1.数据库简介 UniVec是一个数据库,可用于快速识别核酸序列中可能来自载体来源(载体污染)的片段.使用UniVec进行筛选是高效的,因为已经消除了大量冗余子序列,从而创建一个只包含来自大量载体的每个惟一序列段的一个副本数据库.除了载体序列,UniVec还包含用于克隆cDNA或基因组DNA过程中常用的adpter.linkers和引物的序列.这使得在载体筛选过程中可以发现这些寡核苷酸序列的污染.UniVec可以从NCBI FTP目录获得:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/p

操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程 具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./

转载:http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/18699154201241014835362/ http://blog.sina.com.cn/s/blog_4476400f0100iq0x.html   EST----对EST序列进行冗余查找,利用CD_HIT软件聚类,快速批量去除冗余序列 est-trimer(去掉帽子和尾巴,去掉太短而不可信的) RepeatMaster(去掉转座子等重复) seqclean(去除载体,线粒体叶绿体等序列) CAP

illumina技术: 工具:flowcell(流动池):8通道,每个通道都有 2种DNA引物 种在玻璃表面(用共价键连到Flowcell上),这引物和文库中的接头互补    Flowcell:8个line,,line:上下两个表面,,面:3个扫描通道swath,,swath:16个方块tile 文库制作:超声打断DNA,用酶补平,用Klenow酶加碱基,用连接酶 在双端 加特定接头,形成DNA混合物 称为DNA文库. 特点1,中间为待测序列: 特点2,两端接头序列人工加上去,已知,大有文章可做

目录 1.Conda连接不上镜像源问题 2. aspera不能再独立使用 3.使用prefetch搭配aspera 4. prefetch下载方法 记录下下载过程,为自己和后人避坑. 1.Conda连接不上镜像源问题 首先是anaconda安装软件或创建环境时遇到的问题.即使换完清华源和其他镜像源以后依旧报错. CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors.tuna.tsi 尝试了很多方法:换源,删除.co

NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源.NCBI资源包括Entrez.Entrez编程组件.MyNCBI.PubMed.PudMed Central.PubReader.Gene.the NCBI Taxonomy Browser.BLAST.Pimer-Blast.COBALT.RefSeq.UniGene.HomoloGene.ProtES

参考: 独占鳌头的Illumina仪器(二代测序篇) HiSeq2000测序原理.流程与仪器 NGS文库制备的方法比较[心得点评] 各种测序文库构建方式 样本:就是待测的DNA.RNA或蛋白序列,样本来源单一的就是单样本,样本来源于多处就是多样本,一般我们测序用的样本都是单样本,但有时候有特殊需求,我们会把一些样本混合在一起测序,也就是多样本测序. 文库:二代三代读长都是有限的,为此我们必须将全长的序列打断成小片段的文库才能进行测序.总的来说,在NGS分析之前,制备RNA或DNA的主要步骤包括:

高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data,通常测序公司在将数据返还给客户之前会做"clean"处理,即得到clean_data.然而,这些clean_data是否真的"clean"呢?首先,我们应该做一下质控.如果质控不合格,就需要一些处理,比如去接头.去除量的reads.(1)去除测序数据中的接头(用到的是fastx_toolkit里面的fastx_clipper工具): Usage: fastx_clipper [-h] [-a ADAPTER]

只要有ENA千万别用NCBI!!!! 最近开始分析网上Download的数据,一开始用人家现成的GWAS数据,后来觉得反正自己的数据到手该做的也是要做的,出来混早晚是要还的,所以就开始从头分析一些SRA的数据,我以为会很简单,事实证明是我简单了. 首先我们下了这样的一串数据,*.sra格式: -rwxrwxrwx genomics genomics 6月 : SRR1206512.sra -rwxrwxrwx genomics genomics 6月 : SRR1206514.sra -rwxr

SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据. 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T). 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间). 接下来,如何NCBI账号申请好了,那就可以直接上传了,用aspera来上传. 命令如下: ~/.aspera/connect/bin/ascp -i ~/download/aspera.openssh -Q

