下列所用到的数据均为千人基因组数据库 1.通过vcftools计算FST 命令行如下: ./vcftools --vcf input_data.vcf --weir-fst-pop population_1.txt --weir-fst-pop population_2.txt --out pop1_vs_pop2 其中,input_data.vcf就是输入的vcf格式 population_1.txt的格式如下: population_2.txt的格式同population_1.txt,只有一

VCF2Dis,是一款计算根据vcf文件计算距离矩阵的小工具 1 安装 下载后 tar -zxvf VCF2DisXXX.tar.gz cd VCF2DisXXX make # 添加环境变量即可 2 示例文件进行简单使用 Usage: VCF2Dis -i <in.vcf> -o <p_dis.mat> #1.0) Parameters can used as short letter Such as : [-i] short for [-InPut], [-o] for [-Ou

vcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息.通过对vcf文件进行分析,可以得到个体的变异信息.嗯,总之,这是很重要的文件,所以怎么处理它也显得十分重要.它的文件信息如下: 文件的开头是一堆以“##”开始的注释行,包含了文件的基本信息.然后是以“#”开头的一行,共9+n个部分,前九部分标注的是后面行每部分代表的信息,相当于表头.后面部分是样本名称,可以有多个.注释行结束后是具体的突变信息,每一行分为9+n个部

参考资料 通讯录导入导出vcf格式文件方法可参考: https://qiaodahai.com/android-iphone-mobile-phones-contacts-import-and-export.htmlvCard维基百科:https://en.wikipedia.org/wiki/VCardvCard Format Specification:https://www.rfc-editor.org/rfc/pdfrfc/rfc6350.txt.pdf 手动导出实例 Android(A

tabix 可以对NGS分析中常见格式的文件建立索引,从而加快访问速度,不仅支持VCF文件,还支持BED, GFF,SAM等格式. 下载地址: 1 https://sourceforge.net/projects/samtools/files/tabix/ 2 3 ##安装 4 wget https://sourceforge.net/projects/samtools/files/tabix/tabix-0.2.6.tar.bz2 5 tar xjvf tabix-0.2.6.tar.bz2

计算两点间的距离 Time Limit: 2000/1000 MS (Java/Others)    Memory Limit: 65536/32768 K (Java/Others)Total Submission(s): 90382    Accepted Submission(s): 34566 Problem Description 输入两点坐标(X1,Y1),(X2,Y2),计算并输出两点间的距离.   Input 输入数据有多组,每组占一行,由4个实数组成,分别表示x1,y1,x2,

计算两点间的距离 Problem Description 输入两点坐标(X1,Y1),(X2,Y2),计算并输出两点间的距离.   Input 输入数据有多组,每组占一行,由4个实数组成,分别表示x1,y1,x2,y2,数据之间用空格隔开.   Output 对于每组输入数据,输出一行,结果保留两位小数.   Sample Input 0 0 0 1 0 1 1 0   Sample Output 1.00 1.41   #include<stdio.h> #include<stdlib

-- ============================================= -- Author:Forrest -- Create date: 2013-07-16 -- Description: 根据经纬度计算两点间的距离;返回米(m) -- ============================================= ALTER FUNCTION [dbo].[Fun_MathRange] ( ,), ,), ,), ,) ) RETURNS int AS

经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然后再导出为可编辑文件:2.是使用专用软件直接打开vcf文件.很不幸两种都不适合我,第一种导出到outlook后人名部分全是乱码,第二种方式下载软件后就没打开成功(有可能下载的软件与我的电脑不兼容). 在网上也找了一些python的代码自己转化,一直没有找到合适的代码,我的vcf文件中的名称部分是QP

