rna-seq中的fc值用count还是tpm

RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析

RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析差异分析的步骤:1)比对:2) read count计算:3) read count的归一化:4)差异表达分析: 背景知识:1)比对:普通比对: BWA,SOAP开大GAP比对:Tophat(Bowtie2):2) Read count(多重比对的问题):丢弃平均分配利用Unique region估计并重新分配表达量计算的本质目标基因表达量相对参照系表达量的数值.参照的本质:( 1)假设样本间参照的信号值应该是相同的:( 2)将样本间参照的观测值校

RNA -seq

RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同的发育阶段,不同的组织之间的基因表达差异等在所有检测的差异类型中,最常用的一种检测就是:检测所有mRNA的表达量的差异. 还可以检测 RNA 的结构上的差异.例如:mRNA的剪接方式的差异,即“可变剪接”:还可以检测“融合基因”,同时还可以检测基因单点突变导致的SNP. 测序方法.步骤:人的细胞

RNA seq 两种计算基因表达量方法

两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比RPKM更有优势.anyway,原来还以为TCGA 的data需要重新换算成RPKM,现在不需要了~:)

C#中如何查找Dictionary中的重复值

简介在这篇帮助文档中,我将向你展示如何实现c#里字典中重复值的查找.你知道的对于一个老鸟来说,这是非常简单的代码.但是尽管如此,这也是一篇对c#初学者非常有用的帮助文档. 背景多数程序员对小型数据源存储的处理方式通常是创建字典进行键值存储.主键时唯一的,但是字典值却可能有重复的元素. 代码这里我使用了一个简单的LINQ语句来查找字典中的重复值. 代码如下复制代码 //initialize a dictionary with keys and values. Dictionary<i

JS 获取select(多选下拉)中所选值的示例代码

通过js获取select(多选下拉)中所选值,具体实现如下,有需要的朋友可以参考下,希望对大家有所帮助 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN"> <html> <head> <title>select多选下拉取值 - www.jbxue.com</title> <meta name="Generator" conten

SQL中的NULL值

除is [not] null之外,空值不满足任何查找条件.–如果null参与算术运算,则该算术表达式的值为null.–如果null参与比较运算,则结果可视为false.在SQL-92中可看成unknown.–如果null参与聚集运算,则除count(*)之外其它聚集函数都忽略null. 例:select sum(SAL) from PROF 例:select count(*) from PROF– 详细分析 SQL中的N

Spark中的键值对操作

1.PairRDD介绍 Spark为包含键值对类型的RDD提供了一些专有的操作.这些RDD被称为PairRDD.PairRDD提供了并行操作各个键或跨节点重新进行数据分组的操作接口.例如,PairRDD提供了reduceByKey()方法,可以分别规约每个键对应的数据,还有join()方法,可以把两个RDD中键相同的元素组合在一起,合并为一个RDD. 2.创建Pair RDD 程序示例:对一个英语单词组成的文本行,提取其中的第一个单词作为key,将整个句子作为value,建立 P

C#统计目录中文件MD5值

1. [代码]统计目录中文件MD5值 using System.IO;using System.Security.Cryptography;using System.Collections;using System.Windows.Forms; IDataObject iData = Clipboard.GetDataObject(); if (iData.GetDataPresent(DataFormats.Text)) {string filepath=(string)iData.G

Mysql中You can't specify target table for update in FROM clause错误的意思是说，不能先select出同一表中的某些值，再update这个表(在同一语句中)。

将select出的结果再通过中间表select一遍,这样就规避了错误.注意,这个问题只出现于mysql,mssql和oracle不会出现此问题. mysql中You can't specify target table for update in FROM clause错误的意思是说,不能先select出同一表中的某些值,再update这个表(在同一语句中). later: But: Subquery returns more than 1 row表示子查询返回了多行数据开始: delete

