安装clustalw很简单,不提了. 找了几个蛋白序列进行比对,命名为dm.fasta 1.输入 ./clustalw2  进入交互模式 2.选择1 并输入文件名字 3.输入2, 进行多序列比对 4.如果要修改输入格式,则点9 5.若要输出格式为phylip,则点4,并关闭1 6.按下回车,后退 7.选择1进行比对, 因为phylip输入文件为名infile, 所以这里直接改名字infile,并退出软件即可 安装phylip 减压后,进入src 并输入 make -f Makefile.unx

VCF2Dis,是一款计算根据vcf文件计算距离矩阵的小工具 1 安装 下载后 tar -zxvf VCF2DisXXX.tar.gz cd VCF2DisXXX make # 添加环境变量即可 2 示例文件进行简单使用 Usage: VCF2Dis -i <in.vcf> -o <p_dis.mat> #1.0) Parameters can used as short letter Such as : [-i] short for [-InPut], [-o] for [-Ou

qiime 本身不提供聚类的算法,它只是对其他聚otu软件的封装 根据聚类软件的算法,分成了3个方向: de novo:                   pick_de_novo_otus.py  closed-reference:      pick_closed_reference_otus.py open-reference OTU: pick_open_reference_otus.py    不同算法的优缺点: de novo:    pick_de_novo_otus.py  优

本文作者:余光创,目前就读于香港大学公共卫生系,开发过多个R/Bioconductor包,包括ChIPseeker, clusterProfiler, DOSE,ggtree,GOSemSim和ReactomePA. 进化树看起来和层次聚类很像.有必要解释一下两者的一些区别. 层次聚类的侧重点在于分类,把距离近的聚在一起.而进化树的构建虽然也可以说是一个聚类过程,但侧重点在于推测进化关系和进化距离(evolutionary distance). 层次聚类的输入是距离,比如euclidean或ma

分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们的OTU获得了物种注释,并学习OTU表的各种操作————添加信息,格式转换,筛选信息.   接下来我们学习对OTU序列的进化分析.同时计算Alpha和Beta多样性值.   16. 进化树构建 进化树是基于多序列比对的结果,可展示丰富的信息,我们将在R绘图中详细解读.此处只是建树,用于Alpha, Beta多样性分析的输入文件. # clustalo多序列比对,如果没有请安装Clustal Omega clustal

深入了解Ant构建工具 标签: ant工具任务jarjavaclass 2010-05-29 21:16 1346人阅读 评论(2) 收藏 举报 版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载. 深入了解Ant构建工具 当一个项目很大的时候,每次都要重新编译,打包,测试变得非常复杂而且重复,Ant本身就是这样一个流程脚本引擎,用于自动化调用程序完成项目的编译,打包,测试.除了基于Java平台无关外,脚本格式是基于XML. Ant构建文件 当开始一个新的项目时,首先应该编写Ant构建文件.构建

最近在改写jmeter,用到ant构建,记录一下. Ant的概念Make命令是一个项目管理工具,而Ant所实现功能与此类似.像make,gnumake和nmake这些编译工具都有一定的缺陷,但是Ant却克服了这些工具的缺陷.最初Ant开发者在开发跨平台的应用时,用样也是基于这些缺陷对Ant做了更好的设计. Ant 与 makefileMakefile有一些不足之处,比如很多人都会碰到的烦人的Tab问题.最初的Ant开发者多次强调”只是我在Tab前面加了一个空格,所以我的命令就不能执行”.有一些工

HDU 1560 DNA sequence(DNA序列) Time Limit: 15000/5000 MS (Java/Others)    Memory Limit: 32768/32768 K (Java/Others)   Problem Description - 题目描述 The twenty-first century is a biology-technology developing century. We know that a gene is made of DNA. Th

项目构建:通过构建工具对多个项目进行统一批量的编译和运行,比如,对多个Jmeter脚本批量运行 1.Ant是什么? Ant是 构建工具,Apache Ant是一个将软件编译.测试.部署等步骤联系在一起的自动化的工具,Ant是由Java语言开发,所以可以款平台. 2.什么是构建? 项目构建:通过构建工具对多个项目文件统一批量的编译和运行,比如对多个jmeter脚本批量运行. 形象的说,你要把代码从某个地方拿来,编译,再拷贝到某个地方去等等操作,当然不仅与此,但是主要用来干这个 3.Ant的好处  

构建进化树的工具有: muscle mega 进化树的可视化: 本地可视化软件 Figtree (网址:http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/) 该软件是java开发的,运行在JVM上,下载后解压即可,无需安转. 在线可视化软件http://www.evolgenius.info/evolview.html (已注册)http://itol2.embl.de/index.shtml (已注册)

