vcf和bed的位置信息区别 vcf和gff一般是从1-base开始计数,也就是文件里所代表的的位置是染色体的真实位置 bed文件一般所代表的位置是从0开始计数的,是一个半闭合区间,也就是(0,200]表示一个长度为200bp的序列,起始位置在染色体上其实是1到200的位置 pysam在处理的时候和bed是类似的,也是一个半闭合的区间,同时也是从0开始计数的. samtools则是从1开始计数 根据位置信息提取序列的方法 samtools提取 samtools faidx Vv.12X.dna.

目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if echo $2 |grep -q '.*.vcf.gz$';then vcftools --gzvcf $2 --chr $chr --from-bp $f

概览 图形上下文 路径 颜色与颜色空间 变换 图案 阴影 渐变 透明层 Quartz 2D 中的数据管理 位图与图像遮罩 CoreGraphics 绘制 Layer 0.说明 本篇博客主要是对官方文档的总结与补充.翻译部分参考了南峰子的博客.你可以在参考资料中查看. 1.概览 简介 Quartz2D 是二维图形绘制引擎,支持 iOS 和 OS X. Page Quartz2D 在图像中使用了绘画者模型.在绘画者模型中,每个连续的绘制操作都是将一个绘制层放置于一个画布,我们通常称这个画布为 Pag

MATLAB地图工具箱学习总结(二)大圆和恒向线 今天要和大家谈一谈大圆.恒向线航道的画法.还是先从案例开始说起,再分别介绍相关的函数. 1                    作业案例:地图投影作业6 在作业6中,李老师要求我们画出两点间的大圆航线.恒定线航线和两者混合的航线.我一开始没有找到gcwaypts函数,导致自己花了一点时间编写了一段代码实现,但效果并不好,存在误差.后来找到了神奇的gcwaypts函数,一切也就迎刃而解.在本文中,我将会把两种方法都简单介绍一下. 首先是gcway

//有些地方需要修改 import java.text.DateFormat; import java.text.ParseException; import java.text.SimpleDateFormat; import java.util.Calendar; import java.util.Date; public class DateUtil { private final static String[] CN_Digits = { "〇", "一",

  昨天数据入库时,一直报错,说磁盘满了,,df -h    一看,发现/目录下只有50G空间,已使用49G:我的程序和dbss都安装在/目录下,ftp到的数据放在/data下的一个子目录下,分解完的数据也放在/data子目录之下:现在空间紧张:只有俩种方法,要么增加/目录空间,要么挪位置:如果是在本地用虚拟机登陆的虚拟机,建议用第一种,方法如下: 在工具栏中找到虚拟机选项 点击虚拟机,下拉菜单中有个设置,然后点击设置. 选择硬盘选项,之后,在弹出框的右边可以看到扩展..点击扩展磁盘就可以了 注

#include<iostream> #include<time.h> #include<fstream> #define random() (rand()%100) using namespace std; void main() { ofstream outfile; outfile.open("a.txt"); char add='+'; char sec='-'; char min='*'; char div='/'; int length;

文章转自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_568e66230100hy6a.html FCKEditor于2009年被更名为新一代的CKEditor和CKFinder,见http://ckeditor.com/.只是本来是一个的产品(FCKEditor)现在变成了两个(CKEditor + CKFinder),如果要上传文件到服务器上,最新版本的CKEditor + CKFinder要结合使用才能提供编辑界面及搜索文件界面,所以还是暂时用老版本的FCKEditor吧

转自:http://bbs.csdn.net/topics/360019248 如何取到每段连续日期的起始终止日期以及持续天数及起始日期距上一期终止日期的天数,能否用一句sql实现?备注:数据库环境是sql server 2000 create table tmptable(rq datetime) go insert tmptable values('2010.1.1') insert tmptable values('2010.1.2') insert tmptable values('20

1.我的GitHub用户 首先,接触到现代程序设计这门课之后我才正式开始使用GitHub和它的客户端,以前都是去网站看代码.扒样例.我注册的账户名为:hennande.目前该账户中有我的第一份关于homework-01的代码和记录. 2.我的教科书 代码大全 (第二版) 斯蒂夫·迈克康奈尔.(这本书又是一时半会儿看不完的节奏啊!……!) 3.最大连续子数组问题 我的思路: 假设一个数组的最大连续子数组已知,那么这个连续子数组会具有什么特点呢? 首先,与之首尾相连的元素如果存在,一定是大于等于零的

跟我学机器视觉-HALCON学习例程中文详解-测量圆环脚宽间距 This example program demonstrates the basic usage of a circular measure object. Here, the task is to determine the width of the cogs. *首先读取图像,获取图像的宽度和高度 First, read in the image and initialize the program. read_image (

