手把手教你看KEGG通路图! 亲爱的小伙伴们,是不是正关注代谢通路研究?或者你正面对数据,绞尽脑汁?小编当然不能让亲们这么辛苦,今天就跟大家分享KEGG代谢通路图的正确解读方法,还在迷糊中的小伙伴赶紧mark起来吧~ 怎么看KEGG中代谢通路图? KEGG,Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因和基因组百科全书,是系统分析基因功能,联系基因组信息和功能信息的知识库.其中包含有大量的通路图,如下图所示:   1.代谢通路中各种符号标识: 代谢通路图

转载:http://www.omicshare.com/forum/thread-107-1-3219.html (出处: OmicShare Forum) 不管是RNA-seq的分析数据,还是蛋白组的分析数据,都有一个数据库我们会经常遇到,那就是KEGG pathway.KEGG pathway中有着大量的通路图,以PI3K-Akt signaling pathway(ko04151)为例,里面包含了大量的蛋白等化合物,以及它们之间相互作用的关系,那么我们如何快速的读懂这些通路包含的信息,且看

KEGG数据库的使用方法与介绍 KEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系:基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图:另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K)标签.下面就首先来讲一下KEGG orthology. 任找一个

参考:KEGG数据库中文教程 - 博奥  &[学习笔记]KEGG数据库 - 微信 学习一个技能最主要的事情你必须知道,那就是能通过它来做什么? KEGG数据库里面有什么? 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息,例如Glycolysis / Gluconeogenesis? 如何查询某一化合物的信息,例如Pyruvate? 如何查询Pyruvate涉及了哪些生化反应? 如何查询某一基因的信息,例如gltA ? 如何知道Bacillus subtilis是否有gltA? 如何查询 gl

但凡是做过基因表达数据分析的(芯片.RNA-seq,scRNA-seq),肯定是跑过基因集功能注释和通路富集的,因为它是研究未知基因集的利器. 但跑过之后老板肯定会给反馈,通常得到的注释都是没有太多意义的,偶尔能随缘得到一些满意的注释,所以常见的注释数据库是有显而易见的缺点的. 而往往我们是在验证时才使用注释,这种拿不准确数据来验证新的数据的方法确实值得思考. 那么GO和KEGG常见注释库到底有些什么缺点呢? 那就不得不去了解GO.KEGG是怎么来的 The Gene Ontology Cons

这个包依赖极有可能是这个:https://www.kegg.jp/kegg/docs/keggapi.html ,如果可以看懂会很好理解 由于KEGG数据库分享数据的策略改变,因此KEGG.db包不在能用,推荐KEGGREST包 But a number of years ago,KEGG changed their policy about sharing their data and so the KEGG.db package is no longer allowed to be curr

转载自https://mp.weixin.qq.com/s/pqbMXMkuqEXbLf31PTxGZQ KEGG简介 KEGG 数据库于 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版,目前发展为一个综合性数据库,其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库.在 KEGG ORTHOLOGY 数据库中,将行使相同功能的基因聚在一起,称为 Ortholog Groups (KO entries),每个 KO 包含多个基因信息,并

转载于 Original 2017-06-20 liuhui 生信百科 KEGG 数据库中,把功能相似的蛋白质归为同一组,然后标上 KO 号.通过相似性比对,可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号.通过KEGG数据库的注释极大的方便我们进行生物学通路的研究,可以直接查看物种某条生物学通路上基因的存在情况. 最简单的方法是看公司给的KEGG注释或者直接下载本物种每个基因的注释结果(比如,植物Phytozome:动植物Ensemble),然后对应到自己的差异基因集里面. 当然如果自己的物种没有KE

前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化.简单总结下用法,以后用时可直接找来用. 首先考虑一个问题:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里? GO的注释信息来自Bioconductor,提供了19个物种的org类型的GO注释信息,如下表所示.Bioconductor中更多的注释包可参考http://www.bioconductor.org/packages/rel

1.安装,加载所用到到R包 用BiocManager安装,可同时加载依赖包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") BiocManager::install("clusterProfiler") library(clusterProfiler) ##富集分析library(topGO) ###画GO图library(AnnotationHub) ##获取数据库library(BiocFileCache) ##依赖包

