索引 1.统计fasta.fa和fastq文件的长度,统计fastq的reads个数,单个reads长度,reads总长度:统计fasta文件中contig的个数,列出名称,单条的长度,以及总长度. 2.1局部组装:创建目录,将比对好的reads按100k为单位,用samtools切,并用awk工具提起reads,分别存放在对应文件夹内 2.2局部组装:用得到的reads_name,去原始的下机reads里提取reads序列 2.3局部组装:使用canu/soapdenovo按窗口组装 基本套路

  原文地址:  http://blog.csdn.net/johnny710vip/article/details/8905239   这是一篇关于perl脚本测试的总结性文章,其中提到了很多实用的模块,如果文中介绍的不够详细,请到cpan上搜索该模块并查阅其文档.  1基本语法检查 Perl语言的哲学是“There is more than one way to do it”,很多讨厌Perl的人总是拿Perl的这个特性来攻击Perl,而喜欢Perl的人却又极力推崇它.这里不讨论这个特性是好

刚学习perl脚本的时候,喜欢频繁使用defined关键字判断一个hash中某个key是否存在,后来程序出了问题才去perl官方文档查看关于defined关键字的准确使用方法.因此,这里我把perl中几个关键字的用法和区别加以介绍,希望大家能够有所借鉴. defined()和exists(): 在perl脚本中,undef是一个非常特殊的整数,这个整数用来表示失败.系统错误.文件末尾.未初始化的变量以及其他一系列的异常情况.了解了undef这个变量,那么就可以来看defined变量的作用了.当d

SQL Server定时自动抓取耗时SQL并归档数据发邮件脚本分享 第一步建库和建表 USE [master] GO CREATE DATABASE [MonitorElapsedHighSQL] GO --建表 USE [MonitorElapsedHighSQL] GO --1.表[SQLCountStatisticsByDay] --抓取到的sql语句数量 CREATE TABLE [dbo].[SQLCountStatisticsByDay] ( id , ) PRIMARY KEY ,

在新装的Linux服务器上部署了一个作业监控磁盘空间并提前告警,在shell脚本里面调用了一个perl脚本发送告警邮件.结果出现了一个很奇怪的现象:如果手工执行该脚本/home/oracle/scripts/disk_capatiy_alarm.sh能发出告警邮件,但是在crontab里面发现脚本没有发出告警邮件.检查了/var/log/cron后发现该作业执行了.最后发现shell执行了,但是perl脚本没有执行.搜索了相关资料后,了解到一般出现这种情况要么是因为环境变量,要么是因为使用了相对

set ANSI_NULLS ONset QUOTED_IDENTIFIER ONgo-- =============================================-- Author: wolf-- Create date: 2014-06-25-- Description: 将表数据生成Insert脚本-- Demo : exec pCreateInsertScript 'Station','StationID = 61'-- ========================

linux 全自动提权 exp perl脚本 作者: admin 日期: 2013/01/19发表评论 (0) 查看评论   国外流传过来的 地址 http://dl.packetstormsecurity.net/UNIX/penetration/rootkits/var.txt 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39

以前我们要将一个表中的数据导出为脚本,那么只有在网上找一个导出数据的Script,然后运行就可以导出数据脚本了.现在在SQL Server 2008的Management Studio中增加了一个新特性,除了导出表的定义外,还支持将表中的数据导出为脚本.导出过程是这样的,我简单说明下: (1)在SSMS2008中的对象资源管理器中,右击需要导出数据的数据库,在弹出式菜单中选择“任务”下的“生成脚本”选项. (2)在脚本向导的选择脚本选项中,将“编写数据的脚步”选择为TRUE,这里默认是为FALS

最近接触一些需要csv,txt,excel文件之间的转换,根据一些网上搜索加上自己的改动,实现自己想要的结果为主要目的,代码的出处已经找不到了,还请见谅,以下主要是针对csv&excel 和txt&excel写的perl脚本. 主要用到的模块是:   Text::CSVSpreadsheet::WriteExcel Spreadsheet::ParseExcel Spreadsheet::ParseExcel::FmtUnicode Unicode::Map 可以支持中文,具体也没有要仔细

这个perl文件将执行的任务是, 按照指定的文件夹目录,自动将该文件夹下的所有文件上传到指定ftp站点的指定目录下 本应用程序设计的几个基本理念是:工具箱再利用:尽可能利用已有的工具:简化运行步骤:不引入过多的业务逻辑,满足的需求越简单越好. 所以,我们定义了本应用程序依赖于以下几个工具的运行:ActivePerl-5.8.4.810-MSWin32-x86Upload.plUpload.config 我们将主要的执行逻辑都放在Perl源文件Upload.pl中了,配置文件为Upload.con

之前我们要将一个表中的数据导出为脚本,那么只有在网上找一个导出数据的Script,然后运行就可以导出数据脚本了.现在在SQL Server 2008的Management Studio中增加了一个新特性,除了导出表的定义外,还支持将表中的数据导出为脚本.导出过程: 在SSMS2008(SQL Server Management Studio 2008)中的对象资源管理器中,右击需要导出数据的数据库,在弹出式菜单中选择“任务”下的“生成脚本”选项. 在脚本向导的选择脚本选项中,有以下重要选项可以选