一.序列概览 Python 包含6 种内建的序列:列表,元组,字符串,Unicode字符串,buffer对象和xrange对象.这里重点讨论最常用的两种类型:列表和元组. 列表与元组的主要区别在于: 列表可以修改,元组则不能.也就是说如果要根据要求来添加元素,那么列表可以会更好用: 而出于某些原因,序列不能修改的时候,使用元组则更为合适. 在操作一组数值的时候,序列很好用.可以用序列表示数据库中一个人的信息---第1个元素是姓名,第2个元素是年龄.根据上述内容编写一个列表. >>> ed

1.项目目录构成,lib包暂时为空,本次例子未引入第三方包. 2.编写相关的build.xml <?xml version="1.0" encoding="utf-8"?> <!--定义生成文件的project根元素,默认的target为空--> <project name="antTest" basedir="." default="all"> <target n

目录 XDOJ315. 拓展先序遍历-->二叉树 问题与解答 题后反思:数组树的不足 XDOJ318.先序+中序-->二叉树 问题与解答 题后反思:左右子树赋零 XDOJ320.层序+中序-->二叉树 问题与解答 总结 XDOJ315. 拓展先序遍历-->二叉树 问题与解答 问题描述 编一个程序,读入用户输入的一串扩展先序遍历字符串,根据此字符串建立一个二叉树(以指针方式存储). 例如如下的扩展先序遍历字符串: ABC##DE#G##F### 其中"#"表示的是

shannon菌群多样性指数 H=-∑(Pi)(㏑Pi) Pi=样品中属于第i种的个体的比例,如样品总个体数为N,第i种个体数为ni,则Pi=ni/N: 各种之间,个体分配越均匀,H值就越大.如果每一个体都属于不同的种,多样性指数就最大:如果每一个体都属于同一种,则其多样性指数就最小 Dominance:随即取两条序列,来自同一个样品的概率Σ (Si(Si-1))/N(N-1): simpson 菌群多样性指数 随机取样的两个个体属于不同种的概率=1-随机取样的两个个体属于同种的概率:越均匀,值

激活qiime2的执行环境:source activate qiime2-2019.4如何查看conda已有的环境:conda info -e 以下分析流程参考:https://docs.qiime2.org/2019.4/tutorials/qiime2-for-experienced-microbiome-researchers/ 1.数据准备 现在我们常用的就是这种格式的数据,每个样品一对数据文件 数据来源:https://docs.qiime2.org/2019.7/tutorials/

目录 一.来源 研究一:Draft genome sequence of adzuki bean, Vigna angularis 研究二:Genome sequencing of adzuki bean (Vigna angularis) provides insight into high starch and low fat accumulation and domestication 二.研究一(小豆基因组草图) 基因组组装 基因与重复序列预测 小豆驯化痕迹 标记开发及育种应用 红豆基因

前言 读者自行尝试可以想看源码戳这,博主在github建了个库,读者可以Clone下来本地尝试.此博文配合源码体验更棒哦~~~ 个人博客:Damonare的个人博客 原文地址:十大经典算法总结 这世界上总存在着那么一些看似相似但有完全不同的东西,比如雷锋和雷峰塔,小平和小平头,玛丽和马里奥,Java和javascript....当年javascript为了抱Java大腿恬不知耻的让自己变成了Java的干儿子,哦,不是应该是跪舔,毕竟都跟了Java的姓了.可如今,javascript来了个咸鱼翻身

Ant的概念Make命令是一个项目管理工具,而Ant所实现功能与此类似.像make,gnumake和nmake这些编译工具都有一定的缺陷,但是Ant却克服了这些工具的缺陷.最初Ant开发者在开发跨平台的应用时,用样也是基于这些缺陷对Ant做了更好的设计. Ant 与 makefileMakefile有一些不足之处,比如很多人都会碰到的烦人的Tab问题.最初的Ant开发者多次强调”只是我在Tab前面加了一个空格,所以我的命令就不能执行”.有一些工具在一定程度上解决了这个问题,但还是有很多其他的问题

Ant的概念 Make命令是一个项目管理工具,而Ant所实现功能与此类似.像make,gnumake和nmake这些编译工具都有一定的缺陷,但是Ant却克服了这些工具的缺陷.最初Ant开发者在开发跨平台的应用时,用样也是基于这些缺陷对Ant做了更好的设计. Ant 与 makefile Makefile有一些不足之处,比如很多人都会碰到的烦人的Tab问题.最初的Ant开发者多次强调”只是我在Tab前面加了一个空格,所以我的命令就 不能执行”.有一些工具在一定程度上解决了这个问题,但还是有很多其他

Hmmer的安装与使用   从功能基因研究的角度来讲,相关的搜索,比如从序列数据库中,找同源的序列,或者对一个对一个新的基因功能进行鉴定,使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度已经更高的搜索速度,但其应用还远没有blast普及. hmmer下载与安装 对于Mac OS/X, Linux, UNIX系统,用源代码编译安装: % wget ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/3.0/hmmer-3.0.tar.gz % tar zxf hm