简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析 Posted: 五月 07, 2017  Under: Transcriptomics  By Kai  no Comments DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析,主要也是用于RNA-Seq数据,同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据. 这两个都属于R包,其相同点在于都是对count data数据进行处理,都是基于负二项分布模型.因此会发现,用两者处理同一组数据,最后在相同阈值下筛选出的大部分基因都是一样的,但是

https://github.com/Jialab-UCR/GDCRNATools GDCRNATools - An R package for downloading, organizing, and integrative analyzing lncRNA, mRNA, and miRNA data in GDC Introduction The Genomic Data Commons (GDC) maintains standardized genomic, clinical, and

1)简介 edgeR作用对象是count文件,rows 代表基因,行代表文库,count代表的是比对到每个基因的reads数目.它主要关注的是差异表达分析,而不是定量基因表达水平. edgeR works on a table of integer read counts, with rows corresponding to genes and columns to independent libraries. The counts represent the total number of

1)简介: DESeq2-package: for differential analysis of count data(对count data 做差异分析) 2)安装 if("DESeq2" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("DESeq2")} suppressMessage

ASP.NET Core 1.1 于2016年11月16日发布.这个版本包括许多伟大的新功能以及许多错误修复和一般的增强.这个版本包含了多个新的中间件组件.针对Windows的WebListener服务器.Razor视图编译以及Azure相关的特性.要将现有项目更新到ASP.NET Core 1.1 ,您需要执行以下操作: 1. 下载并安装更新的.NET Core 1.1  SDK2. 按照.NET Core 1.1 升级公告(下一节介绍)中的说明将项目更新为使用.NET Core 1.1 3.

MVVM模式解析和在WPF中的实现(一) MVVM模式简介 系列目录: MVVM模式解析和在WPF中的实现(一)MVVM模式简介 MVVM模式解析和在WPF中的实现(二)数据绑定 MVVM模式解析和在WPF中的实现(三)命令绑定 MVVM模式解析和在WPF中的实现(四)事件绑定 MVVM模式解析和在WPF中的实现(五)View和ViewModel的通信 MVVM模式解析和在WPF中的实现(六)用依赖注入的方式配置ViewModel并注册消息 0x00 写在前面的废话 我大概是从2012年底开始接

在前面的一篇文章<图形数据库Neo4J简介>中,我们介绍了一种非常流行的图形数据库Neo4J的使用方法.而在本文中,我们将对另外一种类型的NoSQL数据库——Cassandra进行简单地介绍. 接触Cassandra的原因与接触Neo4J的原因相同:我们的产品需要能够记录一系列关系型数据库所无法快速处理的大量数据.Cassandra,以及后面将要介绍的MongoDB,都是我们在技术选型过程中的一个备选方案.虽然说最后我们并没有选择Cassandra,但是在整个技术选型过程中所接触到的一系列内部

一说到REST,我想大家的第一反应就是“啊,就是那种前后台通信方式.”但是在要求详细讲述它所提出的各个约束,以及如何开始搭建REST服务时,却很少有人能够清晰地说出它到底是什么,需要遵守什么样的准则. 在您将看到的这一篇文章中,我们将对REST,尤其是基于HTTP的REST服务进行详细地介绍.通过这些文章,您不仅可以了解到什么是REST,更能清晰地了解到您在编写REST服务时所需要遵守的各个守则,设计RESTful API时需要考虑的各种因素以及实现过程中可能遇到的问题等内容. REST示例 我

在2014年,Sam Newman,Martin Fowler在ThoughtWorks的一位同事,出版了一本新书<Building Microservices>.该书描述了如何按照Microservice架构模式设计及搭建一个具有良好扩展性并可持续开发的系统.除此之外,该书还将基于该模式的系统演化流程与Continuous Delivery等当前甚为流行的开发流程结合在了一起,使得Microservice架构模式看起来非常具有吸引力.基于这些原因,该架构模式迅速被业界所熟知,并在多个产品中被

const,static,extern 简介 一.const与宏的区别: const简介:之前常用的字符串常量,一般是抽成宏,但是苹果不推荐我们抽成宏,推荐我们使用const常量. 执行时刻:宏是预编译 ( 编译之前处理 ),const是编译阶段. 编译检查:宏不做检查,不会报编译错误,只是替换,const会编译检查,会报编译错误. 宏的好处:宏能定义一些函数,方法,const不能. 宏的坏处:使用大量宏,容易造成编译时间久,每次都需要重新替换. 注意:很多Blog都说使用宏,会消耗很多内存,我

一.简单总结 1.HTTPS概念总结 HTTPS 就是对HTTP进行了TLS或SSL加密. 应用层的HTTP协议通过传输层的TCP协议来传输,HTTPS 在 HTTP和 TCP中间加了一层TLS/SSL加密层. HTTP是明文传输,而现在HTTPS把明文加密后 再给TCP传输. 2.HTTPS实现的简化版 2.1.HTTPS在三次握手的时候用非对称加密生成 一个密钥,后面的数据通信就用这个密钥进行对称加密通信.这样既做到了安全性,又避免了非对称加密的效率问题. 2.2.有的时候我们需要做接口的安