怎么比较两个list中相同的值个数！

怎么比较两个list中相同的值个数!int count=0;for(int i=0;i<list1.size();i++){ for(int j=0;j<list2.size();j++){ //判断值是否相同 if(list1.get(i).equal(list2.get(j))){ count=count+1;//相同count加一 } }}System.out.println("相同值的个数＝"+count); 本回答由提问者推荐评论(2) 1 11 jonlyan

cxf WebService设置wsdl中soapAction的值

用cxf开发一个WebService很简单,只需要下面几步: 1.定义接口 public interface HelloService { String hello(); } 2.实现 public class HelloServiceImpl implements HelloService { @Override public String hello() { return "hi,my name is gyoung "; } } 3.用ServerFactoryBean生成服务 p

在Asp.Net MVC 中如何用JS访问Web.Config中appSettings的值

应用场景: 很多时候我们要在Web.Config中添加appSettings的键值对来标识一些全局的信息,比如:调用service的domain,跳转其他网站页面的url 等等: 那么此时就涉及到了一个问题,如何在JS中去访问这些config信息? 我们主要的思路就是:在后台读取appSetting的值保存在ViewBag中,然后前台JS直接去访问ViewBag所对应的值. 详细信息请看如下三种解决方案: 解决方案1): 向FilterConfig添加注册,在Action Result执行之前,

《Entity Framework 6 Recipes》中文翻译系列 (14) -----第三章查询之查询中设置默认值和存储过程返回多结果集

翻译的初衷以及为什么选择<Entity Framework 6 Recipes>来学习,请看本系列开篇 3-6在查询中设置默认值问题你有这样一个用例,当查询返回null值时,给相应属性设置默认值.在我们示例中,当数据库中返回null值时,用‘0’作为YearsWorked属性的默认值. 解决方案假设你有如图3-7所示的模型,你想通过模型查询employees.在数据库中,代表employees的表包含一可为空的YearsWorked列.该列映射到Employee实体中的YearsWork

C++ 11 中的右值引用

C++ 11 中的右值引用右值引用的功能首先,我并不介绍什么是右值引用,而是以一个例子里来介绍一下右值引用的功能: #include <iostream> #include <vector> using namespace std; class obj { public : obj() { cout << ">> create obj " << endl; } ob

IDL中的HRESULT值

try--catch--finally中return返回值执行的顺序（区别）

1.try块中没有抛出异常,try.catch和finally块中都有return语句 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 public static int NoException(){ int i=10; try{ System.out.println("i in try block is:"+i); return --i; }

javascript中的原始值和复杂值

× 目录 [1]特性 [2]存储方式 [3]访问方式 [4]比较方式 [5]动态属性前面的话 javascript的数据类型可以分为两种:原始类型和引用类型.原始类型也称为基本类型或简单类型,javascript基本数据类型包括Undefined.Null.Boolean.Number和String五种,而引用类型也称为复杂类型,在Javascript中是Object.与此相对应,它们的值也分别被称为原始值和复杂值.本文将介绍javascript中的原始值和复杂值特性原始值原始值是表示J

Oracle如何实现从特定组合中随机读取值

在这里,我们会用到DBMS_RANDOM包和CASE WHEN语句,思路如下: 一.利用DBMS_RANDOM.RANDOM函数随机生成数值,然后对数值进行取模,如果我们要在10个元素中随机读取的话,那我们需要对10进行取模. 二.再将取模后的值利用CASE WHEN语句与元素进行关联. 譬如,我有一个组合,里面包含“北京”,“上海”,“广州”,“深圳”,“武汉”五个元素,想从这五个元素中随机读取值来填充表的某个字段. 首先,创建测试表 SQL char)); Table created. 构造

jsp页面使用el 按key获取map中的对应值

jsp页面使用el 按key获取map中的对应值转自:<jsp页面使用el 按key获取map中的对应值>地址:http://blog.csdn.net/baple/article/details/18517359 jsp页面中的代码: <script type="text/javascript"> var msgTip = "${msgs['loginError']}"; alert(msgTip); </scrip

action中result没有值

action中result没有值,访问action会输出action中的所有数据,输出类型为.action类型 .

yii2中textarea中的默认值设置

1. view中显示文本域的位置 <?= $form->field($goods_model, 'goods_introduce')->textArea(['class'=>'intr','rows'=>3]) ?> 2.要在该文本域中添加默认值,需要在view中设置,不能使用value="",textarea本身没有value属性设置 $goods_model->goods_introduce='aaa'; 最后,aaa将显示在文本域中作为默

巴特西