一.为什么要做祖先成分的PCA? GWAS研究时经常碰到群体分层的现象,即该群体的祖先来源多样性,我们知道的,不同群体SNP频率不一样,导致后面做关联分析的时候可能出现假阳性位点(不一定是显著信号位点与该表型有关,可能是与群体SNP频率差异有关),因此我们需要在关联分析前对该群体做PCA分析,随后将PCA结果作为协变量加入关联分析中. 二.怎么做PCA? 简单一个“--pca”参数即可 plink --bfile myfile --pca 10 --out myfile_pca #这里只取前10

前言 关于选用多少个PCA做群体分层校正,各大期刊并没有一个统一的说法. 故做了如下综述. 1 随心所欲型,想选多少就选多少 PCA想选多少就选多少,这个真的不是开玩笑.有文献出处有真相! 比如下面文献直接选用10个PCA校正群体分层. Largest GWAS of PTSD (N=20070) yields genetic overlap with schizophrenia and sex differences in heritability 比如选用前5个主成分校正群体分层. Acco

教材目录 第一章 概率统计的基本知识 第二章 R软件的使用 第三章 数据描述性分析 第四章 参数估计 第五章 假设检验 第六章 回归分析 第七章 方差分析 第八章 应用多元分析(I) 第九章 应用多元分析(II) 第十章 计算机模拟 第一章 概率统计的基本知识   第二章 R软件的使用 2.1 求均值和方差 > X1 <- c(,,,,,,,,,,,) > mean(X1) [] 40.41667 > sd(X1) [] 3.028901 > X2 <- c(,,,,,

2.5 多维数组和矩阵 2.5.1 生成数组或矩阵 数组有一个特征属性叫做维数向量(dim属性),维数向量是一个元素取正整数的向量,其长度是数组的维数,比如维数向量有两个元素时数组为2维数组(矩阵).维数向量的每一个元素指定了该下标的上界,下标的下界总为1 1.将向量定义成数组 向量只有定义了维数向量(dim属性)后才能被看作是数组 > z<-1:12 > dim(z)<-c(3,4);z [,1] [,2] [,3] [,4] [1,] 1 4 7 10 [2,] 2 5 8 1

这两天,由于要做一个文本分析的内容,所以搜索了一天R语言中的可以做文本分析的加载包,但是在安装包的过程,真是被虐千百遍,总是安装不成功.特此专门写一篇博文,把整个心塞史畅快的释放一下. --------------------------------------------------------------------------------回归正题,华丽丽的分割线-----------------------------------------------------------------

Fragstats中,有一个用于熟悉Fragstats软件的demon,在tutorial中的1种,有reg78b.asc文件,其文件内容是包含了山歌图像的行数和列数以及分辨率大小等基本信息. 采用R软件可以读入该文件以及显示该文件. 在文件选项中选择:改变工作目录 选项,制定到需要操作的文件夹作为工作目录. 在文件中选择新建语言脚本文件,输入如下代码: m<-as.matrix(read.table('reg78b.asc')) //将文件reg78b.asc作为矩阵读入到对象m中去. uv<

一.R软件 1.安装R:自行百度☺ 2.R控制台(R Console)和R程序脚本: 打开R软件,就会直接打开控制台,控制台可以显示程序运行的结果.错误提示等信息,也可以直接输入想要执行的操作并立即返回运行结果,箭头“>”表示等待输入. 程序脚本通过点击右上角“文件” - “新建程序脚本”来建立.如果想要长久的保存已经提交的程序代码,那么可以在程序脚本中编写,点击保存的时候会另存为一个后缀为“.R”的数据文件,如果直接在控制台编写代码,关闭软件后,已编写的代码会消失. 3.如何运行R程序脚本:

R软件导入数据_r语言怎么导入数据_R软件导入数据 R软件导入数据 1.Rcmdr安装包导入数据: 1.安装Rcmdr包,输入: install.packages("Rcmdr") 回车 接着就让其自动操作,选择一下镜像站就可以了. 2.接着运行,输入: library(Rcmdr) 回车 就会出现附件的图形界面,在这个界面上可以实现几乎所有的统计分析方法. 以后运行,只要输入 library(Rcmdr) 即可. ---------------------------- 2.鼠标导入

1. PCA优缺点 利用PCA达到降维目的,避免高维灾难. PCA把所有样本当作一个整体处理,忽略了类别属性,所以其丢掉的某些属性可能正好包含了重要的分类信息 2. PCA原理 条件1:给定一个m*n的数据矩阵D, 其协方差矩阵为S. 如果D经过预处理, 使得每个每个属性的均值均为0, 则有S=DTDS=DTD. PCA的目标是找到一个满足如下性质的数据变换: - 每对不同的新属性的协方差为0,即属性间相互独立: - 属性按照每个属性捕获的数据方差大小进行排序: - 第一个属性捕获尽可能多的数据

利用R语言命令自动更新R语言软件的版本. install.packages("installr") library(installr) updateR()

