转载自https://mp.weixin.qq.com/s/pqbMXMkuqEXbLf31PTxGZQ KEGG简介 KEGG 数据库于 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版,目前发展为一个综合性数据库,其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库.在 KEGG ORTHOLOGY 数据库中,将行使相同功能的基因聚在一起,称为 Ortholog Groups (KO entries),每个 KO 包含多个基因信息,并

参考:KEGG数据库中文教程 - 博奥  &[学习笔记]KEGG数据库 - 微信 学习一个技能最主要的事情你必须知道,那就是能通过它来做什么? KEGG数据库里面有什么? 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息,例如Glycolysis / Gluconeogenesis? 如何查询某一化合物的信息,例如Pyruvate? 如何查询Pyruvate涉及了哪些生化反应? 如何查询某一基因的信息,例如gltA ? 如何知道Bacillus subtilis是否有gltA? 如何查询 gl

一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS

KEGG数据库的使用方法与介绍 KEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系:基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图:另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K)标签.下面就首先来讲一下KEGG orthology. 任找一个

为什么我刚发表的文章变成了"待审核",csdn有没有官方解释啊,什么样的文章才会变为待审核呢? 并且从草稿箱和回收站里也看不到我的文章了,希望我的文章没有删掉. 文章的字是一个个打上去的啊,自己没有备份.. 刚刚測试了一下,貌似带图片的就会自己主动进入待审核状态,是不是这样子?

目录 KEGG本地库文件 按物种拆分KEGG数据库 1.获得物种分类信息 2.获得物种分类的序列信息并建库 3.获得物种分类的K-ko对应文件 根据相似性原理,序列相似,功能相似,所有功能注释无非是用比对工具将输入序列比对到数据库序列,再将输入ID对应数据库ID,进一步对应到功能条目的关系. 数据库要么建到本地,要么联网调用API,一般的软件或包做注释都是通过联网来获得,或者调用依赖的一些专门注释的包(文件较大).工业生产中,一般需要构建本地数据库. 如果不对原始数据库按物种或其他分类来进行拆分

本文转自Y叔公众号 自己KEGG数据库好处: 可重复性好 没网也可以进行分析 步骤 1 在KEGG官网找到自己物种的3字符缩写 2 加载Y叔获取kegg.db 的R包 1 ##安装Y叔的包 2 library(remotes) remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb") #若报错 force ,则强制安装 remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb", for

已知KEGG数据库中ko_map.tab文件,K-->ko: 目标文件:map-->K 代码示例: #! /usr/bin/perl -w use strict; my %seq; open IN, "ko_map.tab" or die $!; while(<IN>){ chomp; my ($ko,$map) = split(/\t/,$_,2); my @maps = split(/ /,$map); foreach my $elis (@maps){ i

本文翻译自Coding-Geek文章:< How does a relational database work>.原文链接:http://coding-geek.com/how-databases-work/#Buffer-Replacement_strategies 本文翻译了如下章节, 介绍数据库的客户端管理器组件: Query manager-数据库查询器 本章描述的查询器是数据库强大能力的核心所在.通过查询器,所有的查询SQL语句将被转换为能快速执行的代码.代码执行后,执行结果将返回

本文翻译自Coding-Geek文章:< How does a relational database work>.原文链接:http://coding-geek.com/how-databases-work/#Buffer-Replacement_strategies 本文翻译了如下章节, 介绍数据库整体框架: Global overview 所谓的数据库是指一组易于访问和修改的数据集合.但是,但是一组简单的文件也能实现这个功能.实际上,最近简单的一些数据库系统如SQLLite实现的功能与一

转载请注明出处:http://www.cnblogs.com/zz-boy/p/3648878.html 更多精彩文章在:http://www.cnblogs.com/zz-boy/ 最近看了Google在 WWW2007上发表的Scaling Up All Pairs Similarity Search,觉得还不错,分享一下作者的思路. 在基于用户协同过滤方法的推荐系统中,用户相似度的计算是最终推荐的基础步骤:用户向量是用户的行为向量,其每一维度是物品,值是用户对该物品的喜爱程度,这种场景尤其

