前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional network during muscle atrophy.[pubmed:25858807] 作者通过将FoxO1-3-4-floxed小鼠(FoxO1,3,4 f / f)与表达Cre重组酶的转基因系

生物医学大数据-蛋白质定量 现今肽段定量效率存在巨大差异.比如相同质量蛋白质,但是肽段和蛋白信号不均一,在物理条件一致时,仅有70%的重复率,并且当重复次数变多时,overlapping在变少. 无标定量法 方法一是针对二级色谱的谱图计数,即统计二级色谱的数量,数量越多则蛋白丰度越高,但相同丰度蛋白也有不同的二级色谱数,所以算法目的是减少噪音. 方法二是针对一级色谱的离子流色谱峰XIC,即每个肽段的离子流色谱峰,可以取同一个肽段不同时间点上的信号强度,连接成峰,通过求该曲线的曲线下面积获取曲线信

https://www.plob.org/article/9969.html Gene Expression Omnibus database (GEO)是由NCBI负责维护的一个数据库,设计初衷是为了收集整理各种表达芯片数据,但是后来也加入了甲基化芯片,甚至高通量测序数据! GEO数据库基础知识 GEO Platform (GPL) 芯片平台 GEO Sample (GSM) 样本ID号 GEO Series (GSE) study的ID号 GEO Dataset (GDS) 数据集的ID号

因为之前遇到还原差异备份,最开始遇到SQLServer报错:”无法还原日志备份或差异备份,因为没有文件可用于前滚“.查阅很多资料后,终于得到解决.收集整理成这篇随笔. 问题原因:出现这种错误绝大多数是因为还原完整备份没有选择“恢复状态-->不对数据库执行任何操作,不回滚未提交的事务.可以还原其他事务日志”.下面详细分解操作步骤. 如果你看到这段文字,说明您正使用RSS阅读或转自<一棵树-博客园>,原文地址:http://www.cnblogs.com/atree/p/Differenti

差异备份 (differential backup)定义 一种数据备份,基于完整数据库或部分数据库或一组数据文件或文件组(差异基准)的最新完整备份,并且仅包含自确定差异基准以来发生更改的数据. 使用SSMS数据库管理工具进行数据库差异备份 1.选择数据库->右键点击->选择任务->选择备份. 2.在备份数据库弹出框中->选择备份类型为差异->然后删除系统生成的目标文件->然后点击添加. 3.在选择备份目标弹出框中->点击选择备份路径. 4.在定位数据库文件弹出框中

在做基因表达分析时必然会要做差异分析(DE) DE的方法主要有两种: Fold change t-test fold change的意思是样本质检表达量的差异倍数,log2 fold change的意思是取log2,这样可以可以让差异特别大的和差异比较小的数值缩小之间的差距. Let's say there are 50 read counts in control and 100 read counts in treatment for gene A. This means gene A is

tile38 是基于golang 编写的geo 数据库,支持地理空间索引.实时地理围栏,同时也支持leader-flower 的部署模型 备注: 下边测试一个简单的地理围栏功能 环境准备 docker-compose 文件 包含了一个简单的webhook 工具   version: "3" services:  app:    image: tile38/tile38    ports:    - "9851:9851"  benthos:    image: je

参考:http://www.biotrainee.com/thread-558-1-1.html http://bioconductor.org/packages/3.7/bioc/ http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/topGO.html https://www.jianshu.com/p/9e21f2196178 https://rpubs.com/aemoore62/TopGo_colMap_Func_Trouble

SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据. 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T). 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间). 接下来,如何NCBI账号申请好了,那就可以直接上传了,用aspera来上传. 命令如下: ~/.aspera/connect/bin/ascp -i ~/download/aspera.openssh -Q

相信这个功能会对好多网友有帮助,不得不说vs的功能很强大,废话不多说,切入正题 我们可以使用 vs自带的工具比较两个数据库的架构差异和数据差异,这篇文章只是写了架构的差异,我相信看完以后, 如何进行数据差异的比较大伙都明白了,有图有真正,希望有用 ,写的不到位的地方欢迎拍砖                 欢迎加入群:254082423 一起学习讨论asp.net mvc 晶阁 服饰

sqlserver2012恢复过程: 先恢复全备份,再恢复差异,注意:勾选NoRecovery选项. 恢复完成后,出现: Sqlserver数据库 一直显示“正在还原…” 的状态. 引用:http://www.php230.com/1413283921.html的原因分析 1)管理器不会主动刷新,需要手工刷新一下才能看到最新状态(性能方面的考虑) 2)很少情况下,恢复进程被挂起了.这个时候假设你要恢复并且回到可访问状态,要执行:  代码如下 复制代码 RESTORE database   dbn

一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS

1)安装载入 ------------------------------------------- if("org.Hs.eg.db" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("org.Hs.eg.db")}suppressMessages(library(org.Hs.eg.db))

-- 比较两个数据库中表的差异 -- u表,p存储过程,v视图 -- INTFSIMSNEW新库,INTFSIMS旧库 SELECT NTABLE = A.NAME, OTABLE = B.NAME FROM INTFSIMSNEW..SYSOBJECTS A LEFT JOIN INTFSIMS..SYSOBJECTS B ON A.NAME = B.NAME WHERE ISNULL(B.NAME, '') = '' AND A.XTYPE = 'U' UNION ALL SELECT NT

附上:重置mysql账号密码方法 ubuntu系统下mysql重置密码和修改密码操作 - skh2015java的博客 - CSDN博客(改完重启,登录mysql要root/sudo权限) Centos7重置Mysql 8.0.1 root 密码 - 网络蚂蚁 - 博客园php7访问mysql8.0的配置 学习MySQL,我个人觉得最好的方法就是获得一个稍微大的数据库数据并通过这个数据库来学习基本操作和优化.所以我把平时学校发下来的个人信息xls/xlsx文件拿来用了. 在这里推荐一个学习的好地

http://www.genenames.org/ HGNC 全称为HUGO Gene Nomenclature Committee, 叫做 HUGO基因命名委员会,负责对人类基因组上包括蛋白编码基因, ncRNA基因,假基因和其他基因在内的所有基因提供一个唯一的,标准的,可以广泛传播的symbol; 对于每个human的基因来说,在HGNC数据库中会有一个数字标识的唯一ID,也会有一个唯一的symbol https://www.cnblogs.com/xudongliang/p/6855345

SpatiaLite 生成的数据库,3.0版本与4.0版本的表geometry_columns结构发生变化. 这是3.0版本的结构: 这是4.0版本的结构: 主要差别是type和coord_dimension.

按照如图步骤,导出正式服务器的数据库和测试服务器数据库,并按照指定格式命名. 在vscdoe的文件列表下选中待比较文件1,右键-选择以进行比较. 然后选中第二文件,右键-与已选择文件比较

一.视图和存储过程比较 [原理]利用系统表“sysobjects"和系统表“syscomments”,将数据库中的视图和存储过程进行对比.系统表"sysobjects"之前有详细介绍过,有兴趣可以看看:SQL Server系统表sysobjects介绍与使用   [代码] /*--调用示例 exec p_compdb 'DBNAME1','DBNAME2' exec p_compdb 'DBNAME2','DBNAME3' --*/   CREATE proc p_compd

(1)报错情况如下: DoesNotExist: Publisher matching query does not exist.   (2)处理方法: try:    p = Publisher.objects.get(name='Apress')except Publisher.DoesNotExist:    print "Apress isn't in the database yet."else:    print "Apress is in the databas