Flot参考文档: 一．对绘图函数plot的调用:var plot=$.plot(placeholder,data,options) ----------- placeholder ----------- 占位符placeholder是一个jQuery对象或者DOM元素或者jQuery表单式,绘图函数将把图表画在placeholder内. 这个占位符要事先设置宽,高. plot函数画图时将修改这个占位符的内容,因此你最好使用一个空的DIV元素作为占位符,另外注意不要给占位符设置花哨的样式,比如,

UTF-8有点类似于Haffman编码,它将Unicode编码为:0x00-0x7F的字符,用单个字节来表示:0x80-0x7FF的字符用两个字节表示:0x800-0xFFFF的字符用3字节表示:   ①数字的unicode范围是:0x0030~0x0039 ②英文字母的unicode范围是: 大写A到Z(属于拉丁字母):0x0041~0x005A  小写a到z(属于拉丁字母):0x0061~0x007A ③汉字的unicode范围是:0x4E00~0x9FA5 其实这个范围还包括了中,日,韩的

不得不说,在国内IP紧缺的现状下,NAT发挥了无比巨大的作用:它以把IP和端口重新分配的方式,满足了广大人民群众上网的强烈需求.但是对于个人服务器以及在内网中基于网络的嵌入式设备,却是个比较尴尬的事情:因为它把端口和IP进行了重新分配,外网客户端访问的时候很难知道server端的IP和监听端口,尤其是监听端口.这个时候,子网穿透技术就应运而生了.      这两天看了一些简单的子网穿透的基本原理,大多数都是UDP的.但是看完后觉得TCP实现起来更为简单,因此简单的写了一个测试程序实验了一下,结果

链接: https://leetcode.com/problems/maximal-rectangle/ [描述] Given a 2D binary matrix filled with '0's and '1's, find the largest rectangle containing all ones and return its area. [中文描述] 给一个二维数组, 算出里面最大的全1矩形面积,比如: [ ['1','1','1','0'], ['1','1','1','1']

高级用法 多行匹配: zjtest7-frontend:/root/0825# cat a2.pl print "1111111111111\n"; my $_="abc\nABC\nabc"; print $_; print "\n"; print "2222222222222\n"; my $_="abc\nABC\nabc"; s/c$/ZZZ/g; print $_; print "\n&

转自:http://jingpin.jikexueyuan.com/article/49159.html 外网如何访问本地tomcat web服务器 作者: XHKJOE 发布时间:2015-07-13 11:10:24 首先你要知道你是出于内网还是外网下,其实很简单,百度一下“IP查询”,第一个就是你的外网ip,然后你本地cmd中ipconfig一下就能知道你的本机ip,如果两个ip一样,那么你现在是外网,如果不一样,你就是内网.下面介绍的方法一和方法二仅仅在外网下才能实现,方法三在内网下实现

BEGINNING SHAREPOINT® 2013 DEVELOPMENT 第3章节--SharePoint 2013 开发者工具 SharePoint中基于Web开发         之前提到过,定义SharePoint开发有多种方法.作为高级用户,你可能使用很多其它原生SharePoint功能在基于Web环境做开发.高级用户典型地在SharePoint网站有逐步上升的权限,而且可以完毕下面任务: 创建和管理站点集与站点权限. 配置站点主题. 加入Apps到站点. 为站点中使用创建并部署多媒

本篇作为技术分享系列的第三篇,详细讲一下手绘视频中结合视频的处理方式. 随着近几年短视频和直播行业的兴起,视频成为了人们表达情绪和交流的一种重要方式,人们对于视频的创作.编辑和分享有了更多的需求.而视频的编辑.剪辑方式,也由过去需要借助专业的视频剪辑软件,专业的视频剪辑操作者操作,变为现在的普通用户可以使用视频类 App 很方便的创作出视频. 短视频和直播类 App 对于视频的处理,主要集中在:滤镜.美颜.贴纸.视频剪切和拼接.视频变速.音轨合成,这些实现基本都是基于 OpenCV.OpenGL

最近在上生物信息学原理,打算记录一些课上的作业.第一次作业:如题. 基本思路: 1.从GFF中读取CDS的起始终止位置以及正负链信息.GFF格式见http://blog.sina.com.cn/s/blog_8a4f556e0102yd3l.html. 2.利用起始/终止位置等信息从FNA文件中提取CDS序列.FNA格式见 http://boyun.sh.cn/bio/?p=1192. 3.利用CDS序列及密码子表得到FAA文件并输出. 注意:最需要注意的一点是:当GFF中CDS位于负链时,需要

开篇 numpy库作为科学计算的基础库,其地位相当重要,它是对数组操作的基石.它的存在使得线性代数以及矩阵论等相关知识在计算机上的表达更加方便与简单,集中体现出了人想办法,计算机去工作. Python的numpy库的安装百度一下即可解决,部分Python3已将numpy库作为内置库,可以不安装. 我将不定期更新Python3NumPy库全系列文章,均以图解方式阐述,其目标让初学者入门简单,快速理解,读者可采用文章后的代码验证即可,也可根据介绍自己举一反三,达到融汇贯通的境界. 本系列文章集中在N