EST:表达序列标签,expressed sequence tags . 顾名思义,很好理解,就是表达出来的序列,即从基因组DNA上表达出来的RNA,但是我们没法测序RNA,所以我们最终测的是表达序列的cDNA片段. “标签”:就是指这些序列可能比较短,但是可以用来标定一个物种. 常见下载方式有两种: 1. NCBI Web下载 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/ 打开,搜索你要的物种,比如 Camellia ,可以看到结果EST (50287). Web下载

转:https://shengxin.ren/article/16 https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442699.html 批量下载SRA http://www.360doc.com/content/18/0428/15/48272598_749456477.shtml  我的下载的数据在/home/username/ncbi/public/sra SRA(Sequence ReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据,包括 454,Ill

1.prefetch SRRxxxxxx         -/ncbi/public/sra 2.fastq-dump --split-files xxxxxxsra 3.SRA.SAM以及Fastq文件高速下载方法 3.1 NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive:隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information),它是一个保存高通量测序原始数据以及比对信息和元数据 (metad

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/tsa/ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/tsaguide                                                 ###TSA提交流程 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/tbl2asn2/                                                ### ftp:/

简介 SRA数据库是美国国立卫生研究院(NIH)的高通量测序数据的主要归档,是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列读取存档(SRA),欧洲生物信息学研究所(EBI)和DNA数据库 日本(DDBJ). 提交给三个组织中的任何一个的数据都是共享的. SRA数据库数据来自高通量测序平台(Roche 454 GSSystem®,Illumina GenomeAnalyzer®,Applied Biosystems SOLiDSystem®,HelicosHeliscope

解读生命密码的基本手段 ——DNA测序技术的前世今生 任鲁风  于军 (中国科学院基因组科学及信息重点实验室,北京基因组研究所) DNA(脱氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)是生命体的两种最基本组成物质,其序列的组成和变化造就了形形色色的生命世界.这两种承担了生命体遗传信息载体功能的物质,一方面在生命的不断繁衍中保持了各个物种的独特面目,另一方面又通过不断的演变改变着自身性状,同时又影响着与之相关的物种,这一规律在生命科学领域被归纳为“中心法则”.笼统而言,几乎全部的生命现象均来源于A.T.C.G

生物医疗大数据-DNA element functions and identification Genetic vs epigenetic GENETICS  遗传学 DNA Code: 64 triplets of nucleotides encode for 20 amino acids and 3 stop codons. EPIGENETICS  表观遗传学 RNA Code: Non-coding RNA, miRNA, Alternative Splicing CpG Code:

chrome的新标签页的8个缩略图实在让人不爽,网上找了一些去掉这个略缩图的方法,其中很多已经失效.不过其中一个插件虽然按照原来的方法已经不能用了,但是稍微变通一下仍然是可以用的(本方法于2017.1.7可用). 1. 安装扩展Stylish 2. 打开Stylish并且新建一个样式 3. 为新样式取一个名字并输入下面样式代码: [id="most-visited"]{display:none} 4. 选择选项 "网址",并且在后面的地址栏输入网址: https:/

wget下载文件显示多行,进度条后面显示英国中部时间,非常让人郁闷. 本来英文是eta(Estimated Time of Arrival 预计到达时间),翻译错了,干脆去掉好了. 先要有两个个工具 , 系统可能没有: msgunfmt 和 msgfmt  ;  这两个工具 和同类的 工具, 都打包在 gettext 里面, 单独安装是找不到的 安装 : yum install -y gettext 然后 去掉中文翻译的 "英国中部时间" : yum install -y gettex

JAVA中去掉空格 1. String.trim() trim()是去掉首尾空格 2.str.replace(" ", ""); 去掉所有空格,包括首尾.中间 复制代码 代码如下:String str = " hell o "; String str2 = str.replaceAll(" ", ""); System.out.println(str2); 3.或者replaceAll(" +&q