比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的. 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件. 本文主要介绍的是唐老师的Python版McScan(jcvi工具包),这个包很强大,但是其功能在官网的说明并不详细,在众人的博客中也比较零散. 我刚使用这个包的时候(2017年)还很难安装,需要预装各种依赖,不过现在的同学们很幸福了,可以直接用pip一键安装了. 软件包链接:https://github.com/tanghaibao/jcvi 安装过程很简单: pip install jcvi pi

目录 软件的安装 基因组的准备 一些细节 建议和示例 软件的安装 Python版McScan(jcvi工具包):https://github.com/tanghaibao/jcvi 以前只有python2,现在已有python3版本,建议用py3.安装可用pip: pip install jcvi ##或开发版 pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git pip可能会安装很慢.建议还是用conda,要快很多,最好新建环境. conda

基因组表达分析:如何选择RNA-seq vs. 芯片 发布日期:2017-03-29 10:00 DNA 芯片(上图左侧)由附着在表面的核酸探针组成.首先,从样品中提取 RNA 并转化为互补 DNA(cDNA),用荧光标签(1)进行标记. 接下来标记的 cDNA 片段与芯片(2)上的核酸杂交. 扫描芯片检测每个斑点的荧光水平,从而得到基因表达水平(3). 在 RNA-seq 中,RNA 也从样品中提取并转化为 cDNA,以备用于测序(A). 接下来对 cDNA 文库进行测序(B),将所得读数与基

全基因组测序 全基因组测序分为从头测序(de novo sequencing)和重测序(re-sequencing). 从头测序(de novo)不需要任何参考基因组信息即可对某个物种的基因组进行测序,利用生物信息学分析方法进行拼接.组装,获得该物种的基因组序列图谱,从而推进该物种的后续研究.基因组重测序 是对有参考基因组物种的不同个体进行的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析. 基因组重测序主要用于辅助研究者发现单核苷酸多态性位点(SNPs).拷贝数变异(CNV).插入/缺失(I

散点图 数据点在直角坐标系平面上的分布图.在宏基因组领域,散点图常用于展示样品组间的Beta多样性,常用的分析方法有主成分分析(PCA),主坐标轴分析(PCoA/MDS)和限制条件的主坐标轴分析(CPCoA/CCA/RDA).   Beta多样性 Beat多样性是生态学概念,专指不同组或生态位间物种组成的差异.   分析方法 在读文章中经常可以看到PCA分析.PCoA分析,NMDS分析,CCA分析,RDA分析.它们在本质上是排序(ordination)分析.排序的过程就是在一个可视化的低维空间(

SSR (Simple Sequence Repeat),即简单重复序列,是一种以PCR技术为核心的DNA分子标记技术,也称为微卫星序列或者串联重复. 简单重复顾名思义就是以很短的序列为一个单元,比如5个碱基(ACGTA),连续进行重复多次的重复.根据重复单元的长短,可将其细分为如下几类. < 6 bp 微卫星DNA 10-60 bp 小卫星DNA 100-300 bp 卫星DNA 等... 今天介绍一款可用于鉴定基因组SSR的软件,MISA 对叶绿体基因组进行SSR的鉴定,因为叶绿体基因组序列

概念 利用蛋白质组学数据,结合基因组数据(DNA).转录组数据(RNA)来研究基因组注释问题,被称为蛋白质基因组学."蛋白质基因组学"一词由Jaffe 等于2004 年首次提出,作者采用串联质谱数据匹配DNA翻译得到氨基酸序列的方法,在仅有810 kb 大小的细菌基因组上直接鉴定开放阅读框(open reading frame,ORF),验证并补充.修订了约10%的ORF.后来这种质谱数据结合DNA 和RNA 数据的分析方法被应用到注释病毒基因组.原核生物基因组以及真核生物基因组. 本

最近在做基于jenkins ant  junit 的测试持续集成,单独ant junit生成的junitreport报告打开正常,使用Jenkins的HTML Publisher Plugin 插件无法正常展示报告内容,仅有三个frame占位框,如下图所示 这是由于jenkins一些安全设置导致的展示不全问题,点击F12,可以看到如下报错 解决办法 方法一:登陆jenkins系统,点击"系统管理"----"脚本命令行",执行如下命令,重新刷新JunitReport日

本篇开始模拟一个船舶管理系统,提供查询.添加.修改船舶的功能,这里介绍其中的数据展示和查询功能. 目录 1. 数据展示 2. 数据查询 3. 在线演示 1. 数据展示 在这里我们将模拟一个船舶管理系统,并提供查询.添加.修改的功能. 大致的目录结构如下: ShipMgrTab.js :船舶业务的入口. controller 目录:存放船舶业务的逻辑控制文件. model 目录:存放船舶业务的model文件. store 目录 :存放船舶业务的store文件. view 目录 :存放船舶业务的组件

这次和大家分享的是自己写的一个table常用几种展示格式的js插件取名为(table-shenniu),样式使用的是bootstrap.min.css,还需要引用jquery.min.js包,这个插件由来的目的是项目中需要一个table格式的提交数据的页面,功能有合并单元格,只能提交选中行数据,全选功能,和一个下拉选功能:这几种功能感觉朋友们肯定都会遇到,所以干脆封装一个插件,发布出来说不定能帮到有些朋友快速完成任务哈哈,当然最主要的还是希望朋友们能相互交流里面的代码,逻辑,谢谢:中秋节就要到了

