Ballgown是分析转录组差异表达的R包. 软件安装: 运行R, source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) biocLite(“ballgown”) R会自动安装Ballgown,及相应的依赖包. Ballgown的输入文件 StringTie使用-B参数直接生成Ballgown的输入文件,Cufflinks的输出结果需要使用Tablemaker生成Ballgown的输入文件. 一个有5个输入文件,分别是: e_data.ctab,外显子水平表达