1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量值.phred软件在对reads进行base calling的时候会给出每一个碱基的质量值,这个质量值的计算与测序预期错误率相关(estimated probability of error): Phred Quality Score     Probability of incorrect bas

在实际项目中常常会有根据字段值长度大小进行限制查询,例如查询商品名称过长或过短的商品信息,具体的实现方式可能有多种,在此记录常见的两种实现 使用 $where 查询(性能稍逊一些) 1 2 3 4 5 //查询商品名称长度大于25个字符的商品 db.item.find({item_name:{$exists:true},$where:"(this.item_name.length > 25)"}).limit(5)   //查询商品名称长度小于5个字符的商品 db.item.fi

grep 从文件中筛选出 包含指定的字符或者正则表达式的行:默认只打印匹配到的行, 比如一个文件 test.txt, 其内容为: abc def ghi jkl grep a test.txt, 输出内容为: abc 指定了-A参数后可以输出匹配行以及后面的几行 grep -A 3 a  test.txt, 输出内容为 abc def ghi jkl -f 参数可以指定一个文件, 其中文件的每一行指定了需要匹配的内容, 比如 grep.txt ,内容为: a d grep -f grep.txt

SELECT max(length(字段)) FROM 表名;

SELECT * FROM 表名 WHERE LENGTH(字段)= OR 字段为null IS NULL OR 字段为空='' SELECT * FROM 表名 WHERE LENGTH(字段)>= OR 字段为null IS NULL OR 字段为空=''

1.GROUP_CONCAT函数: 功能:将group by产生的同一个分组中的值连接起来,返回一个字符串结果. 语法:group_concat( [distinct] 要连接的字段 [order by 排序字段 asc/desc ] [separator '分隔符'] ) 说明:通过使用distinct可以排除重复值:如果希望对结果中的值进行排序,可以使用order by子句:separator是一个字符串值,缺省为一个逗号. 2.坑: 这个函数的返回值的长度默认限制为1024,所以如果期望得

bowtie:短序列比对的新工具(转) (2014-11-17 22:15:24) 转载▼ 标签: 转载   原文地址:bowtie:短序列比对的新工具(转)作者:玉琪星兆 Bowtie是一个超级快速的,较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具.它在拼接35碱基长度的序列时,可以达到每小时2.5亿次的拼接速度. Bowtie并不是一个简单的拼接工具,它不同于Blast等.它适合的工作是将小序列比对至大基因组上去.它最长能读取1024个碱基的片段.换言之,bowtie非常适合下一代测序技术. 在

准备测试文件 test.fq, 包含4条fastq 文件,碱基编码格式为phred64; @FC12044_91407_8_200_406_24 NTTAGCTCCCACCTTAAGATGTTTA +FC12044_91407_8_200_406_24 SXXTXXXXXXXXXTTSUXSSXKTMQ @FC12044_91407_8_200_720_610 CTCTGTGGCACCCCATCCCTCACTT +FC12044_91407_8_200_720_610 OXXXXXXXXXXXX

FASTQ format 每个FASTQ文件中每个序列通常有四行信息: 1: 以 '@' 字符开头,后面紧接着的是序列标识符和可选字段的描述(类似FASTA title line). 2: 序列 3: 以 '+' 字符开头, 后面紧接着的是可选字段的描述性信息 4: 第二行序列的质量信息 Illumina sequence identifiers @HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0/1 sequence identifiers description HWUSI-EAS

fastQ格式 FASTQ是一种存储了生物序列(通常是核酸序列)以及相应的质量评价的文本格式. 他们都是以ASCII编码的.现在几乎是高通量测序的标准格式.NCBI Short Read Archive也是这格式,多了一些描述性词汇而已. 基本格式 包含四行,第一行由'@'开始,后面跟着序列的描述信息,这点跟FASTA格式是一样的: 第二行是序列: 第三行由'+'开始,后面也可以跟着序列的描述信息: 第四行是第二行序列的质量评价(quality values,注:应该是测序的质量评价),字符数跟

基于机器学习的web异常检测 from: https://jaq.alibaba.com/community/art/show?articleid=746 Web防火墙是信息安全的第一道防线.随着网络技术的快速更新,新的黑客技术也层出不穷,为传统规则防火墙带来了挑战.传统web入侵检测技术通过维护规则集对入侵访问进行拦截.一方面,硬规则在灵活的黑客面前,很容易被绕过,且基于以往知识的规则集难以应对0day攻击:另一方面,攻防对抗水涨船高,防守方规则的构造和维护门槛高.成本大. 基于机器学习技术的

