()会添加被训练变量的影子副本和在影子副本中维持被训练变量的滑动平均的若干操作.该方法在创建训练模型时使用.那些保持维持滑动平均的操作(ops)一般会在每个训练步骤之后被执行.average()和average_name()方法分

qps 每秒处理的查询数tps 每秒处理的事务数IOPS 每秒磁盘进行的I/O操作次数 一.TPS:Transactions Per Second(每秒传输的事物处理个数),即服务器每秒处理的事务数.TPS包括一条消息入和一条消息出,加上一次用户数据库访问.(业务TPS = CAPS × 每个呼叫平均TPS) TPS是软件测试结果的测量单位.一个事务是指一个客户机向服务器发送请求然后服务器做出反应的过程.客户机在发送请求时开始计时,收到服务器响应后结束计时,以此来计算使用的时间和完成的事务个数.

本文为大便一箩筐的原创内容,转载请注明出处,谢谢:http://www.cnblogs.com/dbylk/p/4984530.html 公司引擎目前是使用CPU计算骨骼动画(采用了D3DX提供的函数进行计算)在屏幕中存在大量角色时仍然对CPU造成了不小的压力.根据VTune的性能检测结果,300人同屏时,D3DXMatrixMultiply函数占用了5%的CPU时间(仅次于DrawCall的开销),因此我想能不能把骨骼动画的向量矩阵运算转移到GPU中进行计算(即把骨骼相关的运算写在着色器中),

前言 在经典HS光流算法中,图像中两点间的灰度变化被假定为线性的,但实际上灰度变化是非线性的.本文详细分析了灰度估计不准确造成的偏差并提出了一种改进HS光流算法,这种算法可以得到较好的计算结果,并能明显减少光流计算的迭代次数. 经典HS光流法的误差分析 以前的梯度计算方法只考虑到了图像灰度的一阶变化率而没有考虑高阶部分,在实际应用中会导致较大误差.根据如下一般泰勒公式: (1) 假设物体没帧的位移是0.5像素,那么如果物体移动了30个像素之后,累计的误差可达 在一维情况下,该误差产生的机理如下图

一.题目描述 (1)编写Spark应用程序,该程序可以在本地文件系统中生成一个数据文件peopleage.txt,数据文件包含若干行(比如1000行,或者100万行等等)记录,每行记录只包含两列数据,第1列是序号,第2列是年龄.效果如下: 1 89 2 67 3 69 4 78 (2)编写Spark应用程序,对本地文件系统中的数据文件peopleage.txt的数据进行处理,计算出所有人口的平均年龄. 二.实现 1.生成数据文件peopleage.txt 1)创建程序的目录结构 创建一个存放代码

要测试linux系统性能及调优,首先要从全局检查linux的平均负载 1.什么是平均负载 load average 系统平均负载,平均负载是指单位时间内,系统处于可运行状态和不可中断状态的平均进程数,也就是平均活跃进程数,它和 CPU 使用率并没有直接关系. 可运行状态的进程,指正在使用 CPU 或者正在等待 CPU 的进程,也就是我们常用 ps 命令看到的,处于 R 状态(Running 或 Runnable)的进程. 不可中断状态的进程,指正处于内核态关键流程中的进程,并且这些流程是不可打断

clock():捕捉从程序开始运行到clock()被调用时所耗费的事件. 这个时间的单位是 clock tick,即时钟打点 常数 CLK_TCK:机器时钟每秒走的时钟打点数 要使用这个函数需要包含头文件 time.h #include <stdio.h> #include <time.h> // clock_t 是clock()函数的返回值类型 clock_t start, stop; // 记录被测代码的运行时间,以秒为单位 double duration; int main(

import tensorflow as tf from tensorflow.examples.tutorials.mnist import input_data INPUT_NODE = 784 # 输入节点 OUTPUT_NODE = 10 # 输出节点 LAYER1_NODE = 500 # 隐藏层数 BATCH_SIZE = 100 # 每次batch打包的样本个数 # 模型相关的参数 LEARNING_RATE_BASE = 0.8 LEARNING_RATE_DECAY = 0.9