上一篇零散地罗列了看源码时记录的一些类的信息,这篇完整介绍一个作业流在Azkaban中的执行过程,希望可以帮助刚刚接手Azkaban相关工作的开发.测试. 一.Azkaban简介 Azkaban作为开源的调度系统,在大数据中有广泛地使用.它主要有三部分组成:Azkaban Webserver.Azkaban Executor. DB. 图1 Azkaban架构 图1所示的是Azkaban的基本架构:Webserver主要负责权限验证.项目管理.作业流下发等工作:Executor主要负责作业流/作

看完SQL Server 2014 Q/A答疑集锦:想不升级都难! 转载自:http://mp.weixin.qq.com/s/5rZCgnMKmJqeC7hbe4CZ_g 本期嘉宾为微软技术中心技术架构师韩凯(社区ID:Chris_Han0015),主要负责大数据和云计算领域.在美国取得系统工程硕士学位后,服务于华尔街主要银行与金融机构.从事流程再造与创新与商务智能方案设计实施. IT名人堂栏目对微软技术中心技术架构师韩凯进行了独家访谈,揭秘了SQL Server 2014不可不知的那些事儿.

现在最热门的前端框架有AngularJS.React.Bootstrap等.自从接触了ReactJS,ReactJs的虚拟DOM(Virtual DOM)和组件化的开发深深的吸引了我,下面来跟我一起领略ReactJs的风采吧~~ 文章有点长,耐心读完,你会有很大收获哦~  一.ReactJS简介 React 起源于 Facebook 的内部项目,因为该公司对市场上所有 JavaScript MVC 框架,都不满意,就决定自己写一套,用来架设 Instagram 的网站.做出来以后,发现这套东西很

摘要 : 最近在博客园里面看到有人在讨论 C# String的一些特性. 大部分情况下是从CODING的角度来讨论String. 本人觉得非常好奇, 在运行时态, String是如何与这些特性联系上的. 本文将侧重在通过WinDBG来观察String在进程内的布局, 以此来解释C# String的一些特性. 问题 C# String有两个比较有趣的特性. String的恒定性. 字符串横定性是指一个字符串一经创建,就不可改变.那么也就是说当我们改变string值的时候,便会在托管堆上重新分配一块

写在前面 阅读目录: 具体业务场景 业务需求变化 "愚蠢"的应对 消息列表实现 消息详情页实现 消息发送.回复.销毁等实现 回到原点的一些思考 业务需求变化,领域模型变化了吗? 对象读取的额外思考 写在最后 领域驱动设计的核心-Domain Model(领域模型),这个大家都知道,可是,上次关于领域模型的设计分享,要追溯到两个月之前了,这中间搞了一些有的没有的东西,比如纠结于仓储等,说这些东西不重要,其实也蛮重要的,因为它是一个完整应用程序所必须要考虑的东西(Demo 除外),但是相对

在知乎上看到这篇文章讲得确实挺好,从头看到尾都非常形象生动,一口气看完,没有半点模糊,非常不错,所以推荐给大家,非常值得一读. 作者:Ovear链接:https://www.zhihu.com/question/20215561/answer/40316953来源:知乎 一.WebSocket是HTML5出的东西(协议),也就是说HTTP协议没有变化,或者说没关系,但HTTP是不支持持久连接的(长连接,循环连接的不算)首先HTTP有1.1和1.0之说,也就是所谓的keep-alive,把多个HT

以前学习渗透时,虽然也玩过万能密码SQL注入漏洞登陆网站后台,但仅仅会用,并不理解其原理. 今天学习c#数据库这一块,正好学到了这方面的知识,才明白原来是怎么回事. 众所周知的万能密码SQL注入漏洞,大家相信很熟悉了. 不懂得简单了解下,懂的大牛直接飘过即可. ***************************************************************************** 当我们用御剑之类的扫描器扫描到某些有这个万能密码SQL注入的漏洞网站后台后, 打开

前言 2016年9月22日凌晨,微信官方通过“微信公开课”公众号发布了关于微信小程序(微信应用号)的内测通知.整个朋友圈瞬间便像炸开了锅似的,各种揣测.介绍性文章在一夜里诞生.而真正收到内测邀请的公众号据说只有200个. 虽然内测名额十分稀少,但依赖中国广大开发者的破解和分享精神,在网络上很快出现了开发工具的破解版本和API文档.然而可能是微信的妥协或者早已预料,9月24日微信官方发布了不需要破解就可以使用的微信小程序开发者工具和文档,对于费劲心思破解完的开发者来说应该瞬间整个人都不好了. 以下

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