# 习题2 # 2.1 x=c(1,2,3) y=c(4,5,6) e=c(rep(1,3)) z=2*x+y+e;z x%*%y # 若x,y如答案那样定义为矩阵,则不能用%*%,因为,维数不对应, x%o%y # 答案 x<-matrix(1:3,nrow=3) y<-matrix(4:6,nrow=3) e<-matrix(c(1,1,1),nrow=3) z<-2*x+y+e;z crossprod(x,y)#内积 outer(x,y)#外积 # 2.2 A=matrix(

2.6 列表与数据框 2.6.1 列表 1.列表的构造 列表是一种特别的对象集合,它的元素也由序号(下标)区分,但是各元素的类型可以是任意对象,不同元素不必是同一类型,元素本身允许是其他复杂数据类型,比如,列表的一个元素也允许是列表 > Lst<-list(name="Fred",wife="Mary",no.children=3,child.ages=c(4,7,9));Lst $name [1] "Fred" $wife [1]

2.3 对象和它的模式与属性 R是一种基于对象的语言,R的对象包含了若干个元素作为其数据,另外还可以有一些特殊数据称为属性,并规定了一些特定操作(如打印.绘图).比如,一个向量是一个对象,一个图形也是一个对象.R对象分为单纯对象和复合对象两种,单纯对象的所有元素都是同一种基本类型(如数值.字符串),元素不再是对象:复合对象的元素可以是不同类型的对象,每个元素是一个对象. 2.3.1 固有属性:mode 和length > mode(c(1,3,5)>5) [1] "logical&q

在R中,和排序相关的函数主要有三个:sort(),rank(),order().    sort(x)是对向量x进行排序,返回值排序后的数值向量.rank()是求秩的函数,它的返回值是这个向量中对应元素的“排名”.而order()的返回值是对应“排名”的元素所在向量中的位置.    下面以一小段R代码来举例说明:> x<-c(97,93,85,74,32,100,99,67)> sort(x)[1]  32  67  74  85  93  97  99 100> order(x)

2.4 因子 统计中的变量有几中重要类别:区间变量.名义变量和有序变量.区间变量取连续的数值,可以进行求和.平均值等运算.名义变量和有序变量取离散值,可以用数值代表,也可以是字符型值,其具体数值没有加减乘除的意义,不能用来计算,而只能用来分类或计数.名义变量如性别.省份.职业,有序变量如班级.名次 2.4.1 factor()函数 > sex<-c("M","F","M","M","F") &g

2.2 数字.字符与向量 2.2.1 向量 1.向量的赋值 x<-c(10.4,5.6,3.1,6.4,21.7) 2.向量的运算 x<-c(-1,0,2);y<-c(3,8,2) v<-2*x+y+1 v x*y x/y x^2 y^x 5%/%3 5%%3 exp(x) sqrt(y) sqrt(-2) sqrt(-2+0i) x<-c(10,6,4,7,8) 3.与向量有关的函数 min(x) max(x) range(x) which.min(x) which.max

1.getwd()      获取默认的目录 2.> mydata <- read.csv("1.csv")  读取1.csv文件中的数据,并赋值给一个mydata的对象3.> head(mydata,10)  显示mydata前十条数据 4.> plot(mydata$日产油量,mydata$日产水量)  画散点图 5.> plot(mydata$日产油量[mydata$年月>200601],mydata$日产水量[mydata$年月>200

原理: 主成分分析 - stanford 主成分分析法 - 智库 主成分分析(Principal Component Analysis)原理 主成分分析及R语言案例 - 文库 主成分分析法的原理应用及计算步骤 - 文库 主成分分析之R篇 [机器学习算法实现]主成分分析(PCA)--基于python+numpy scikit-learn中PCA的使用方法 Python 主成分分析PCA 机器学习实战-PCA主成分分析.降维(好) 关于主成分分析的五个问题 多变量统计方法,通过析取主成分显出最大的个

如果你的职业定位是数据分析师/计算生物学家,那么不懂PCA.t-SNE的原理就说不过去了吧.跑通软件没什么了不起的,网上那么多教程,copy一下就会.关键是要懂其数学原理,理解算法的假设,适合解决什么样的问题.学习可以高效,但却没有捷径,你终将为自己的思维懒惰和行为懒惰买单. 2019年04月25日 不该先说covariacne matrix协方差矩阵的,此乃后话,先从直觉理解PCA.先看一个数据实例,明显的两个维度之间有一个相关性,大部分的方差可以被斜对角的维度解释,少数的noise则被虚线解

重测序便宜了,群体的测序和分析也多了起来.群体结构分析,是重测序最常见的分析内容.群体结构分析应用十分广泛,首先其本身是群体进化关系分析里面最基础的分析内容,其次在进行GWAS分析的时候,本身也需要使用PCA或structure分析的结果作为协变量,来校正群体结构对关联分析带来的假阳性.我们之所以冠以 "群体结构三剑客"的称呼,那是因为这三张图(或者说三项分析)几乎总是在一篇文章中一起出现.虽然这三张图常常一起出现,但它们能够解释的生物学问题,以及绘制的方法都是有所不同的,所以我们还是