Qt的qrc资源文件是只读的,因此我们如果要用txt之类的文件存储数据,在程序运行过程中就不能对它们进行修改,也就是不能进行读操作.用"file.open(QIODevice::WriteOnly)"方式打开会失败.因此我们不能把将来要修改的数据文件添加到qrc资源文件中. 但是编译的时候,我储存数据的data.json文件没有自动添加到构建出来的目录下.我尝试修改工程的pro文件,仍旧没有用.最后通过添加自定义的构建步骤,把数据文件拷贝到构建目录.具体步骤如下: 首先要编写一个bat

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式 如果只想提取指定位置(specifi

首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具,见如下命令: java -Xmx8g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T VariantsToBinaryPed -R GRCh37.fa -V file.vcf --metaData sampleID.fam -mgq 0 -bed

plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --recode vcf-iid --out new_vcf 生成的vcf为4.2版本 对于plink2.0版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf 生成

通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的,这里就需要我们将不同samples的文件进行合并,可以通过vcftools的perl模块进行,但是这种方式对perl的要求较高,且操作比较复杂,这里我们选择使用Bcftools,操作简便. 分三步: 将vcf进行压缩,批量压缩的方法: bgzip -c -f -@ merge.vcf > merg

我们可以使用正切操作将角度转变为斜率,那么怎样利用斜率来转换为角度呢?可以利用斜率的反正切函数将他转换为相应的角度.as中有两个函数可以计算反正切,我们来看一下. 1.Math.atan() Math.atan()接受一个参数:用法如下: angel=Math.atan(slope) angel为一个角度的弧度值,slope为直线的斜率,是一个数字,这个数字可以是负的无穷大到正无穷大之间的任何一个值. 不过,利用他进行计算比较复杂.因为他的周期性,一个数字的反正切值不止一个.例如atan(-1)

 Android vcard使用示例,生成vcf文件 我们备份手机联系人时,导出到SD卡时,会在SD卡中生成一个vcf文件,用于保存联系人姓名,手机号码. vCard 规范容许公开交换个人数据交换 (Personal Data Interchange PDI)信息,在传统纸质商业名片可找到这些信息.规范定义电子名片(或叫vCard)的格式. 而在Android上使用vcard就要借助第三方包: 将它复制进工程,然后Add jar即可,实现代码很简单,如下: if (Environment.get

package com.swift.jinji; import java.io.BufferedInputStream; import java.io.BufferedOutputStream; import java.io.File; import java.io.FileFilter; import java.io.FileInputStream; import java.io.FileNotFoundException; import java.io.FileOutputStream; i

计算两点间的距离 Time Limit: 2000/1000 MS (Java/Others)    Memory Limit: 65536/32768 K (Java/Others)Total Submission(s): 254764    Accepted Submission(s): 88773 Problem Description 输入两点坐标(X1,Y1),(X2,Y2),计算并输出两点间的距离.   Input 输入数据有多组,每组占一行,由4个实数组成,分别表示x1,y1,x2

vcf, 通讯录导出的一种格式. 一.生成vcf文件 假设要把我们iPhone通讯录里的数据, 生成vcf格式文件. 我们能够借助iCloud. 小技巧:通过iCloud导出iPhone通讯录的方法 当然, 假设你想在应用中, 利用代码生成, 全然能够.先导出通讯录数据, 再解析, 再生成vcf文件就可以. 參考以下代码: -(NSString*)generateVCardStringWithContacts:(CFArrayRef)contacts { NSInteger counter =

前言   处理vcf文件的时候,需要多种切割,正则匹配,如果要自己写其实会比较麻烦,并且每次还得根据vcf文件格式或者需要读取的值不同要修改相应的代码.因此很多人会选择一些python的vcf的库,但是首先你得安装这个库, 并且有一些库它固定了能够读的内容,如果你的vcf的信息不在它固定的里面,就读不出来.比如最近我想读一个样本的AF,但是它放在最后样本的GT那列,不在INFO那一列,有一些库竟然无能为力.   因此我写了这个通用的读vcf的类,直接复制粘贴这部分代码就可以方便的用这个类进行vc