前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional network during muscle atrophy.[pubmed:25858807] 作者通过将FoxO1-3-4-floxed小鼠(FoxO1,3,4 f / f)与表达Cre重组酶的转基因系

jforum安装时,在数据库创建jforum数据库的时候,设置了字符集(CREATE DATABASE jforum DEFAULT CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci;). 但是在发表文章的时候,发现发表的文章还是显示中文乱码,如下: 是因为web服务器和数据库.页面的字符集不一致的原因导致的. 需要修改三个配置文件 一.数据库的配置文件 在自己的安装路径下,找到MySQL的配置文件mysql.properties,在database.conn

一位小MM刚接触dedecms没多久还不熟悉后台的操作,她说改dedecms文章中的品牌名改到手酸,问ytkah是否有批量替换关键词的方法,教了她dedecms后台批量替换文章中的关键词方法,她高兴坏了,感觉非常神奇!过没几分钟,她又发愁了,说标题还是没变,不知道如何批量替换dedecms文章标题中的关键词. 其实方法是一样的,只是数据表不同而已.那么,dedecms文章标题是在哪个数据库表呢?织梦文章标题在数据库dede_archives表中,如果你有设置数据库表前缀的话,dede换成自己设置

本文翻译自Coding-Geek文章:< How does a relational database work>. 原文链接:http://coding-geek.com/how-databases-work/#Buffer-Replacement_strategies 本文翻译了如下章节: 一. 前言 谈到关系型数据库,我想不到有什么东西能缺少它,可以说关系型数据已经无处不在.存在各种不同的关系型数据库:从轻量有用的SQLite到功能强悍的数据仓库. 但是,这只是一篇介绍关系型数据库工作原

本文翻译自Coding-Geek文章:< How does a relational database work>. 原文链接:http://coding-geek.com/how-databases-work/#Buffer-Replacement_strategies 紧接上一篇文章,本文翻译了如下章节: 一. Log manager(日志管理) 通过前面的章节,我们已经知道,为了提升性能,数据库会将数据缓存在内存中.但是,如果在事务提交过程中,数据库服务器崩溃了.缓存在内存的数据就会丢失

实现效果 制作网站的时候,想在页面左栏显示最新发表的文章,如: 一.先开启侧边栏工具,在functions.php加上 $args = array( 'name' => __( '分类侧边栏'), 'id' => 'cat-01', 'description' => '将在分类页显示侧边栏', 'class' => '', 'before_widget' => '<li id="%1$s" class="widget %2$s"&

Q: 用mysql设计一张文章表,不知道有啥好的思路! 我是这样的,应为考虑附件和图片,所以我的文章表除了有varchar(1000)的文章内容,还设置了个Bolb接收附件和图片. 我用的是mysql大家说,这样好不好? 我的文章要么就是只显示图片,要么就是只显示纯文本的,但是要保持原有的格式. 总感觉有点不是很合理 java读取的时候会不会很烦?数据格式会不会走样? 附: 如果文章内容有图文混排有该如何办呢? 第一次设计文章表,没有头绪还请指教! A: 建议文章的附件(包括图片.文档等等),不

        先上个效果图: 这是每一个用户的主页.由于是基本功能.所以用户头像.爱好等信息都还没有,在下一阶段加上.右側"发表新文章"按钮点击后进入发表文章的页面: 之前尝试过一些开源的富文本编辑器widgEditor和百度的ueditor,总感觉太大众化,既然域名是hacker,那就用hack一些的方式,直接用裸的<textarea>然后用markdown格式就最优秀了嘛,发表后的样子: 完美支持markdown,并且我測试过的全部markdown编辑器比方retex

参考:http://wenku.baidu.com/link?url=NlX55fDDQ02wESO1HNkxpvju2xATwe9Fym0MfojWddXbYaJcjEKKRF9z9EX4b7shVMCFG16MenJostXqSyegJoWpuRUWz-NzmtwYe7H28ra 21分钟 MySQL 入门教程: http://www.cnblogs.com/mr-wid/archive/2013/05/09/3068229.html 下载:mysql-installer-community