作者:詹雪娇,腾讯云容器产品经理,目前主要负责腾讯云集群运维中心的产品工作. 张鹏,腾讯云容器产品工程师,拥有多年云原生项目开发落地经验.目前主要负责腾讯云TKE集群和运维中心开发工作. 引言 降本增效从云计算发展至今一直都是企业上云最核心的关注点,无论是在线业务还是大数据.AI业务,都非常依赖算力的消耗,成本问题都是企业上云进行决策的核心因素. 从云计算本身来看,单纯把业务从 IDC 搬迁上云不修改任何业务架构,提高计算资源利用率需要非常大的运维成本和人力成本投入到改造业务适配弹性伸缩和业务可

详解计算miou的代码以及混淆矩阵的意义 miou的定义 ''' Mean Intersection over Union(MIoU,均交并比):为语义分割的标准度量.其计算两个集合的交集和并集之比. 在语义分割的问题中,这两个集合为真实值(ground truth)和预测值(predicted segmentation). 这个比例可以变形为正真数(intersection)比上真正.假负.假正(并集)之和.在每个类上计算IoU,之后平均. 对于21个类别,分别求IOU: 例如,对于类别1的I

如何划窗统计测序数据的reads数(depth):https://blog.csdn.net/shenshenwu666/article/details/80936374 方法1,用samtools depth.但是这个方法仅仅局限于对单个位点进行depth进行统计 samtools depth -b bed_file sample.bam > sample.depth bed 用来指定统计区间,运行后输出指定区间每一个碱基的测序深度(由于涉及所有碱基,因此文件很大) 方法2,用samtools

GC偏好 测序中的GC偏好指的是基因组上GC含量在50%左右的区域更容易被测到,产生的reads更多,这些区域的覆盖度更高, 在高GC或者低GC区域,不容易被测到,产生较少的reads,这些区域的覆盖度更少. 用基因组单位长度的bin中的GC含量作为横坐标,覆盖度作为纵坐标作图,可以明显的看到该趋势.这种趋势在100kb为单位的bin中依然存在.如图A中可以看出随着GC含量的增加,counts是先增加后减少,bin的大小为10kb.图C可以看出大部分片断的GC含量0.4到0.6之间. GC偏好也

Differential expression analysis for paired RNA-seq data 抽象背景:RNA-Seq技术通过产生序列读数并在不同生物条件下计数其频率来测量转录本丰度. 为了鉴定两种条件之间差异表达的基因,重要的是要考虑实验设计以及数据的分布特性. 在许多RNA-Seq研究中,表达数据以多对获得,例如来自相同个体的治疗前和治疗后样品.我们寻求将配对结构纳入分析. 结果:我们提出了一个用于RNA-Seq数据的贝叶斯分层混合模型,以分别考虑变异性来自配对数据结构的

一.NGSQCTooklit 使用 主要是去除dapter和低质量的碱基,并有统计结果 可以得到如下的结果 1,每个位置的碱基的平均质量 2,每个GC值对应的reads数 3,每个质量值对应的reads数 4,每个位置对应的碱基个数 5,每个位置对应的输入碱基位置和质检后的碱基个数 6,对质量的总结. QC文件夹中包含了4支PERL程序,用于454 READS或ILLUMINA READS的QC,分别为: IlluQC.pl 用于Illumina reads的QC.默认情况下去除掉含有prime

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_6721167201018fyw.html GATK (全称The Genome Analysis Toolkit)是Broad Institute开发的用于二代重测序数据分析的一款软件,里面包含了很多有用的工具. 网址:http://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/index.php/Home_Page 前段时间刚发布了2.x版本的,最近几天都在不断更新,网址也搬迁到 http://www.br

Pysam可用来处理bam文件 安装: 用 pip 或者 conda即可 使用: Pysam的函数有很多,主要的读取函数有: AlignmentFile:读取BAM/CRAM/SAM文件 VariantFile:读取变异数据(VCF或者BCF) TabixFile:读取由tabix索引的文件: FastaFile:读取fasta序列文件: FastqFile:读取fastq测序序列文件 一般常用的是第一个和第二个. 例子: 1 import pysam 2 3 bf = pysam.Alignm

CyclicBarrier的概念理解: CyclicBarrier的字面上的意思是可循环的屏障,是java并发包java.util.concurrent 里的一个同步工具类,在我下载的JDK1.6的中文文档里对他的解释是: 大体意思就是:让一组线程到达一个屏障,一个集合点时,被阻塞,直到所有的线程都到了这个集合点时,屏障才会打开,然后线程才能继续往下执行.举个简单的例子就是:旅游团带着一帮人参观景点,规定在下一个景点A处集合,于是导游就在景点A等着大家,导游就是这个集合点或者说屏障,直到所有的游