文章版权由作者李晓晖和博客园共有,若转载请于明显处标明出处:http://www.cnblogs.com/naaoveGIS/ 1.背景 等值面是气象.环保等相关项目上常用到的效果展示.在传统的CS项目中,可以利用一些二次开发工具进行开发,具有科研性质的项目上还会利用一些工具进行复杂建模出图然后流程化.这里,我们撇去复杂的建模各因子,谈谈通用的等值面如何在WebGIS中进行展示. 首先,我介绍下几种可以在前端进行等值面渲染的方案: a.利用arcgis的model进行建模,设置好输入项,插值工具

目的: 数据采集 写入本地文件备份 构建web服务器 将文件读取到网页中进行展示 目录结构: package.json文件中的内容与上一篇一样:NodeJs+Request+Cheerio 采集数据 request :https://github.com/request/request 使得请求变得更容易,简单 cheerio:https://github.com/cheeriojs/cheerio 用来解析dom结构,类似jQuery,挺好用 app.js文件: /** * 数据采集 * 写入

展示层由Ninesky.Web项目实现,负责网站内容的显示,项目包含Member和Control两个区域.   目录 奔跑吧,代码小哥! MVC5网站开发之一 总体概述 MVC5 网站开发之二 创建项目 MVC5 网站开发之三 数据存储层功能实现 MVC5 网站开发之四 业务逻辑层的架构和基本功能 MVC5 网站开发之五 展示层架构 MVC5 网站开发之六 管理员 1.登录.验证和注销 MVC5 网站开发之六 管理员 2.添加.删除.重置密码.修改密码.列表浏览 MVC5 网站开发之七 用户功能

一.需要学习的知识 knockout, require, director, echarts, jquery.简单的入一下门,网上的资料很多,最直接就是进官网校习. 二.效果展示 三.require的配置 require.config.js中可以配置我们的自定义模块的加载. require.config({ baseUrl: ".", paths: { text: "requirejs/text", jquery: "jquery/jquery-1.11.

前言 经常会有人问我如何才能将自己做的静态页面放到网上供他人欣赏,是不是需要自己有一个服务器,是不是还要搞个域名才能访问?对于以上问题我都会回答:用github来展示你的前端页面吧. 工欲善其事,必先利其器.github是一个很好的代码管理与协同开发平台,在程序界又被称为最大的“同性交友网站”.如果你不懂git,没有自己的github账户,那你就丢失了一把能够很好的展示自我,储存知识的利器. 当然知道github的人不在少数,但是大部分人可能仅知道它可以用于管理我们的项目代码,而不知道其还可以用

在很多情况下,我们网站可能会展示我们的产品图片.以及教程视频等内容,结合一个比较好的图片.视频展示插件,能够使得我们的站点更加方便使用,也更加酷炫,在Github上有很多相关的处理插件可以找来使用,有些效果还非常好,本篇介绍使用图片视频展示插件blueimp Gallery改造网站的视频图片展示,并和之前版本的效果进行对比. 1.blueimp Gallery插件介绍 blueimp Gallery是一个是具有触摸功能,响应式和可定制的图像和视频展示插件,为移动和桌面浏览器做了相关优化,它支持滑

查看mp3语音 <td class="value"><embed src="${sounds.soundName}" type="audio/mp3" height="50" width="200" autostart="false" loop="false"></embed></td> 点击图片放大 <%@ pa

在上一篇随笔中,我们建立了部门和子部门的双提示,并将部门和子部门做了关联.那么,本篇随笔我们重点介绍利用建好的双提示进行传参. 在操作之前,我们来看一个报告和分析的具体需求: [1] 两个有关联的提示:部门和子部门. 1.部门包括北京销售部.郑州销售部(此处为小的模拟例子,具体项目实施中可以根据相应字段选取): 2.子部门包括北京销售1部.北京销售2部.郑州销售1组.郑州销售2组: 3.当部门的值为北京销售部时,子部门的值列表范围为:北京销售1部.北京销售2部:郑州销售部同理. (已满足,并且:

1. 工程地址:https://github.com/digitalClass/web_page 网站发布地址: http://115.28.30.25:8029/ 2. 用到的技术主要还是jquery 和 javascript, 涉及几个关键点: 1. 捕获鼠标的移动移动事件 2. ajax 动态加载 3. html 对象的定位 - 由于这部分代码主要是通过后端传递数据过来, 动态加载生成的, 因而代码中会存在大量相同的对象id, 这里需要通过DOM 精确定位到指定id上去 3. 评论区页面效

1. 工程地址:https://github.com/digitalClass/web_page 网站发布地址: http://115.28.30.25:8029/ 2. 由于后端同学希望按照 stackoverflow 的样式来展示http://stackoverflow.com/questions/38436650/adding-a-row-to-an-excel-table-using-vba-without-enabling-total-row, 瞬间增加了好多的工作量. 目前的显示效果

相信动态列的实现困扰了很多人,大数据量,多字段的加载将会非常耗时,数据又做不到真正的动态灵活.现有的方式都是通过变向的隐藏等方式来实现. 那该如何解决呢?这里分享帆软报表设计器FineReport的实现方案,结合实际工作中遇到的的相关内容. 我本地常用数据库是MYSQL,所以比较了解一点,所以实现方式也是基于mysql的.首先了解一下MySQL自带的information_schema数据库使用. 大家在安装或使用MYSQL时,会发现除了自己安装的数据库以外,还有一个 information_s