机器学习及其基础概念简介 作者:白宁超 2016年12月23日21:24:51 摘要:随着机器学习和深度学习的热潮,各种图书层出不穷.然而多数是基础理论知识介绍,缺乏实现的深入理解.本系列文章是作者结合视频学习和书籍基础的笔记所得.本系列文章将采用理论结合实践方式编写.首先介绍机器学习和深度学习的范畴,然后介绍关于训练集.测试集等介绍.接着分别介绍机器学习常用算法,分别是监督学习之分类(决策树.临近取样.支持向量机.神经网络算法)监督学习之回归(线性回归.非线性回归)非监督学习(K-means聚

Cesium简介 cesium是国外一个基于JavaScript编写的使用WebGL的地图引擎,一款开源3DGIS的js库.cesium支持3D,2D,2.5D形式的地图展示,可以自行绘制图形,高亮区域,并提供良好的触摸支持,且支持绝大多数的浏览器和mobile,但是由于cesium基于WebGL来渲染3D的,所以对浏览器有要求,必须支持WebGL才行.参照cesium官网的说明文档,浏览器支持版本:IE11或者以上.谷歌.火狐版本比较高级等等,其实测试浏览器支不支持,运行demo就可以测试,会

1.框架简介: 定义:基于java语言开发的一套ORM框架: 优点:a.方便开发;           b.大大减少代码量;           c.性能稍高(不能与数据库高手相比,较一般数据库使用者编写的代码具有一定的优势):           d.跨数据库平台: ORM(Object Relation Mapping): Object 实体类 属性 数据类型 对象 Relation 表名 字段 数据类型 记录 Mapping 把Object类型数据映射到关系型数据库中,这样就可以只操作对象

系列目录: Node.js 教程 01 - 简介.安装及配置 Node.js 教程 02 - 经典的Hello World Node.js 教程 03 - 创建HTTP服务器 Node.js 教程 04 - 模块系统 Node.js 教程 05 - EventEmitter(事件监听/发射器) Node.js 教程 06 - 函数 ▁▃▅ Node.js 教程 01 - 简介.安装及配置 ▅▃▁ 简单的说 Node.js 就是运行在服务端的 JavaScript. Node.js 是一个基于Ch

Spark简介 视频教程: 1.优酷 2.YouTube 简介: Spark是加州大学伯克利分校AMP实验室,开发的通用内存并行计算框架.Spark在2013年6月进入Apache成为孵化项目,8个月后成为Apache顶级项目Spark以其先进的设计理念,迅速成为社区的热门项目,围绕着Spark推出了Spark SQL.Spark Streaming.MLLib和GraphX等组件,也就是BDAS(伯克利数据分析栈),这些组件逐渐形成大数据处理一站式解决平台. Spark使用Scala语言实现,

Linux硬件IO的优化简介 首先简单介绍下有哪些硬件设备如下(由于硬件种类厂家等各种因素我就不在此多做介绍有兴趣的可以自行学习): 1.CPU:中央处理器,是计算机运算控制的核心部件之一,相当于人的大脑.如下图 2.RAM:内存条与CPU沟通的桥梁,很多数据和运算在内存中做临时处理,相当于你在做快速记忆运算的状态,如下图: 3.Disk:硬盘使我们用来存放数据和资料的仓库,因为内存是临时存储断电后会释放其中的所有数据,所以要保存备份数据就要用到硬盘,且硬盘空间要比内存大.好比你的笔记本俗话说的

ENode是什么 ENode是一个.NET平台开源的应用开发框架,为开发人员提供了一套完整的基于DDD+CQRS+ES+(in-memory)+EDA架构风格的解决方案. ENode的特色是什么 解决CQRS架构的C端的高并发写的问题,以及CQ两端数据同步的顺序性保证和幂等性问题: 将并发写降低到最低,从而做到最大程度的并行.最大的吞吐量: 通过基于分布式消息队列横向扩展的方式实现系统的可伸缩性: 聚合根常驻内存,可以完全以OO的方式来设计实现聚合根,不必为ORM的阻抗失衡而烦恼: 基于EDA的

最近我在用图形数据库来完成对一个初创项目的支持.在使用过程中觉得这种图形数据库实际上挺有意思的.因此在这里给大家做一个简单的介绍. NoSQL数据库相信大家都听说过.它们常常可以用来处理传统的关系型数据库所难以解决的一系列问题.通常情况下,这些NoSQL数据库分为Graph,Document,Column Family以及Key-Value Store等四种.这四种类型的数据库分别使用了不同的数据结构来记录数据.因此它们所适用的场景也不尽相同. 其中最为特别的便是图形数据库了.可以说,它和其它的

本文中,我们将对ZooKeeper进行介绍.简单地说,ZooKeeper是一个用来在构成应用的各个子服务之间进行协调的一个服务. 由于其本身并没有特别复杂的机制,因此我们将会把更多的笔墨集中在如何对ZooKeeper进行使用方面.当然,这也是和其它博文所略有不同的地方,否则我也不会花费时间去写这这篇博客. ZooKeeper简介 我们已经在前面一系列和集群相关的博文中提到过,一个大型服务常常是由一系列子服务共同组成的.这些服务常常包含一系列动态的配置,以告知子服务当前程序运行环境的变化.那么我们