之前我们要将一个表中的数据导出为脚本,那么只有在网上找一个导出数据的Script,然后运行就可以导出数据脚本了.现在在SQL Server 2008的Management Studio中增加了一个新特性,除了导出表的定义外,还支持将表中的数据导出为脚本.导出过程: 在SSMS2008(SQL Server Management Studio 2008)中的对象资源管理器中,右击需要导出数据的数据库,在弹出式菜单中选择“任务”下的“生成脚本”选项. 在脚本向导的选择脚本选项中,有以下重要选项可以选

来源:http://www.veryhuo.com/a/view/38338.html 今天想把 perl 脚本编译成 exe 以便脱离 perl 解释器独立运行.都可以生成PERL的PE文件,在PERL官网有介绍. perl脚本编译成exe 一般有4种方法: 1. 使用 perl2exe 工具(需要购买,当然也有破解版或绿色版,不过网上只找到5.0版本的,而我的是5.12版本,版本太低所以不能使用) exe文件体积大 运行慢 2. 使用 ActiveState 公司的 Perl Dev Kit

工具推荐:ATSCAN,功能强大的Perl脚本扫描器 使用perl语言编写的开源的扫描器,功能丰富强大,除了基本的tcp和udp端口扫描之外,还可以搜索wordpress.joomla等网站并进行口令猜解等攻击. 描述: ATSCAN version6.3 搜素引擎 XSS扫描器 sqlmap 本地文件包含扫描器 筛选出wordpress和Joomla网站 寻找Admin页面 编解码MD5和Base64 端口扫描 搜索网站的电子邮件地址 使用代理 user-agent随机 错误扫描 检测Cms

版权声明:本文为博主原创文章.未经博主同意不得转载. https://blog.csdn.net/sunshoupo211/article/details/32711165 编程中错误不可避免.调试可以帮助我们发现有问题的代码段.在网上看了一下Perl脚本调试,发现事实上非常多东西并不须要,并且那么多也没人看. 以下简单整理一下. 1.进入debug. 使用-d.进入debug状态. 例:perl -d Perl程序名称. 2.设置断点 b:设置断点.例:b 行号. c:程序运行到下一个断点处,

本文转自:http://blog.csdn.net/studyzy/article/details/4303759 以前我们要将一个表中的数据导出为脚本,那么只有在网上找一个导出数据的Script,然后运行就可以导出数据脚本了.现在在SQL Server 2008的Management Studio中增加了一个新特性,除了导出表的定义外,还支持将表中的数据导出为脚本.导出过程是这样的,我简单说明下: (1)在SSMS2008中的对象资源管理器中,右击需要导出数据的数据库,在弹出式菜单中选择“任务

之前我们要将一个表中的数据导出为脚本,那么只有在网上找一个导出数据的Script,然后运行就可以导出数据脚本了.现在在SQL Server 2008的Management Studio中增加了一个新特性,除了导出表的定义外,还支持将表中的数据导出为脚本.导出过程: 在SSMS2008(SQL Server Management Studio 2008)中的对象资源管理器中,右击需要导出数据的数据库,在弹出式菜单中选择“任务”下的“生成脚本”选项. 在脚本向导的选择脚本选项中,有以下重要选项可以选

使用Perl脚本编译Latex 脚本能实现Latex文本的初级编译,并将生成的中间文件移动到同一个目录 调用方法 chmod +x xelatex2pdf.pl xelatex2pdf.pl -n 2 -f test.tex # 将test.tex编译两次 Perl 代码 脚本名:xelatex2pdf.pl #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; use File::Path; use File::Copy; use File::Find; use

JavaScript 图片与Base64数据互相转换脚本 注: 转换过程中注意跨域问题.测试页是否支持相关标签创建.dom结构. 方法一:非Html 5使用FileReader 使用XMLHttpRequest将图像加载为blob,接着使用FileReader API将其转换为dataURL. function toDataURL(url, callback) { var xhr = new XMLHttpRequest(); xhr.onload = function() { var read

本文首发于”生信补给站“,https://mp.weixin.qq.com/s/yhMgkST-rVD6SaQS7R-eoA 桑基图(Sankey diagram),是一种特定类型的流程图,图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小,通常应用于能源.材料成分.金融等数据的可视化分析. 因1898年Matthew Henry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名,此后便以其名字命名为“桑基图”. 一 载入R包,数据 本文使用TCGA数据集中的LIHC的临床数据进行

elasticsearch数据迁移python3脚本 #!/usr/bin/python3 #elsearch 数据迁移脚本 #迁移工具路径 import time,os #下面命令是用到了一个go语言写的迁移工具 cmd = "/usr/local/elk/elasticsearch_remove/esm" date = "2017.11" #需要迁移的索引命令,定义一个列表 names = [ "appapi-log", "app-