正常情况下使用md5加密 var crypto = require('crypto'); var md5Sign = function (data) { var md5 = crypto.createHash('md5').update(data).digest('hex'); return md5; } 实际开发中经常需要前端nodejs调用后端java接口,使用上述方法会出现中文加密结果不同的情况,解决方法如下: var crypto = require('crypto'); var md5

3744: Gty的妹子序列 Time Limit: 15 Sec  Memory Limit: 128 MBSubmit: 101  Solved: 34[Submit][Status] Description 我早已习惯你不在身边,   人间四月天 寂寞断了弦.   回望身后蓝天,   跟再见说再见……     某天,蒟蒻Autumn发现了从 Gty的妹子树(bzoj3720) 上掉落下来了许多妹子,他发现   她们排成了一个序列,每个妹子有一个美丽度.   Bakser神犇与他打算研究一下

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3744: Gty的妹子序列 Time Limit: 20 Sec  Memory Limit: 128 MBSubmit: 1931  Solved: 570[Submit][Status][Discuss] Description 我早已习惯你不在身边,   人间四月天 寂寞断了弦.   回望身后蓝天,   跟再见说再见……     某天,蒟蒻Autumn发现了从 Gty的妹子树(bzoj3720) 上掉落下来了许多妹子,他发现   她们排成了一个序列,每个妹子有一个美丽度.   Bakse

任意门:https://www.lydsy.com/JudgeOnline/problem.php?id=3744 3744: Gty的妹子序列 Time Limit: 20 Sec  Memory Limit: 128 MBSubmit: 2571  Solved: 746[Submit][Status][Discuss] Description 我早已习惯你不在身边,   人间四月天 寂寞断了弦.   回望身后蓝天,   跟再见说再见……     某天,蒟蒻Autumn发现了从 Gty的妹子

[BZOJ3744]Gty的妹子序列 Description 我早已习惯你不在身边, 人间四月天 寂寞断了弦. 回望身后蓝天, 跟再见说再见…… 某天,蒟蒻Autumn发现了从 Gty的妹子树(bzoj3720) 上掉落下来了许多妹子,他发现 她们排成了一个序列,每个妹子有一个美丽度. Bakser神犇与他打算研究一下这个妹子序列,于是Bakser神犇问道:"你知道区间[l,r]中妹子们美丽度的逆序对数吗?" 蒟蒻Autumn只会离线乱搞啊……但是Bakser神犇说道:"强制

题目描述 我早已习惯你不在身边, 人间四月天 寂寞断了弦. 回望身后蓝天, 跟再见说再见…… 某天,蒟蒻Autumn发现了从 Gty的妹子树(bzoj3720) 上掉落下来了许多妹子,他发现 她们排成了一个序列,每个妹子有一个美丽度. Bakser神犇与他打算研究一下这个妹子序列,于是Bakser神犇问道:"你知道区间 [l,r]中妹子们美丽度的逆序对数吗?" 蒟蒻Autumn只会离线乱搞啊……但是Bakser神犇说道:"强制在线." 请你帮助一下Autumn吧.

写在前面 dls:"我不会数据结构,但是APIO的数据结构场我写了,还是蛮简单的." T1 CF643G Sol: 有一个\(O(n\log^2n)\)的做法:假设将区间排好序,取六等分点,则答案一定覆盖了若干点,求区间第\(k\)大即可. 然而会TLE 定义绝对众数为区间中出现超过一半的数. 有一个经典的做法求绝对众数,然而它要在保证有解的时候才保证正确性. 维护当前答案和出现次数,遇到相同则\(+1\),不同则\(-1\),降为\(-1\)的时候就把当前解替换. 显然如果有解的话,

(一).完全图.偶图与补图 1.每两个不同的顶点之间都有一条边相连的简单图称为完全图 (complete graph).在同构意义下,n个顶点的完全图只有一个,记为 2.所谓具有二分类(X, Y)的偶图(或二部图)是指一个图,它的点集可以分解为两个(非空)子集X和Y,使得每条边的一个端点在X中,另一个端点在Y中.完全偶图是指具有二分类(X, Y)的简单偶图,其中X的每个顶点与Y的每个顶点相连,若|X|=m,|Y|=n,则这样的偶图记为  Km, n 偶图是一种常见数学模型 例1 学校有6位教师将